Lundi 27 Janvier 2020

GBIF

Le secrétariat du GBIF, situé à Copenhague, recherche un développeur de logiciels pour travailler dans une petite équipe responsable du portail GBIF.org. Ce rôle se concentrera sur les services principaux et sur tous les aspects liés à l’API GBIF et aux services de données. Le poste est un poste à temps plein situé à Copenhague pour une période de 3 ans.

 

Compétences requises et expérience

  • Compétences de développement en Java 8 (ou autres langages JVM) ; modèles de conception logicielle, environnement multithread, gestion de la JVM et de la mémoire, structures de données et collections
  • Connaissance des banques de données; bases de données relationnelles (SQL)
  • Solide connaissance des services RESTful utilisant les formats XML et JSON
  • Compétences professionnelles en matière d'ingénierie logicielle: gestion des versions (versions maven, code de version forte), refactoring, normes de codage, intégration continue, tests d'unité / d'intégration, déploiement de logiciel et documentation
  • Maîtrise de l'utilisation du système d'exploitation Linux
  • Capacité à travailler dans un environnement anglophone
  • Compétences professionnelles pour donner et recevoir des commentaires sur le code
  • La capacité de travailler de manière autonome et en équipe

 

Compétences souhaitées

  • Les cadres Java Microservice; exemple: Dropwizard, Spring Boot, Vert.x,
  • Expérience en automatisation (Jenkins, Ansible, Chef, Marionnette, etc.)
  • Moteurs de recherche (Solr Cloud, Elasticsearch).
  • Expérience avec des solutions de surveillance (Nagios, Ganglia, Zabbix, Cactus, Graphite, ELK, etc.)
  • Connaissance de l'écosystème Hadoop (HDFS, Solr, HBase, Spark, Beam, Zookeeper)
  • Expérience de travail et de contribution à des projets open source

Avantages à travailler au GBIF

  • Une bonne ambiance d'équipe et un environnement de travail dynamique
  • L'opportunité d'apprendre et d'utiliser les technologies Big Data de pointe de l'écosystème Hadoop (HBase, Hive, Oozie, Solr Cloud, Spark, Beam)
  • La possibilité de travailler publiquement sur des projets open source, avec une implication directe dans la communauté des utilisateurs
  • Un package de rémunération compétitif
  • Un ordinateur portable puissant (Apple ou similaire) pour le développement
  • Plus important encore, le GBIF offre la possibilité de contribuer de manière significative à un effort international visant à créer et à gérer la plateforme Web mondiale pour les données ouvertes sur la biodiversité.

 

Il s’agit d’une opportunité passionnante pour les personnes concernées de développer leur expérience pour une organisation internationale dans un environnement scientifique et technologique en informatique de la biodiversité pour le développement durable. Si vous répondez à ces exigences et êtes en mesure de commencer dès que possible, nous espérons avoir de vos nouvelles.

 

Rémunération

Les salaires du GBIF sont compétitifs et sont exonérés de l'impôt sur le revenu danois. Le candidat sélectionné devrait vivre au Danemark et un programme de réinstallation est disponible pour le personnel recruté sur le plan international.

 

Procédure de candidature et délai

Les candidatures au poste doivent inclure une lettre mentionnant votre expérience et vos qualifications pour le poste, votre curriculum vitae et votre nom d'utilisateur GitHub. Elles doivent être soumises en anglais par courrier électronique à dev-job1-2018@gbif.org avant le 15 décembre 2018. Veuillez indiquer dans l'application où vous avez vu cette annonce. Les demandes concernant le poste peuvent être adressées à Federico Mendez, développeur logiciel principal, à fmendez@gbif.org, ou à la responsable des ressources humaines, Susanne Sheldon, à slsheldon@gbif.org.

 

Les entretiens pour le poste devraient avoir lieu à partir du début janvier 2019.

 

Offre d'emploi en version PDF

 

Plus d'informations ici

 

Impala à face noire (Aepyceros melampus ssp. Petersi) par Copper via iNaturalist. Photo sous licence CC BY-NC 4.0.

Après avoir examiné une collection variée de 23 propositions, un jury d'experts a sélectionné six gagnants - deux pour la premiere place (remportant le prix de 10 000 euros chacun) et quatre pour la secondes places (remportant un prix de 3 500 euros chacun) - dans le cadre du Challenge GBIF Ebbe Nielsen 2018. Les solutions et les innovations conçues par les lauréats - et, évidemment, par tous les participants - reflètent et abordent des sujets d’intérêt et de préoccupation de grande envergure dans la communauté informatique de la biodiversité. Des sujets tels que les données ouvertes liées, la mobilisation de données, la qualité et l’interopérabilité des données.

