Jeudi 24 Janvier 2019

GBIF

Au nom du réseau des participants nationaux, le Secrétariat du GBIF a le plaisir de lancer l'appel à candidature pour le Young Researchers Award 2019 (prix des jeunes chercheurs). Ce programme annuel vise à favoriser la recherche et la découverte innovantes en informatique sur la biodiversité par des étudiants dont les travaux de master ou de doctorat reposent sur des données diffusées par le biais du GBIF.

 

Comme les années précédentes, le programme 2019 offrira deux prix de 5000€ chacun, marquant la reconnaissance du travail de deux étudiants (un de master, l'autre doctorant, de préférence). Ces deux étudiants seront nommés par les pays participants GBIF.

 

Les lauréats seront sélectionnés parmi le groupe de candidats dont les noms seront reçus par le Secrétariat du GBIF avant le 15 mai 2019. Les gagnants seront annoncés à l'été 2019.

 

Eligibilité

Les candidats doivent être inscrits à un programme d'études supérieures pour être admissibles. Ils doivent être soit des citoyens d'un pays participant du GBIF, soit des étudiants d'un établissement situé dans un pays participant du GBIF. La nomination peut provenir du pays de citoyenneté ou du pays de l'institution d'accueil du candidat.

 

Processus de soumission et délais

Les étudiants qui demandent une nomination doivent s'adresser au chef de délégation d'un pays votant ou associé au GBIF (voir la liste complète). Les participants nationaux sont responsables des délais et processus de réception et de traitement des candidatures qu'ils établissent. En conséquence, les étudiants des cycles supérieurs qui demandent une nomination peuvent consulter les sites Web de leurs point nodal (au GBIF) ou contacter directement le chef de délégation ou le gestionnaire de nœud.

 

Les propositions des étudiants sont d'abord examinées et priorisées au niveau national. Les nœuds nationaux du GBIF sont encouragés à travailler en étroite collaboration avec les communautés académiques et les établissements d'enseignement supérieur dans leurs pays et toucher aux programmes universitaires et groupes de recherche pertinents.

 

Les chefs des délégations nationales peuvent soumettre un maximum de deux candidatures au Secrétariat du GBIFà youngresearchersaward@GBIF.org.

 

La date limite de soumission est le 15 mai 2019.

 

Les chefs des délégations doivent s'assurer que les soumissions sont complètes et inclure tous les éléments énumérés ci-dessous. Les soumissions de propositions incomplètes ne seront pas considérées.

 

Elements nécessaires pour une proposition

Les candidats doivent préparer leurs propositions et leurs dossiers de candidature de telle sorte que les éléments cités ci-dessous soient inclus dedans :

  • un résumé du sujet de recherche (200 mots)
  • une description du projet (maximum 5 pages, Arial 12 points) qui décrit
    • l'intérêt de la recherche et la(es) question(s) qu'elle aborde.
    • le rôle des données accessibles via le GBIF pour répondre à ces questions. Les propositions de recherche doivent clairement démontrer comment l'étude intègre les données mobilisées à travers le GBIF. Les étudiants ayant des questions sur les données accessibles via le GBIF devraient travailler avec les conseillers académiques, leur nœud national GBIF, le Secrétariat du GBIF ou les membres du Comité scientifique pour améliorer la compréhension de ces données.
    • la portée de la recherche, le plan, les méthodologies, les références bibliographiques pertinentes et le calendrier.
    • le cas échéant, une description ou un extrait d'un plan de gestion des données décrivant comment les données relatives à la recherche sont publiées ou seront préparées pour publication dans le réseau GBIF.
  • Curriculum vitae du candidat étudiant, y compris les informations complètes de contact de l'institution d'origine.
  • Documents complémentaires :
    • Une lettre officielle du mentor/superviseur de l'étudiant dans la faculté certifiant que le candidat est un étudiant en règle dans le programme d'études supérieures de l'université.
    • Au moins une, et pas plus de trois, lettres d'appui de chercheurs reconnus, actifs dans un domaine qui englobe et intègre l'informatique dans la biodiversité (ex : génétique, composition et caractères des espèces, biogéographie, écologie, systématique, etc.)

 

Processus de sélection et critères

Le Comité scientifique du GBIF examinera les candidatures et sélectionnera les lauréats des Young Researchers Awards.

