Lundi 19 Novembre 2018

GBIF

Après avoir examiné une collection variée de 23 propositions, un jury d'experts a sélectionné six gagnants - deux pour la premiere place (remportant le prix de 10 000 euros chacun) et quatre pour la secondes places (remportant un prix de 3 500 euros chacun) - dans le cadre du Challenge GBIF Ebbe Nielsen 2018. Les solutions et les innovations conçues par les lauréats - et, évidemment, par tous les participants - reflètent et abordent des sujets d’intérêt et de préoccupation de grande envergure dans la communauté informatique de la biodiversité. Des sujets tels que les données ouvertes liées, la mobilisation de données, la qualité et l’interopérabilité des données.

 

Le Jury du Challenge Ebbe Nielsen 2018 fut constitué de :

  • Greg Riccardi, iDigBio
  • Jo Judge, Réseau national britannique sur la biodiversité
  • Marie Elise Lecoq, GBIF France
  • Eduardo Dalcin, Institut de recherche sur le jardin botanique de Rio de Janeiro
  • Dag Endresen, GBIF Norvège
  • Ana C.M. Malhado, Université fédérale d'Alagoas
  • Anabela Plos, GBIF Argentine | Muséem argentin des sciences naturelles
  • Anders G. Finstad, Université norvégienne des sciences et technologies
  • Philippe Grandcolas, Muséum national d’histoire naturelle

 

 

Le Challenge est un prix d'encouragement annuel qui honore la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, un leader inspirant dans les domaines de la biosystématique & de l'informatique de la biodiversité et l'un des principaux fondateurs du GBIF.

 

Le fait que l'édition 2018 du Challenge soit plus ouverte que les années précédente a réussi à susciter un engagement géographique plus large, les 23 participation du Challenge ayant recruté des participants de deux douzaines de pays. Les six équipes gagnantes représentent huit pays, dont deux - le Sri Lanka et la Lituanie - qui ne sont pas encore membres officiels du GBIF. La liste complète des gagnants, par ordre alphabétique, est la suivante :

 

 

1ère place

Checklist recipe : a template for reproducible standardization of species checklist data

Lien Reyserhove, Damiano Oldoni et Peter Desmet, INBO: Institut de recherche sur la nature et la forêt, Belgique

 

Ozymandias : a biodiversity knowledge graph

Roderic D. M. Page, Université de Glasgow, Royaume-Uni

 

2ème place

The bdverse

Tomer Gueta et Yohay Carmel, Technion - Institut israélien de technologie, Israël

Vijay Barve, Muséem d'histoire naturelle de la Floride, États-Unis

Thiloshon Nagarajah, Institut de technologie de l'informatique, Sri Lanka

Povilas Gibas, Université de Vilnius, Lituanie

Ashwin Agrawal, Institut indien de technologie (BHU), Inde

 

GBIF Issues Explorer

Luis J. Villanueva, Smithsonian Institution, États-Unis

 

Smart mosquito trap to DwC pipeline

Connor Howington et Samuel Rund, VectorBase.org, États-Unis

 

Taxonomy Tree Editor

Ashish Singh Tomar, Université de Grenade, Espagne | BIG4

 

Plus d’information (en anglais) ici

Les gouvernements du Cameroun et du Libéria ont rejoint le GBIF par le biais de la signature du Memorandum of Understanding (MoU), respectivement en tant que participant associé et participant votant.

 

Les institutions des deux pays ont dirigé des projets sur la mobilisation des données et la création de réseaux nationaux d’information sur la biodiversité dans le cadre du programme Biodiversity Information for Development, financé par l’Union européenne.

 

Cette initiative a contribué à intégrer plusieurs nouveaux pays et organisations dans le réseau GBIF en tant que participants officiels, ainsi que des dizaines d’autres en tant qu’institutions de publication de données. Ces pays se trouve dans les régions cibles "ACP" de BID en Afrique subsaharienne, dans les Caraïbes et dans le Pacifique.

 

Avec l’ajout du Cameroun et du Libéria, 20 pays africains participent maintenant officiellement au réseau intergouvernemental du GBIF. Cela fait de l’Afrique la deuxième plus grande région en termes d’adhésion, juste derrière les 21 participants nationaux de la région européenne. Plusieurs autres pays africains discutent actuellement de leur future participation ou non au GBIF.

