Vendredi 03 Mai 2024

8 novembre 2022, 10h-11h30

 

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Les Data papers servent de « mécanisme pour inciter la publication de données dans le domaine de la science de la biodiversité » et un moyen de soutenir les chercheurs qui conservent et gèrent les données avec une forme reconnaissable de publication savante.
Contrairement aux articles de recherche conventionnels qui rapportent des hypothèses et des conclusions, un document de données a pour objectif principal de décrire un ensemble de données, de souligner son importance et les circonstances de sa collecte, et d'accroître la visibilité et la découvrabilité des données, de leurs auteurs et de leur organisation d'origine.

Au cours de ce webinaire de 90 minutes, Dmitry Schigel, responsable scientifique au secrétariat du GBIF, et des partenaires de trois éditeurs de données ouvertes - Pensoft Publishers, GigaByte Journal et le Journal of Limnology - discuteront de trois appels ouverts en cours pour la soumission de data papers qui utilisent GBIF à la mobilisation ciblée des données du nord de l' Eurasie, sur les vecteurs de maladies humaines et sur les espèces qui vivent ou dépendent de l' eau douce.

Au cours de la dernière décennie, le GBIF a travaillé avec des éditeurs de revues pour soutenir et promouvoir la préparation de documents de données, ce qui a conduit à près de 400 data papers décrivant FAIR et des ensembles de librement accessibles via son infrastructure mondiale.

 

Programme

Date
(CET/UTC+1)
Sujet Intervenant
10:00–10:05 Introduction Daniel Noesgaard
Secrétariat du GBIF
10:05–10:25 Données et data papers diffusés par le GBIF Dmitry Schigel
Secrétariat du GBIF
10:25–10:40 Origine des data papers
Biodiversity Data Journal et appel pour l'Eurasie du Nord
Lyubomir Penev
Éditeur Pensoft
10:40–11:00 Discussion : questions et réponses  
11:00–11:12 Data papers sur les vecteurs de maladies
(vidéo préenregistrée)
Scott Edmunds
GigaScience
11:12–11:22 Data papers sur les espèces d'eau douce Diego Fontaneto
Journal of Limnology
11:22–11:30 Discussion : questions et réponses  
11:30 Clôture Dmitry Schigel

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Lieu : En ligne
Date : 8 novembre 2022 10:00 - 11:30
Langue : Anglais

 

 

La croissance récente de la publication de données par les institutions ukrainiennes se maintient, la formation norvégienne sur les compétences en matière de données se poursuit dans un format virtuel

Les chercheurs et les professionnels des données ukrainiens font preuve d'une résilience extraordinaire dans la poursuite et l'expansion des activités et des compétences en matière de publication de données.

Même si l'Ukraine ne participe pas encore officiellement au GBIF en tant que gouvernement membre, une communauté nationale dynamique de publication de données a démontré un engagement inébranlable à partager les données ouvertes sur la biodiversité de ses institutions, au mépris des immenses défis et de la tragédie provoqués par la guerre.

Depuis le 1er janvier 2022, les institutions basées en Ukraine ont ajouté plus de 170 000 nouveaux enregistrements d'occurrence d'espèces, soit une augmentation de 34 %, ajoutant une couverture de données pour 5 433 espèces supplémentaires (une augmentation de 44 %). Le Groupe ukrainien pour la conservation de la nature (UNCG) a établi un rythme effréné, publiant 63 des 71 nouveaux ensembles de données à ce jour en 2022, qui reflètent ensemble une croissance de 77 % depuis le début de l'année. Plus remarquable encore, l'invasion du pays en mars n'a eu aucun impact sur le taux de croissance.


 

Ensembles de données sélectionnés publiés après l'invasion

 


L'expansion de l'activité ukrainienne de publication de données sur la biodiversité a été favorisée par l'inclusion du pays dans BioDATA, un projet international lancé en 2018 par l'Université d'Oslo (UiO), avec un financement de l'Agence norvégienne pour la coopération internationale et l'amélioration de la qualité dans l'enseignement supérieur (DIKU) (qui fait désormais partie de la Direction de l'enseignement supérieur et des compétences, ou HKDIR). Le projet vise à fournir aux étudiants d'Europe de l'Est, du Caucase du Sud et d'Asie centrale des compétences pratiques liées aux infrastructures et normes internationales de données.

Un atelier de formation BioDATA prévu en Ukraine avait déjà été retardé en raison de la pandémie, et la guerre a rendu impossible sa reprogrammation en tant qu'événement en personne dans un avenir prévisible. Avec une forte demande de l'intérieur de l'Ukraine pour poursuivre la formation, celle-ci s'est déroulée sous forme d'événement virtuel en août, attirant 20 étudiants de maîtrise et de doctorat avec le soutien de mentors ukrainiens expérimentés et d'une équipe internationale d'instructeurs.

