Le GBIF (Global Biodiversity Information Facility, ou Système mondial d'information sur la biodiversité) est un réseau international dont le but est de mettre à disposition le maximum de données primaires sur la biodiversité via le portail www.gbif.org, de façon libre et gratuite.

Ces données primaires, aussi appelées données d’occurrences d’espèces, permettent de détailler où, quand, comment et par qui des représentants de toutes sortes d’espèces animales, végétales et d’autres groupes taxonomiques ont été observés ou collectés. Ces informations peuvent également prendre la forme de listes d’espèces ou d’échantillonnages naturalistes.

L’INPN (Inventaire national du patrimoine naturel), piloté par PatriNat, constitue la plateforme nationale du Système d’information de l’inventaire du patrimoine naturel (SINP). Cet inventaire contribue au GBIF depuis plusieurs années, en partageant au niveau international les données d’occurrences d’espèces rassemblées par les producteurs de données français sur le territoire national, métropole et outre-mer inclus. Ces données d’observation d’espèces sont transmises par les partenaires (associations naturalistes, bureaux d’études environnementales, services de l'État...), que ce soit au niveau régional grâce au travail des plateformes régionales du SINP et de leurs réseaux, mais également grâce aux réseaux de production nationaux.

Cette contribution a encore augmenté en 2022 avec la diffusion vers le GBIF de plus de 19 millions de nouvelles données, portant à 101 millions le total des données partagées par PatriNat dans ce système d’information mondial sur la biodiversité ; cela fait de la France le 3^e pays contributeur en termes de nombre de données partagées, issues de plusieurs centaines de producteurs.

Cette contribution 2022 vers le GBIF a été marquée par l’ajout des données provenant des études d’impacts environnementaux et des projets d’aménagements concernés par le dispositif DEPOBIO, qui gère le dépôt légal des données brutes de biodiversité issues du secteur privé. Cela représente plusieurs milliers de nouveaux jeux de données sur tous les territoires français, qui viennent enrichir la connaissance des espèces au niveau national et international.

Toutes ces données sont librement accessibles et contribuent à la production de nouvelles études scientifiques ainsi qu’à l’appui aux politiques publiques : suivi des espèces envahissantes et des zoonoses, identification des zones à protéger en priorité, étude de la répartition et de la migration des espèces, etc. L’utilisation des données mises en ligne sur GBIF.org est compilée chaque année dans la revue scientifique du GBIF.

Le GBIF France, en association avec PatriNat dans laquelle il est intégré, remercie tous les producteurs et éditeurs de données français ayant contribué au GBIF et reste disponible à l'adresse gbif@gbif.fr pour accompagner la mise en ligne ou l'utilisation des données accessibles dans le réseau GBIF !

En savoir plus

• Voir la page data publisher de PatriNat sur gbif.org
• Voir le site du dispositif DEPOBIO
• Voir la Revue scientifique du GBIF
• Voir la vidéo « Le SINP et la sphère internationale » décrivant les flux de données entre SINP et GBIF
• Voir le Guide d’accompagnement pour la transmission des données d’observation sur les espèces dans le cadre de programmes nationaux

Crédits photos

• Rosalie des Alpes Rosalia alpina © Julien Touroult

Le GBIF et le Journal of Limnology en libre accès, ont lancé un appel aux chercheurs pour qu'ils soumettent des data papers sur les espèces qui habitent les eaux intérieures du monde.

Alors que les environnements d'eau douce couvrent moins de 1 % de la surface de la Terre et contiennent moins de 3 % de toute l'eau de la planète, ils abritent au moins 10 % de toutes les espèces. De nombreux macro- et micro-organismes d'eau douce servent également de sentinelles pour la santé de ces écosystèmes, qui fournissent des avantages vitaux essentiels à toutes les espèces, même terrestres comme la nôtre. Malgré les graves menaces auxquelles la biodiversité des eaux douces est confrontée, la compréhension et les investissements dans sa protection sont généralement dérisoires par rapport à ceux dirigés vers les domaines terrestre et marin.