Les critères pour les récompenses incluent:

  • l'originalité et l'innovation
  • l'utilisation et l'importance stratégique de données accessibles via le GBIF
  • l'efficacité mesurable et son impact sur l'avancement de l'informatique dans la biodiversité et/ou la conservation de la diversité biologique
  • Les propositions qui ne sont pas sélectionnées peuvent être mises à jour et soumises à nouveau pour examen dans les années suivantes.

Les lauréats sont censés reconnaître le soutien du GBIF lors de la diffusion des résultats de leurs recherches par le biais de publications évaluées par des pairs, de présentations lors de réunions professionnelles et via d'autres médias.

Voir l'article original (en anglais) ici

Plus d'information concernant le GBIF Young Researchers Award (en anglais) ici

 

Grèbe à bec bigarré (Podilymbus podiceps), Los Gatos, Californie, USA. Photo de Edward Rooks via iNaturalist research-grade observations, sous licence CC BY-NC 4.0.

En ce début d'année 2019, plus de 25 Data Papers dont au moins un des auteurs est affilié à une institution française sont disponibles sur notre site.

Le dernier en date est une description de la base de données consacrée aux Asteroidea des régions Antarctique et sub-Antarctique, publié en 2018 par une équipe internationale (Belgique, France, Italie, Nouvelle-Zélande, Pologne, Royaume-Uni, USA) ; le jeu de données décrit est accessible sur l'IPT (Integrated Publishing Toolkit) de l'organisation ANTABIF.

Le Data Paper est une publication scientifique dont le but principal est de décrire un jeu de données ou un ensemble de jeux de données, plutôt que de rendre compte de résultats de recherche.

L’objectif est de créditer et de valoriser les efforts réalisés par les scientifiques et les institutions qui rendent accessibles leurs données à la communauté scientifique. 

Une fonction supplémentaire intégrée depuis la version 2.0.2 de l’outil de publication du GBIF génère automatiquement un manuscrit à partir des métadonnées donnant les informations clés sur un jeu de données accessible via le GBIF.org.

Ce manuscrit peut alors être soumis pour publication éventuelle dans l’une des publications Pensoft (Biodiversity data Journal, ZooKeys, PhytoKeys, BioRisks, NeoBiota), après examen par les pairs, ou dans d'autres publications scientifiques telles que Nature Conservation.

 

Crédit photo : biodiversity.aq

L'unité PatriNat recherche un ingénieur bio-informatique GBIF-INPN-SIB pour Mars 2019.

 

Offre d'emploi accessible ici

 

Le poste est un contrat de droit public (durée déterminée) à temps plein de 1 an (avec possibilité de renouvellement).

 

Le  dossier  de  candidature  est  à  envoyer  avant  le  10/01/2019 à :

recru-patrinat@mnhn.fr avec la mention : « GBIF-INPN-SIB ».

 

Ce dossier comprendra :

  • un curriculum vitae détaillé et tous les travaux susceptibles  d'éclairer le jury ;
  • une lettre de motivation.

 

Personnes à contacter pour toutes questions :

Mathieu Clair : chef de l’équipe « Application informatiques » - clair@mnhn.fr
Anne-Sophie Archambeau : Responsable GBIF France - archambeau@gbif.fr

Le quatrième appel dans le cadre du programme du Fonds d’information sur la biodiversité pour l’Asie (BIFA) appelle des projets qui :

  • Améliore la connaissance de la biodiversité asiatique grâce à l'accès aux données des collections biologiques et aux programmes de surveillance dans la région
  • Font participer la recherche et les communautés politiques à l'utilisation et à l'application des données mobilisées par le biais du GBIF

Le GBIF invite à soumettre des propositions dans le cadre de la quatrième phase du programme du Fonds d’information sur la biodiversité pour l’Asie (BIFA), financé par le ministère de l’Environnement du gouvernement du Japon.

 

Cet appel à propositions vise à relever les principaux défis que les nœuds du GBIF en Asie ont identifiés dans le cadre de la mobilisation et de l’utilisation des données sur la biodiversité dans la région. Le financement potentiel total affecté à cet appel est d’environ 71 000 € et les candidats peuvent demander un maximum de 15 000 € par l’intermédiaire de BIFA pour chaque projet.

