Samedi 17 Août 2019

GBIF

IDigBio, qui coordonne des projets de numérisation de collections d'histoire naturelle aux États-Unis grâce au financement de la National Science Foundation, est devenu le dernier participant non-pays du réseau GBIF.

Officiellement connu sous le nom de "Integrated Digitized Biocollections" et basé au Muséum d'Histoire Naturelle de Floride, iDigBio est le résultat d'une collaboration entre l'Université de Floride et l'Université d'Etat de la Floride et sert de ressource centrale au programme "Advancing Digitization of Biodiversity Collections". Les efforts de iDigBio permettent de rendre les données sur les spécimens biologiques et paléontologiques des collections de recherche américaines accessibles en ligne de façon libre et gratuite, améliorant ainsi la recherche et la sensibilisation auprès des scientifiques, des chercheurs, des étudiants, des éducateurs et des autres communautés utilisatrices de données pour le bénéfice de tous les secteurs de la société.

«L'approfondissement de nos relations avec le GBIF augmentera considérablement la portée et la documentation des données sur la biodiversité», a déclaré Larry Page, directeur d'iDigBio. «Nous espérons que l'adhésion au GBIF en tant que participant entraînera une progression dans la recherche environnementale et dans la prise de décisions liées à la perte d'habitat, au changement climatique et aux autres facteurs ayant une incidence sur la biodiversité».

En plus de promouvoir l'utilisation des données de collection par la communauté scientifique et les décisionnaires, iDigBio développe et partage également des normes de numérisation, des flux de travail et des bonnes pratiques. Ces efforts s'appuient sur les propres réseaux de collections thématiques d'iDigBio pour connecter les institutions américaines, afin de numériser les spécimens et d'intégrer les ressources de biocollections et leurs outils, et de soutenir une participation croissante des partenaires de collections dans le monde entier. La série en cours de webinars Darwin Core Hour, par exemple, fournit aux détenteurs de données des compétences pratiques et des approches pour rendre les données sur la biodiversité plus accessibles, interopérables et réutilisables dans de nombreux domaines de recherche.

"IDigBio est important pour le réseau GBIF, pas seulement comme agrégateur national pour la numérisation des collections d'histoire naturelle, mais aussi comme partenaire clé partageant ses ressources de connaissances à l'international", a déclaré Donald Hobern, Directeur du Secrétariat du GBIF. «L'accent mis sur le développement de la formation et des normes contribue énormément à l'établissement des données intégrées et interconnectées nécessaires à la création d'une collection virtuelle d'histoire naturelle pour le XXIe siècle».

 

Plus d'informations ici (en anglais)

Détail du spécimen d'indigo sauvage pineland (Baptisia lecontei) de l'Herbier de l'Université de la Floride du Sud, numérisé et hébergé par iDigBio.

 

La Revue Scientifique (Science Review) 2017 a été mise en ligne sur le site www.gbif.org. Cette publication annuelle rassemble les articles scientifiques publiés en 2017 et utilisant des données sur la biodiversité découvertes via le réseau GBIF.

Il est possible d'obtenir des exemplaires imprimés ou une version haute résolution du fichier pdf en en faisant la demande à l'adresse communication@gbif.org

Vous trouverez également la Revue Scientifique sous l'onglet "Ressources > Documentation" de notre site.

Le site web GBIF.org fait peau neuve !

Le nouveau site GBIF.org a été officiellement lancé aujourd'hui : accessible en version "demo" depuis quelques semaines, il est désormais l'unique point d'accès aux données (plus de 796 millions à ce jour), documents, outils et informations partagés dans le réseau GBIF.

 

Les URL de ce nouveau site ont une structure légèrement différente par rapport à l'ancienne version ; la grande majorité des plus de 2000 URL de l'ancien site redirigent vers les nouvelles pages, mais n'hésitez pas à utiliser la fonction "recherche" ou à contacter l'équipe du GBIF via le bouton Feedback (en haut à droite de chaque page) si vous ne trouvez pas une page en particulier.

 

L'ancien site web du GBIF est toujours accessible à l'adresse www-old.gbif.org mais il n'est plus mis à jour.

 

Plus d'informations sur cette page (en anglais).

 

Bonne exploration !