 

Au Cameroun, le Memorandum of Understanding  a été signé par le ministre de l'Environnement, de la Protection de la nature et du Développement durable, Pierre Hélé. Les institutions basées dans le pays participent à quatre projets financés par le programme BID:

 

 

 

Au Libéria, le Memorandum of Understanding a été signé par le directeur général de l'Autorité du Développement Forestier, Mike Doryen. La décision de rejoindre le GBIF en tant que participant votant (les membres nationaux apportant une contribution financière indexée sur le PIB) a été prise dans le cadre d’un petit don du BID. Ce don porte sur le renforcement des capacités de mobilisation et de conservation des données sur la biodiversité au Libéria, dirigé par l’Université du Libéria en collaboration avec l'Autorité du Développement Forestier, Flore et faune du Libéria, et l’Université du Kansas (États-Unis).

 

Plus d’information (en anglais) ici

 

Scinque de feu (Lepidothyris fernandi), Buea, Cameroun. L'aire de répartition de ce lézard tropical s'étend à l'ouest et à l'ouest de l'Afrique centrale, y compris au Libéria et au Cameroun. Photo de Lennart Hud via les observations iNaturalist de recherche, sous licence CC BY-NC 4.0.

Les gagnantes des Young Researchers Awards 2018 décernés par le GBIF ont été dévoilées : il s'agit de Kate Ingenloff, doctorante à l'Institut de la biodiversité de l'Université du Kansas et de Raquel Gaião Silva, masteure en biodiversité marine à l'Université de Algarve, 1ère personne du Portugal a recevoir ce prix.

Les recherches de Kate Ingenloff combinent des enregistrements d'occurrences du réseau GBIF avec des données environnementales et comportementales spécifiques au temps. Ceci afin d'améliorer l'exactitude biologique et prédictive des modèles pour les espèces migratrices et autres espèces hautement mobiles utilisées dans la recherche, la conservation et les politiques.

Les recherches de Raquel Gaião Silva visent à utiliser les enregistrements d'occurrences du réseau GBIF et d'autres sources pour déterminer si et comment l'augmentation de la température des océans pourrait modifier la distribution des macroalgues le long des côtes atlantiques de l'Espagne et du Portugal.

Plus d'informations sur les travaux de Kate Ingenloff et Raquel Gaião Silva sont disponibles en ligne (en anglais).

 

Kate Ingenloff et Raquel Gaião Silva © Photos provenant du site GBIF.org

Une alliance mondiale pour transformer notre compréhension de la biodiversité en reliant tous les efforts d'observation, de mesure et de modélisation de la planète vivante : telle est la vision partagée par des experts de toutes les régions du monde qui se sont réunis à Copenhague du 24 au 27 juillet pour discuter des prochaines étapes pour porter la connaissance de la biodiversité à l'ère de l'information.

La 2ème Conférence mondiale sur l'informatique de la biodiversité (GBIC2) a réuni des représentants des principaux réseaux, agences, organisations et institutions mondiaux, régionaux, nationaux et infranationaux. S'appuyant sur le framework Global Biodiversity Informatics Outlook élaboré lors du premier événement GBIC en 2012, les participants ont exploré les possibilités de mieux aligner les efforts et les intérêts de toutes les communautés et infrastructures de recherche sur la biodiversité.

La conférence a examiné des modèles possibles pour une telle alliance dans d'autres domaines de recherche, tels que :

- ELIXIR, une organisation intergouvernementale visant à connecter les ressources européennes en sciences de la vie

- la Apache Software Foundation, une vaste communauté de développeurs et d'utilisateurs de logiciels libres

 

Ils ont activement étudié la possibilité d’un mécanisme de coordination capable d’aligner et d’accélérer les efforts visant à comprendre la bio-diversité mondiale. Le résultat a été un consensus sur la création d'une alliance internationale 'légère', ouverte à toutes les institutions et à tous les individus intéressés par l'amélioration de la disponibilité et de la qualité des connaissances sur la biodiversité.

Les participants ont confié au GBIF la tâche de faciliter les prochaines étapes de ce processus et ont identifié plusieurs étapes suivantes:

  1 Faire connaître et promouvoir la vision de cette alliance dans les principales langues auprès du plus grand nombre possible de communautés de parties prenantes. Des forums pertinents permettant à la communauté de poursuivre ses discussions et sa planification devraient être un soutien pour cette tâche.

  2 Commencez un processus pour collecter un ensemble de questions et de cas d'utilisation que nous espérons pouvoir traiter grâce à l'alliance. Collecter également les capacités combinées dont nous avons besoin pour les livrer au cours des cinq à dix prochaines années

  3 Planifier et développer une vue d'ensemble de haut niveau des principales initiatives dans le domaine de l'informatique en matière de biodiversité et des relations entre leurs missions actuelles et leurs programmes de travail

  4 Effectuer une exploration détaillée de la façon d'appliquer des modèles tirés d'Apache Software Foundation et de logiciels open source similaires. Une exploration des initiatives scientifiques ouvertes pour soutenir une planification et une mise en œuvre multipartites ouvertes et équitables sera également nécessaire.

