Jeudi 08 Décembre 2022

Avril 2022

Rapport final pour évaluer la mise en œuvre des protocoles de généralisation et explorer des réponses efficaces pour coordonner la publication de données mondiales sur les espèces sensibles.
Date limite : 10 mai 2022

Le secrétariat du GBIF recherche des candidatures de sous-traitants qualifiés pour évaluer les risques et les avantages associés à la publication de données sur les espèces sensibles via le GBIF et proposer une méthodologie cohérente pour l'élaboration de listes mondiales de déclencheurs de données sensibles. L'entrepreneur sélectionné réalisera les travaux dans le cadre d'un contrat de six mois pour un montant forfaitaire de 15 000 €. La date limite de réponse est 10 mai 2022.

Contexte

Les données ouvertes sur la biodiversité du réseau GBIF jouent un rôle essentiel dans le soutien à la recherche et à la prise de décision, comme en témoigne l'augmentation d'année en année du nombre de publications utilisant des données diffusées par le GBIF. Les inquiétudes concernant les utilisations inappropriées des données sur les espèces sensibles mettent toutefois en doute la mesure dans laquelle les données sur les espèces sensibles devraient être librement disponibles.

En 2020, le GBIF a publié des directives mises à jour sur la génération des données sur les espèces sensibles, qui fournissent aux éditeurs de données des protocoles pour générer les données sur les espèces sensibles afin d'atténuer l'impact des menaces potentielles. La capacité des éditeurs de données à appliquer des protocoles de génération dépend de la compréhension des sensibilités au sein des données, qu'elles soient connues de l'éditeur de données ou extraites d'une gamme de listes de contrôle au niveau des espèces (lorsqu'elles existent).

Cette étude vise à renforcer l'importance des données ouvertes sur la biodiversité et à poser les questions :

  • Dans quelle mesure les données sur les espèces sensibles sont-elles générées ?
  • Comment pouvons-nous améliorer les flux de travail de publication de données à l'échelle mondiale pour garantir que les risques liés à la publication de données sensibles ne l'emportent pas sur les avantages ?

L'étude

L'étude commandée devrait comprendre les éléments suivants :

  • Une revue de la littérature pour évaluer et comparer les risques et bénéfices de la publication de données ouvertes sur la biodiversité des espèces sensibles
  • Identifier et analyser (justifications et méthodologies) les listes d'espèces sensibles utilisées au niveau national, régional et mondial et évaluer si la pratique actuelle de publication des données du GBIF suit les directives et protocoles nationaux existants
  • Explorer les options et les mécanismes pour le traitement par le GBIF des données sur les espèces sensibles à l'échelle mondiale

Nous recherchons la meilleure vue d'ensemble mondiale réalisable dans le délai proposé de six mois, mais nous serions également favorables à des approches qui se concentrent sur des échelles régionales ou locales et/ou des taxons sélectionnés qui permettent une enquête et une illustration plus approfondies. L'étude devrait déboucher sur une publication scientifique publiée dans une revue en libre accès pouvant aider à orienter la coordination mondiale sur la publication de données sur les espèces sensibles.

Les livrables du projet soumis avec le rapport final doivent inclure une vidéo préenregistrée et un jeu de diapositives (utilisant le modèle GBIF) décrivant l'approche de l'étude et les principales conclusions.

Le candidat est censé avoir :

  • Une vision claire sur la manière d'identifier la sensibilité des données sur les espèces et à partir de quelles sources de données
  • Une expérience avérée en analyse de données et travail de révision bibliographique, de texte et d'exploration de données
  • Un historique de publications scientifiques en anglais

Dates-clés

  • Date limite de soumission des propositions : 10 mai 2022
  • Début de contrat prévu : 1er juin 2022
  • Durée du contrat : 1er octobre 2022
  • Remise du premier projet de rapport : 1er octobre 2022
  • Remise du projet final/fin de contrat : 30 novembre 2022

Lieu

Il est prévu que le travail soit effectué au port d'attache du candidat sélectionné.

