Lundi 27 Janvier 2020

GBIF

Le Musée des Confluences, partenaire du GBIF depuis octobre 2017, a récemment mis en ligne trois jeux de données provenant de ses collections naturalistes : les Rhopalocères de Martinique, les Nymphalidae Ithomiinae et une collection de Cirripèdes.

Ces jeux de données représentent un total de plus de 1700 données sur la biodiversité librement accessibles en ligne.

 

Ces nouvelles données sur les Invertébrés seront également accessibles sur le portail français du GBIF très prochainement.

 

Pour plus d'informations, vous pouvez consulter la page dédiée au Musée des Confluences sur le site du GBIF.

Au nom du réseau des participants nationaux, le Secrétariat du GBIF a le plaisir de lancer l'appel à candidature pour le Young Researchers Award 2018 (prix des jeunes chercheurs). Ce programme annuel vise à favoriser la recherche et la découverte innovantes en informatique, sur la biodiversité par des étudiants diplômés dont les études de masters et de doctorat reposent sur des données médiatisées par le GBIF.

 

Le programme 2018 offrira 5000€ comme prix, marquant la reconnaissance du travail de deux étudiants diplômés (de préférence), un candidat effectuant un Master et un autre candidat qui passe un doctorat. Ces deux étudiants seront nommés par les pays participants GBIF.

 

Les lauréats seront sélectionnés parmi le groupe de candidats dont les noms seront reçus par le Secrétariat du GBIF avant le 15 juin 2018. Les gagnants seront annoncés juste avant la 25ème réunion du Conseil d'administration du GBIF, qui se tiendra à Kilkenny, Irlande, en octobre 2018.

 

Eligibilité

Les candidats doivent être inscrits à un programme d'études supérieures pour être admissibles. Ils doivent être, soit des citoyens d'un pays participant du GBIF, soit des étudiants d'un établissement situé dans un pays participant du GBIF. La nomination peut provenir du pays de citoyenneté ou du pays de l'institution d'accueil du candidat.

 

Processus de soumission et délais

Les étudiants qui demandent une nomination doivent s'adresser au chef de délégation d'un pays votant ou associé au GBIF (voir la liste complète). Les participants nationaux sont responsables des délais et processus de réception et de traitement des candidatures qu'ils établissent. En conséquence, les étudiants des cycles supérieurs qui demandent une nomination peuvent consulter les sites Web de leurs point nodal (au GBIF) ou contacter directement le chef de délégation ou le gestionnaire de nœud.

 

Les propositions des étudiants sont d'abord examinées et priorisées au niveau national. Les nœuds nationaux du GBIF sont encouragés à travailler en étroite collaboration avec les communautés académiques et les établissements d'enseignement supérieur dans leurs pays et toucher aux programmes universitaires et groupes de recherche pertinents.

 

Les chefs des délégations nationales peuvent soumettre un maximum de deux candidatures au Secrétariat du GBIFà youngresearchersaward@GBIF.org.

 

La date limite de soumission est le 15 juin 2018.

 

Les chefs des délégations doivent s'assurer que les soumissions sont complètes et inclure tous les éléments énumérés ci-dessous. Les soumissions de propositions incomplètes ne seront pas considérées.

 

Elements nécessaires pour une proposition

Les candidats doivent préparer leurs propositions et leurs dossiers de candidature de telle sorte que les éléments cités ci-dessous soient inclus dedans :

  • un résumé de la recherche (200 mots)
  • une description du projet (maximum 5 pages, Arial 12 points) qui décrit
    • le besoin de la recherche et la(es) question(s) qu'elle aborde.
    • le rôle des données accessibles via le GBIF pour répondre à ces questions. Les propositions de recherche doivent clairement démontrer comment l'étude intègre les données mobilisées à travers le GBIF. Les étudiants ayant des questions sur les données accessible via le GBIF devraient travailler avec les conseillers académiques, leur nœud national GBIF, le Secrétariat du GBIF ou les membres du Comité scientifique pour améliorer la compréhension de ces données.
    • la portée de la recherche, le plan, les méthodologies, les références bibliographiques pertinentes et le calendrier.
    • le cas échéant, une description ou un extrait d'un plan de gestion des données décrivant comment les données relatives à la recherche sont publiées ou seront préparées pour publication à travers le réseau GBIF.
  • Budget (1 page), détaillé et justifié. REMARQUE: les éléments rentrant dans le budget sont limités aux frais d'inscription, à l'équipement essentiel, aux fournitures (matériel et logiciel, par exemple) et aux déplacements; l'aide salariale n'est pas permise.
  • Curriculum vitae du candidat étudiant, y compris les informations complètes de contact de l'institution d'origine.
  • Documents d'appui :
    • Une lettre officielle du mentor/superviseur de l'étudiant dans la faculté certifiant que le candidat est un étudiant en règle dans le programme d'études supérieures de l'université.
    • Au moins une, et pas plus de trois, lettres d'appui de chercheurs établis, actifs dans un domaine qui englobe et intègre l'informatique dans la biodiversité (ex : Génétique, composition et caractères des espèces, biogéographie, écologie, systématique, etc.)

