Samedi 14 Décembre 2019

GBIF

L’équipe du Secrétariat du GBIF a terminé la huitième mise à jour de la liste de référence taxonomique (taxonomic backbone) du GBIF.org, qui cherche à établir les correspondances et des liens pour toutes les données d’occurrences et de taxonomie.

Cette nouvelle version de la taxonomy a permis d’ajouter environ 725 000 noms, 85% d’entre eux concernant des espèces animales. La mise à jour comprend de plus 100 000 nouveaux taxons acceptés, qui ne figuraient pas dans les versions précédentes de la backbone taxonomy.

Les éléments clés de cette mise à jour incluent la dernière version du Catalogue of Life, qui partage 3,8 millions de noms, ainsi que deux jeux stables de DNA-based Operational Taxonomic Units (OTUs), avec un peu plus de 480 000 Barcode Index Numbers (BINs) provenant du International Barcode of Life (iBOL) et quelques 160 000 hypothèses d’espèces (SHs) pour la fonge, issues de la version 8 de UNITE.

D’autres sources majeures de noms pour la backbone taxonomy incluent :

 

Une autre amélioration apportée est l’intégration des traitements taxonomiques partagés via Plazi, qui ont à eux seuls permis d’ajouter 48 000 noms, en majeure partie des taxons nouvellement décrits. La liste complète des sources pour la GBIF backbone taxonomy – comprenant les nombres exacts de noms ajoutés – est disponible sur la page du jeu de données.

Le processus de gestion de la taxonomic backbone est complexe et implique la réindexation de toutes les données d’occurrence du GBIF. Plus d’informations sur la structure de la backbone taxonomy et la façon dont elle est assemblée sont disponibles sur ce récent post de blog.

Le programme d’appui au renforcement des capacités (CESP) 2019 a sélectionné cinq bénéficiaires de financement pour des projets collaboratifs impliquant 18 pays et organisations participant au GBIF. L’appel au CESP de cette année a abouti à 21 notes conceptuelles à partir desquelles neuf projets ont été invités à soumettre une proposition complète.

Les projets sélectionnés sont:
 

Ciblant des domaines d'intérêt prioritaires en matière de mentorat, de correction des lacunes de données et de promotion de l'utilisation des données, les projets primés recevront un financement combiné de 108 000 €, complété par un cofinancement de 183 000 €.

Le programme d’appui au renforcement des capacités (CESP) est financé par le budget propre du GBIF, et vise à répondre aux besoins spécifiques identifiés par les participants GBIF, afin de faciliter le transfert de connaissances et la collaboration aux niveaux régional et mondial. L'accès au programme est limité aux pays et aux organisations internationales qui ont adhéré au réseau par la signature du Memorandum of Understanding du GBIF.

Plus d'information (en anglais) ici : https://www.gbif.org/news/4vIfj570F7rsykAHXMgVBf/five-projects-receive-f...

 

 

Calao à bec jaune de Lowveld (Tockus leucomelas ssp. Parvior) observé à Chipinge au Zimbabwe par Shirley Hitschmann. Photo via iNaturalist (CC BY-NC 4.0)

La Biélorussie a rejoint le GBIF en tant que participant associé sous l’autorité du Ministère des ressources naturelles et de la protection de l’environnement du pays et de l’Académie des sciences de la Biélorussie (NASB). Son entrée étend le réseau en Europe à 21 pays membres, permettant ainsi à cette dernière de rejoindre l’Afrique en terme de région la mieux représentée dans le GBIF.

L’une des plus grandes et des plus anciennes forêts d’Europe, Bialowieza, chevauche la frontière occidentale de la Biélorussie avec la Pologne. La Stratégie et le plan d'action nationaux pour la diversité biologique 2016-2020 et le sixième rapport national soumis par la Biélorussie à la Convention sur la diversité biologique soulignent la présence d'espèces rares et menacées, dont 202 animaux et 303 plantes, la plupart se trouvant dans un vaste réseau de territoires naturels spécialement protégés couvrant 8% de la masse terrestre du pays.

"La République de la Biélorussie a reconnu l'urgence d'introduire les technologies de l'information modernes dans tous les secteurs du gouvernement et de la société", a déclaré Oleg Borodin de la NASB. «Nous attendons avec intérêt l'échange d'expertise scientifique et technique au sein du réseau GBIF et, en nous appuyant sur notre riche héritage scientifique, espérons augmenter notre capacité à intégrer la connaissance scientifique dans nos programmes et stratégies nationaux."

La Biélorussie a pris l’initiative de devenir un participant officiel du GBIF en s’engageant dans BioDATA, un projet norvégien de deux ans visant à aider les étudiants de premier cycle et de troisième cycle de l’Arménie, de la Biélorussie, du Tadjikistan, et de l’Ukraine à acquérir des compétences en gestion et en publication de données sur la biodiversité. Coordonné par l'Université d'Oslo avec le soutien du réseau GBIF, BioDATA est financé par l'Agence norvégienne pour la coopération internationale et l'amélioration de la qualité dans l'enseignement supérieur (DIKU).

