Jeudi 30 Mai 2024

GBIF

Le Secrétariat du GBIF a publié un nouveau guide, Publier des données dérivées de l'ADN via des plateformes de données sur la biodiversité, qui fournit des informations pratiques aux détenteurs d'informations génomiques et métagénomiques, afin de mieux mettre en valeur les occurrences dérivées de l'ADN sur les plateformes de données sur la biodiversité telles que GBIF.org.

Une équipe d'experts d'Australie, d'Estonie, de Norvège, de Suède et du Danemark a décrit des principes et des pratiques à destination des détenteurs de données basées sur l'ADN souhaitant accroître leur réutilisabilité au-delà de leurs contextes « omiques » initiaux.

L'utilisation de données génétiques pour détecter, décrire, classer et quantifier les taxons s'est généralisée en écologie moléculaire, en phylogénétique et dans d'autres domaines de la recherche sur la biodiversité. Ce nouveau guide aide les détenteurs de ces données à voir les avantages de les rendre accessibles à un plus large éventail de recherches et de politiques sur la biodiversité.

En s'abstenant de décrire les détails spécifiques à chaque plateforme (et documentés ailleurs), en faveur de termes et de schémas plus communs, d'une description des pièges typiques et des meilleures pratiques, l'approche générale adoptée par les auteurs peut s'appliquer au partage de données dérivées de l'ADN via n'importe quelle plate-forme de données sur la biodiversité, y compris les nombreux systèmes nationaux utilisés dans le monde.

 

La publication du guide permettra également aux membres du réseau GBIF, notamment l'Ocean Biodiversity Information System (OBIS) et Atlas of Living Australia, d'aligner les efforts de leurs propres réseaux pour combiner les enregistrements détectés par l'ADN avec les données existantes issues des spécimens de musée, des observations sur le terrain et de la surveillance, des projets de science citoyenne et d'autres sources.

 

Le guide a été enrichi par des discussions avec des membres de plusieurs communautés différentes axées sur l'ADN, notamment le groupe de travail sur la biodiversité génomique du TDWG (Biodiversity Information Standards) et le groupe de travail TDWG sur l'interopérabilité durable Darwin Core-MIxS. L'expertise collective de ces communautés a aidé à clarifier la meilleure façon d'appliquer les termes des standards relatifs aux données génomiques, notamment MIxS, GGBN et MIQE. Ces ajouts sont pris en charge par une nouvelle extension du Darwin Core pour les données dérivées de l'ADN, actuellement en production à la fois dans l'outil GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) et sur GBIF.org.

Le guide représente la prochaine étape des efforts du GBIF pour connecter son infrastructure de données et ses outils aux sources pertinentes d'informations génomiques et métagénomiques, en s'appuyant sur des collaborations avec la communauté UNITE, l'Institut européen de bioinformatique de l'EMBL (à travers ses archives européennes de nucléotides et sa plateforme MGnify), et l'International Barcode of Life Consortium (IBOL).

 

Plus d'informations sur le site du GBIF (en anglais)

 

Image : Collybie à pied velouté (Flammulina velutipes), Kursk, Fédération de Russie. Photo 2020 Oleg Ryzhkov via iNaturalist research-grade observations, sous licence CC BY-NC 4.0.

 

Le Congrès mondial de la nature de l’UICN se réunit à Marseille (13), du 3 au 11 septembre 2021, afin de définir les priorités et guider les actions de conservation et de développement durable.

 

Les équipes du GBIF Secretariat et du GBIF y seront présentes afin de communiquer sur les actions du réseau et de ses partenaires, au niveau national et international.

 

Un stand GBIF sera installé dans la zone "Climate change" (emplacement C08 sur le plan en bas de page), et le GBIF France interviendra dans la session ‘Business as usual?’ – the role of the private sector in unlocking biodiversity data, qui aura lieu dimanche 05 septembre de 15h30 à 17h.

 

Nous vous attendons nombreux pour échanger sur l'ouverture des données de biodiversité et leur rôle dans la conservation de la nature et de l'environnement !

 

Plus d'informations sur le site du congrès : https://www.iucncongress2020.org/fr

Début décembre 2020, la France a dépassé le seuil des 100 millions de données primaires sur la biodiversité, partagées et en accès libre dans le réseau GBIF.
Voir la carte des données publiées par la France

 

Ce bel exemple de science ouverte est rendu possible grâce aux données remontées par 59 éditeurs de données nationaux, réparties dans plus de 2500 jeux de données provenant de sources diverses : collections naturalistes, observations et suivi de la biodiversité récoltées dans le cadre du SINP ou des programmes de sciences participatives, bases de données universitaires et de recherche ou expéditions scientifiques.