Comme lors des trois précédentes sessions en personne dans le cadre du projet BioDATA tenues en Biélorussie (2019), au Tadjikistan (2019) et en Arménie (2022), le personnel du GBIF Norvège,hébergé à l'UiO, a dirigé le cours de formation intensif sur quatre jours, en utilisant le programme Biodiversité du GBIF Cours de mobilisation des données comme programme de base, avec des adaptations pour répondre aux besoins de BioDATA.

 

« La communauté des données ouvertes sur la biodiversité en Ukraine s'est considérablement développée depuis 2019, date du lancement de BioDATA, mais l'enthousiasme a parfois dépassé les connaissances et les compétences techniques des chercheurs ukrainiens », a déclaré Oleh Prylutskyi, professeur agrégé de mycologie et de résistance des plantes à l'Université nationale VN Karazin Kharkiv, et l'un des organisateurs locaux de l'initiative BioDATA en Ukraine. « ;BioDATA promet d'être l'énorme moteur de nouvelles avancées dans la mobilisation des données sur la biodiversité en Ukraine, car nous avons maintenant obtenu plus de 20 nouveaux spécialistes bien formés, chacun pouvant devenir une source de nouvelle croissance. »

 

« L'invasion par la Fédération de Russie ne devrait pas empêcher la formation en Ukraine », a déclaré Hugo de Boer,rofesseur et directeur de recherche au Musée d'histoire naturelle de l'UiO et chercheur principal sur BioData. « Cela rend cependant encore plus important la mobilisation des données sur la biodiversité et offre des opportunités à nos collègues motivés en Ukraine qui se trouvent à un carrefour difficile. »

 

Les responsables du programme ont sélectionné les étudiants pour participer sur la base de candidatures décrivant leurs antécédents et leur motivation à suivre le cours. Maintenant que les réunions en ligne sont terminées, les participants qui terminent avec succès leurs travaux finaux recevront un certificat de participation valant deux crédits de cours universitaires et un badge numérique attestant de leurs compétences en mobilisation de données sur la biodiversité. Dans l'intervalle, BioDATA collabore avec NL BIF —le centre d'information sur la biodiversité des Pays-Bas - sur un programme de petites subventions pour soutenir la mobilisation de données à partir de projets d'étudiants en Ukraine.

Le leadership fourni par GBIF Norvège par le biais de BioDATA s'est avéré déterminant pour élargir les frontières du réseau international de GBIF dans le nord de l'Eurasie, puisque quatre pays avec des étudiants impliqués dans des formations BioDATA précédentes ont rejoint le réseau GBIF en tant que participants nationaux : la Biélorussie, l'Armenie, l'Ouzbékistan et le Tajikistan. Le GBIF Norvège et le secrétariat du GBIF prévoient de s'appuyer sur les réalisations du programme, le HKDIR ayant promis un financement pour soutenir sa deuxième phase à partir de 2022.

 

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Responsables de cours BioDATA

Organisateurs locaux

 

Instructeurs

 

Mentors

 

 

Champignon perroquet (Gliophorus psittacinus), observé en Ukraine.
Photo 2021 Oleh Prylutskyi via iNaturalist Research-grade Observations, licensed under CC BY-NC 4.0.

 

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Le candidat au doctorat - et premier récipiendaire d'un prix d'Allemagne - est sélectionné pour avoir développé une approche automatisée d'apprentissage en profondeur permettant d'utiliser des photographies de scientifiques citoyens pour prédire les traits fonctionnels des plantes.

 

 

Christopher Schiller, diplômé de l'Institut de technologie de Karlsruhe (KIT) et actuellement doctorant à la Freie Universität Berlin, a été nommé l'un des deux lauréats du Prix des jeunes chercheurs 2022.

An jury d'experts a reconnu Schiller pour avoir développé une nouvelle démonstration du potentiel de combinaison des mégadonnées issues de la science professionnelle et citoyenne avec des modèles d'apprentissage automatique pour automatiser les évaluations à l'échelle mondiale de la diversité fonctionnelle des plantes. Nommé par la délégation allemande du GBIF , Schiller est le premier ressortissant allemand à recevoir le prix.

Les traits fonctionnels des plantes sont essentiels pour comprendre et évaluer la biodiversité et les processus écosystémiques. Cependant, les exigences et la difficulté de les observer et de les mesurer directement limitent considérablement les données disponibles. Dans l'espoir de combler cette lacune, Schiller a proposé d'explorer le potentiel de l'application de la reconnaissance de formes basée sur l'apprentissage profond à des centaines de milliers de photographies prises par des scientifiques citoyens pour prédire et révéler l'expression de traits cachés à la vue.

