Dimanche 03 Mars 2024

Septembre 2023

Un outil expérimental soutient la recherche collaborative sur la phylogénétique en permettant l'accès, l'examen, la comparaison et les téléchargements de données révélant les relations évolutives entre les espèces.

Le GBIF a introduit un nouvel explorateur phylogénétique sur le Legume Data Portal (portail de données sur les légumineuses), un projet du groupe de travail phylogénomique sur les légumineuses. Lancé pour soutenir les discours d'ouverture de la 8e Conférence internationale sur les légumineuses (8ILC), à Pirenópolis, Brazil, le 6 août 2023, cet outil de visualisation offre une nouvelle vue des données d'occurrence des espèces du réseau GBIF, en les organisant conformément aux preuves phylogénétiques actuelles. sur les relations évolutives entre les espèces au sein de la grande famille cosmopolite des légumineuses végétales.

La vue par défaut de l'outil expérimental présente des données d'occurrence médiées par le GBIF alignées sur une phylogénie récemment publiée d'espèces de légumineuses césalpinioïdes (Ringelberg et al. 2023). Les utilisateurs peuvent parcourir et sélectionner les enregistrements de 1 860 espèces aux extrémités de l'arbre ainsi que de certains taxons d'ordre supérieur aux articulations des branches. Tous les taxons correspondent à la taxonomie de base du GBIF, de sorte que la carte affichée pour chaque espèce individuelle de la phylogénie correspond à la carte des espèces disponible sur gbif.org.

La nouveauté du visualisateur réside dans sa capacité à cartographier les occurrences d'un clade entier, ou d'un groupe de taxons liés par un ancêtre commun, en un seul clic. Les utilisateurs peuvent également sélectionner et comparer plusieurs clades, y compris des clades frères étroitement apparentés, parcourir l'arbre phylogénétique, modifier les vues et les couleurs de la carte et télécharger les occurrences qu'ils sélectionnent. Cet effort continu de recherche et de développement s'appuie sur les enseignements tirés de deux projets précédents, PhyloJive et PhyloLink.

 

« L'explorateur phylogénétique présente une grande famille écologiquement importante et distribuée à l'échelle mondiale qui peut servir de test aux systématistes du monde entier », a déclaré Anne Bruneau de l'Université de Montréal. « Notre groupe de travail travaille en communauté depuis 2010 pour faciliter et diffuser la recherche sur la systématique, la taxonomie et la biodiversité des légumineuses. Nous sommes donc ravis de ces avancées. »

 

Le portail de données sur les légumineuses, pris en charge par Canadensys et GBIF, fonctionne comme une instance du service de portail hébergé du GBIF. Les membres du groupe de travail ont utilisé les premières versions du visualiseur pour soutenir la conservation communautaire, ce qui a conduit à la publication de la première version d'une liste de contrôle mondiale sur les légumineuses approuvée par la communauté qui améliore l'exactitude de l'occurrence, de la biodiversité et des données taxonomiques. D'autres développements et partenariats sont prévus après cette première version publique, les commentaires et retours des utilisateurs sont donc les bienvenus via phylogeny@gbif.org.

 

« Je suis convaincu que permettre ce changement de perspective vers une classification basée sur l'ADN ouvrira de nouvelles voies de recherche », a déclaré Joe Miller, secrétaire exécutif du GBIF. « Mais la promesse que représente cet effort technique de recherche et développement pour soutenir directement les indicateurs de diversité phylogénétique pertinents pour les politiques est tout aussi passionnante. »

 

 

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Lieu : Virtuel, en ligne
Date : 20 septembre 2023 - 15h-16h CEST

 

Le prochain webinaire communautaire du GBIF explorera un autre exemple de la façon dont le nouveau modèle de données étend les possibilités d'évolution et d'enrichissement de la norme Darwin Core, cette fois tiré du projet WorldFAIR dirigé par CODATA et la Research Data Alliance.

Le GBIF et Embrapa dirigent des modules de travail adjacents sur la biodiversité et la biodiversité agricole pour ce projet financé par l'UE. Après un aperçu de leurs travaux, les membres de l'équipe discuteront des résultats des efforts de l'Embrapa visant à mapper les données d'interactions sur les pollinisateurs des plantes avec l' extension Extended Measurement or Facts de Darwin Core et de ses implications pour le nouveau modèle de données.