Ces données concernent aussi bien les territoires français (83,6% des données partagées par les producteurs français) que les pays étrangers (16,4% des données) et contribuent ainsi à l'amélioration des connaissances sur ces territoires.

 

Une grande diversité des acteurs est observé chez les contributeurs nationaux : on retrouve les principales plateformes nationales d’agrégation, des muséums, des instituts de recherche et des université, des sociétés savantes ou encore des programmes de science participative à destination du grand public.

Toutes ces données sont librement accessibles et contribuent à la production de nouvelles études scientifiques ainsi qu’à l’appui aux politiques publiques.
Voir la liste de provenance des données

 

Le GBIF France, en association avec l’UMS PatriNat dans laquelle il est intégré, remercie tous les producteurs et éditeurs de données français ayant contribué au GBIF et reste disponible à l'adresse gbif@gbif.fr pour accompagner la mise en ligne ou l'utilisation des données accessibles dans le réseau GBIF !

A l'initiative de la plateforme Ideas for Development (iD4D) de l'Agence Française pour le Développement, une tribune a été rédigée par l'AFD, Biotope et le GBIF afin d'inciter à un meilleur partage des données de biodiversité et de mettre en lumière le rôle joué par les banques de développement.

 

La première partie de cette tribune, accessible ici, met en avant l'importance cruciale du partage des données de biodiversité pour améliorer les connaissances et les politiques publiques ; il reste notamment des lacunes importantes à combler dans la zone intertropicale, qui détiennent pourtant la plus grande part de la biodiversité mondiale.

 

La seconde partie de la tribune se focalise sur le rôle joué par les banques de développement dans la production de données de biodiversité, principalement dans les pays en voie de développement localisés dans cette même zone intertropicale. Encore trop peu mises en valeur et exploitées, ces données constituent pourtant une source importante d'informations sur les espèces de ces pays ; leur mise en ligne sur le GBIF permettrait d'accroître de façon considérables les connaissances sur la biodiversité des pays en voie de développement et de combler en partie les lacunes existantes.

 

Pour plus d'informations sur le partage des données issues du secteur privé, consultez la vidéo de présentation réalisée dans le cadre du projet GBIF OpenPSD: Promoting publication and use of private-sector data on biodiversity.

 

(Photo: Luis ROBAYO / AFP)

Le GBIF a publié deux documents techniques pour un examen ouvert par les pairs par ses communautés de pratique:

    Guía de Uso Básico de OpenRefine para la limpieza de datos sobre biodiversidad, par Paula Zermoglio et John Wieczorek
    Current Best Practices for Generalizing Sensitive Species Occurrence Data, par Arthur Chapman

Cette publication double marque une étape importante pour les efforts entamés l'année dernière. Ayant longtemps soutenu ou produit de la documentation technique par intermittence, le GBIF s'est engagé dans son programme de travail 2019 à coordonner une approche plus cohérente et dynamique qui charge des experts en la matière de préparer des documents d'orientation clés et d'engager les communautés de pratique du GBIF sous la supervision d'un comité de rédaction.

Les deux premiers documents - nommé familièrement, «le guide OpenRefine» et «les meilleures pratiques pour les espèces sensibles» - sont maintenant ouverts à une revue par les pair jusqu'au mercredi 5 août 2020. Les membres de la communauté intéressés à participer en tant que pairs examinateurs peuvent consulter l'aperçu du programme numérique de documentation. Ils peuvent ensuite obtenir des instructions et des attentes spécifiques pour proposer leurs suggestions et améliorations.

En résumé, pour prêter votre voix et participer en tant qu'évaluateur - sur l'une, les deux et / ou les périodes de consultation suivantes - ils est demandé aux membres de la communauté de :

Les systèmes et les processus utilisés dans le programme de documentation numérique du GBIF sont censés être aussi transparents, ouverts et auto-régulés que possible. Le texte et les autres contenus conservés dans les dépot GitHub ouverts sont publiés aux formats HTML et PDF à l'aide d'une chaîne d'outils de publication open-source appelée AsciiDoctor. La prise en charge des traductions est géré via CrowdIn, qui fournit une licence non commerciale gratuite qui soutient résolument les efforts de la communauté dynamique de traducteurs bénévoles du GBIF.

Nous encourageons les personnes intéressées à participer aux processus d'examen par les pairs actuel ou futurs à s'inscrire à la liste de diffusion de documentation numérique.

Les questions, commentaires et suggestions concernant ce processus d'examen communautaire par paires ou le programme de documentation numérique peuvent être adressés à communication@gbif.org.

Plus d'information ici

 

Fourmilier géant (Myrmecophagia tridactylis, classé comme vulnérable sur la Liste rouge des espèces de l'UICN, Minas Gerais, Brésil. Photo 2017 Cameron Rutt via iNaturalist Research-grade Observations, sous licence CC BY-NC 4.0.

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