De nombreuses autres connexions partagées entre la Biélorussie et le réseau GBIF offrent des possibilités supplémentaires de collaboration. La NASB héberge le nœud national de Barcode of Life dans son centre scientifique pour les ressources biologiques. Le même centre a également apporté son expertise dans l’élaboration d’une liste nationale du Global Register of Introduced and Invasive Species avec le groupe de spécialistes des espèces invasives de l’UICN. Ceci a permis à la Biélorussie de tirer parti de ces preuves pour résoudre les problèmes de biosécurité et de gestion entourant les 884 plantes et animaux exotiques répertoriées. Enfin, une participation officielle au GBIF pourrait également aider à mieux comprendre et mieux apprécier la valeur de la numérisation des centaines de milliers de spécimens contenus dans les collections d’États naturels et d’histoires naturelles de la Biélorussie.

Plus d'information (en anglais) ici

 

Petite tortue (Aglais urticae), Migdalovichy, Biélorussie, via iNaturalist Research-grade Observations. Photo 2018 schuutman CC BY-NC 4.0.

La Revue Scientifique (Science Review) 2019 a été mise en ligne sur le site www.gbif.org. Cette publication annuelle rassemble les articles scientifiques publiés en 2019 et utilisant des données sur la biodiversité découvertes via le réseau GBIF.

Vous trouverez également la Revue Scientifique sous l'onglet "Ressources > Documentation" de notre site.

Le secrétariat du GBIF a financé deux postes à mi-temps dans le réseau afin de contribuer au développement d’une "Community of Practice" autour des Living Atlases. Vicente Ruiz Jurado de l'Atlas of Living Spain agira en tant que coordinateur technique, en charge de l'assistance aux développeurs, de l'amélioration de la documentation technique et de la création d'une feuille de route commune. Marie Elise Lecoq de VertNet agira en tant que coordinatrice administrative de la communauté, supervisant la communication, explorant et documentant les modèles de gouvernance existants et créant les outils pour la formation.

Dans le cadre des activités de lancement pour la nouvelle équipe, la communauté lance deux didacticiels vidéo dans le but de permettre aux utilisateurs du monde entier de tirer pleinement parti des atlas. Les vidéos sont l'un des principaux objectifs d'un projet visant à améliorer la documentation au sein de la communauté Living Atlases, financées dans le cadre des Capacity Enhancement Support Programme (CESP) de l'année 2018. La première vidéo montre la structure globale d'un Living Atlases, comprenant la recherche, l'affinage des résultats et et le téléchargement des données sur la biodiversité, tandis que la seconde vidéo explore les composants spatiaux de l'Atlas, comme le module Régions permettant à l'utilisateur de trouver des espèces enregistrées dans une région définie. Les deux vidéos sont disponibles en anglais avec des sous-titres en français, en espagnol et en portugais.

Comment rechercher et télécharger des données de biodiversité dans un Atlas

Comment utiliser le module régional/spatial d'un Atlas

Les Living Atlases s'appuient sur une plate-forme logicielle développée à l'origine par Atlas of Living Australia (ALA), une infrastructure informatique permettant d'agréger des données sur la biodiversité provenant de sources multiples et favorisant l'accès et l'utilisation d'informations biologiques et environnementales. Depuis 2013, avec l'aide de l'ALA et du GBIF, les membres de la communauté ont organisé des sessions de formation technique et exposés lors de nombreuses réunions internationales telles que GEO BON et TDWG.

 

À la suite de ces efforts ainsi que les précédents, un nombre croissant de nœuds GBIF et d’autres organisations ont implémenté la plate-forme; 16 Atlas sont actuellement en production dans le monde et 13 autres installations sont en cours de développement. Le site Web de la communauté propose une liste complète et à jour avec les principales activités dans la communauté.

Lors du Governing Board du GBIF 2018 à Kilkenny, en Irlande, les représentants de Living Atlases ont préparé et adopté un engagement collectif visant à développer une Community of Practice de Living Atlas (CoP) avec les objectifs suivants:

- augmenter le niveau de développement partagé et les ressources

- développer une feuille de route et une vision communes pour la plateforme Living Atlas

- développer et maintenir des services de formation, de documentation et de soutien

- établir des mécanismes pour aider les pays ou institutions à adopter la plateforme Living Atlas

- développer un modèle de gouvernance acceptable pour la communauté

Les personnes intéressées par les dernières activités de la communauté peuvent en apprendre davantage grâce aux trois présentations prévues lors la conférence Biodiversity_ Next qui se tiendra à Leiden (Pays-Bas) en octobre 2019.

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