TDR, GigaScience Press et GBIF renouvellent leur partenariat pour un numéro spécial de revue axé sur la publication de nouveaux ensembles de données présentant des données sur la biodiversité pour la recherche sur les vecteurs de maladies humaines.
Date limite : 30 juin 2023

TDR, le programme spécial de recherche et de formation sur les maladies tropicales hébergé à l'Organisation mondiale de la santé, GigaScience Press et GBIF ont annoncé un deuxième appel aux auteurs pour soumettre des articles de data papers sur les vecteurs de maladies humaines à inclure dans une série thématique publiée dans GigaByte Journal.

Cet appel s'appuie sur la première partie de la série, qui a mobilisé plus de 500 000 enregistrements d'occurrences et 675 000 événements d'échantillonnage dans plus de 50 pays.

Les maladies à transmission vectorielle représentent environ un quart de toutes les maladies infectieuses. Bien qu'il y ait eu des progrès significatifs pour le paludisme, avec une diminution récente des taux de morbidité et de mortalité dus au paludisme, ces progrès s'arrêtent actuellement. D'autres maladies, telles que celles causées par les arbovirus comme la dengue, le chikungunya, la fièvre jaune et plus récemment le Zika, se développent, avec un nombre accru de cas et de décès.

La nécessité de développer de nouvelles stratégies, approches et outils de lutte antivectorielle a été reconnue dans le cadre de la Réponse mondiale à la lutte antivectorielle approuvée par l'Assemblée mondiale de la Santé en 2017.. L'un des objectifs mutuellement convenus entre le GBIF et le TDR est de travailler sur un référentiel de données relatives aux vecteurs et de soutenir la conception et l'identification des sources et des contacts pour les campagnes de mobilisation de données afin d'améliorer la couverture des données pour aider la recherche sur la santé humaine. Dans le cadre de cette collaboration, GigaByte soutiendra un second numéro sur les data papers sur les vecteurs.

Les data papers soumis doivent décrire les ensembles de données avec les critères suivants :

• Les données sont clairement pertinentes pour la recherche sur les vecteurs de maladies humaines à transmission vectorielle
• Les jeux de données contiennent plus de 5 000 enregistrements qui sont nouveaux sur GBIF.org en 2022-23, ainsi que des données et des métadonnées de haute qualité
• Les données sont dédiées au domaine public sous une désignation CC0 ouverte.

L'appel à manuscrits sera ouvert jusqu'au 30 juin 2023.

Les frais de traitement d'article seront supprimés pour 15 articles, à condition que les publications soient acceptées et répondent aux critères ci-dessus.

Instructions pour les auteurs

Nous recommandons aux auteurs de commencer par préparer le jeu de données et de le publier via GBIF.org avant de passer à la rédaction et à l'édition de manuscrits.

Le manuscrit doit être préparé en anglais et soumis conformément aux instructions de GigaByte aux auteurs.

Les auteurs peuvent contribuer à plus d'un manuscrit, et les publications de données peuvent soutenir et être publiées parallèlement aux publications d'analyse traditionnelles, mais le travail et la publication de données décrits doivent être autonomes et se justifier en ajoutant de la valeur.

GigaBytepubliera une deuxième phase de son numéro spécial comprenant les articles sélectionnés en 2023. La revue est actuellement indexée dans Pubmed, PubMed Central, le Directory of Open Access Journals (DOAJ), CNKI et JGate et est finaliste pour les ALPSP Awards 2022 pour l'innovation dans l'édition.

Les manuscrits et les ensembles de données seront soumis à un processus d'examen par les pairs ouvert et transparent, y compris l'audit et la conservation des données par l'équipe de données de GigaScience Press. Pour en savoir plus sur la publication de données, consultez le Guide rapide pour publier des data papers via GBIF.org, le Guide rapide pour publier des données via GBIF.org et les instructions de soumission GigaByte. Les articles de GigaByte Data Release ont un format simple et facile à écrire, aet les auteurs peuvent faire leurs soumissions en utilisant des fichiers Microsoft Word (DOC, DOCX), PDF et TeX/LaTeX (voir le modèle au verso .) Pour des exemples supplémentaires de ce que le produit final peut ressembler à voir aussi la première série d'articles.