 

Processus de sélection et critères

Le Comité scientifique du GBIF examinera les candidatures et sélectionnera les lauréats des Young Researchers Awards en septembre 2018. Les lauréats seront annoncés lors de la 25ème réunion du Conseil d'administration du GBIF en Irlande le mois suivant.

 

Les critères pour les récompenses incluent:

  • l'originalité et l'innovation
  • l'utilisation et l'importance stratégique de données accessibles via le GBIF
  • l'efficacité mesurable et son impact sur l'avancement de l'informatique dans la biodiversité et / ou la conservation de la diversité biologique
  •  
  • Les propositions qui ne sont pas sélectionnées peuvent être mises à jour et soumises à nouveau pour examen dans les années suivantes.

 

Les lauréats sont supposés reconnaître le soutien du GBIF lors de la diffusion des résultats de leurs recherches par le biais de publications évaluées par des pairs, de présentations lors de réunions professionnelles et via d'autres médias.

 

Voir l'article original (en anglais) ici

 

Plus d'information concernant le GBIF Young Researchers Award (en anglais) ici

 

 

Lézard de la clôture de l'Ouest (Sceloporus occidentalis). Photo de Sonja Braden via les observations de qualité de recherche iNaturalist, sous licence CC BY-NC 4.0.

Challenge GBIF Ebbe Nielsen 2018

Êtes-vous un champion des données ouvertes ?

 
Le Challenge Ebbe Nielsen est un concours annuel visant à inciter les utilisations novatrices et l’ajout d’applications liées à l'infrastructure ouverte de recherche sur la biodiversité soutenue par le GBIF, le Système mondial d'information sur la biodiversité.
 
Ces applications innovantes des données issues du GBIF peuvent prendre diverses formes et formats, par exemple : nouvelles recherches analytiques, représentations visuelles plus complètes pour les prises de décision politiques, applications Web et mobiles, améliorations des processus de numérisation qualité et accessibilité des données, et bien plus encore.
 
Le Challenge 2018 récompensera des avancées dans le domaine de la science ouverte, concernant des outils et des techniques qui améliorent l'accès, l'utilité ou la qualité des données issues du GBIF. La récompense s’élèvera à 34 000€.
Dans le cadre de cet appel ouvert, les soumissions peuvent s'appuyer sur des outils et fonctionnalités existants, tels que les API GBIF, l’IPT (Integrated Publishing Toolkit), le validateur de données, l’outil d’occurrences d'espèces relatives ou développer de nouvelles applications, méthodes, workflows ou analyses.
 
Les propositions gagnantes étendront et augmenteront l'utilité, l'ouverture et la visibilité des données issues du GBIF pour les groupes d'acteurs identifiés. Chaque soumission devra démontrer les avantages qu’elle apporte pour au moins trois des groupes suivants: chercheurs, décideurs, éducateurs, étudiants et sciences participatives.
 
Les gagnants seront annoncés lors de la 25ème réunion du Conseil d'administration du GBIF, à Kilkenny, en Irlande, en octobre 2018.
 

Pré-requis 

 
Les participants doivent s'assurer que leurs soumissions sont facilement accessibles via Internet pour les membres du jury du Challenge et le personnel du Secrétariat du GBIF. 
Si cette condition est remplie, les participants sont invités à documenter et présenter leurs propositions via l’un des référentiels ou site web suivant : GitHub, Dryad, FigShare, Open Science Framework, Jupyter Notebook, etc.
Quel que soit le format, les participants doivent également fournir des informations et métadonnées à propos des participations. Cela inclut le nom des participations, les membres de l'équipe contribuant au Challenge, la description, les instructions d'utilisation, les motivations de l'équipe et leur emplacement source.
 
En encourageant les participants à utiliser des outils avec lesquels ils sont à l'aise, nous espérons que toute personne qui soumettra sa présentation pourra se concentrer sur des questions essentielles (quoi, pourquoi, comment) plutôt que sur l'endroit où elle sera hébergée. Les questions essentielles étant : Qu’est ce qui constitue la soumission ? Pourquoi  est-elle importante pour la communauté du GBIF ou les communautés qu’elle est censée servir ? Comment fonctionne-t-elle ?
 

Que devrais-je soumettre ?