Schiller a commencé par utiliser des noms d'espèces pour lier des images et des coordonnées de plantes provenant d'observations de qualité iNaturalist Research via GBIF.org à des observations de traits d'experts de la base de données TRY sur les traits de plantes. Une fois ces connexions établies, les modèles de reconnaissance de formes pourraient commencer à apprendre les caractéristiques des plantes visibles (ou cachées) sur les photos pour générer des prédictions pour des traits tels que la surface foliaire, la hauteur de croissance, la masse des graines et la teneur en azote des feuilles.

La prédiction de plusieurs traits clés basée uniquement sur les caractéristiques de l'image a produit des cartes de traits globaux qui reflètent les modèles macroécologiques mondiaux généraux à travers les formes de croissance et les biomes. L'introduction de modèles d'ensemble et de connaissances préalables sur la plasticité des traits et le climat a même amélioré les résultats.

 

« À notre grande surprise, tout comme un écologiste qualifié pourrait probablement se rapprocher de ces traits en regardant des photographies de plantes et de leurs organes, les modèles initiaux ont produit des prédictions remarquablement précises », a déclaré Schiller. « Les résultats révèlent une autre manière dont les informations recueillies par les scientifiques citoyens peuvent étendre les sources de données volumineuses qui améliorent notre compréhension scientifique de la biodiversité. »

 

« Les travaux de Christopher révèlent un autre domaine dans lequel les scientifiques citoyens peuvent contribuer à la recherche macroécologique et biogéographique », a déclaré Sebastian Schmidtlein, professeur et chef du groupe de recherche sur la végétation à l'Institut de géographie et de géoécologie, au KIT. « Je pense que cela offre une perspective prometteuse et un excellent exemple de ce que les données recueillies par GBIF et les nouvelles possibilités apportées par le Deep Learning peuvent faire pour la science. »

 

« Christopher a poursuivi un programme de recherche exigeant qui traitait de données hétérogènes et multidimensionnelles, de relations écologiques complexes et de méthodes de pointe exigeantes en science des données », a déclaré Teja Kattenborn, chercheur au System Research du Centre de télédétection pour la Terre de l'Université de Leipzig qui a été directeur de thèse de Schiller alors qu'il était auparavant au KIT. « C'est un signe de sa réussite que cette étude révolutionnaire ait abouti à une publication évaluée par des pairs dans Nature Scientific Reports quelques mois seulement après la soumission de sa thèse. »

 

Après avoir obtenu une maîtrise en géoécologie avec distinction du KIT, Schilling a maintenant commencé des recherches doctorales en télédétection et géoinformatique à l'Institut des sciences géographiques de la Freie Universität Berlin.

Schiller partage le prix 2022 avec Armand Rausell-Moreno ode l'Universidad Internacional Menéndez Pelayo ien Espagne, les deux lauréats recevant un prix de 5 000 €.

 

À propos du prix

Depuis sa création en 2010, le prix annuel GBIF pour les jeunes chercheurs a cherché à promouvoir et à encourager l'innovation dans la recherche liée à la biodiversité en utilisant des données partagées via le réseau GBIF.

 

À propos de l'Institut de technologie de Karlsruhe

Le KIT crée et transmet des connaissances pour la société et l'environnement en tant que « université de recherche de l'association Helmholtz », où plus de 5 500 scientifiques coopèrent dans un large éventail de disciplines des sciences naturelles et de l'ingénierie, de l'économie, des sciences humaines et des sciences sociales.
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À propos de la Freie Universität Berlin

La Freie Universität Berlin est une institution de recherche de premier plan dont les 16 départements universitaires et instituts centraux entretiennent plus de 100 partenariats internationaux et proposent plus de 150 programmes diplômants dans un large éventail de matières.
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Jury du Prix Jeunes Chercheurs 2022

 

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Le deuxième lauréat espagnol du prix consécutif vise à développer un processus de sélection reproductible et presque sans frais pour révéler la diversité potentielle cachée dans les concepts taxonomiques existants.

Armand Rausell-Moreno, qui vient de terminer son Master en biodiversité des zones tropicales à l'Universidad Internacional Menéndez Pelayo (CSIC-UIMP), été nommé l'un des deux lauréats du Prix Jeunes Chercheurs 2022.

Un jury d'experts a sélectionné Rausell-Moreno, qui a été nommé par la délégation espagnole du GBIF, pour ses recherches sur le développement d'un processus simple, reproductible et peu coûteux pour identifier les groupes et les populations dont les différences écologiques peuvent masquer la diversité cryptique qui se cache au sein des espèces actuellement décrites.