Frais

Le secrétariat du GBIF paiera au contractant sélectionné une rémunération fixe de 15 000 € en deux versements.

Procédure de candidature

Les candidatures doivent être en anglais et inclure :

  • Un résumé de l'approche que vous adopterez pour le travail, y compris un aperçu potentiel de la méthodologie proposée pour identifier la sensibilité dans les ensembles de données à partir d'ensembles de données mondiaux et nationaux (maximum deux pages, y compris les schémas possibles)
  • Un CV, incluant une liste de publications
  • Exemples et autres moyens de démontrer les qualifications pertinentes à cette proposition que vous avez dirigées ou auxquelles vous avez activement participé au cours des cinq dernières années.

Soumettez la proposition à info@gbif.org avant le 10 mai 2022.

Envoyez vos questions et demandes concernant le contrat par e-mail à Andrew Rodrigues, responsable du programme GBIF pour la participation et l'engagement.

 

Arbre à sang de dragon (Dracaena cinnabari), observé au Yémen, classé Vulnérable (VU) sur la Liste rouge des espèces menacées de l'UICN.
Photo 2022 Jonathan Newman via iNaturalist Research-grade Observations, sous license CC BY-NC 4.0

 

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Nouveau poste pour aider à moderniser et maintenir l'infrastructure technique du GBIF
Date limite pour postuler : 24 avril 2022

Le secrétariat du GBIF est à la recherche d'un ingénieur expérimenté en fiabilité du site / ingénieur DevOps pour rejoindre notre petite équipe informatique. L'équipe informatique développe, déploie et exploite l'infrastructure et les services d'indexation en temps réel qui alimentent GBIF.org. Nos systèmes desservent des millions d'utilisateurs chaque année et fournissent quotidiennement des milliards d'enregistrements de téléchargements de données.

Le poste est situé au secrétariat du GBIF à Copenhague, au Danemark, dans une équipe de neuf développeurs et ingénieurs. Voici quelques exemples du type de travail que vous effectuerez :

  • Remplacement de notre installation Hadoop gérée par Cloudera (HDFS, HBase, YARN, Spark)
  • Moderniser notre infrastructure de virtualisation et de calcul avec, par exemple, Kubernetes
  • Mise à niveau, personnalisation et amélioration de nos processus de gestion de serveur (Ansible)
  • Évaluation des moteurs de workflow et supervision de la migration depuis Apache Oozie

Fonction et description du poste

  • Planification de la capacité et configuration des serveurs colocalisés (3 racks, hébergés dans un centre de données universitaire)
  • Effectuer des tâches opérationnelles quotidiennes sur l'infrastructure de GBIF (déploiement, maintenance, configuration, dépannage, surveillance) tout en développant et en soutenant des outils et des processus d'automatisation pour les soutenir
  • Les systèmes de sauvegarde des données et les processus de reprise après sinistre
  • L'infrastructure de construction et de déploiement, y compris différents environnements de test et le déploiement à chaud de nouveaux services
  • Gérer la séparation entre l'infrastructure colocalisée et nos services de cloud public (AWS, Azure et GCS)
  • Participer à une assistance sur appel pour aider à maintenir un environnement 24h/24 et 7j/7

Compétences et expérience requises

  • Comfortable working and thriving within a Linux ecosystem
  • Travailler confortablement et prospérer au sein d'un écosystème Linux
  • Expérience avec des systèmes d'exploitation et de mise à l'échelle avec virtualisation et/ou conteneurisation
  • Expérience des outils d'automatisation comme Ansible, Chef, Puppet et/ou Terraform
  • Expérience dans l'exploitation de systèmes informatiques distribués
  • Expérience en développement logiciel en Java/Scala et Python ou similaire ; vous êtes familiarisé avec les problèmes liés au réglage JVM et aux chemins de classe
  • BS ou MS en informatique ou dans un domaine connexe ou équivalent dans une expérience de travail connexe

