Samedi 14 Décembre 2019

GBIF

Les gagnantes des Young Researchers Awards 2018 décernés par le GBIF ont été dévoilées : il s'agit de Kate Ingenloff, doctorante à l'Institut de la biodiversité de l'Université du Kansas et de Raquel Gaião Silva, masteure en biodiversité marine à l'Université de Algarve, 1ère personne du Portugal a recevoir ce prix.

Les recherches de Kate Ingenloff combinent des enregistrements d'occurrences du réseau GBIF avec des données environnementales et comportementales spécifiques au temps. Ceci afin d'améliorer l'exactitude biologique et prédictive des modèles pour les espèces migratrices et autres espèces hautement mobiles utilisées dans la recherche, la conservation et les politiques.

Les recherches de Raquel Gaião Silva visent à utiliser les enregistrements d'occurrences du réseau GBIF et d'autres sources pour déterminer si et comment l'augmentation de la température des océans pourrait modifier la distribution des macroalgues le long des côtes atlantiques de l'Espagne et du Portugal.

Plus d'informations sur les travaux de Kate Ingenloff et Raquel Gaião Silva sont disponibles en ligne (en anglais).

 

Kate Ingenloff et Raquel Gaião Silva © Photos provenant du site GBIF.org

Une alliance mondiale pour transformer notre compréhension de la biodiversité en reliant tous les efforts d'observation, de mesure et de modélisation de la planète vivante : telle est la vision partagée par des experts de toutes les régions du monde qui se sont réunis à Copenhague du 24 au 27 juillet pour discuter des prochaines étapes pour porter la connaissance de la biodiversité à l'ère de l'information.

La 2ème Conférence mondiale sur l'informatique de la biodiversité (GBIC2) a réuni des représentants des principaux réseaux, agences, organisations et institutions mondiaux, régionaux, nationaux et infranationaux. S'appuyant sur le framework Global Biodiversity Informatics Outlook élaboré lors du premier événement GBIC en 2012, les participants ont exploré les possibilités de mieux aligner les efforts et les intérêts de toutes les communautés et infrastructures de recherche sur la biodiversité.

La conférence a examiné des modèles possibles pour une telle alliance dans d'autres domaines de recherche, tels que :

- ELIXIR, une organisation intergouvernementale visant à connecter les ressources européennes en sciences de la vie

- la Apache Software Foundation, une vaste communauté de développeurs et d'utilisateurs de logiciels libres

 

Ils ont activement étudié la possibilité d’un mécanisme de coordination capable d’aligner et d’accélérer les efforts visant à comprendre la bio-diversité mondiale. Le résultat a été un consensus sur la création d'une alliance internationale 'légère', ouverte à toutes les institutions et à tous les individus intéressés par l'amélioration de la disponibilité et de la qualité des connaissances sur la biodiversité.

Les participants ont confié au GBIF la tâche de faciliter les prochaines étapes de ce processus et ont identifié plusieurs étapes suivantes:

  1 Faire connaître et promouvoir la vision de cette alliance dans les principales langues auprès du plus grand nombre possible de communautés de parties prenantes. Des forums pertinents permettant à la communauté de poursuivre ses discussions et sa planification devraient être un soutien pour cette tâche.

  2 Commencez un processus pour collecter un ensemble de questions et de cas d'utilisation que nous espérons pouvoir traiter grâce à l'alliance. Collecter également les capacités combinées dont nous avons besoin pour les livrer au cours des cinq à dix prochaines années

  3 Planifier et développer une vue d'ensemble de haut niveau des principales initiatives dans le domaine de l'informatique en matière de biodiversité et des relations entre leurs missions actuelles et leurs programmes de travail

  4 Effectuer une exploration détaillée de la façon d'appliquer des modèles tirés d'Apache Software Foundation et de logiciels open source similaires. Une exploration des initiatives scientifiques ouvertes pour soutenir une planification et une mise en œuvre multipartites ouvertes et équitables sera également nécessaire.

  5 Identifier un ensemble de domaines de collaboration initiaux. Ils devront servir de preuve de concept sur la manière dont un modèle d'incubateur à l'échelle internationale, axé sur la communauté, peut relever des défis communs. Ces défis sont pour développer ou maintenir des composants interopérables des infrastructures de connaissances sur la biodiversité.