La nouvelle plate-forme de publication XML de bout en bout de GigaByte signifie que la publication peut être effectuée de manière plus rapide et plus rentable, mieux conçue pour ces objets de recherche plus granulaires qui ne nécessitent pas un véhicule aussi laborieux et détaillé pour le partage. . Cela permet également une interactivité supplémentaire et nous pouvons travailler avec les auteurs pour intégrer des cartes, des plugins de données vidéo et d'imagerie et d'autres outils pertinents pour visualiser les données et les résultats dans les publications finales. Veuillez discuter avec les éditeurs si vous avez un contenu dynamique que vous souhaitez mettre en évidence.

Pour toute question, veuillez contacter Scott Edmunds, rédacteur en chef de la série thématique chez GigaByte, ou health@gbif.org.

Définition des termes

• Jeux de données pertinents pour la recherche sur les vecteurs de maladies humaines à transmission vectorielle
  Cet appel sponsorisé à data papers est axé sur la thématique des vecteurs de maladies humaines à transmission vectorielle. Les auteurs peuvent préparer des data papers décrivant des jeux de données, de listes de contrôle, d'occurrences ou d'échantillonnage ; cet article de blog aidera les auteurs à déterminer quelle classe de jeux de données est la plus appropriée. Les données sur les agents pathogènes (virus, bactéries et parasites) peuvent être publiées en tant qu'attributs des données vectorielles sur le champ associatedOccurrences dans les jeux de données d'occurrences et d'échantillonnage. Aucune donnée humaine ne peut être incluse dans les jeux de données. Voir des exemples de jeux de données de listes de contrôle, d'occurrences, et d'échantillonnages de jeux de données.
• Jeux de données avec plus de 5 000 enregistrements qui sont nouveaux sur GBIF.org
  Le seuil minimum de 5 000 enregistrements d'occurrences n'est qu'un nombre indicatif, et non l'objectif de publier un jeu de données qui est coupé pour être juste au-dessus de la limite à franchir. Les données doivent être nouvelles sur GBIF.org en 2022-23, fournissant des données et des métadonnées de haute qualité. Les jeux de données de la liste de contrôle et d'échantillonnage inférieurs au seuil seront considérés comme éligibles sur la base de leur valeur exceptionnelle et traités au cas par cas par l'éditeur. Unités minimales publiables, édition salami et les articles sur les versions de jeux de données sont déconseillés : les jeux de données doivent être publiés dans leur état d'origine, non rogné. De nombreux jeux de données sont, par nature, dynamiques, et tandis qu'un data papers promeut et décrit le jeu de données dans son état actuel au moment de la soumission, le lien du jeu de données peut et souvent se résoudra à la ressource en ligne en évolution. Par conséquent, un data papers devrait idéalement être rédigé de manière à servir de citation bibliographique, de vitrine et de « source » durable pour le jeu de données. Tous les jeux de données contenant des données de support supplémentaires non adaptées au GBIF seront conservés et hébergés dans le référentiel GigaScience Press GigaDB ou dans d'autres référentiels spécifiques à un domaine.
• Jeux de données avec des données et des métadonnées de haute qualité
  Les auteurs doivent commencer par publier un jeu de données comprenant des données et des métadonnées qui répondent auxs exigences de qualité des données du GBIF. Cet effort impliquera de travailler sur une installation du GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT). Si l'archive Darwin Core est construite ailleurs, l'utilisation du validateur de données GBIF est recommandée avant la publication des données.

Moustique domestique commun (Culex pipiens), observé en Suède. Photo © 2022 Carl A. Andersson via Artportalen

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La France transmet au GBIF 140 millions de données sur ses territoires, dont 85% sont issues de l’INPN.

Le GBIF (Global Biodiversity Information Facility, ou Système mondial d'information sur la biodiversité) est un réseau international dont le but est de mettre à disposition le maximum de données primaires sur la biodiversité via le portail www.gbif.org, de façon libre et gratuite.

L’INPN (plateforme nationale du Système d’information de l’inventaire du patrimoine naturel (SINP) contribue au GBIF depuis plusieurs années, en partageant au niveau international les données d’occurrences d’espèces rassemblées par les producteurs de données français sur le territoire national, métropole et outre-mer inclus. Ces données d’observation d’espèces, accessibles sur OpenObs, sont transmises par les partenaires (associations naturalistes, bureaux d’études environnementales, services de l'État...), que ce soit au niveau régional grâce au travail des plateformes régionales du SINP et de leurs réseaux, mais également grâce aux réseaux de production nationaux.

Début 2023, plusieurs envois de données agrégées par l’INPN ont permis à la France d’accéder à la 2^e place des pays contributeurs du GBIF ; ces données, diffusées par flux automatisé utilisant les services web GBIF, représentent 85% des 139,9 millions d’occurrences d’espèces partagées sur les territoires français par plusieurs centaines de producteurs.

