Jeudi 30 Mai 2024

GBIF Phylogeny Explorer fait ses débuts sur le portail de données sur les légumineuses

Un outil expérimental soutient la recherche collaborative sur la phylogénétique en permettant l'accès, l'examen, la comparaison et les téléchargements de données révélant les relations évolutives entre les espèces.

Le GBIF a introduit un nouvel explorateur phylogénétique sur le Legume Data Portal (portail de données sur les légumineuses), un projet du groupe de travail phylogénomique sur les légumineuses. Lancé pour soutenir les discours d'ouverture de la 8e Conférence internationale sur les légumineuses (8ILC), à Pirenópolis, Brazil, le 6 août 2023, cet outil de visualisation offre une nouvelle vue des données d'occurrence des espèces du réseau GBIF, en les organisant conformément aux preuves phylogénétiques actuelles. sur les relations évolutives entre les espèces au sein de la grande famille cosmopolite des légumineuses végétales.

La vue par défaut de l'outil expérimental présente des données d'occurrence médiées par le GBIF alignées sur une phylogénie récemment publiée d'espèces de légumineuses césalpinioïdes (Ringelberg et al. 2023). Les utilisateurs peuvent parcourir et sélectionner les enregistrements de 1 860 espèces aux extrémités de l'arbre ainsi que de certains taxons d'ordre supérieur aux articulations des branches. Tous les taxons correspondent à la taxonomie de base du GBIF, de sorte que la carte affichée pour chaque espèce individuelle de la phylogénie correspond à la carte des espèces disponible sur gbif.org.

La nouveauté du visualisateur réside dans sa capacité à cartographier les occurrences d'un clade entier, ou d'un groupe de taxons liés par un ancêtre commun, en un seul clic. Les utilisateurs peuvent également sélectionner et comparer plusieurs clades, y compris des clades frères étroitement apparentés, parcourir l'arbre phylogénétique, modifier les vues et les couleurs de la carte et télécharger les occurrences qu'ils sélectionnent. Cet effort continu de recherche et de développement s'appuie sur les enseignements tirés de deux projets précédents, PhyloJive et PhyloLink.

 

« L'explorateur phylogénétique présente une grande famille écologiquement importante et distribuée à l'échelle mondiale qui peut servir de test aux systématistes du monde entier », a déclaré Anne Bruneau de l'Université de Montréal. « Notre groupe de travail travaille en communauté depuis 2010 pour faciliter et diffuser la recherche sur la systématique, la taxonomie et la biodiversité des légumineuses. Nous sommes donc ravis de ces avancées. »

 

Le portail de données sur les légumineuses, pris en charge par Canadensys et GBIF, fonctionne comme une instance du service de portail hébergé du GBIF. Les membres du groupe de travail ont utilisé les premières versions du visualiseur pour soutenir la conservation communautaire, ce qui a conduit à la publication de la première version d'une liste de contrôle mondiale sur les légumineuses approuvée par la communauté qui améliore l'exactitude de l'occurrence, de la biodiversité et des données taxonomiques. D'autres développements et partenariats sont prévus après cette première version publique, les commentaires et retours des utilisateurs sont donc les bienvenus via phylogeny@gbif.org.

 

« Je suis convaincu que permettre ce changement de perspective vers une classification basée sur l'ADN ouvrira de nouvelles voies de recherche », a déclaré Joe Miller, secrétaire exécutif du GBIF. « Mais la promesse que représente cet effort technique de recherche et développement pour soutenir directement les indicateurs de diversité phylogénétique pertinents pour les politiques est tout aussi passionnante. »

 

 

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