«C’est un énorme privilège et très excitant de travailler avec un ensemble si diversifié de parties prenantes et, ensemble, de construire une vision commune pour résoudre un grand nombre de nos défis», a déclaré Donald Hobern, Secrétaire exécutif du GBIF. "Les participants à la GBIFC2 ne représente qu'un petit échantillon de la communauté élargie qui partage notre ambition commune : celle de fournir des connaissances véritablement interconnectées sur la biodiversité afin de répondre aux besoins des chercheurs, des gouvernements, de l'industrie, de la société et des communautés partout dans le monde. Nous esperons construire ensemble une alliance globale qui élargit encore plus loin notre perspective.

 

Pour plus d’information, consulter la page originelle (en anglais) ici

 

 

Les participants au GBIC2 ont exploré des modèles pour un mécanisme de coordination pouvant aligner et accélérer les efforts de compréhension de la biodiversité mondiale. Photo par Eun-Shik Kim.

Le Viet Nam rejoint le GBIF

Le Viet Nam a rejoint le GBIF en tant que participant associé, ce qui porte à 57 le nombre total de pays participant au GBIF.

La signature du protocole d'entente du GBIF par le ministère des Ressources naturelles et de l'Environnement (MONRE) marque la conclusion de plusieurs années d'engagement fructueux avec l'Agence vietnamienne pour la conservation de la nature et de la biodiversité (BCA) concernant la participation au GBIF. En 2016, la BCA a collaboré avec le nœud GBIF japonais dans un projet financé par le Fonds d’information sur la biodiversité pour l’Asie (BIFA) géré par le GBIF pour développer le système de base de données vietnamienne et créer une feuille de route pour la participation au GBIF.

La BCA a également accueilli la réunion régionale asiatique du GBIF de 2017 à Hanoï, démontrant ainsi l'impliquation du pays envers l’engagement et la collaboration du GBIF dans la région.

Tim Hirsch, directeur adjoint et responsable de la participation et de l’engagement du GBIF, a déclaré: «L’entrée officielle du Viet Nam dans le GBIF est la bienvenue. L’amélioration de notre participation en Asie est une priorité majeure et nous espérons que cette mesure encouragera d’autres pays de la région à s’impliquer. »

Dr. Hoang Thi Thanh Nhan, directeur adjoint de la BCA et chef de la délégation du Viet Nam, a déclaré: «Nous sommes ravis de rejoindre l’effort mondial sur l’information sur la biodiversité en tant que membre du GBIF, qui soutient de manière significative la conservation de la biodiversité dans le monde. Le Viet Nam est disposé à coopérer avec tout partenaires pour promouvoir le développement du GBIF. »

En tant que l’un des pays les plus diversifiés sur le plan biologique, le Viet Nam abrite 10% des espèces de mammifères, d’oiseaux et de poissons du monde et 40% des plantes locales ne se trouvent nulle part ailleurs. Selon les évaluations de la Liste rouge de l'UICN, plus de 100 espèces présentes au Viet Nam sont gravement menacées, dont 14 espèces de Camellia qui sont endémiques.

Les utilisateurs de GBIF.org peuvent actuellement accéder à environ 350 000 occurrences d'espèces au Viet Nam provenant de 209 fournisseurs basés dans 33 pays différents.

Les principaux contributeurs aux données sur la biodiversité vietnamienne sont :

- le jeu de données d'observation eBird du Cornell Lab of Ornithology,

- le Muséum national d’histoire naturelle, Paris

- le Missouri Botanical Garden.

 

A eux trois, ils combinent 50% des occurrences d'espèces situés au Viet Nam

 

Avec l’entrée du pays dans le réseau GBIF, ces enregistrements seront complétés par la mobilisation de données provenant des collectes et des activités de suivi au Viet Nam. Des chercheurs associés à des institutions vietnamiennes ont publié cinq articles de revues scientifique citant une utilisation substantielle de données issues par le GBIF.

Plus d’information (en anglais) ici

 

Douc langur à queue rouge (Pygathrix nemaeus) par vanbang via iNaturalist. Photo sous licence CC BY-NC 4.0.