Pour aider les efforts visant à combler les lacunes dans les données primaires sur la biodiversité des espèces d'eau douce, le GBIF parrainera les frais de traitement des articles - normalement 624 € - pour les seize (16) premiers manuscrits acceptés par le Journal of Limnology pour décrire les jeux de données :

• Avec une avec une pertinence de recherche claire pour les espèces habitant ou dépendant des habitats d'eau douce
• avec plus de 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org
• avec des données et des métadonnées de haute qualité
• ddédié au domaine public sous une désignation CC0 ouverte

La date limite de soumission est le 22 octobre 2022.

Voir la définition complète des termes ci-dessous.

« Nous sommes fiers de ce numéro spécial traitant de data papers sur la biodiversité des eaux douces en collaboration avec le GBIF », ont déclaré Diego Fontaneto et Michela Rogora, rédacteurs en chef du Journal of Limnology. « À une époque de perte de biodiversité et de pénurie d'eau, nous espérons que cet appel relancera l'intérêt pour les inventaires de la biodiversité des eaux douces. »

partagent un intérêt à soutenir les programmes de recherche et de politiques pour la biodiversité d'eau douce à toutes les échelles », a déclaré Joe Miller, secrétaire exécutif du GBIF. « Nous sommes ravis de travailler avec eux pour augmenter la couverture des espèces dans les eaux intérieures du monde tout en nous appuyant sur des initiatives de mobilisation de données déjà réussies, comme nos récents appels à des données sur les vecteurs de maladies humaines et la biodiversité des sols. »

 

Instructions détaillées

Les auteurs doivent préparer le manuscrit en anglais et le soumettre conformément au guide pour les auteurs du Journal of Limmology avant le 22 octobre 2022.

Le parrainage est limité selon le principe du premier arrivé, premier servi aux seize (16) premières soumissions acceptées pour répondre à ces critères, de sorte que l'appel à soumissions peut clôturer la date limite indiquée. Les auteurs peuvent contribuer à plus d'un manuscrit, mais la division artificielle des données logiquement uniformes et des récits de données, ou « tactique du salami », n'est pas autorisée.

Les publications sélectionnées paraîtront dans un numéro spécial du Journal of Limnology fin 2022 ou début 2023. Le Journal est indexé à la fois dans Web of Science Impact Factor 1.673) et Scopus (CiteScore : 3.4).

Les locuteurs non natifs de l'anglais doivent s'assurer que leurs manuscrits soient vérifiés soit par des locuteurs natifs, soit par des éditeurs professionnels de langue anglaise avant la soumission. Vous pouvez créditer ces personnes en tant que « contributeur ». Les contributeurs ne sont pas répertoriés comme co-auteurs mais peuvent vous aider à améliorer vos manuscrits. Les soumissions mal écrites seront rejetées avant le processus d'examen par les pairs.

En plus des instructions aux auteurs, les manuscrits doivent faire référence au jeu de données en :
a) citant le DOI du jeu de données
b) apparaissant dans la liste des références de l'article
c) en incluant "GBIF Freshwater" dans les données du projet : titre et "2022" dans les données du projet : Identifiant dans les métadonnées du jeu de données.

Définition des termes utilisés

Jeux de données avec une pertinence de recherche claire pour les espèces habitant ou dépendant des habitats d'eau douce

Cet appel sponsorisé pour des data papers a un accent thématique sur les espèces qui dépendent des environnements d'eau douce. Les jeux de données peuvent contenir des enregistrements de « prises accessoires » pour des espèces terrestres ou marines, mais la grande majorité - environ 80 % - de tous les enregistrements d'un jeu de données donné doit concerner des espèces qui dépendent incontestablement des environnements d'eau douce pendant au moins une partie de leur vie.

Les auteurs peuvent préparer des data papers décrivant des jeux de données de listes de contrôle, d'occurrences ou d'événements d'échantillonnage; cet article de blog peut aider les auteurs à déterminer la classe la plus appropriée pour organiser leurs données.
Voir des exemples de jeux de données de listes de contrôle, d'occurrences, et d'événements d'échantillonnage existants.

Jeux de données avec plus de 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org

Les jeux de données doivent contenir environ 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org en 2022. Les jeux de données de liste de contrôle et d'événements d'échantillonnage en dessous du seuil peuvent être considérés comme éligibles sur la base d'une valeur exceptionnelle et traités au cas par cas par l'éditeur. Les unités publiables minimales, la "tactique du salami" et les articles de version de jeux de données sont découragés : les jeux de données doivent être publiés dans leur état d'origine, non rogné.