Inscrivez-vous à l'événement

 

 

Programme

Heure Sujet Conférencier
15h00-15h05 Accueil et présentation Alex Delipalta
RDA Europe
15h05-15h20 WorldFAIR WP9: Présentation du modèle de données unifié du GBIF Joe Miller & John Wieczorek
GBIF
15h20-15h35 WorldFAIR WP10: Cas d'utilisation des normes de données sur les pollinisateurs liées à l'agriculture Debora Drucker
Embrapa
15h35-15h55 Panel et questions-réponses
Connecter les lots de travaux: Modèle unifié du GBIF et données d'interactions sur la pollinisation des plantes
Alex Delipalta
Debora Drucker
Joe Miller
Tim Robertson
José Augusto Salim
Maarten Treckels
John Wieczorek

 

Resources


 


 

Lieu : Virtuel, en ligne
Date : 20 septembre 2023 - 15h-16h CEST
Langue : Anglais, arabe, chinois (simplifié), français, russe et espagnol

 

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Le GBIF se joint à la Taskforce for Nature-based Financial Disclosures (Groupe de travail pour une information financière basée sur la nature) et à dix autres organisations internationales pour répondre à l'intérêt croissant des entreprises pour les données relatives à la nature et souligner les avantages sociétaux d'un système mondial de données publiques relatives à la nature.

Une étude exploratoire de haut niveau entreprise par le Groupe de travail sur les informations financières liées à la nature (TNFD) et 11 organisations partenaires (dont le GBIF) a conclu que les données de haute qualité liées à la nature constituent un bien public mondial avec une demande croissante d'un large éventail d'acteurs. acteurs publics, privés et de la société civile du monde entier.

L'intérêt pour des solutions à l'échelle mondiale aux besoins en données liées à la nature s'est accéléré depuis que les pays sont parvenus à un accord sur le cadre mondial Kunming-Montréal pour la biodiversité lors de la COP-15 de la Convention des Nations Unies sur la diversité biologique à Montrealen décembre dernier. La disponibilité de données précises, comparables et pertinentes sur le plan politique est une condition préalable essentielle pour aider les organisations à devenir plus résilientes face aux risques liés à la nature et pour faciliter le flux de capitaux vers des résultats positifs pour la nature.

InEn réponse, le TNFD a réuni 11 organisations internationales pour évaluer les arguments en faveur d'un centre mondial de données publiques liées à la nature, en mettant d'abord l'accent sur la nécessité d'améliorer la disponibilité, la qualité et la comparabilité des données sur l'état de la nature. Les conclusions de l'étude ont été publiées le 10 août 2023 en marge du sommet amazonien de Belem, au Brésil, en présence du secrétaire exécutif du GBIF, Joe Miller.

 

« Le gouvernement, les entreprises, la finance et la société civile ne peuvent pas prendre de mesures efficaces face aux défis naturels et climatiques sans données de haute qualité, comparables et facilement accessibles », a déclaré Tony Goldner, directeur exécutif du TNFD. « De nombreux progrès ont été réalisés depuis l'Accord de Paris pour améliorer la qualité et l'accessibilité des données liées au climat. Nous avons maintenant besoin d'un changement radical d'orientation et de financement pour améliorer une base de référence mondiale de données liées à la nature. et le travail de nombreux organismes et organisations scientifiques nationaux et internationaux sur plusieurs décennies, nous pensons qu'il existe de solides arguments en faveur de la connexion, de la mise à l'échelle et de la maintenance des données liées à la nature via un centre mondial de données publiques. «

 

Une analyse du paysage des données sur la nature entreprise par le TNFD en mars 2022 a conclu qu'un nombre important de mesures et de données liées à la nature existent déjà et sont utilisées aujourd'hui, mais des défis critiques demeurent :

  • normalisation des méthodes et des définitions
  • la maintenance et la connectivité des jeux de données liées à la nature
  • une accessibilité améliorée pour une communauté croissante d’utilisateurs de données
  • comparabilité pour faciliter l'élaboration des politiques, la stratégie commerciale et les décisions d'allocation de capital par les marchés financiers.

 

L'examen du paysage du TNFD a également révélé que de nouvelles technologies et solutions de données liées à la nature émergent rapidement, des données satellitaires à l'ADNe, la plupart étant dirigées par de nouvelles collaborations entre les institutions scientifiques et les fournisseurs de données de marché. Ces nouvelles avancées ouvrent de nouvelles possibilités passionnantes pour améliorer et mettre à l’échelle les données d’évaluation de l’état de la nature et soulignent que les acteurs du secteur privé seront de plus en plus d’importants fournisseurs de données liées à la nature, et non seulement des utilisateurs.