Chacun des jeux de données d'événements d'échantillonnage publiés sur GBIF.org comprend maintenant une liste complète des enquêtes individuelles ou des événements d'échantillonnage qu'il contient.
Une table affichant ces «événements» individuels apparaît sous la carte de jeu de données.
Celle-ci fournit des liens directs vers les aperçus des événements et vers les jeux d'enregistrements d'occurrence qui leur sont connectés. Cet ajout est le premier d'une série d'améliorations par étapes des processus d'indexation des données du GBIF. Cette série permettra d'améliorer l'intégration et l'affichage des données de surveillance écologique sur GBIF.org.

 

Le format d'échantillonnage permet aux écologistes de partager leurs données tout en représentant adéquatement des détails tels que l'effort d'échantillonnage, la présence ou l'absence d'espèces et les attributs de l'abondance. Les chercheurs qui téléchargent ces données peuvent les utiliser pour produire des analyses complexes sur les processus et les changements écologiques à grande échelle. Ensemble, la liste des événements et les prochaines améliorations à venir faciliteront l'exploration, la visualisation et l'utilisation de séries de données chronologiques, d'atlas et d'enquêtes normalisées de qualité supérieure en tant que groupes d'événements d'échantillonnage comparables.

 

Les jeux de données sur les échantillons d'échantillonnage proviennent de milliers de différents études environnementales, écologiques et de ressources naturelles. Les «événements» eux-mêmes peuvent inclure des enquêtes de terrain occasionnelles aux efforts systématiques de surveillance et d'évaluation à long terme.
Ces efforts peuvent concernés (entre autres) : des échantillonnage d'eau douce et d'eau marine, des couverture de plantes et de parcelles végétales, des comptages d'oiseaux et de papillons via les science citoyenne.

 

Exemples de jeux de données d'événements d'échantillonnage :

 

Les données d'échantillonnage d'événements supportent des analyses statistiques plus complexes que ce qui peut être réalisé en utilisant des preuves de type ‘presence-only’ (voir ci-dessous). Des comptages ou des mesures répétés provenant d'enquêtes bien planifiées, et même l'absence d'une espèce particulière d'un échantillon donné, permettent aux utilisateurs de données de comparer plus facilement des données provenant d'époques et de lieux différents. En particulier, les données d'échantillonnage peuvent soutenir des estimations de population, d'abondance et, en particulier, de dynamique de populations. Cela offre non seulement la possibilité de décrire les modèles de la biodiversité, mais aussi les processus écologiques et les changements globaux.

 

Pour en savoir plus: Introduction aux données d'événements d'échantillonnage

 

Le GBIF, ses partenaires dans le projet EU BON et d'autres acteurs ont développé l'extension Event Core au standard Darwin Core. Cela permet le partage de telles données par et avec des chercheurs écologiques mondialement. Depuis que le support des jeux de données d'événements d'échantillonnage a été introduit en 2015, un nombre croissant d'éditeurs de données ont adopté le format pour le partage de leurs données.

 

Les partenaire clés du réseaux GBIF ont également adopté le standard de données Event Core. Le Système d'information biogéographique sur l'océan, plus connu sous le nom d'OBIS, en fait la promotion conjointement à l'extension des mesures et des faits qu'ils ont développée. Dans le même temps, GEO BON encourage l'utilisation de jeux de données d'événements d'échantillonnage pour mobiliser les données d'enquête de haute qualité. Ces données sont nécessaires pour soutenir les variables de la biodiversité essentielles EBVs.

 

Importance de l'étape

 

Chacun des d'enregistrements d'occurrences publiés à travers le réseau GBIF (plus d'un milliard) offre la preuve de la présence d'un organisme spécifique à un moment et à un endroit donnés. La relative facilité de publier des données ‘presence-only’ a permis une collaboration entre les institutions et les individus partageant des données d'une ampleur et d'une valeur sans précédent pour la science et la société. La présentation de ces preuves de façon standardisée, quelle que soit leur origine ou comment et où elles ont été recueillies, a permis aux chercheurs de mieux comprendre la répartition des espèces. Cela a aussi permit une meilleur compréhension des rôles de l'environnement, du climat, de l'utilisation des terres et de nombreux autres facteurs dans des modèles structuré de biodiversité.