Compétences recommandées et appréciées

  • Utilisation de Kubernetes, Docker Swarm, Mesos ou de plates-formes d'orchestration de conteneurs similaires
  • Expérience dans les environnements de cloud computing, en particulier avec AWS et Azure
  • Connaissance des systèmes de recherche basés sur Lucene (Solr ou Elasticsearch)
  • Expérience dans le développement ou l'exploitation d'Apache Spark, Beam ou de systèmes de traitement de données similaires
  • Compétences en dépannage et débogage des systèmes Linux
  • Intérêt pour les projets de logiciels libres et les communautés

Offres GBIF

  • L'opportunité de travailler sur des données ouvertes et des systèmes open source
  • Une atmosphère d'équipe positive et un cadre de travail dynamique dans une capitale mondiale petite mais dynamique
  • Opportunités de collaborer avec des spécialistes des données, des informaticiens et des développeurs hautement qualifiés au sein du Secrétariat et ailleurs
  • Des perspectives variées et uniques de développement personnel et professionnel
  • Un package de rémunération compétitif

Nous offrons la possibilité de contribuer de manière significative à un effort international visant à créer et à gérer la plate-forme Web mondiale pour les données ouvertes sur la biodiversité.

Rémunération et conditions

Les salaires du GBIF sont compétitifs et sont exonérés de l'impôt danois sur le revenu.

Les candidats sélectionnés doivent s'installer au Danemark pendant la durée du contrat, et le secrétariat du GBIF obtiendra le permis de séjour et de travail requis auprès du ministère danois des Affaires étrangères. Un forfait de réinstallation est disponible pour le personnel recruté sur le plan international.

Procédure de candidature et date limite

Pour postuler, veuillez envoyer un curriculum vitae accompagné d'une lettre de motivation, détaillant vos compétences et qualifications et comment vous envisagez d'ajouter de la valeur au GBIF. Les candidats doivent soumettre leur candidature en anglais par e-mail à SRE_Job@gbif.org avant la davant la date limite du 24 avril 2022. Veuillez indiquer dans l'application où vous avez vu cette annonce.

Les demandes de renseignements concernant le poste peuvent être adressées à Tim Robertson, responsable de l'informatique, ou à Susanne Sheldon, responsable des ressources humaines.


À propos du GBIF

Le GBIF (Global Biodiversity Information Facility) est un réseau international et une infrastructure de données financés par les gouvernements du monde et visant à fournir à tous, n'importe où, un accès gratuit et ouvert aux données sur tous les types de vie sur Terre.

Le GBIF est un employeur garantissant l'égalité des chances et accepte les candidatures sans distinction fondée sur le sexe, la couleur, l'origine raciale, sociale ou ethnique, les caractéristiques génétiques, la langue, la religion ou les convictions, les opinions politiques ou toute autre opinion, l'appartenance à une minorité nationale, la fortune, la naissance, le handicap, l'âge ou l'orientation sexuelle, l'état matrimonial ou la situation familiale, ou tout autre statut. Le personnel est recruté sur la base géographique la plus large possible.

 

Abeille maçonne (Osmia cornuta), observée en Italie.
Photo 2022 Federico Del Barba via
iNaturalist Research-grade Observations, sous license CC0.

 

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Le réseau coordonné par iDigBio et le Biodiversity Knowledge Integration Center de l'Arizona State University devient le 42e participant organisationnel et le 105e en tout.

Le Symbiota Support Hub (Centre de service Symbiota), une équipe de service et une ressource d'infrastructure prenant en charge un réseau distribué à l'échelle mondiale de 45 portails de recherche thématiques, est devenu le dernier participant associé du GBIF.

Symbiota est un système de gestion de contenu open source pour la gestion et la mobilisation des données sur la biodiversité, prenant actuellement en charge plus de 1 400 collections de biodiversité qui publient ensemble plus de 70 millions d'enregistrements d'occurrences et 9 millions d'images associées. Les données de 20 portails Symbiota iont déjà accessibles via GBIF.org. Les portails qui fournissent actuellement la plus grande quantité de données comprennent les réseaux régionaux SEINet des herbiers nord-américains et le réseau Symbiota Collections of Arthropods (SCAN). SCAN héberge également VectorBase, le plus grand ensemble de données de vecteurs de maladies humaines via GBIF.