L’une des principales conclusions de l’étude de cadrage est que la croissance rapide de la demande de données liées à la nature pourrait soutenir le développement d’un système mondial de données publiques liées à la nature, offrant ainsi des avantages significatifs aux parties prenantes publiques, privées et de la société civile du monde entier. Dans la mesure du possible, les partenaires recommandent que les données de référence liées à la nature restent ouvertes et accessibles à un large éventail de parties prenantes, plutôt que d'être conservées derrière des barrières payantes ou dans des systèmes propriétaires.

 

» En tant que réseau axé sur les normes, responsable de la source la plus complète et la plus largement utilisée de données gratuites, ouvertes et interopérables sur la biodiversité, nous soutenons l'appel de l'étude du TNFD en faveur d'une plus grande ambition et d'un plus grand investissement dans les données liées à la nature en tant que bien public mondial «, a déclaré Miller. » Plus de deux décennies après sa création par l'intermédiaire de l'OCDE, le GBIF peut fournir au service public proposé un modèle précieux et des enseignements tirés concernant ses pratiques de conception, de gouvernance et de renforcement des capacités. «

 

L’étude a exploré trois options possibles pour mieux mettre à l’échelle, connecter et financer l’amélioration des données liées à la nature et a recommandé un centre mondial de données publiques liées à la nature qui connecte et étend les plateformes de données existantes aux niveaux national et infranational. Cette installation doit également intégrer le nombre croissant de sources de données liées à la nature provenant du secteur privé dans une plateforme partagée et ouverte.

 

« Soutenu par des structures de portée, de gouvernance, de financement et d'incitation appropriées, et rendu possible par des méthodes et des normes cohérentes à l'échelle mondiale pour les données liées à la nature, un centre mondial de données publiques liées à la nature changerait la donne pour une meilleure gestion des risques et permettrait une nouvelle nature. des marchés émergent », a déclaré Simon Zadek,président de Nature Finance.

 

Les organisations à l'origine de l'étude de cadrage entament maintenant la prochaine phase de travail exploratoire, impliquant des consultations avec un large éventail de parties prenantes en vue d'élaborer un modèle de gouvernance, de financement et d'exploitation préféré pour le centre de données publiques proposé et d'assurer des synergies avec les données climatiques associées, des initiatives telles que le Net Zero Public Data Utility (NZDPU) et d’autres.

Télécharger le document » Findings of a high-level scoping study exploring the case for a global nature-related public data facility »

 

Partenaires contributeurs

 

 

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Le métabarcodage des échantillons d'ADN environnemental ou des échantillons en vrac est l'une des principales sources de nouvelles données sur la biodiversité, et le GBIF étudie les moyens d'étendre son soutien aux communautés intéressées par la publication de données sur la biodiversité dérivées de l'ADN et d'augmenter leur visibilité et leur réutilisation au-delà des référentiels et archives moléculaires.

À l'occasion de la mise à jour de notre guide sur le partage de ces données via des plateformes de biodiversité – qui comprennent désormais une section spéciale sur la publication de données sur l’ADNe marin – le GBIF invite les personnes qui détiennent des données de métabarcodes ADN à nous aider à piloter un outil expérimental de publication de données qui répond aux récents commentaires de la communauté omics.

D'ici le 1er novembre 2023, nous invitons les volontaires à nous contacter et à envoyer les données de métabarcoding ADN traitées à l'équipe pilote ADN du GBIF à DNA@gbif.org. Idéalement, ces jeux de données métabarcoding/eDNA proviendront directement de personnes ayant une solide compréhension de la structure et des origines de leurs données (plus d’informations sur les attentes en matière de données ci-dessous). En fonction de la demande, nous pouvons donner la priorité au traitement des jeux de données candidats des pays du réseau GBIF ou celles qui comblent les lacunes en matière de connaissances spatiales et taxonomiques. Nous utiliserons les jeux de données fournis pour tester et affiner l'outil expérimental et élaborer des lignes directrices concernant son utilisation future. De plus, nous travaillerons sur les processus de publication de données du GBIF pour garantir que tous les jeux de données contribués soient publiés sur le GBIF à la suite de ce projet pilote.

 

Pourquoi partager les données de métabarcoding de l'ADN sur gbif.org

  • Les données seront réutilisées pour la recherche et l'élaboration de politiques, augmentant ainsi l'impact sur les connaissances scientifiques et la compréhension de la biodiversité mondiale.
  • Le système de suivi des citations du GBIF enregistre chaque réutilisation de données dans les publications scientifiques.
  • Le partage de données via GBIF.org offre aux chercheurs et autres utilisateurs de données une voie supplémentaire pour découvrir les travaux et publications scientifiques sous-jacents.
  • Les créateurs de données gèrent les crédits académiques et l'attribution et contrôlent à la fois la fréquence et l'ampleur des modifications et des mises à jour.
  • Le GBIF attribue à chaque ensemble de données un identifiant d'objet numérique (DOI), un identifiant persistant et un lien vers l'ensemble de données.