Depuis 2022, les contributions de l’INPN vers le GBIF sont marquées par l’ajout des données provenant des études d’impacts environnementaux et des projets d’aménagements concernés par le dispositif DEPOBIO, qui gère le dépôt légal des données brutes de biodiversité issues du secteur privé. Cela représente plusieurs milliers de nouveaux jeux de données sur tous les territoires français, qui viennent enrichir la connaissance des espèces au niveau national et international.

Toutes ces données sont librement accessibles et contribuent à la production de nouvelles études scientifiques ainsi qu’à l’appui aux politiques publiques : suivi des espèces envahissantes et des zoonoses, identification des zones à protéger en priorité, étude de la répartition et de la migration des espèces, etc. L’utilisation des données mises en ligne sur GBIF.org est compilée chaque année dans la revue scientifique du GBIF.

En savoir plus

• Voir l’ensemble des données publiées par la France sur le site du GBIF
• Contribuer à l'INPN

Photo : Fritillaire pintade (Fritillaria meleagris)© Éric Sansault (ANEPE Caudalis) / INPN

Le rapport final du premier trimestre décrit les améliorations dans la découverte, l'accès et l'utilisation des données sur les hôtes sauvages, les vecteurs et les réservoirs de maladies humaines

Le comité scientifique du GBIF a renouvelé un groupe de travail d'experts chargé d'aider le réseau à améliorer la découverte, l'accès et l'utilisation des données sur la biodiversité liées aux maladies humaines.

Alors que le mandat du groupe de travail sur la mobilisation et l'utilisation des données sur la biodiversité pour la recherche et la politique sur les maladies humaines a gagné en importance à la lumière des origines zoonotiques de la pandémie de COVID-19, il trouve son origine dans le nombre croissant d'utilisations de la recherche évaluée par des pairs de données véhiculées par le GBIF liées à la santé humaine.

En novembre 2022, la dernière présidente du premier groupe de travail, Paloma Shimabukuro, a soumis un rapport sur les réalisations du groupe qui décrivait des progrès significatifs vers un ensemble de six objectifs. En plus d'affiner les messages pour soutenir les campagnes de mobilisation de données et de promouvoir l'utilisation et la conservation des données médiées par le GBIF, les membres du groupe de travail ont proposé des recommandations d'experts pour clarifier comment et où des données plus nombreuses et de meilleure qualité pourraient améliorer la recherche liée aux zoonoses et aux maladies à transmission vectorielle chez l'homme.

La réalisation la plus visible du groupe à ce jour est centrée sur la mobilisation d e plus de 500 000 nouvelles occurrences de vecteurs publiées dans une série spéciale de data papers "Data Release" dans la revue GigaByte. Son succès a été tel que le secrétariat du GBIF et le programme spécial de recherche et de formation sur les maladies tropicales de l'Organisation mondiale de la santé (TDR) ont rapidement annoncé un deuxième data papers sur les données liées aux vecteurs, qui est désormais ouvert jusqu'au 30 avril 2023.

« La première phase de ce groupe de travail a fourni des conseils pratiques pour améliorer l'exhaustivité, la pertinence et l'adéquation à l'utilisation des données sur la biodiversité sauvage partagées via le réseau GBIF qui est lié aux maladies humaines » a déclaré Quentin Groom, chercheur au Meise Botanic Gardenet président du groupe renouvelé. « Nous sommes ravis que le comité scientifique reconnaisse la valeur de ce travail et nous encourage à continuer à en tirer parti. »

L'une des principales sources d'opportunités pour le réseau GBIF de s'engager dans des domaines liés aux maladies provient du mouvement croissant "One Health", une approche intégrative qui reconnaît les liens intimes entre la santé et le bien-être des humains, des animaux et des écosystèmes. Alors que d'autres infrastructures continueront à fournir un accès aux données épidémiologiques et vétérinaires liées aux maladies humaines, le GBIF vise à soutenir les communautés One Health en garantissant la disponibilité de données à l'échelle mondiale sur les espèces sauvages liées aux risques de maladies humaines et aux menaces pour la santé publique.