Le Symbiota Support Hub soutient une communauté d'utilisateurs et de contributeurs qui comprend des gestionnaires de collections, des taxonomistes, des écologistes, du personnel de saisie de données, des programmeurs, des informaticiens et des étudiants. Cette circonscription a dirigé une grande partie de la philosophie globale de conception et de mise en œuvre du logiciel, qui vise à promouvoir à la fois les principes directeurs FAIR et les principes CARE pour la gouvernance des données autochtones.

« Rejoindre le GBIF marque une étape passionnante pour le Symbiota Support Hub », a déclaré Katie D. Pearson, responsable des données et cheffe de délégation au GBIF. « Cela nous permet d'intégrer pleinement les services de numérisation ascendante fournis par les portails basés sur Symbiota avec la mission du GBIF de mettre gratuitement à disposition des informations complètes sur la biodiversité. »

« Nous sommes impatients de bâtir sur ce qui est déjà une excellente relation de travail avec le Symbiota Support Hub après leur entrée officielle dans le GBIF", a déclaré Joe Miller, secrétaire exécutif du GBIF. « Leur engagement à abaisser le seuil technique de numérisation des collections dans le monde soutient déjà des programmes tels que information sur la biodiversité pour le développement (BID) et le Fonds d'information sur la biodiversité pour l'Asie (BIFA), et une collaboration plus étroite étendra encore notre impact collectif. »

Le Symbiota Support Hub, qui est chargé de maintenir et de développer le référentiel central de code et de prendre en charge le réseau de portails, est hébergé au Biodiversity Knowledge Integration Center à l'Arizona State University (qui abrite également le bioréférentiel du National Ecological Observatory Network (NEON). Le Hub reçoit un financement de la U.S. National Science Foundation et le ASU Global Futures Laboratory et a rejoint iDigBio en tant que domaine de services nouvellement intégré à l'automne 2021.

 

Amsinckia lunaris J.F.Macbrcollecté par Lynn & Charlie Russell à Knoxville, Californie pour le UC Davis Herbarium (CC BY-NC 4.0)

 

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Une équipe multinationale d'experts dirigée par Bat Conservation International (BCI), le Rwanda Development Board (RDB)et le Rwanda Wildlife Conservation Association (RWCA) a redécouvert la chauve- souris fer à cheval de Hill (Rhinolophus hilli), une espèce en danger critique d'extinction jamais vue depuis quarante ans. Pour soutenir des efforts plus larges pour comprendre et protéger R. hilli et d'autres chauves-souris en péril, l'équipe a simultanément publié ses conclusions sur la redécouverte et le premier ensemble de données de BCI partagé via GBIF.

“En entrant dans ce projet, nous craignions que l'espèce n'ait déjà disparu. Redécouvrir la chauve-souris fer à cheval de Hill était incroyable - c'est étonnant de penser que nous sommes les premiers à voir cette chauve-souris depuis si longtemps », a déclaré le Dr Jon Flanders, directeur des interventions sur les espèces menacées de BCI. « Maintenant, notre vrai travail consiste à trouver comment protéger cette espèce pour l'avenir.”

La redécouverte a marqué le point culminant des efforts d'enquête commencés en 2013, la persévérance de l'équipe ayant porté ses fruits lors d'une expédition de dix jours et nuits dans le parc national de Nyungwe en janvier 2019. « Nous avons immédiatement su que la chauve-souris que nous avions capturée était inhabituelle et remarquable, » a rappelé le Dr Winifred Frick, scientifique en chef au BCI. « Les traits du visage étaient exagérés au point d'être comiques. Les chauves-souris en fer à cheval se distinguent facilement des autres chauves-souris par leur forme caractéristique en fer à cheval et des lambeaux de peau spécialisés sur leur nez. »

BCI a publié les enregistrements de l'enquête de 2019 ainsi que d'autres recueillis au cours des neuf années de travail sur le terrain du projet. Parmi les autres faits saillants notables de l'ensemble de données, citons le premier enregistrement de la chauve-souris fer à cheval de Lander (Rhinolophus landeri) à Nyungwe et les premières occurrences connues de la chauve-souris laineuse de Damara (Kerivoula argentata) au Rwanda.