 

De nombreux jeux de données qui contribuent au GBIF proviennent de ce type d'activité. Jusqu'à récemment le GBIF n'offrait pas aux chercheurs les outils pour partager les éléments nécessaires pour représenter les événements d'échantillonnage individuels. Ces éléments essentiel étant des références aux méthodes et protocoles utilisés. Les outils manque également pour documenter les l'abondance de chaque espèce dans ces échantillons ou, le cas échéant, l'absence d'une espèce d'intérêt d'un échantillon.

 

À l'heure actuelle, les pages d'événements individuels n'incluent pas d'informations sur les espèces qui étaient absentes d'un événement d'échantillonnage donné, et il se peut qu'elles ne montrent pas encore toute la plage de dates de l'événement. Au cours des prochains mois, le GBIF s'attaquera à ces restrictions et indiquera également les dénombrements ou les mesures d'abondance au lieu du nombre de mentions d'occurrence pour chaque espèce. Une fois la série complète d'améliorations mise en place, le GBIF prévoyons de préparer des aperçus et des visualisations supplémentaires pour les événements d'échantillonnage de chaque ensemble de données. De plus, il prévoit de créer également des outils pour explorer les événements de différents jeux de données utilisant les mêmes protocoles d'enquête.

 

Le GBIF accueille les commentaires des utilisateurs et des éditeurs sur ces changements ainsi que des recommandations sur la meilleure façon d'améliorer l'accès aux données sur les événements d'échantillonnage au sein du site GBIF.org. Il encourage toutes les communautés de recherche concernées à adopter cette approche et à rendre leurs données aussi accessibles que possible pour la communauté scientifique dans son ensemble.

 

Si vous avez besoin d'aide ou souhaitez en savoir plus sur le partage de données d'événements d'échantillonnage, n'hésitez pas à contacter helpdesk@gbif.org .

 

Pour plus d'informations, consulter la page originale (en anglais) ici

 

 

Liste des événements des jeux de données d'échantillonnage, espèces démersales et pélagiques de poissons et calmars du plateau patagonien

Mosquito Alert, un projet de science citoyenne coordonné par trois centres de recherche basés à Barcelone, a publié un jeu de données contenant plus de 4 000 observations photographiques du moustique tigre asiatique (Aedes albopictus) rassemblées par des citoyens via l'application Mosquito Alert.

 

Mosquito Alert vise à surveiller la propagation à la fois du moustique tigre asiatique et d'une espèce étroitement apparentée, le moustique de la fièvre jaune (Aedes aegypti). Ensemble, ces moustiques sont responsables de la transmission de plusieurs virus pathogènes qui menacent les communautés humaines à travers le monde, notamment le Zika, la dengue et le chikungunya.

 

Cette première publication de jeu de données Mosquito Alert augmente de plus de 10 000% le nombre d'enregistrements de moustiques tigres en Espagne. Les enregistrements d'occurrences comme ceux-ci permettent de combler une lacune dans la couverture taxonomique des données issues du GBIF. Cela devrait améliorer la qualité des analyses scientifiques et des interventions menées à la fois par les chercheurs et les responsables de la santé publique. L'augmentation de la couverture des données permettra également aux chercheurs de tirer parti d'un nombre croissant de cas d'études issus de la recherche , à la fois liées aux moustiques (ci-dessous) et aux questions plus générales sur la biodiversité et à la santé humaine.

 

Mosquito Alert est un projet coopératif à but non lucratif coordonné par différents centres de recherche publics :

  • le Centre de recherche écologique et d'implantation forestière (CREAF),
  • le Centre d'études avancées Blanes (CEAB-CSIC)
  • l'Institution catalane de recherche et d'Études avancée (ICREA),

 

 avec un cofinancement de la Fondation «la Caixa».

 

L'application Mosquito Alert permet aux citoyens d'enregistrer des observations de potentiels moustiques tigres, de moustiques de la fièvre jaune et de leurs sites de reproduction en partageant une image dans cette application. Une fois les photos partagées, une équipe d'experts entomologistes peut valider les observations et collecter la position GPS avec d'autres informations détaillées. Les résultats de la validation sont directement envoyés aux participants et les enregistrements vérifiés sont publiés et comparés en ligne, ceci afin que les contributeurs de données et les utilisateurs puissent trouver et exporter des observations de projets datant de 2014. Bien que la quasi-totalité des observations proviennent d'Espagne, certaines contributions venant d'aussi loin que Fidji et Hong-Kong ont également été validées.