« Les liens fondamentaux entre les humains, les animaux et les écosystèmes dans notre vie quotidienne rendent absolument critique une utilisation plus large des preuves de la biodiversité dans le cadre de l'approche One Health » a déclaré Catherine Machalaba, scientifique principale pour la santé et la politique à EcoHealth Alliance. « Les données du réseau GBIF aident les chercheurs et les praticiens à mieux comprendre, surveiller et prendre des mesures pour réduire le risque de maladie tout en montrant l'utilité pratique d'intégrer le secteur de l'environnement dans des collaborations multisectorielles One Health. »

En plus d'accueillir le Dr Josiane Etang du Cameroun au sein du groupe de travail, le Secrétariat souhaite exprimer sa gratitude et son appréciation pour les contributions de deux membres sortants, le Dr Luna Kamau du Kenya et le Dr Thomas Orrell et le Dr Carlos Zambrana-Torrelio, tous deux des États-Unis.

Mandat : Groupe de travail sur les maladies humaines, v2.0

Membres du groupe de travail

Le moustique Aedes scapularis observé au Brésil. Photo 2022 César Favacho via iNaturalist Research-grade Observations sous licence >CC BY NC

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Le GBIF poursuit son partenariat avec FinBIF et Pensoft pour soutenir la publication de nouveaux ensembles de données sur les organismes dont les cycles de vie dépendent du sol
Date limite : 22 septembre 2023

En collaboration avec le Finnish Biodiversity Information Facility (FinBIF) et Pensoft Publishers, le GBIF a annoncé un nouvel appel aux auteurs pour qu'ils soumettent et publient des data papers sur la biodiversité des sols dans une collection spéciale du Biodiversity Data Journal (BDJ). L'appel s'appuie sur les efforts fructueux des partenaires pour mobiliser des données en 2020-2022.

Jusqu'au 22 septembre 2023, Pensoft renoncera aux frais de traitement d'article (normalement 650 €) pour les 40 premiers manuscrits de data papers acceptés qui répondent aux critères suivants pour décrire un jeu de données :

• avec plus de 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org en 2023
• avec des données et des métadonnées de haute qualité
• avec une couverture des espèces/taxons présents dans le sol à au moins une étape de leur cycle de vie.

Voir la définition complète de ces termes ci-dessous.

Instructions détaillées

Les auteurs doivent préparer le manuscrit en anglais et le soumettre conformément aux instructions de BDJ aux auteurs avant le 22 septembre 2023. Les soumissions tardives ne seront pas éligibles aux dérogations APC.

Le parrainage est limité aux 40 premières soumissions acceptées répondant à ces critères selon le principe du premier arrivé, premier servi. L'appel à candidatures peut donc se clôturer avant la date limite du 22 septembre 2023. Les auteurs peuvent contribuer à plus d'un manuscrit, mais la division artificielle des données logiquement uniformes et des récits de données, ou « publication salami », n'est pas autorisée.

BDJ publiera un numéro spécial comprenant les articles sélectionnés. La revue est indexée par Web of Science (Impact Factor 1.54) et Scopus (CiteScore : 1.8).

Pour les locuteurs non natifs, veuillez vous assurer que votre anglais est vérifié soit par des locuteurs natifs, soit par des éditeurs professionnels de langue anglaise avant la soumission. Vous pouvez créditer ces personnes en tant que « Contributeur » via l'interface ARPHA Writing Tool (AWT). Les contributeurs ne sont pas répertoriés comme co-auteurs mais peuvent vous aider à améliorer vos manuscrits.

En plus de l'instruction BDJ aux auteurs, les data papers doivent faire référence au jeu de données en :
a) citant le DOI du jeu de données
b) apparaissant dans la liste de références de l'article
c) en incluant "Soil Biodiversity 2023" dans le Project Data: Title et "Soil-2023" dans Project Data: Identifier dans les métadonnées du jeu de données.

Les auteurs doivent explorer la section GBIF.org sur les data papers et les stratégies et directives pour la publication scientifique de données sur la biodiversité. Les manuscrits et les jeux de données seront soumis à un processus standard d'examen par les pairs. Lors de la soumission d'un manuscrit à BDJ, les auteurs sont priés d'assigner à leur manuscrit Topical Collection: Soil biodiversity à l'étape 3 du processus de soumission. Pour lancer la soumission du manuscrit, n'oubliez pas d'appuyer sur le bouton Submit to the journal.

Pour voir un exemple, consultez ce jeu de données sur GBIF.org et le data paper correspondant publié par le BDJ.

Les questions peuvent être adressées soit à Dmitry Schigel, responsable scientifique du GBIF, soit à Yasen Mutafchiev, rédacteur en chef du BDJ.

