Mardi 16 Juillet 2019

GBIF

Le secrétariat du GBIF a financé deux postes à mi-temps dans le réseau afin de contribuer au développement d’une "Community of Practice" autour des Living Atlases. Vicente Ruiz Jurado de l'Atlas of Living Spain agira en tant que coordinateur technique, en charge de l'assistance aux développeurs, de l'amélioration de la documentation technique et de la création d'une feuille de route commune. Marie Elise Lecoq de VertNet agira en tant que coordinatrice administrative de la communauté, supervisant la communication, explorant et documentant les modèles de gouvernance existants et créant les outils pour la formation.

Dans le cadre des activités de lancement pour la nouvelle équipe, la communauté lance deux didacticiels vidéo dans le but de permettre aux utilisateurs du monde entier de tirer pleinement parti des atlas. Les vidéos sont l'un des principaux objectifs d'un projet visant à améliorer la documentation au sein de la communauté Living Atlases, financées dans le cadre des Capacity Enhancement Support Programme (CESP) de l'année 2018. La première vidéo montre la structure globale d'un Living Atlases, comprenant la recherche, l'affinage des résultats et et le téléchargement des données sur la biodiversité, tandis que la seconde vidéo explore les composants spatiaux de l'Atlas, comme le module Régions permettant à l'utilisateur de trouver des espèces enregistrées dans une région définie. Les deux vidéos sont disponibles en anglais avec des sous-titres en français, en espagnol et en portugais.

Comment rechercher et télécharger des données de biodiversité dans un Atlas

Comment utiliser le module régional/spatial d'un Atlas

Les Living Atlases s'appuient sur une plate-forme logicielle développée à l'origine par Atlas of Living Australia (ALA), une infrastructure informatique permettant d'agréger des données sur la biodiversité provenant de sources multiples et favorisant l'accès et l'utilisation d'informations biologiques et environnementales. Depuis 2013, avec l'aide de l'ALA et du GBIF, les membres de la communauté ont organisé des sessions de formation technique et exposés lors de nombreuses réunions internationales telles que GEO BON et TDWG.

 

À la suite de ces efforts ainsi que les précédents, un nombre croissant de nœuds GBIF et d’autres organisations ont implémenté la plate-forme; 16 Atlas sont actuellement en production dans le monde et 13 autres installations sont en cours de développement. Le site Web de la communauté propose une liste complète et à jour avec les principales activités dans la communauté.

Lors du Governing Board du GBIF 2018 à Kilkenny, en Irlande, les représentants de Living Atlases ont préparé et adopté un engagement collectif visant à développer une Community of Practice de Living Atlas (CoP) avec les objectifs suivants:

- augmenter le niveau de développement partagé et les ressources

- développer une feuille de route et une vision communes pour la plateforme Living Atlas

- développer et maintenir des services de formation, de documentation et de soutien

- établir des mécanismes pour aider les pays ou institutions à adopter la plateforme Living Atlas

- développer un modèle de gouvernance acceptable pour la communauté

Les personnes intéressées par les dernières activités de la communauté peuvent en apprendre davantage grâce aux trois présentations prévues lors la conférence Biodiversity_ Next qui se tiendra à Leiden (Pays-Bas) en octobre 2019.

Challenge Ebbe-Nielsen 2019 du GBIF

Êtes-vous un champion des données ouvertes?
 
Le Challenge Ebbe Nielsen 2019 remettra jusqu'à 34 000 € de prix aux candidats les plus innovants qui exploitent les données sur la biodiversité et les outils du réseau GBIF pour faire progresser la science ouverte. (deadline de soumission des candidatures : 1er août 2019)
 
Du 23 janvier au 1er août, les individus et les équipes peuvent préparer des outils et des techniques qui améliorent l’accès, l’utilité et la qualité des données ouvertes sur la biodiversité et les soumettre à ce concours incitatif ouvert.
Plusieurs approches sont possibles pour ce challenge. Les participants peuvent choisir de développer de nouvelles applications, visualisations, méthodes, flux de travail ou analyses, en utilisant souvent (mais pas toujours) l'API GBIF pour accéder aux données. Vous pouvez également développer ou étendre les fonctionnalités des outils et fonctionnalités existants sur l’ensemble du réseau GBIF.
 