 
Les participations peuvent être des outils tels que des sites Web, des applications autonomes ou mobiles ou des résultats d'analyses. Elles peuvent également constituer des améliorations procédurales, notamment pour l'analyse ou la visualisation de données, les flux de données, le téléchargement ou les annotations. Si la soumission est le résultat d'une analyse, l'analyse doit être répétable, et inclure suffisamment de détails pour pouvoir effectuer sa répétition.
 
Les champs obligatoires dans le formulaire d'inscription doivent comporter :
 
Le nom de la soumission / le titre
Les noms et affiliations des membres de l'équipe
Un résumé avec une brève description en anglais d'environ 200 mots
Une documentation précise de la soumission
Une vidéo d'introduction, des captures d'écran et / ou autres éléments visuels qui illustrent ou décrivent la soumission
 
Les soumissions basées en grande partie ou entièrement sur des travaux déjà publiés ne sont pas considérées comme des participations admissibles.
 

Egibilité

 
Le Challenge est ouvert aux individus, aux équipes de particuliers, aux entreprises (et à leurs employés), ainsi qu'aux agences gouvernementales (et à leurs employés). Les personnes faisant partie d’une équipe doivent sélectionner un délégué qui représentera et agira au nom de l’équipe. Ce représentant servira de point de contact principal entre l'équipe et le GBIF pour assumer tous les droits et responsabilités concernant le Challenge. Si une participation provenant d’une équipe est sélectionnée comme gagnante, le GBIF versera l'intégralité du prix au représentant de celle-ci. A la charge du représentant de distribuer ensuite l'argent du prix aux autres membres de l'équipe.
 
Sont exclus du Challenge :
 
Les membres du Secrétariat du GBIF
Les particuliers actuellement sous contrat externe délivré par le Secrétariat du GBIF
Les membres du comité scientifique du GBIF
Les chefs de délégation au GBIF
 

Date limite pour les soumissions

 
Les personnes ou équipes intéressées peuvent soumettre leur(s) contribution(s) à partir du 9 mai 2018 via la page de soumission du challenge Ebbe Nielsen
 
Les inscriptions doivent être reçues au plus tard le mercredi 5 septembre 2018 à 16h00 (heure Paris)
 

Critères

 
Un jury composé d'experts des domaines scientifiques, informatiques et technologiques pertinents évaluera les soumissions en fonction des critères suivants:
 
Ouverture et réitération : les éléments constitutifs de la soumission, comme le code et le contenu, sont-ils librement disponibles et transparents ? Ont-ils les autorisations adéquates ?
Applicabilité : La soumission a-t-elle une pertinence et une portée suffisantes pour que les communautés du GBIF puissent l’utiliser ou la mettre en place ?
 Nouveauté : Une partie significative de la soumission a-t-elle été développée spécifiquement pour le challenge ? 
 

Contexte

 
Le Challenge Ebbe Nielsen honore la mémoire du Dr. Ebbe Schmidt Nielsen, un leader inspirant dans les domaines de la biosystématique et de l'informatique sur la biodiversité. Il fut l'un des principaux fondateurs du GBIF, et est mort tragiquement juste avant la naissance de celui-ci.
 

Sponsor

 
Le Challenge 2018 est financé en partie grâce au soutien du Conseil suédois de la recherche.
 
Plus d’information (en anglais) : ici
Le CESAB (CEntre de Synthèse et d'Analyse sur la Biodiversité) organise un séminaire à Paris, à l'amphithéatre de l'INRA (147 Rue de l’université), le 11 avril, en anglais de 13h à 17h.
 
Ce séminaire est l'occasion de réfléchir à la manière dont nous développons les bases de données et les connaissances nécessaires pour comprendre notre planète. Les présentations, suivies d'une table ronde, examineront: 
- comment l'entreprise scientifique évolue et comment les données «anciennes» et «nouvelles» sont essentielles pour améliorer nos connaissances; 
- comment les données sont intégrées globalement et à travers les disciplines scientifiques pour comprendre et soutenir les écosystèmes de notre planète;
- comment les approches novatrices des technologies de l'information aident à créer une nouvelle compréhension de la biodiversité de la Terre;
- comment nous transformons la biodiversité et les mesures écologiques en information pouvant être exploitée par les scientifiques, les gestionnaires de ressources et les décideurs.
 
Les discussions porteront sur la façon dont la science évolue, sur les nouvelles initiatives de recherche et de données internationales et sur la meilleure façon d'identifier, de collecter et de partager des données pouvant être rapidement assimilées et utilisées pour comprendre et sauver notre planète.
 
Seront présent : Bill Michener (DataONE), Simon Hodson (CoData), Donald Hobern (GBIF) et Dirk Schmeller (UFZ).
 
Le séminaire se déroulera exclusivment en anglais !
 
 
Inscription pour cet événement : ici.
 