Ce projet s'inscrit dans la continuité des data papers réussis en 2020-2022. Les articles sponsorisés seront disponibles dans une collection spéciale du BDJ, et les jeux de données correspondants seront affichés sur la page du projet sur GBIF.org.

Définition des termes

Jeux de données avec plus de 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org

Les jeux de données doivent contenir au minimum 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org. Bien que l'accent soit mis sur les enregistrements supplémentaires sur la biodiversité des sols, les enregistrements déjà publiés dans GBIF peuvent répondre aux critères de "nouveaux" s'ils sont substantiellement améliorés, notamment par l'ajout de lieux géoréférencés. La réduction artificielle d'enregistrements provenant de jeux de données par ailleurs uniformes au minimum nécessaire ("publication salami") est déconseillée et peut entraîner le rejet du manuscrit. Les nouvelles soumissions décrivant des mises à jour de jeux de données déjà présentées dans des documents de données publiés antérieurement ne seront pas parrainées. La justification de la publication de jeux de données comportant moins d'enregistrements (par exemple, des jeux de données d'échantillonnage, des données basées sur des séquences, des listes de contrôle avec des espèces endémiques, etc.

De nombreuses recherches sur la biodiversité des sols sont menées à l'aide de méthodes d'ADN environnemental (eDNA) et de métabarcodage, et nous accueillons les soumissions non seulement basées non seulement sur la morphologie, mais aussi sur les détections et les identifications basées sur l'ADN. Les jeux de données basés sur le métabarcodage eDNA contiennent généralement des millions de lectures de séquences, chaque enregistrement de présence étant souvent représenté par des milliers de lectures. Par conséquent, un jeu de données avec plus de 5 000 lectures de séquences ne rend pas un data paper éligible au parrainage, mais un data paper basé sur un jeu de données avec plus de 5 000 occurrences de présence uniques sur un certain nombre d'échantillons peut être éligible. Dans de telles études, le nombre d'espèces (OTU/ASV), le nombre d'échantillons, le nombre d'événements d'échantillonnage peuvent varier considérablement, et la conception de votre étude dicte la meilleure façon de capturer ces spécificités.

Dans le même temps, comme mentionné ci-dessus, les auteurs sont censés publier cela dans leur forme la plus complète, avec autant d'échantillons et d'espèces/taxons de la même étude que possible. Notez que si les jeux de données dérivés de l'ADN basés uniquement sur la qPCR (sans séquençage) sont également éligibles, les auteurs sont encouragés à publier les enregistrements de présence et d'absence dans les jeux de données qPCR. Dans de tels cas, seul le nombre de présences sera pris en compte pour l'éligibilité au parrainage, et le même principe s'applique à tous les jeux de données d'événements d'échantillonnage.
Pour plus de détails sur la préparation des données, voir le guide Publication de données dérivées de l'ADN via des plateformes de données sur la biodiversité.

Jeux de données avec des données et des métadonnées de haute qualité

Les auteurs doivent commencer par publier un jeu de données composé de données et de métadonnées qui répondent aux exigences de qualité des données énoncées par le GBIF. Cet effort impliquera de travailler sur une installation du GBIF Integrated Publishing Toolkit. BDJ effectuera son audit de données standard et son examen technique. Tous les jeux de données doivent réussir l'audit des données avant qu'un manuscrit ne soit transmis pour examen par les pairs.

Ce n'est que lorsque le jeu de données est préparé que les auteurs doivent alors se tourner vers le travail sur le texte du manuscrit. Les métadonnées étendues que vous entrez dans l'IPT lors de la description de votre jeu de données peuvent être converties en manuscrit d'un simple clic sur un bouton dans l'AWT (voir également Creation and Publication of Data Papers from Ecological Metadata Language (EML) Metadata. Les auteurs peuvent ensuite compléter, éditer et soumettre les manuscrits au BDJ pour examen.

Jeux de données couvrant la biodiversité des sols

Conformément aux priorités de financement de cet appel, au moins 80 % des enregistrements d'un jeu de données doivent contenir des enregistrements sur la biodiversité des sols. Ces espèces/taxons sont généralement définis comme passant au moins une étape de leur cycle de vie dans le sol. D'autres associations avec le sol (telles que des liens trophiques, un abri temporaire au lieu d'un habitat permanent) seront examinées par les éditeurs de traitement au cas par cas.

Le collembole Dicyrtomina ornata observé en France. Photo 2022 Alexis Lours via iNaturalist Research-grade Observations sous licence >CC BY 4.0

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