 

Les données hébergées par GBIF Spain et partagées via le GBIF ont été placées dans le domaine public sous une licence Creative Commons CC0 entièrement ouverte, ce qui les libère de toute restriction d’utilisation. Les photos associées à des enregistrements individuels sont facilement disponibles sous une licence d'attribution Creative Commons (CC BY), ce qui permet leur réutilisation à condition de créditer Mosquito Alert comme source.

 

Les informations générées par le projet complètent un effort scientifique intensif : aider les autorités de santé publique à contrôler la propagation du moustique tigre asiatique dans les communautés humaines. Mosquito Alert a également joué un rôle essentiel dans la création du Global Mosquito Alert Consortium (GMAC). Cette collaboration menée par le Centre international Woodrow Wilson pour les chercheurs, l’Association des citoyens européens (ECSA) et le Programme des Nations Unies pour l’environnement (UN Environment) visent à accroître l’utilisation de la science citoyenne pour la surveillance coordonnée des vecteurs de moustiques. Elle est aidée dans cette tâche par des partenaires (dont le GBIF).

 

Utilisations de données issue du GBIF dans la recherche sur les moustiques :

  • Ding F, Fu J, Jiang D, Hao M & Lin G (2018) Mapping the spatial distribution of Aedes aegypti and Aedes albopictus. Acta Tropica 178: 155-162. https://doi.org/10.1016/j.actatropica.2017.11.020
  • Shabani F, Shafapour Tehrany M, Solhjouy-fard S, Kumar L (2018) A comparative modeling study on non-climatic and climatic risk assessment on Asian Tiger Mosquito (Aedes albopictus) PeerJ6: e4474 https://doi.org/10.7717/peerj.4474
  • Walsh MG & Webb C (2018) Hydrological features and the ecological niches of mammalian hosts delineate elevated risk for Ross River virus epidemics in anthropogenic landscapes in Australia. Parasites & Vectors 11: 192. https://doi.org/10.1186/s13071-018-2776-x
  • Alaniz AJ, Bacigalupo A & Cattan PE (2017) Spatial quantification of the world population potentially exposed to Zika virus. International Journal of Epidemiology 46(3): 966-975. https://doi.org/10.1093/ije/dyw366
  • González-Salazar C, Stephens CR & Sánchez-Cordero V (2017) Predicting the Potential Role of Non-human Hosts in Zika Virus Maintenance. EcoHealth 14(1): 171–177. https://doi.org/10.1007/s10393-017-1206-4
  • Longbottom J, Browne AJ, Pigott DM et al. (2017) Mapping the spatial distribution of the Japanese encephalitis vector, Culex tritaeniorhynchus Giles, 1901 (Diptera: Culicidae) within areas of Japanese encephalitis risk. Parasites & Vectors 10(1): 148. https://doi.org/10.1186/s13071-017-2086-8
  • Padilla O, Rosas P, Moreno W & Toulkeridis T (2017) Modeling of the ecological niches of the anopheles spp in Ecuador by the use of geo-informatic tools. Spatial and Spatio-temporal Epidemiology 21: 1-11. https://doi.org/10.1016/j.sste.2016.12.001
  • Talaga S, Leroy C, Guidez A, Dusfour I, Girod R, Dejean A, et al. (2017) DNA reference libraries of French Guianese mosquitoes for barcoding and metabarcoding. PLoS ONE 12(6): e0176993. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0176993
  • Talaga S, Dejean A, Mouza C, Dumont Y & Leroy C (2017) Larval interference competition between the native Neotropical mosquito Limatus durhamii and the invasive Aedes aegypti improves the fitness of both species. Insect Science. https://doi.org/10.1111/1744-7917.12480
  • Alimi TO, Fuller DO, Herrera SV et al. (2016) A multi-criteria decision analysis approach to assessing malaria risk in northern South America. BMC Public Health 16(1). https://doi.org/10.1186/s12889-016-2902-7
  • Carlson CJ, Dougherty ER & Getz W (2016) An Ecological Assessment of the Pandemic Threat of Zika Virus. PLoS Neglected Tropical Diseases 10(8): e0004968. https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0004968