Plus d’information (en français): ici
 

Les listes officielles  d'espèces introduites et envahissantes connues de  20 pays sont maintenant librement accessibles via le GBIF.org. Cela constitue la première phase de ce qui sera une ressource d'information complète pour soutenir des actions contre l'une des menaces les plus importantes pour la biodiversité.

La publication de 23 listes modèles du Global Register of Introduced and Invasive Species (GRIIS), comprenant 20 listes nationales et trois listes infranationales d'îles, est le fruit d'une collaboration de longue date entre le GBIF et le IUCN Invasive Species Specialist Group (ISSG).

Les listes vérifiées pour 198 pays, y compris les territoires d'outre-mer de l'Union européenne, devraient être disponibles d'ici fin-2018.

La méthodologie derrière la compilation et la conservation des listes, utilisant une équipe de «rédacteurs nationaux», est détaillée dans un article publié dans la revue "Scientific Data", co-écrit par le personnel de l'ISSG, de l'Université de Monash et du Secrétariat du GBIF.

Chaque liste est formatée selon les standards Darwin Core (DwC), avec des espèces associés au référentiel taxonomique GBIF pour permettre son intégration avec d'autres données pertinentes partagées via le GBIF.org. Cela permettra au GBIF de reconnaître et d'étiqueter les enregistrements d'occurrence d'espèces considérées comme non indigènes dans les pays d'occurrence. Cela permettra potentiellement, à l'avenir, de mettre en avant de nouvelles preuves pour appuyer des changements aux listes d'espèces nationales.

L'élaboration des listes de référence GRIIS fait partie d'une collaboration plus large organisée par la Convention on Biological Diversity (CDB). Cela au travers du Global Invasive Alien Species Information Partnership (GIASIP). Les futurs plans comprennent un lien vers les listes de référence nationales à partir des informations nationales incluses dans le Mécanisme de centre d'échange de la CDB (CHM).

L'auteur principal de la publication, Shyama Pagad de l'ISSG, a noté: "Un des points importants de cette initiative est la participation de réseaux d'éditeurs nationaux qui sont les gardiens des listes de référence de leur pays."

Piero Genovesi, président de l'ISSG et co-auteur du document, a commenté: "GRIIS fournit des informations crédibles, faisant autorité et révisées par des pairs sur les espèces envahissantes, ce qui est essentiel pour éclairer la prise de décision efficace."

Un autre co-auteur, Melodie McGeoch, de l'École des sciences biologiques de l'Université Monash en Australie, a ajouté: "Le commerce et le transport transfrontaliers sont le principal moteur de l'introduction de nouvelles espèces, et connaître la localisation des espèces est essentielles pour évaluer le risque pour la biodiversité et les écosystèmes. Le nouveau registre est un grand pas en avant dans la transmission de l'information nécessaire pour traiter efficacement du problème des invasions biologiques."

La publication des listes GRIIS sur GBIF.org répond à l'une des recommandations formulées par un groupe de travail d'experts du GBIF. Celui-ci a examiné l'adéquation à l'usage des données issues du GBIF dans les recherches sur les espèces envahissantes (groupe présidé par le Dr. McGeoch). Il propose des options afin que le GBIF.org propose des informations plus enrichies à l'avenir sur les espèces envahissantes. Cela se traduit par l'établissement de liens entre des listes de référence et des informations sur les occurrences, cela grâce à des programmes de suivi en cours, des résumés au niveau des espèces et les pages pays (sur le site du gbif.org).

Dmitry Schigel, directeur scientifique du Secrétariat du GBIF, également co-auteur de la publication dans "Scientific Data", a ajouté: "Nous savons que de nombreux chercheurs se tournent vers le GBIF pour accéder aux données sur les espèces exotiques envahissantes et le risque qu'elles représentent pour la biodiversité. Ce développement passionnant ouvre de nouvelles possibilités pour combiner des connaissances d'experts avec la richesse des preuves rassemblées à partir des collections, des observations et des données de surveillance librement partagées par les partenaires du GBIF à travers le monde."

Documents :

Site internet - Groupe spécialiste pour les espèces envahissante dans l'UICN (ISSG) : http://www.issg.org/

Editeurs de données dans le GBIF - Groupe ISSG de spécialistes des espèces invasives : https://www.gbif.org/publisher/cdef28b1-db4e-4c58-aa71-3c5238c2d0b5

Données scientifiques - Introduction au registre mondial des espèces introduites et envahissantes : http://nature.com/articles/doi:10.1038/sdata.2017.202
 

 

La fourmi Trichomyrmex destructor est l'une des 135 espèces répertoriées sur la liste de référence GRIIS des espèces introduites et envahissantes pour l'île yéménite de Socotra. Photo par Zach Lieberman de AntWeb.org, sous licence via CC BY-SA 4.0.

Revenir en haut