Mardi 26 Octobre 2021

Nouveau guide GBIF sur le partage des données d'occurrences dérivées de l'ADN

Le Secrétariat du GBIF a publié un nouveau guide, Publier des données dérivées de l'ADN via des plateformes de données sur la biodiversité, qui fournit des informations pratiques aux détenteurs d'informations génomiques et métagénomiques, afin de mieux mettre en valeur les occurrences dérivées de l'ADN sur les plateformes de données sur la biodiversité telles que GBIF.org.

Une équipe d'experts d'Australie, d'Estonie, de Norvège, de Suède et du Danemark a décrit des principes et des pratiques à destination des détenteurs de données basées sur l'ADN souhaitant accroître leur réutilisabilité au-delà de leurs contextes « omiques » initiaux.

L'utilisation de données génétiques pour détecter, décrire, classer et quantifier les taxons s'est généralisée en écologie moléculaire, en phylogénétique et dans d'autres domaines de la recherche sur la biodiversité. Ce nouveau guide aide les détenteurs de ces données à voir les avantages de les rendre accessibles à un plus large éventail de recherches et de politiques sur la biodiversité.

En s'abstenant de décrire les détails spécifiques à chaque plateforme (et documentés ailleurs), en faveur de termes et de schémas plus communs, d'une description des pièges typiques et des meilleures pratiques, l'approche générale adoptée par les auteurs peut s'appliquer au partage de données dérivées de l'ADN via n'importe quelle plate-forme de données sur la biodiversité, y compris les nombreux systèmes nationaux utilisés dans le monde.

 

La publication du guide permettra également aux membres du réseau GBIF, notamment l'Ocean Biodiversity Information System (OBIS) et Atlas of Living Australia, d'aligner les efforts de leurs propres réseaux pour combiner les enregistrements détectés par l'ADN avec les données existantes issues des spécimens de musée, des observations sur le terrain et de la surveillance, des projets de science citoyenne et d'autres sources.

 

Le guide a été enrichi par des discussions avec des membres de plusieurs communautés différentes axées sur l'ADN, notamment le groupe de travail sur la biodiversité génomique du TDWG (Biodiversity Information Standards) et le groupe de travail TDWG sur l'interopérabilité durable Darwin Core-MIxS. L'expertise collective de ces communautés a aidé à clarifier la meilleure façon d'appliquer les termes des standards relatifs aux données génomiques, notamment MIxS, GGBN et MIQE. Ces ajouts sont pris en charge par une nouvelle extension du Darwin Core pour les données dérivées de l'ADN, actuellement en production à la fois dans l'outil GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) et sur GBIF.org.

Le guide représente la prochaine étape des efforts du GBIF pour connecter son infrastructure de données et ses outils aux sources pertinentes d'informations génomiques et métagénomiques, en s'appuyant sur des collaborations avec la communauté UNITE, l'Institut européen de bioinformatique de l'EMBL (à travers ses archives européennes de nucléotides et sa plateforme MGnify), et l'International Barcode of Life Consortium (IBOL).

 

Plus d'informations sur le site du GBIF (en anglais)

 

Image : Collybie à pied velouté (Flammulina velutipes), Kursk, Fédération de Russie. Photo 2020 Oleg Ryzhkov via iNaturalist research-grade observations, sous licence CC BY-NC 4.0.

 

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