  • Escobar LE, Qiao H & Peterson AT (2016) Forecasting Chikungunya spread in the Americas via data-driven empirical approaches. Parasites & Vectors 9(1). https://doi.org/10.1186/s13071-016-1403-y
  • Moyes CL, Shearer FM, Huang Z et al. (2016) Predicting the geographical distributions of the macaque hosts and mosquito vectors of Plasmodium knowlesi malaria in forested and non-forested areas. Parasites & Vectors 9(1). https://doi.org/10.1186/s13071-016-1527-0
  • Samy AM, Elaagip AH, Kenawy MA et al. (2016) Climate Change Influences on the Global Potential Distribution of the Mosquito Culex quinquefasciatus, Vector of West Nile Virus and Lymphatic Filariasis. PLoS ONE 11(10): e0163863. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0163863
  • Alimi TO, Fuller DO, Qualls WA et al. (2015) Predicting potential ranges of primary malaria vectors and malaria in northern South America based on projected changes in climate, land cover and human population. Parasites & Vectors 8(1). https://doi.org/10.1186/s13071-015-1033-9
  • Gwitira I, Murwira A, Zengeya FM, Masocha M & Mutambu S (2015) Modelled habitat suitability of a malaria causing vector (Anopheles arabiensis) relates well with human malaria incidences in Zimbabwe. Applied Geography 60: 130–138. https://doi.org/10.1016/j.apgeog.2015.03.010
  • Kraemer MU, Sinka ME, Duda KA et al. (2015) The global distribution of the arbovirus vectors Aedes aegypti and Ae. albopictus. eLife 4. https://doi.org/10.7554/eLife.08347
  • Moraga P, Cano J, Baggaley RF et al. (2015) Modelling the distribution and transmission intensity of lymphatic filariasis in sub-Saharan Africa prior to scaling up interventions: integrated use of geostatistical and mathematical modelling. Parasites & Vectors 8(1). https://doi.org/10.1186/s13071-015-1166-x
  • Capinha C, Rocha J & Sousa CA (2014) Macroclimate Determines the Global Range Limit of Aedes aegypti. EcoHealth 11(3): 420-428. https://doi.org/10.1007/s10393-014-0918-y
  • Hill MP, Axford JK & Hoffmann AA (2014) Predicting the spread of Aedes albopictus in Australia under current and future climates: Multiple approaches and datasets to incorporate potential evolutionary divergence. Austral Ecology 39: 469–478. https://doi.org/10.1111/aec.12105
  • Pigott DM, Golding N, Mylne A et al. (2014) Mapping the zoonotic niche of Ebola virus disease in Africa. eLife 3: e04395 https://doi.org/10.7554/eLife.04395
  • Senay SD, Worner SP, Ikeda T (2013) Novel Three-Step Pseudo-Absence Selection Technique for Improved Species Distribution Modelling. PLoS ONE 8(8): e71218. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0071218
  • Fuller DO, Ahumada ML, Quiñones ML, Herrera S and Beier JC (2012) Near-present and future distribution of Anopheles albimanus in Mesoamerica and the Caribbean Basin modeled with climate and topographic data. International Journal of Health Geographics 11(1): 13. https://doi.org/10.1186/1476-072X-11-13
  • Porretta D, Mastrantonio V, Bellini R, Somboon P & Urbanelli S (2012) Glacial History of a Modern Invader: Phylogeography and Species Distribution Modelling of the Asian Tiger Mosquito Aedes albopictus. PLoS ONE 7(9): e44515. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0044515
  • Kulkarni MA, Desrochers RE and Kerr JT (2010) High Resolution Niche Models of Malaria Vectors in Northern Tanzania: A New Capacity to Predict Malaria Risk? PLoS ONE 5(2): e9396. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0009396
  • Pfeffer M & Dobler G (2010) Emergence of zoonotic arboviruses by animal trade and migration. Parasites & Vectors 3: 35 https://doi.org/10.1186/1756-3305-3-35

 

L'actualité originale (en anglais) ici

 

Moustique tigre asiatique (Aedes albopictus), observé au nord-est de Barcelone en juin 2017. Photo Mosquito Alert sous licence CC BY 4.0.

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