Le TDR, le programme spécial de recherche et de formation sur les maladies tropicales hébergé par l'Organisation mondiale de la santé, GigaScience Press et GBIF ont mis en ligne un nouvel appel à data papers sur les vecteurs de maladies humaines, dans le cadre d'une série thématique qui sera publiée dans la revue GigaByte.

Les maladies à transmission vectorielle représentent environ un quart de toutes les maladies infectieuses. Bien qu'il y ait eu des progrès significatifs pour le paludisme, avec une diminution récente des taux de morbidité et de mortalité liés à cette maladie, ces progrès sont actuellement stoppés. D'autres maladies, comme celles causées par des arbovirus telles que la dengue, le chikungunya, la fièvre jaune et plus récemment le Zika, se développent, avec une augmentation du nombre de cas et de décès.

La nécessité de développer de nouvelles stratégies, approches et outils de lutte antivectorielle a été reconnue dans le cadre de la réponse mondiale à la lutte antivectorielle approuvée par l'Assemblée mondiale de la santé en 2017. Parmi les objectifs fixés par accord mutuel entre le GBIF et le TDR figure le travail sur un référentiel de données relatives aux vecteurs, et la conception et l'identification de sources et de contacts pour les campagnes de mobilisation de données afin d'améliorer la couverture des données pour aider la recherche sur la santé humaine. Dans le cadre de cette collaboration, GigaByte publiera un numéro spécial consacré aux data papers sur les vecteurs.

Les data papers soumis doivent décrire les jeux de données avec les critères suivants :

• Les données sont clairement pertinentes pour la recherche sur les vecteurs de maladies humaines à transmission vectorielle
• Le jeu de données contient plus de 5 000 nouveaux enregistrements publiés sur GBIF.org en 2021/22, ainsi que des données et des métadonnées de haute qualité
• Les données sont placées dans le domaine public sous une désignation CC0 ouverte

L'appel à manuscrits sera ouvert jusqu'au 28 février 2022.

Les frais de publication de l'article - normalement 350$ - seront supprimés pour 15 articles, à condition que les publications soient acceptées et répondent aux critères ci-dessus.

Plus d'informations (en anglais) sur cette page.

Moustique tigre asiatique (Aedes albopictus), observé en République de Corée. Photo 2021 Jake David MacLennan via iNaturalist Research-grade Observations, sous licence CC BY-NC 4.0.

Le Secrétariat du GBIF recherche des candidatures de personnes ou d'institutions susceptibles d'améliorer la qualité et la réutilisabilité des données disponibles sur GBIF.org dans des environnements de cloud computing.

Avec un financement via une subvention du programme informatique mondial GEO-Microsoft, le/la contractant(e) sélectionné(e) mettra en œuvre des protocoles d'analyse de la diversité phylogénétique sur l'environnement Microsoft (MS) Azure à l'aide du logiciel Biodiverse, des données d'occurrence du réseau GBIF et des phylogénies d'OpenTree of Life (OToL).

Le Secrétariat du GBIF dirigera le projet avec le soutien de Shawn Laffan (logiciel Biodiverse | Université de Nouvelle-Galles du Sud) et Emily Jane McTavish (OpenTree of Life | Université de Californie Merced) et en partenariat avec le Groupe de travail sur la diversité phylogénétique (PDTF) de la Commission de la survie des espèces de l'UICN.

Contexte et dimension des travaux

En mai 2021, le GBIF a commencé à placer des instantanés mensuels des occurrences du GBIF dans le catalogue de données Microsoft Azure. La personne ou l'institution sous-traitée élargira ce travail, d'abord en implémentant le logiciel Biodiverse dans MS Azure, puis en développant et en évaluant la qualité des flux de filtrage pour les données d'occurrence accessibles via le GBIF dans le catalogue de données Microsoft Azure.

Le sous-ensemble de données filtré sera ensuite associé à la dernière phylogénie Open Tree of Life, produisant des produits de diversité phylogénétique spatialement explicites pour l'analyse de divers clades et zones géographiques. Le PDTF aidera à évaluer la qualité des produits de données résultants.

L'objectif du projet est de générer des produits de données mensuels automatisés, pouvant être utilisés dans la recherche sur la diversité phylogénétique d'ici la fin de la période de subvention.

Les tâches principales comprennent :

    Préparer des workflows pour le filtrage des données accessibles via le GBIF
    Évaluer la qualité des données filtrées
    Etablir la correspondance des noms entre les données véhiculées par OToL et GBIF
    Exécuter et évaluer des métriques sur la diversité phylogénétique intégrant les données d'occurrence accessibles via l'OToL et le GBIF à l'aide de Biodiverse
    Rédiger un manuscrit en tant que premier auteur basé sur ce travail, soit dans un article méthodologique ou comme analyse d'un grand clade

Le candidat sélectionné devra effectuer le travail à distance ou dans son établissement d'accueil. Les candidats doivent démontrer leur capacité à travailler de manière autonome et à rencontrer virtuellement des chefs de projet sur trois continents.

Compétences et expérience souhaitées

Le titulaire doit posséder des compétences exceptionnelles en bioinformatique, une bonne connaissance des données accessibles via le GBIF et une compréhension de l'informatique "cloud" et des analyses phylogénétiques.