 

Que faire si vous êtes intéressé

Considérez les jeux de données d'ADN de métabarcoding qui pourraient et devraient être accessibles à un public plus large. Envoyez les données à dna@gbif.org, et nous vous contacterons si nous avons besoin de plus d'informations ou de précisions. Une fois que nous aurons traité les jeux de données, nous vous fournirons un aperçu des données afin que vous puissiez les examiner et les ajuster.

 

Données attendues

Les jeux de données pilotes de métabarcoding/ADN électronique devraient provenir directement de ceux qui connaissent le mieux et personnellement la structure des données et leurs origines. Idéalement, les éléments de données suivants constituent un point de départ, sous forme de tableaux séparés ou fusionnés, de feuilles de calcul Excel ou de texte délimité par tabulation/csv :

  • Tableau OTU/ASV (obligatoire) : un tableau d'abondance ou une matrice espèces/sites avec le nombre de lectures de séquences de chaque "espèce moléculaire" détectée dans chacun des échantillons (ou sites). Utilisez les identifiants des échantillons comme en-têtes de colonne et les identifiants des OTU comme noms de ligne, ou vice-versa. Les séquences peuvent être utilisées comme identifiants d'OTU.
  • Données sur les échantillons/sites (obligatoire) : un tableau contenant des métadonnées pour chacun des échantillons (ou sites). La position géographique de chaque échantillon est requise (de préférence sous forme de latitude et de longitude décimales), et les identifiants des échantillons doivent correspondre à ceux du tableau des OTU.
  • Tableau de taxonomie (facultatif) : un tableau contenant des informations sur chaque OTU. Au minimum, la séquence de l'OTU est nécessaire si elle n'est pas utilisée en tant qu'identifiant de l'OTU. Si une taxonomie a été attribuée aux OTU, le nom scientifique déduit de chaque OTU peut être fourni.
  • Données de l'étude (recommandé) : des informations sur l'étude / la génération de données OU un lien vers une publication ou une autre source d'où les informations (marqueur/gène, plateforme de séquençage, type d'échantillons, etc...) peuvent être extraites.

 

Exemples de jeux de données de métabarcoding de l'ADN électronique sur gbif.org

 

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Le Secrétariat du GBIF a annoncé la mise en ligne de la prochaine version de l'Integrated Publishing Toolkit (IPT), à tester par les utilisateurs de l'outil.

 

Développée en parallèle des travaux liés à la diversification du modèle de données GBIF, cette version de test offrira à de nombreux utilisateurs un premier aperçu des changements évolutifs majeurs implémentés dans les futures versions de ce logiciel libre et open-source.

 

Comme il ne s'agit pour l'instant que d'une version d'essai avant sa mise en ligne définitive, elle ne doit être installée et utilisée qu'en mode "test" et non pas "production" ; les jeux de données testés sur cette version ne pourront être publiés que sur l'environnement de test du GBIF.

Une description des nouvelles fonctionnalités et de leur utilisation sera prochainement ajoutée au Guide utilisateur de l'IPT. Les retours et suggestions des utilisateurs seront pris en compte via l'interface GitHub de l'IPT.

 

Cette version conserve les fonctionnalités des versions précédentes, tout en autorisant les tests de partage de données plus complexes via l'abolition des contraintes liées au schéma en étoile du standard Darwin Core. Cette plus grande flexibilité permet d'intégrer de nouveaux formats de données tels que les Frictionless Data Packages, et en particulier :

Les modifications présentées dans la version 3.0 de l'IPT ne devraient avoir qu'un impact minime sur les utilistauers actuels de l'outil, quand sa version de production sera mise en ligne d'ici la fin de l'année. Les utilisateurs pourront toujours charger des fichiers tabulés ou connecter l'IPT à des bases de données comme ils le font actuellement. L'IPT continuera également à effectuer des vérifications de la validité des données telles que l'existence et l'unicité des identifiants obligatoires, et assurera l'intégrité des relations lors de la génération des archives Darwin Core.

 

En parallèle, la souplesse introduite pour gérer les nouveaux "data packages" devrait permettre l'ajout rapide de modèles de publication pour d'autres nouveaux formats comme par exemple les données de suivi écologique et environnemental, ou les interactions plantes-pollinisateurs (ces dernières faisant l'objet d'un webinaire à venir).

 

Plus d'informations sur cette page (en anglais).

 

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