De jeux de données sont, par nature, dynamiques, et tandis qu'un data paper promeut et décrit le jeu de données dans son état actuel au moment de la soumission, le lien du jeu de données peut et souvent se résoudra à la ressource en ligne en évolution. Par conséquent, un data paper devrait idéalement être rédigé de manière à servir de vitrine, de citation bibliographique et de source permanente pour le jeu de données.

Jeux de données avec des données et des métadonnées de haute qualité

Les auteurs doivent commencer par publier un jeu de données composé de données et de métadonnées qui répondent aux exigences de qualité des données énoncées par le GBIF. Cet effort impliquera probablement de travailler sur une installation du GBIF Integrated Publishing Toolkit. Si l'archive Darwin Core est construite ailleurs, l'utilisation du GBIF Data Validator est recommandée avant la publication.

Daphnie (Daphnia galeata Sars, 1864), observée en Russie par Ivan , sous license CC BY-NC 4.0.

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Le réseau d'experts de l'UICN a utilisé les données du GBIF dans 25 % des évaluations nouvelles et mises à jour incluses dans la récente mise à jour de la Liste rouge de l'UICN des espèces menacées™ (Liste rouge).

Ces dernières évaluations de la Liste rouge ont analysé le risque d'extinction auquel sont confrontées plus de 7 500 espèces, comprenant des centaines de plantes vasculaires, de poissons, de reptiles et d'amphibiens ainsi que des dizaines d'insectes et de mammifères. Les citations d'utilisation des données de 140 téléchargements identifiés de manière unique avec des DOI améliorent la transparence et la reproductibilité d'une partie des 1 839 évaluations citant l'utilisation du GBIF comme source de données dans leur bibliographie.

Les contributions du réseau GBIF à la Liste rouge ne se limitent pas aux données. Une équipe de l'Institut national ougandais de recherche sur les ressources halieutiques (NaFiRRI) dirigée par Laban Musinguzi, actuellement sous-traitant de soutien régional du GBIF pour l'Afrique, a examiné les poissons d'eau douce afrotropicaux et a contribué à 29 nouvelles évaluations, chacune fournissant des liens directs vers les données du GBIF étayant leurs conclusions.

Plus de la moitié des espèces évaluées incluses dans la mise à jour sont classées dans la catégorie Préoccupation mineure, cependant, près de 2 500 espèces sont considérées comme menacées (c'est-à-dire vulnérables, en voie de disparition ou en danger critique d'extinction), tandis que 21 espèces sont considérées comme éteintes. Cela inclut le barbeau géant de l'atlas (Labeobarbus reinii), un poisson d'eau douce endémique au Maroc qui a été signalé pour la dernière fois en 2001.

Connu pour ses migrations du Mexique et de la Californie en hiver vers les aires de reproduction estivale à travers les États-Unis et le Canada, le papillon monarque migrateur (Danaus plexippus subsp. plexippus) est l'un des nouveaux ajouts à la Liste. Les évaluateurs ont utilisé les occurrences médiées par le GBIF pour cartographier la distribution et calculer l'étendue et la zone d'occurrence, classant le papillon comme étant en danger selon les critères A2ab de la Liste rouge.

« L'évaluation de la Liste rouge de l'UICN pour le monarque migrateur place l'état de conservation de cette sous-espèce emblématique dans un contexte mondial. Il est clair que davantage doit être fait pour protéger ce papillon et sa migration unique », a déclaré Anna Walker, qui, en tant qu'espèce L'agent de survie de la New Mexico BioPark Society et membre du groupe de spécialistes des papillons et des papillons de nuit de la Commission de la survie des espèces de l'UICN a dirigé l'évaluation du monarque migrateur. Elle a poursuivi : « Le processus d'évaluation a été facilité par l'utilisation des données d'occurrence du GBIF. Les informations sur la distribution sont essentielles pour comprendre le risque d'extinction de toute espèce. Le GBIF est une ressource inestimable pour accéder à des données d'occurrence précises et à jour. »

Danaus plexippus subsp. plexippusobservé à Querétaro, Mexique par Christine Cieslak Campelo - CC BY-NC 4.0

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