Les compétences souhaitées incluent :

    Expérience dans l'analyse des données véhiculées par le GBIF
    Connaissance de R, Perl ou Python et des API
    Expérience démontrable du développement de logiciels open source et de flux de travail de traitement de données reproductibles
    Connaissance de la diversité phylogénétique, étayée par d'autres analyses de biodiversité phylogénétiques et spatialement explicites
    Expérience dans les systèmes de calcul distribués ou basés sur le cloud
    Diplôme supérieur dans un domaine pertinent lié à la biodiversité, à l'informatique ou au travail du GBIF, ou expérience équivalente
    Compétence professionnelle complète en anglais
    Expérience démontrée dans la rédaction de publications scientifiques
    Capacité à travailler à distance avec une supervision limitée

Rémunération

Le paiement du contrat s'élèvera à 60 000 USD, la durée de son mandat dépendant de l'expérience de l'entrepreneur et de la réalisation des livrables du projet. Le contrat et les livrables doivent être achevés en un an.

Plus de détails sur cet appel à propositions sur cette page (en anglais)

Bio-Dem, une application web open source pour explorer les relations temporelles et spatiales entre la disponibilité des données sur la biodiversité et les dimensions de la démocratie, a remporté le premier prix du défi GBIF Ebbe Nielsen 2021.

L'équipe internationale, dirigée par Alexander Zizka du Centre allemand de recherche intégrative sur la biodiversité Halle-Jena-Leipzig (iDiv), est bien implantée en Suède. M. Zizka a commencé à travailler sur Bio-Dem lors d'un contrat post-doctoral à l'Université de Göteborg, qui accueille actuellement trois membres de l'équipe Bio-Dem, avec Johannes Klein lié au Gothenburg Global Biodiversity Center (GGBC), Oskar Rydén, doctorant au Département de Sciences politiques et Staffan Lindberg, fondateur du Varieties of Democracy Institute. Daniel Edler est quant à lui lié à l'Université d'Umeå, tandis qu'Alexandre Antonelli, aujourd'hui directeur des sciences aux Jardins botaniques royaux de Kew, a conservé ses liens avec GGBC en tant que fondateur et ancien directeur.

Deux candidatures se sont partagé le deuxième prix du défi 2021 :

• Localisation des KBA, un flux de travail automatisé basé sur R développé par l'écologiste colombienne et analyste de données géospatiales Daniela Linero Triana qui exploite les données du GBIF pour identifier les zones clés potentielles pour la biodiversité dans les territoires définis par l'utilisateur, en recherchant des sites où des espèces menacées, migratrices et à aire de répartition restreinte sont identifiées en nombre important.
• plantR, une application et un flux de travail basés sur R développés par une équipe dirigée par l'écologiste brésilien Renato A. Ferreira de Lima en tant qu'environnement open source unique dans lequel les gestionnaires de données, les taxonomistes et les utilisateurs de données peuvent organiser et combiner des enregistrements de spécimens dans plusieurs collections.
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Plus di'nformations sur ces projets sur le site du GBIF (en anglais).

Le Secrétariat du GBIF a publié un nouveau guide, Publier des données dérivées de l'ADN via des plateformes de données sur la biodiversité, qui fournit des informations pratiques aux détenteurs d'informations génomiques et métagénomiques, afin de mieux mettre en valeur les occurrences dérivées de l'ADN sur les plateformes de données sur la biodiversité telles que GBIF.org.

Une équipe d'experts d'Australie, d'Estonie, de Norvège, de Suède et du Danemark a décrit des principes et des pratiques à destination des détenteurs de données basées sur l'ADN souhaitant accroître leur réutilisabilité au-delà de leurs contextes « omiques » initiaux.

L'utilisation de données génétiques pour détecter, décrire, classer et quantifier les taxons s'est généralisée en écologie moléculaire, en phylogénétique et dans d'autres domaines de la recherche sur la biodiversité. Ce nouveau guide aide les détenteurs de ces données à voir les avantages de les rendre accessibles à un plus large éventail de recherches et de politiques sur la biodiversité.

En s'abstenant de décrire les détails spécifiques à chaque plateforme (et documentés ailleurs), en faveur de termes et de schémas plus communs, d'une description des pièges typiques et des meilleures pratiques, l'approche générale adoptée par les auteurs peut s'appliquer au partage de données dérivées de l'ADN via n'importe quelle plate-forme de données sur la biodiversité, y compris les nombreux systèmes nationaux utilisés dans le monde.

La publication du guide permettra également aux membres du réseau GBIF, notamment l'Ocean Biodiversity Information System (OBIS) et Atlas of Living Australia, d'aligner les efforts de leurs propres réseaux pour combiner les enregistrements détectés par l'ADN avec les données existantes issues des spécimens de musée, des observations sur le terrain et de la surveillance, des projets de science citoyenne et d'autres sources.

Le guide a été enrichi par des discussions avec des membres de plusieurs communautés différentes axées sur l'ADN, notamment le groupe de travail sur la biodiversité génomique du TDWG (Biodiversity Information Standards) et le groupe de travail TDWG sur l'interopérabilité durable Darwin Core-MIxS. L'expertise collective de ces communautés a aidé à clarifier la meilleure façon d'appliquer les termes des standards relatifs aux données génomiques, notamment MIxS, GGBN et MIQE. Ces ajouts sont pris en charge par une nouvelle extension du Darwin Core pour les données dérivées de l'ADN, actuellement en production à la fois dans l'outil GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) et sur GBIF.org.

Le guide représente la prochaine étape des efforts du GBIF pour connecter son infrastructure de données et ses outils aux sources pertinentes d'informations génomiques et métagénomiques, en s'appuyant sur des collaborations avec la communauté UNITE, l'Institut européen de bioinformatique de l'EMBL (à travers ses archives européennes de nucléotides et sa plateforme MGnify), et l'International Barcode of Life Consortium (IBOL).

Plus d'informations sur le site du GBIF (en anglais)

Image : Collybie à pied velouté (Flammulina velutipes), Kursk, Fédération de Russie. Photo 2020 Oleg Ryzhkov via iNaturalist research-grade observations, sous licence CC BY-NC 4.0.