  5 Identifier un ensemble de domaines de collaboration initiaux. Ils devront servir de preuve de concept sur la manière dont un modèle d'incubateur à l'échelle internationale, axé sur la communauté, peut relever des défis communs. Ces défis sont pour développer ou maintenir des composants interopérables des infrastructures de connaissances sur la biodiversité.

«C’est un énorme privilège et très excitant de travailler avec un ensemble si diversifié de parties prenantes et, ensemble, de construire une vision commune pour résoudre un grand nombre de nos défis», a déclaré Donald Hobern, Secrétaire exécutif du GBIF. "Les participants à la GBIFC2 ne représente qu'un petit échantillon de la communauté élargie qui partage notre ambition commune : celle de fournir des connaissances véritablement interconnectées sur la biodiversité afin de répondre aux besoins des chercheurs, des gouvernements, de l'industrie, de la société et des communautés partout dans le monde. Nous esperons construire ensemble une alliance globale qui élargit encore plus loin notre perspective.

 

Pour plus d’information, consulter la page originelle (en anglais) ici

 

 

Les participants au GBIC2 ont exploré des modèles pour un mécanisme de coordination pouvant aligner et accélérer les efforts de compréhension de la biodiversité mondiale. Photo par Eun-Shik Kim.

Le Viet Nam rejoint le GBIF

Le Viet Nam a rejoint le GBIF en tant que participant associé, ce qui porte à 57 le nombre total de pays participant au GBIF.

La signature du protocole d'entente du GBIF par le ministère des Ressources naturelles et de l'Environnement (MONRE) marque la conclusion de plusieurs années d'engagement fructueux avec l'Agence vietnamienne pour la conservation de la nature et de la biodiversité (BCA) concernant la participation au GBIF. En 2016, la BCA a collaboré avec le nœud GBIF japonais dans un projet financé par le Fonds d’information sur la biodiversité pour l’Asie (BIFA) géré par le GBIF pour développer le système de base de données vietnamienne et créer une feuille de route pour la participation au GBIF.

La BCA a également accueilli la réunion régionale asiatique du GBIF de 2017 à Hanoï, démontrant ainsi l'impliquation du pays envers l’engagement et la collaboration du GBIF dans la région.

Tim Hirsch, directeur adjoint et responsable de la participation et de l’engagement du GBIF, a déclaré: «L’entrée officielle du Viet Nam dans le GBIF est la bienvenue. L’amélioration de notre participation en Asie est une priorité majeure et nous espérons que cette mesure encouragera d’autres pays de la région à s’impliquer. »

Dr. Hoang Thi Thanh Nhan, directeur adjoint de la BCA et chef de la délégation du Viet Nam, a déclaré: «Nous sommes ravis de rejoindre l’effort mondial sur l’information sur la biodiversité en tant que membre du GBIF, qui soutient de manière significative la conservation de la biodiversité dans le monde. Le Viet Nam est disposé à coopérer avec tout partenaires pour promouvoir le développement du GBIF. »

En tant que l’un des pays les plus diversifiés sur le plan biologique, le Viet Nam abrite 10% des espèces de mammifères, d’oiseaux et de poissons du monde et 40% des plantes locales ne se trouvent nulle part ailleurs. Selon les évaluations de la Liste rouge de l'UICN, plus de 100 espèces présentes au Viet Nam sont gravement menacées, dont 14 espèces de Camellia qui sont endémiques.

Les utilisateurs de GBIF.org peuvent actuellement accéder à environ 350 000 occurrences d'espèces au Viet Nam provenant de 209 fournisseurs basés dans 33 pays différents.

Les principaux contributeurs aux données sur la biodiversité vietnamienne sont :

- le jeu de données d'observation eBird du Cornell Lab of Ornithology,

- le Muséum national d’histoire naturelle, Paris

- le Missouri Botanical Garden.

 

A eux trois, ils combinent 50% des occurrences d'espèces situés au Viet Nam

 

Avec l’entrée du pays dans le réseau GBIF, ces enregistrements seront complétés par la mobilisation de données provenant des collectes et des activités de suivi au Viet Nam. Des chercheurs associés à des institutions vietnamiennes ont publié cinq articles de revues scientifique citant une utilisation substantielle de données issues par le GBIF.

Plus d’information (en anglais) ici

 

Douc langur à queue rouge (Pygathrix nemaeus) par vanbang via iNaturalist. Photo sous licence CC BY-NC 4.0.

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