Du 22 au 23 juin 2017, des membres du Secrétariat du GBIF ont rejoint les partenaires du réseau et les représentants des nouveaux projets financés par le programme BID  (Biodiversity Information for Development ou Information pour le Développement de la Biodiversité) de la région des Caraïbes, pour un atelier de deux jours à l'Université des Antilles à Saint-Augustin, Trinité-et-Tobago.

Le rassemblement a permis aux participants de développer le travail réalisé au cours des deux jours précédents durant l'atelier de renforcement des capacités de BID Caribbean réunissant de nouveaux bénéficiaires, une équipe internationale de formateurs et de mentors du réseau GBIF et du personnel du Secrétariat. Le hashtag Twitter #GBIFBID a permis aux personnes intéressées de suivre les événements à distance.

L'atelier couvre les sujets suivants:

    - Besoins et options proposées pour organiser l'information sur la biodiversité dans les Caraïbes
    - Développement des capacités en s'appuyant sur les réseaux existants, notamment BIOPAMA et GBIF Amérique latine
    - Options régionales pour l'accès aux données en ligne et le développement de portail(s)
    - Construire une feuille de route pour améliorer l'information sur la biodiversité dans les Caraïbes

Les participants ont également pu voir des présentations sur les huit projets financés récemment par le programme BID Caribbean.

Plus d'informations sur cette page (en anglais)

Crédit : Marie-Elise Lecoq, sous licence CC BY.

Challenge Ebbe-Nielsen 2017 du GBIF

Le GBIF Ebbe Nielsen Challenge 2017 décernera des prix pour un total de 14 000€  aux développeurs et scientifiques créant des outils pour améliorer l'accessibilité et l'interopérabilité des données de biodiversité disponibles dans les entrepôts de données libres, permettant ainsi de plus vastes explorations scientifiques et réutilisations de celles-ci.

Le Challenge repose sur l'adoption croissante de stratégies open data par les journaux scientifiques et les organismes de financement de la recherche. Afin de respecter ces règles, les chercheurs doivent mettre en libre accès les données à l'origine de leurs travaux, la plupart du temps en déposant leurs jeux de données dans des entrepôts de données en accès libre comme Dryad et Figshare.

Le Ebbe Nielsen Challenge 2017 demande aux participants de développer des applications web, scripts ou autres outils pour automatiser la découverte et l'extraction des données de biodiversité pertinentes dans les entrepôts de données en libre accès. Ces outils doivent permettre de générer des jeux de données prêts pour la publication sur le GBIF.org grâce à l'une des méthodes suivantes :

  • Recherche automatique de données ouvertes disponibles dans les entrepôts de données publics
  • Extraction efficace des informations nécessaires pour générer des checklists, des jeux de données d'occurrences d'espèces ou d'échantillonnage (par exemple nom scientifique, date, localisation de l'occurrence, etc.) à partir des jeux de données dans ces entrepôts
  • Correspondance (mapping)des en-têtes de colonnes et/ou de leur contenu avec les termes du standard Darwin Core
  • Conversion automatisée des données formatées en Archives Darwin Core prêtes pour la publication sur le GBIF.org

Beaucoup de jeux de données accessibles dans des entrepôts de données ont une structure tabulaire et contiennent les informations de base nécessaires à la génération de données d'occurrences d'espèces : noms scientifiques, dates, localisations géographiques, quantités, ainsi que d'autres éléments intéressants pouvant être standardisés. Si les jeux de données possèdent une licence CC0, CC BY ou CC BY-NC (utilisées dans le réseau GBIF), ils sont adaptés à être réutilisés, republiés et partagés (avec citation adéquate) avec un public très large de chercheurs du monde entier.

Les soumissions pour le Challenge doivent concevoir des processus pour préparer ces jeux de données au format Darwin Core Archive (DwC-A), qui permet actuellement la publication de quasiment 800 millions enregistrements d'occurrences d'espèces dans le réseau GBIF, qui comprend plus de 1000 institutions éditrices de données.

Le jury provisoire pour l'édition 2017 du Challenge inclut :

La période de soumission va du 15 juin au 05 septembre 2017. Les participants doivent enregistrer chaque membre de l'équipe sur DevPost, qui héberge tous les documents et règles liés au Challenge. Allez sur le site https://gbif2017.devpost.com pour plus de détails sur les conditions de participation.

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