Lundi 27 Janvier 2020

GBIF

Jorge Velásquez-Tibatá, écologue colombien de l'organisation The Nature Conservancy, a remporté le premier prix du défi GBIF Ebbe Nielsen de 2019 pour le développement de Wherenext, un système Web au code source ouvert qui recommande des zones cibles pour les inventaires biologiques et la collecte de données.

 

WhereNext est une application Web interactive qui s'appuie sur les outils, les données et les services existants pour optimiser le processus de comparaison, de sélection et de comblement des lacunes dans les données sur la biodiversité. Une fois que les utilisateurs ont sélectionné un groupe taxonomique et une région d'intérêt, l'application génère des modèles qui recommandent de nouvelles zones d'étude basées sur les différences attendues dans les communautés d'espèces présentes dans différents environnements et habitats.

 

Gagnants du deuxième prix

Le jury de cette année a sélectionné trois autres équipes en tant que vainqueurs ex-aequo de la deuxième place et chacune recevra un prix de 5 000 €.

 

Gagnants du troisième prix

Le jury a également désigné cinq autres équipes gagnantes de la troisième place, chacune recevant 1 500 euros. Ces soumissions sont décrites ci-dessous.

 

Le challenge Ebbe Nielsen est un prix d'encouragement annuel qui rend hommage à la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, un leader inspirant dans les domaines de la biosystématique et de l'informatique de la biodiversité et l'un des principaux fondateurs du GBIF.

 

Plus d'informations (en anglais) ici

 

Jorge Velásquez-Tibatá, écologiste spatial, a mis au point WhereNext, lauréat du premier prix du défi GBIF Ebbe Nielsen de 2019.

Lire l'appel à candidatures complet

 

Le secrétariat du GBIF recherche des candidatures pour effectuer une revue systématique de la littérature scientifique à l'aide de données véhiculées par le GBIF au cours des années 2016-2019. Cela impliquera:

  • élaborer, peaufiner et, en consultation avec le secrétariat du GBIF et le comité scientifique du GBIF, convenir de la méthodologie optimale et des questions de recherche pour l'examen systématique
  • sur cette base, effectuer la revue d'environ 2500 à 3000 titres publiés depuis que le GBIF a introduit les DOI pour la citation de données, et
  • en tant que premier auteur, rédiger un rapport sous la forme d'un manuscrit prêt à être soumis du document de synthèse.

 

 

Les candidatures doivent inclure un résumé de l’approche proposée, y compris un schéma potentiel pour le rapport, un CV complet avec publications et d’autres exemples illustrant les activités pertinentes pour l’examen au cours des cinq dernières années.

  • Date limite de candidature : 1er décembre 2019
  • Début du contrat prévu : 1er janvier - 1er février 2020
  • Durée du contrat : 6 mois

 

 

Veuillez vous référer à l'appel complet pour plus de détails concernant l'historique de la révision, la rémunération, la durée et les spécificités de l'application.

 

Lire l'actualité originale (en anglais) ici

L’UMS PatriNat a intégré plus de 1 800 000 données d’occurrences sur les espèces sur les territoires français (métropole et outre-mer), provenant d’institutions étrangères ayant diffusé des données sur la France dans le réseau GBIF.

 

Ces données, accessibles de façon libre et gratuite sur le site www.gbif.org et provenant de plus de 45 pays et territoires à travers le monde, ont été rassemblées et intégrées dans l’INPN en suivant les protocoles habituels de validation des données, afin de n’intégrer que celles étant conformes au standard et aux règles en vigueur dans le SINP.

 

Outre l’apport d’informations sur la biodiversité des territoires français (l’INPN a intégré des occurrences concernant plus de 40 000 taxons présents sur les territoires français), ce rapatriement de données a également permis d’enrichir la connaissance sur les taxons en contribuant à la prochaine mise à jour du référentiel taxonomique national TAXREF.

L’équipe du Secrétariat du GBIF a terminé la huitième mise à jour de la liste de référence taxonomique (taxonomic backbone) du GBIF.org, qui cherche à établir les correspondances et des liens pour toutes les données d’occurrences et de taxonomie.

Cette nouvelle version de la taxonomy a permis d’ajouter environ 725 000 noms, 85% d’entre eux concernant des espèces animales. La mise à jour comprend de plus 100 000 nouveaux taxons acceptés, qui ne figuraient pas dans les versions précédentes de la backbone taxonomy.

Les éléments clés de cette mise à jour incluent la dernière version du Catalogue of Life, qui partage 3,8 millions de noms, ainsi que deux jeux stables de DNA-based Operational Taxonomic Units (OTUs), avec un peu plus de 480 000 Barcode Index Numbers (BINs) provenant du International Barcode of Life (iBOL) et quelques 160 000 hypothèses d’espèces (SHs) pour la fonge, issues de la version 8 de UNITE.

D’autres sources majeures de noms pour la backbone taxonomy incluent :

 

Une autre amélioration apportée est l’intégration des traitements taxonomiques partagés via Plazi, qui ont à eux seuls permis d’ajouter 48 000 noms, en majeure partie des taxons nouvellement décrits. La liste complète des sources pour la GBIF backbone taxonomy – comprenant les nombres exacts de noms ajoutés – est disponible sur la page du jeu de données.

Le processus de gestion de la taxonomic backbone est complexe et implique la réindexation de toutes les données d’occurrence du GBIF. Plus d’informations sur la structure de la backbone taxonomy et la façon dont elle est assemblée sont disponibles sur ce récent post de blog.

Le programme d’appui au renforcement des capacités (CESP) 2019 a sélectionné cinq bénéficiaires de financement pour des projets collaboratifs impliquant 18 pays et organisations participant au GBIF. L’appel au CESP de cette année a abouti à 21 notes conceptuelles à partir desquelles neuf projets ont été invités à soumettre une proposition complète.

Les projets sélectionnés sont:
 

Ciblant des domaines d'intérêt prioritaires en matière de mentorat, de correction des lacunes de données et de promotion de l'utilisation des données, les projets primés recevront un financement combiné de 108 000 €, complété par un cofinancement de 183 000 €.

Le programme d’appui au renforcement des capacités (CESP) est financé par le budget propre du GBIF, et vise à répondre aux besoins spécifiques identifiés par les participants GBIF, afin de faciliter le transfert de connaissances et la collaboration aux niveaux régional et mondial. L'accès au programme est limité aux pays et aux organisations internationales qui ont adhéré au réseau par la signature du Memorandum of Understanding du GBIF.

Plus d'information (en anglais) ici : https://www.gbif.org/news/4vIfj570F7rsykAHXMgVBf/five-projects-receive-f...

 

 

Calao à bec jaune de Lowveld (Tockus leucomelas ssp. Parvior) observé à Chipinge au Zimbabwe par Shirley Hitschmann. Photo via iNaturalist (CC BY-NC 4.0)

Revenir en haut