 

Le Jury du Challenge Ebbe Nielsen 2018 fut constitué de :

  • Greg Riccardi, iDigBio
  • Jo Judge, Réseau national britannique sur la biodiversité
  • Marie Elise Lecoq, GBIF France
  • Eduardo Dalcin, Institut de recherche sur le jardin botanique de Rio de Janeiro
  • Dag Endresen, GBIF Norvège
  • Ana C.M. Malhado, Université fédérale d'Alagoas
  • Anabela Plos, GBIF Argentine | Muséem argentin des sciences naturelles
  • Anders G. Finstad, Université norvégienne des sciences et technologies
  • Philippe Grandcolas, Muséum national d’histoire naturelle

 

 

Le Challenge est un prix d'encouragement annuel qui honore la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, un leader inspirant dans les domaines de la biosystématique & de l'informatique de la biodiversité et l'un des principaux fondateurs du GBIF.

 

Le fait que l'édition 2018 du Challenge soit plus ouverte que les années précédente a réussi à susciter un engagement géographique plus large, les 23 participation du Challenge ayant recruté des participants de deux douzaines de pays. Les six équipes gagnantes représentent huit pays, dont deux - le Sri Lanka et la Lituanie - qui ne sont pas encore membres officiels du GBIF. La liste complète des gagnants, par ordre alphabétique, est la suivante :

 

 

1ère place

Checklist recipe : a template for reproducible standardization of species checklist data

Lien Reyserhove, Damiano Oldoni et Peter Desmet, INBO: Institut de recherche sur la nature et la forêt, Belgique

 

Ozymandias : a biodiversity knowledge graph

Roderic D. M. Page, Université de Glasgow, Royaume-Uni

 

2ème place

The bdverse

Tomer Gueta et Yohay Carmel, Technion - Institut israélien de technologie, Israël

Vijay Barve, Muséem d'histoire naturelle de la Floride, États-Unis

Thiloshon Nagarajah, Institut de technologie de l'informatique, Sri Lanka

Povilas Gibas, Université de Vilnius, Lituanie

Ashwin Agrawal, Institut indien de technologie (BHU), Inde

 

GBIF Issues Explorer

Luis J. Villanueva, Smithsonian Institution, États-Unis

 

Smart mosquito trap to DwC pipeline

Connor Howington et Samuel Rund, VectorBase.org, États-Unis

 

Taxonomy Tree Editor

Ashish Singh Tomar, Université de Grenade, Espagne | BIG4

 

Plus d’information (en anglais) ici

Les gouvernements du Cameroun et du Libéria ont rejoint le GBIF par le biais de la signature du Memorandum of Understanding (MoU), respectivement en tant que participant associé et participant votant.

 

Les institutions des deux pays ont dirigé des projets sur la mobilisation des données et la création de réseaux nationaux d’information sur la biodiversité dans le cadre du programme Biodiversity Information for Development, financé par l’Union européenne.

 

Cette initiative a contribué à intégrer plusieurs nouveaux pays et organisations dans le réseau GBIF en tant que participants officiels, ainsi que des dizaines d’autres en tant qu’institutions de publication de données. Ces pays se trouve dans les régions cibles "ACP" de BID en Afrique subsaharienne, dans les Caraïbes et dans le Pacifique.

 

Avec l’ajout du Cameroun et du Libéria, 20 pays africains participent maintenant officiellement au réseau intergouvernemental du GBIF. Cela fait de l’Afrique la deuxième plus grande région en termes d’adhésion, juste derrière les 21 participants nationaux de la région européenne. Plusieurs autres pays africains discutent actuellement de leur future participation ou non au GBIF.

 

Au Cameroun, le Memorandum of Understanding  a été signé par le ministre de l'Environnement, de la Protection de la nature et du Développement durable, Pierre Hélé. Les institutions basées dans le pays participent à quatre projets financés par le programme BID:

 

 

 

Au Libéria, le Memorandum of Understanding a été signé par le directeur général de l'Autorité du Développement Forestier, Mike Doryen. La décision de rejoindre le GBIF en tant que participant votant (les membres nationaux apportant une contribution financière indexée sur le PIB) a été prise dans le cadre d’un petit don du BID. Ce don porte sur le renforcement des capacités de mobilisation et de conservation des données sur la biodiversité au Libéria, dirigé par l’Université du Libéria en collaboration avec l'Autorité du Développement Forestier, Flore et faune du Libéria, et l’Université du Kansas (États-Unis).

 

Plus d’information (en anglais) ici

 

Scinque de feu (Lepidothyris fernandi), Buea, Cameroun. L'aire de répartition de ce lézard tropical s'étend à l'ouest et à l'ouest de l'Afrique centrale, y compris au Libéria et au Cameroun. Photo de Lennart Hud via les observations iNaturalist de recherche, sous licence CC BY-NC 4.0.

Les gagnantes des Young Researchers Awards 2018 décernés par le GBIF ont été dévoilées : il s'agit de Kate Ingenloff, doctorante à l'Institut de la biodiversité de l'Université du Kansas et de Raquel Gaião Silva, masteure en biodiversité marine à l'Université de Algarve, 1ère personne du Portugal a recevoir ce prix.