 

L'appel à propositions comprend trois types de subventions :

 

Ces subventions sont ouvertes à toutes les institutions basées dans les pays asiatiques éligibles.

 

Les notes succinctes de présentation doivent être soumises au Secrétariat du GBIF avant le 6 janvier 2019, à l'aide du modèle approprié. Pour plus d'informations, contactez bifa@gbif.org.

 

Processus de candidature et calendrier

Un comité de sélection réuni par le secrétariat du GBIF évaluera les candidatures selon un processus en deux étapes.

  • Les notes conceptuelles initiales, à l'aide du modèle fourni, doivent être soumises au plus tard le 06 janvier 2019.
  • Les candidats sélectionnés seront invités à soumettre des propositions complètes en février 2019.
  • Après un examen final et une sélection, les projets financés devraient commencer en mai 2019. La période de mise en œuvre du projet sera d'environ mai 2019 à mars 2020.

 

Les candidats (quelque soit le type de subventions demandées) devront envoyer un membre de l'équipe de projet à un atelier de renforcement des capacités et obtenir une certification pour les compétences acquises. Cet atelier aura lieu en juin ou juillet 2019 et le coût de la participation sera pris en charge séparément des fonds du BIFA (les candidats ne doivent PAS l'inclure dans le budget du projet).

 

Plus de détails ici

 

Polype de bouton vert (Palythoa mutuki) de Gaurav Patil via iNaturalist. Photo sous licence CC BY-NC 4.0.

Le secrétariat du GBIF recherche un entrepreneur pour développer une application frontale basée sur React. Cette application multilingue basée sur des formulaires offrira aux éditeurs du monde entier la possibilité de gérer du contenu accessible via GBIF.org.

 

Compétences demandées :

  • Expérience de React JS et de l'environnement de construction SPA associé
  • Aisance avec les API RESTful
  • Connaissance des mécanismes d'autorisation modernes, tels que JSON Web Token
  • Connaissance des bibliothèques frontales Material UI ou Ant Design
  • Aisance avec la construction de SPA traduisibles
  • Connaissance des frameworks de test pour la validation des entrées de formulaire
  • Maîtrise de GitHub

 

Contexte

Dans le cadre de son infrastructure principale, le GBIF gère une base de données d'entités : organisations, personnes et jeux de données, toutes consultables via une interface RESTful (JSON) authentifiée. Aujourd'hui, une console Web basée sur AngularJS offre aux éditeurs internes la possibilité de gérer le contenu.

 

Les récentes extensions de l'API avec de nouveaux types de contenu, le désir d'ouvrir l'accès à l'édition aux utilisateurs externes et la nécessité de traiter une pile logicielle vieillissante ont amenés le secrétariat à rechercher une nouvelle solution. Le GBIF a développé une preuve de concept basée sur React et recherche un fournisseur pour les aider à mettre ce concept en production.

 

Les détails de la spécification du projet sont disponible ici

 

Approche

Le secrétariat prévoit une première session de contrôle sur site dans leur locaux, à Copenhague pour présenter le système existant et les exigences des fonctionnalités recherchées. Les travaux ultérieurs peuvent être entrepris à distance, en utilisant GitHub comme base de collaboration et avec des visites sur site uniquement si nécessaire.

 

Tout le code sera chargé dans le référentiel GitHub GBIF et publié sous une licence open source Apache 2.0.

 

Le GBIF souhaite la bienvenue aux manifestations d’intérêt pour entreprendre ce travail le plus tôt possible. Si vous êtes intéressé, veuillez envoyer un e-mail à Tim Robertson, responsable informatique du GBIF, avec:

  • Deux exemples ou plus montrant votre travail basé sur React
  • Une indication de votre taux journalier ou de votre préférence escompté (à discuter) lors d'une livraison à prix fixe
  • des informations sur votre disponibilité

 

Cet appel restera ouvert jusqu'à la nomination d'un contractant.

 

Plus d'information (en anglais) ici

 

Poulpe commun (Octopus vulgaris), au large de la côte sud-ouest de Bonaire. Photo 2018 de Dan Bender via des observations iNaturalist de recherche, autorisées sous CC BY-NC-SA 4.0.

Revenir en haut