 

L'Unité Mixte de Recherche EcoFoG (Ecologie des Forêts de Guyane) a publié, dans le GBIF, le jeu de données suivant :
 

Fungi of French Guiana

5 219 occurences - Lien vers la page du jeu de données sur GBIF.org

L'ensemble de données Champignons de Guyane française: permet de recueillir des données taxonomiques, environnementales et moléculaires grâce à un plan d'échantillonnage exhaustif, stratifié et reproductible dans 126 parcelles représentatives des principaux habitats forestiers

 

Une autre institution française, l'Institut Pasteur de la Guyane, a également partagé un jeu de données sur le GBIF :

A database of Anopheles (Diptera, Culicidae): historical presence records in French Guiana and in the state of Amapá, in South America

3 917 occurences - Lien vers la page du jeu de données sur GBIF.org

La Guyane française, un territoire français, et Amapá, un État brésilien, sont situés dans une zone intertropicale d'Amérique du Sud. Ils fournissent un excellent climat à la présence de vecteurs du paludisme, et notamment du principal vecteur d'Amérique du Sud, Anopheles darlingi. Cette base de données regroupe différentes occurrences d'anophèles en Guyane française et dans l'État d'Amapá entre 1902 et 2014. Elle vise à compléter la connaissance limitée de la répartition des anophèles dans cette région, où la situation transfrontalière est un obstacle majeur à l'élimination du paludisme.

Au nom du réseau des participants nationaux, le Secrétariat du GBIF a le plaisir de lancer l'appel à candidature pour le Young Researchers Award 2019 (prix des jeunes chercheurs). Ce programme annuel vise à favoriser la recherche et la découverte innovantes en informatique sur la biodiversité par des étudiants dont les travaux de master ou de doctorat reposent sur des données diffusées par le biais du GBIF.

 

Comme les années précédentes, le programme 2019 offrira deux prix de 5000€ chacun, marquant la reconnaissance du travail de deux étudiants (un de master, l'autre doctorant, de préférence). Ces deux étudiants seront nommés par les pays participants GBIF.

 

Les lauréats seront sélectionnés parmi le groupe de candidats dont les noms seront reçus par le Secrétariat du GBIF avant le 15 mai 2019. Les gagnants seront annoncés à l'été 2019.

 

Eligibilité

Les candidats doivent être inscrits à un programme d'études supérieures pour être admissibles. Ils doivent être soit des citoyens d'un pays participant du GBIF, soit des étudiants d'un établissement situé dans un pays participant du GBIF. La nomination peut provenir du pays de citoyenneté ou du pays de l'institution d'accueil du candidat.

 

Processus de soumission et délais

Les étudiants qui demandent une nomination doivent s'adresser au chef de délégation d'un pays votant ou associé au GBIF (voir la liste complète). Les participants nationaux sont responsables des délais et processus de réception et de traitement des candidatures qu'ils établissent. En conséquence, les étudiants des cycles supérieurs qui demandent une nomination peuvent consulter les sites Web de leurs point nodal (au GBIF) ou contacter directement le chef de délégation ou le gestionnaire de nœud.

 

Les propositions des étudiants sont d'abord examinées et priorisées au niveau national. Les nœuds nationaux du GBIF sont encouragés à travailler en étroite collaboration avec les communautés académiques et les établissements d'enseignement supérieur dans leurs pays et toucher aux programmes universitaires et groupes de recherche pertinents.

 

Les chefs des délégations nationales peuvent soumettre un maximum de deux candidatures au Secrétariat du GBIFà youngresearchersaward@GBIF.org.

 

La date limite de soumission est le 15 mai 2019.

 

Les chefs des délégations doivent s'assurer que les soumissions sont complètes et inclure tous les éléments énumérés ci-dessous. Les soumissions de propositions incomplètes ne seront pas considérées.

