Mercredi 14 Avril 2021

GBIF

Début décembre 2020, la France a dépassé le seuil des 100 millions de données primaires sur la biodiversité, partagées et en accès libre dans le réseau GBIF.
Voir la carte des données publiées par la France

 

Ce bel exemple de science ouverte est rendu possible grâce aux données remontées par 59 éditeurs de données nationaux, réparties dans plus de 2500 jeux de données provenant de sources diverses : collections naturalistes, observations et suivi de la biodiversité récoltées dans le cadre du SINP ou des programmes de sciences participatives, bases de données universitaires et de recherche ou expéditions scientifiques.

Ces données concernent aussi bien les territoires français (83,6% des données partagées par les producteurs français) que les pays étrangers (16,4% des données) et contribuent ainsi à l'amélioration des connaissances sur ces territoires.

 

Une grande diversité des acteurs est observé chez les contributeurs nationaux : on retrouve les principales plateformes nationales d’agrégation, des muséums, des instituts de recherche et des université, des sociétés savantes ou encore des programmes de science participative à destination du grand public.

Toutes ces données sont librement accessibles et contribuent à la production de nouvelles études scientifiques ainsi qu’à l’appui aux politiques publiques.
Voir la liste de provenance des données

 

Le GBIF France, en association avec l’UMS PatriNat dans laquelle il est intégré, remercie tous les producteurs et éditeurs de données français ayant contribué au GBIF et reste disponible à l'adresse gbif@gbif.fr pour accompagner la mise en ligne ou l'utilisation des données accessibles dans le réseau GBIF !

A l'initiative de la plateforme Ideas for Development (iD4D) de l'Agence Française pour le Développement, une tribune a été rédigée par l'AFD, Biotope et le GBIF afin d'inciter à un meilleur partage des données de biodiversité et de mettre en lumière le rôle joué par les banques de développement.

 

La première partie de cette tribune, accessible ici, met en avant l'importance cruciale du partage des données de biodiversité pour améliorer les connaissances et les politiques publiques ; il reste notamment des lacunes importantes à combler dans la zone intertropicale, qui détiennent pourtant la plus grande part de la biodiversité mondiale.

 

La seconde partie de la tribune se focalise sur le rôle joué par les banques de développement dans la production de données de biodiversité, principalement dans les pays en voie de développement localisés dans cette même zone intertropicale. Encore trop peu mises en valeur et exploitées, ces données constituent pourtant une source importante d'informations sur les espèces de ces pays ; leur mise en ligne sur le GBIF permettrait d'accroître de façon considérables les connaissances sur la biodiversité des pays en voie de développement et de combler en partie les lacunes existantes.

 

Pour plus d'informations sur le partage des données issues du secteur privé, consultez la vidéo de présentation réalisée dans le cadre du projet GBIF OpenPSD: Promoting publication and use of private-sector data on biodiversity.

 

(Photo: Luis ROBAYO / AFP)

Le GBIF a publié deux documents techniques pour un examen ouvert par les pairs par ses communautés de pratique:

    Guía de Uso Básico de OpenRefine para la limpieza de datos sobre biodiversidad, par Paula Zermoglio et John Wieczorek
    Current Best Practices for Generalizing Sensitive Species Occurrence Data, par Arthur Chapman

Cette publication double marque une étape importante pour les efforts entamés l'année dernière. Ayant longtemps soutenu ou produit de la documentation technique par intermittence, le GBIF s'est engagé dans son programme de travail 2019 à coordonner une approche plus cohérente et dynamique qui charge des experts en la matière de préparer des documents d'orientation clés et d'engager les communautés de pratique du GBIF sous la supervision d'un comité de rédaction.

Les deux premiers documents - nommé familièrement, «le guide OpenRefine» et «les meilleures pratiques pour les espèces sensibles» - sont maintenant ouverts à une revue par les pair jusqu'au mercredi 5 août 2020. Les membres de la communauté intéressés à participer en tant que pairs examinateurs peuvent consulter l'aperçu du programme numérique de documentation. Ils peuvent ensuite obtenir des instructions et des attentes spécifiques pour proposer leurs suggestions et améliorations.