Les recherches de Kate Ingenloff combinent des enregistrements d'occurrences du réseau GBIF avec des données environnementales et comportementales spécifiques au temps. Ceci afin d'améliorer l'exactitude biologique et prédictive des modèles pour les espèces migratrices et autres espèces hautement mobiles utilisées dans la recherche, la conservation et les politiques.

Les recherches de Raquel Gaião Silva visent à utiliser les enregistrements d'occurrences du réseau GBIF et d'autres sources pour déterminer si et comment l'augmentation de la température des océans pourrait modifier la distribution des macroalgues le long des côtes atlantiques de l'Espagne et du Portugal.

Plus d'informations sur les travaux de Kate Ingenloff et Raquel Gaião Silva sont disponibles en ligne (en anglais).

 

Kate Ingenloff et Raquel Gaião Silva © Photos provenant du site GBIF.org

Une alliance mondiale pour transformer notre compréhension de la biodiversité en reliant tous les efforts d'observation, de mesure et de modélisation de la planète vivante : telle est la vision partagée par des experts de toutes les régions du monde qui se sont réunis à Copenhague du 24 au 27 juillet pour discuter des prochaines étapes pour porter la connaissance de la biodiversité à l'ère de l'information.

La 2ème Conférence mondiale sur l'informatique de la biodiversité (GBIC2) a réuni des représentants des principaux réseaux, agences, organisations et institutions mondiaux, régionaux, nationaux et infranationaux. S'appuyant sur le framework Global Biodiversity Informatics Outlook élaboré lors du premier événement GBIC en 2012, les participants ont exploré les possibilités de mieux aligner les efforts et les intérêts de toutes les communautés et infrastructures de recherche sur la biodiversité.

La conférence a examiné des modèles possibles pour une telle alliance dans d'autres domaines de recherche, tels que :

- ELIXIR, une organisation intergouvernementale visant à connecter les ressources européennes en sciences de la vie

- la Apache Software Foundation, une vaste communauté de développeurs et d'utilisateurs de logiciels libres

 

Ils ont activement étudié la possibilité d’un mécanisme de coordination capable d’aligner et d’accélérer les efforts visant à comprendre la bio-diversité mondiale. Le résultat a été un consensus sur la création d'une alliance internationale 'légère', ouverte à toutes les institutions et à tous les individus intéressés par l'amélioration de la disponibilité et de la qualité des connaissances sur la biodiversité.

Les participants ont confié au GBIF la tâche de faciliter les prochaines étapes de ce processus et ont identifié plusieurs étapes suivantes:

  1 Faire connaître et promouvoir la vision de cette alliance dans les principales langues auprès du plus grand nombre possible de communautés de parties prenantes. Des forums pertinents permettant à la communauté de poursuivre ses discussions et sa planification devraient être un soutien pour cette tâche.

  2 Commencez un processus pour collecter un ensemble de questions et de cas d'utilisation que nous espérons pouvoir traiter grâce à l'alliance. Collecter également les capacités combinées dont nous avons besoin pour les livrer au cours des cinq à dix prochaines années

  3 Planifier et développer une vue d'ensemble de haut niveau des principales initiatives dans le domaine de l'informatique en matière de biodiversité et des relations entre leurs missions actuelles et leurs programmes de travail

  4 Effectuer une exploration détaillée de la façon d'appliquer des modèles tirés d'Apache Software Foundation et de logiciels open source similaires. Une exploration des initiatives scientifiques ouvertes pour soutenir une planification et une mise en œuvre multipartites ouvertes et équitables sera également nécessaire.

  5 Identifier un ensemble de domaines de collaboration initiaux. Ils devront servir de preuve de concept sur la manière dont un modèle d'incubateur à l'échelle internationale, axé sur la communauté, peut relever des défis communs. Ces défis sont pour développer ou maintenir des composants interopérables des infrastructures de connaissances sur la biodiversité.

«C’est un énorme privilège et très excitant de travailler avec un ensemble si diversifié de parties prenantes et, ensemble, de construire une vision commune pour résoudre un grand nombre de nos défis», a déclaré Donald Hobern, Secrétaire exécutif du GBIF. "Les participants à la GBIFC2 ne représente qu'un petit échantillon de la communauté élargie qui partage notre ambition commune : celle de fournir des connaissances véritablement interconnectées sur la biodiversité afin de répondre aux besoins des chercheurs, des gouvernements, de l'industrie, de la société et des communautés partout dans le monde. Nous esperons construire ensemble une alliance globale qui élargit encore plus loin notre perspective.

 

Pour plus d’information, consulter la page originelle (en anglais) ici

 

 

Les participants au GBIC2 ont exploré des modèles pour un mécanisme de coordination pouvant aligner et accélérer les efforts de compréhension de la biodiversité mondiale. Photo par Eun-Shik Kim.

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