 

Elements nécessaires pour une proposition

Les candidats doivent préparer leurs propositions et leurs dossiers de candidature de telle sorte que les éléments cités ci-dessous soient inclus dedans :

  • un résumé du sujet de recherche (200 mots)
  • une description du projet (maximum 5 pages, Arial 12 points) qui décrit
    • l'intérêt de la recherche et la(es) question(s) qu'elle aborde.
    • le rôle des données accessibles via le GBIF pour répondre à ces questions. Les propositions de recherche doivent clairement démontrer comment l'étude intègre les données mobilisées à travers le GBIF. Les étudiants ayant des questions sur les données accessibles via le GBIF devraient travailler avec les conseillers académiques, leur nœud national GBIF, le Secrétariat du GBIF ou les membres du Comité scientifique pour améliorer la compréhension de ces données.
    • la portée de la recherche, le plan, les méthodologies, les références bibliographiques pertinentes et le calendrier.
    • le cas échéant, une description ou un extrait d'un plan de gestion des données décrivant comment les données relatives à la recherche sont publiées ou seront préparées pour publication dans le réseau GBIF.
  • Curriculum vitae du candidat étudiant, y compris les informations complètes de contact de l'institution d'origine.
  • Documents complémentaires :
    • Une lettre officielle du mentor/superviseur de l'étudiant dans la faculté certifiant que le candidat est un étudiant en règle dans le programme d'études supérieures de l'université.
    • Au moins une, et pas plus de trois, lettres d'appui de chercheurs reconnus, actifs dans un domaine qui englobe et intègre l'informatique dans la biodiversité (ex : génétique, composition et caractères des espèces, biogéographie, écologie, systématique, etc.)

 

Processus de sélection et critères

Le Comité scientifique du GBIF examinera les candidatures et sélectionnera les lauréats des Young Researchers Awards.

Les critères pour les récompenses incluent:

  • l'originalité et l'innovation
  • l'utilisation et l'importance stratégique de données accessibles via le GBIF
  • l'efficacité mesurable et son impact sur l'avancement de l'informatique dans la biodiversité et/ou la conservation de la diversité biologique
  • Les propositions qui ne sont pas sélectionnées peuvent être mises à jour et soumises à nouveau pour examen dans les années suivantes.

Les lauréats sont censés reconnaître le soutien du GBIF lors de la diffusion des résultats de leurs recherches par le biais de publications évaluées par des pairs, de présentations lors de réunions professionnelles et via d'autres médias.

Voir l'article original (en anglais) ici

Plus d'information concernant le GBIF Young Researchers Award (en anglais) ici

 

Grèbe à bec bigarré (Podilymbus podiceps), Los Gatos, Californie, USA. Photo de Edward Rooks via iNaturalist research-grade observations, sous licence CC BY-NC 4.0.

En ce début d'année 2019, plus de 25 Data Papers dont au moins un des auteurs est affilié à une institution française sont disponibles sur notre site.

Le dernier en date est une description de la base de données consacrée aux Asteroidea des régions Antarctique et sub-Antarctique, publié en 2018 par une équipe internationale (Belgique, France, Italie, Nouvelle-Zélande, Pologne, Royaume-Uni, USA) ; le jeu de données décrit est accessible sur l'IPT (Integrated Publishing Toolkit) de l'organisation ANTABIF.

Le Data Paper est une publication scientifique dont le but principal est de décrire un jeu de données ou un ensemble de jeux de données, plutôt que de rendre compte de résultats de recherche.

L’objectif est de créditer et de valoriser les efforts réalisés par les scientifiques et les institutions qui rendent accessibles leurs données à la communauté scientifique. 

Une fonction supplémentaire intégrée depuis la version 2.0.2 de l’outil de publication du GBIF génère automatiquement un manuscrit à partir des métadonnées donnant les informations clés sur un jeu de données accessible via le GBIF.org.

Ce manuscrit peut alors être soumis pour publication éventuelle dans l’une des publications Pensoft (Biodiversity data Journal, ZooKeys, PhytoKeys, BioRisks, NeoBiota), après examen par les pairs, ou dans d'autres publications scientifiques telles que Nature Conservation.

 

Crédit photo : biodiversity.aq

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