Le programme d'études de Rausell-Moreno répond à un regain d'attention autour du concept de spéciation écologique. TCette forme bien documentée de divergence par sélection naturelle survient lorsque différentes populations d'organismes précédemment classées comme une seule espèce deviennent isolées sur le plan de la reproduction en raison de facteurs écologiques. La réduction ou l'élimination résultante du flux de gènes entre les deux populations, une fois détectée par l'analyse phylogénétique des relations évolutives présentes dans les échantillons d'ADN, peut entraîner une révision taxonomique qui divise une espèce en deux espèces (ou plus).

L'approche logicielle proposée combine la modélisation de niche environnementale et les méthodologies de regroupement avec des phylogénies récemment publiées qui fournissent désormais des preuves de la présence de deux à cinq espèces différentes là où il n'y en avait qu'une auparavant. En utilisant des données sur d'autres variables environnementales parallèlement aux données d'occurrence du GBIF, Rausell-Moreno a testé l'approche sur des espèces telles que l'euphorbe baumière (Euphorbia balsamifera), le perce-oreille commun (Forficula auricularia) et le serpent royal de l'Est (Lampropeltis getula) pour analyser si le contexte écologique peut expliquer la structure des populations divergentes, en totalité ou en partie. La disponibilité de données ouvertes sur la biodiversité et d'outils existants à faible coût ou gratuits suggère la possibilité d'appliquer cette méthodologie de dépistage à une échelle beaucoup plus grande.

 

« Sur la base des résultats obtenus jusqu'à présent, cette méthodologie est prometteuse en tant qu'outil de délimitation des populations d'espèces », a déclaré Rausell-Moreno. « Dans certains cas, nous avons pu classer correctement les individus dans leurs populations génétiquement déterminées avec une précision allant jusqu'à 92 % avant de fournir à l'algorithme toute information sur les affectations de clades à partir des études phylogénétiques. »

 

« Armand est un étudiant dévoué et engagé dans une carrière dans le domaine de la biologie de la conservation et de la biodiversité" », a déclaré Javier Diequez Uribeondo, vice-directeur de la recherche au Real Jardín Botánico (RBJ-CSIC), 'un des 120 instituts de recherche compris dans le Conseil national espagnol de la recherche (CSIC: en espagnol, Consejo Superior de Investigaciones Científicas). « Sa passion pour la recherche est évidente à partir de ses excellents résultats, qui démontrent le potentiel de son approche de regroupement dans la conduite d'un criblage à grande échelle pour identifier les cas potentiels de spéciation écologique. »

 

« Armand a clairement défini l'objectif de sa thèse après avoir réfléchi à tous les problèmes possibles auxquels il pourrait être confronté, ce qui a démontré son esprit d'analyse et quelque chose que je définirais comme une étincelle de chercheur peu commune chez les étudiants de maîtrise, », a déclaré Jesús Muñoz, chercheur au RBJ-CSIC et directeur de thèse de Rausell-Moreno. « L'étude ouvre de nouvelles voies de recherche pour accélérer la détection d'espèces cryptiques ou négligées, contribuant éventuellement à réduire l'effet de l'obstacle taxonomique auquel la plupart des groupes d'organismes sont confrontés. »

 

Rausell-Moreno est le troisième étudiant espagnol à remporter le prix, après Nora Escribano et Julen Torrens Baile qui ont été sélectionnés en 2017 et 2021, respectivement. Rausell-Moreno vient de commencer à travailler comme technicien diplômé à l'Valencian Institute of Agrarian Research.

Rausell-Moreno partage le prix 2022 avec Christopher Schiller de la Freie Universität Berlin en Allemagne, les deux lauréats recevant un prix de 5 000 €.

 

À propos du prix

Depuis sa création en 2010, le prix annuel GBIF pour les jeunes chercheurs a cherché à promouvoir et à encourager l'innovation dans la recherche liée à la biodiversité en utilisant des données partagées via le réseau GBIF.

 

À propos de l'Universidad Internacional Menéndez Pelayo

L'Universidad Internacional Menéndez Pelayo (CSIC-UIMP) est une institution indépendante affiliée au ministère des Universités dont le siège principal est à Madrid, dont la mission est de promouvoir la culture et la science, de favoriser les relations internationales et interrégionales, les échanges scientifiques et culturels, ainsi que ainsi que mener des activités de recherche avancées et spécialisées.
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Jury du Prix Jeunes Chercheurs 2022

 

Armand Rausell-Moreno, lauréat du GBIF Young Researchers Award 2022, lors d'un stage de master à Tenerife, îles Canaries, avril 2022.
Photo publiée avec l'aimable autorisation de M. Rausell-Moreno.

 

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