En résumé, pour prêter votre voix et participer en tant qu'évaluateur - sur l'une, les deux et / ou les périodes de consultation suivantes - ils est demandé aux membres de la communauté de :

Les systèmes et les processus utilisés dans le programme de documentation numérique du GBIF sont censés être aussi transparents, ouverts et auto-régulés que possible. Le texte et les autres contenus conservés dans les dépot GitHub ouverts sont publiés aux formats HTML et PDF à l'aide d'une chaîne d'outils de publication open-source appelée AsciiDoctor. La prise en charge des traductions est géré via CrowdIn, qui fournit une licence non commerciale gratuite qui soutient résolument les efforts de la communauté dynamique de traducteurs bénévoles du GBIF.

Nous encourageons les personnes intéressées à participer aux processus d'examen par les pairs actuel ou futurs à s'inscrire à la liste de diffusion de documentation numérique.

Les questions, commentaires et suggestions concernant ce processus d'examen communautaire par paires ou le programme de documentation numérique peuvent être adressés à communication@gbif.org.

Plus d'information ici

 

Fourmilier géant (Myrmecophagia tridactylis, classé comme vulnérable sur la Liste rouge des espèces de l'UICN, Minas Gerais, Brésil. Photo 2017 Cameron Rutt via iNaturalist Research-grade Observations, sous licence CC BY-NC 4.0.

Le cinquième cycle de financement du programme BIFA (Fonds d'information sur la biodiversité pour l'Asie) soutiendra neuf nouveaux projets en 2020, axés sur la mobilisation des données sur la biodiversité à partir des collections et le suivi écologique dans la région.

L'appel lancé en novembre 2019 a attiré un large éventail de propositions hautement compétitives. Les projets, sélectionnés après un processus d'évaluation rigoureux, impliquent des équipes d'institutions de neuf pays asiatiques, ainsi que quatre partenaires extérieurs à la région. En combinant le financement total de 117 829 € octroyé avec le cofinancement obtenu par les équipes de projet, l'investissement total dépasse 280 000 €.

Les projets débutent tous en juillet et seront mis en œuvre fin 2021 au plus tard. Chaque projet a nommé au moins un membre de l'équipe pour participer à un atelier virtuel de mobilisation de données pour l'Asie. Celui vise à partager les compétences clés requises pour le formatage et le partage de données via le réseau GBIF, et à développer la communauté régionale de pratique en informatique de la biodiversité.

Le programme BIFA est géré par le Secrétariat du GBIF et financé par le ministère de l'Environnement du Japon dans le but de combler les lacunes dans les données et de soutenir la capacité d'information sur la biodiversité en Asie.

Pour voir la liste de 9 projets retenus ou voir l'intégralité de l'article, cliquez ici

 

Nénuphar épineux (Euryale ferox) observé dans le lac Xiaoxingkai, Heilongjiang, Chine par John Howes. Photo via iNaturalist (CC BY-NC 4.0)

La plateforme Pl@ntNet a publié, dans le GBIF, ces premiers jeux de données :

 

Pl@ntNet observations

620 710 occurrences - Lien vers la page du jeu de données sur GBIF.org

Les observations de cette collection sont celles pour lesquelles les auteurs acceptent de partager les images associées sous une licence Creative Commons et pour lesquelles le nom de l'espèce est considéré comme valide.

 

Pl@ntNet automatically identified occurrences

5 997 016 occurrences - Lien vers la page du jeu de données sur GBIF.org

Les occurrences de cette collection sont des observations Pl@ntNet qui n'ont été identifiées que par l'algorithme d'apprentissage en profondeur mais dont la confiance de l'algorithme était suffisamment élevée pour les considérer comme valides.

 

Site officiel de Pl@ntNet

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