L'équipe de recherche a publié l'ensemble de données accompagné d'une préimpression décrivant les résultats et les méthodes d'enquête actuellement en cours d'examen avec le <Biodiversity Data Journal. Le partage de telles données, même pour une espèce aussi rare, permet à la communauté scientifique internationale de les exploiter immédiatement et d'aider à la conservation et à la recherche visant à documenter et à protéger la diversité des chauves-souris africaines.

“Le partage des données de l'enquête pour qu'elles soient librement accessibles via le GBIF est aussi important pour la conservation des chauves-souris que les résultats réels", a déclaré le Dr Frick. « Ces données appartiennent à quiconque et à tous ceux qui travaillent pour s'assurer que ces espèces ont des forêts protégées pour se sentir chez elles. Le partage de données ouvertes garantit que nous tenons la promesse que la conservation profite à tous.”

La scientifique des données du BCI Tina Cheng, a préparé les données avec les conseils de <David Bloom de VertNet, un participant au GBIF et un collaborateur fréquent du réseau.

Évaluer un fantôme

L'équipe a soigneusement mesuré la chauve-souris avant de la relâcher dans la nature, ce qui a fourni un signal précoce indiquant qu'elle avait vu l'espèce perdue qu'elle était venue chercher. Le Dr Flanders s'est ensuite rendu dans les archives de musées en Europe pour comparer les seuls spécimens connus afin de vérifier qu'ils avaient localisé la première preuve en 40 ans que la chauve-souris en fer à cheval de Hill existe toujours.

L'équipe a également recueilli des informations supplémentaires garantissant qu'il sera plus facile de détecter cette espèce insaisissable à l'avenir, après avoir réalisé les tout premiers enregistrements audio des appels d'écholocation que R. hilli émet lorsqu'elle chasse les insectes.

« Connaître les appels d'écholocation de cette espèce change la donne », a déclaré le Dr Paul Webala, maître de conférences à l'Université Maasai Mara et l'un des principaux scientifiques de l'équipe. Depuis la capture et la libération de la paire de chauves-souris fer à cheval de Hill, les Rangers du parc Nyungwe ont installé des détecteurs pour écouter les chauves-souris pendant leurs vols nocturnes à travers la forêt.

Les gardes forestiers ont mené des enquêtes audio avec des détecteurs de chauves-souris Wildlife Acoustics dans 23 endroits pendant neuf mois, enregistrant un quart de million de fichiers sonores. L'analyse audio a identifié R. hilli à huit endroits, chacun dans une petite zone. "« Tous les travaux jusqu'à présent confirment qu'il s'agit d'une espèce très rare avec une très petite aire de répartition principale. Nous sommes impatients de collaborer avec le Rwanda Development Board et la Nyungwe Management Company pour renforcer les efforts de conservation existants afin de garantir sa protection », a déclaré le Dr Frick.

Une planification minutieuse et un solide partenariat entre toutes les agences, organisations et experts impliqués dans cette initiative ont été la clé de son succès, selon le Dr Olivier Nsengimana, fondateur et directeur exécutif de RWCA.

« Le parc national de Nyungwe est l'une des forêts tropicales de montagne les plus importantes sur le plan biologique d'Afrique centrale, abritant une biodiversité exceptionnelle comprenant de nombreuses espèces rares et endémiques, y compris des chauves-souris », a déclaré Eugene Mutangan, expert en gestion de la conservation au RDB. « Ces résultats renforcent l'importance à la fois de la gestion engagée du Rwanda du parc national de Nyungwe en tant que point chaud de la biodiversité mondiale et de nos actions de conservation et de gestion des espèces. »


À propos de Bat Conservation International (BCI) - Conservation internationale des chauves-souris

Fondée en 1982, Bat Conservation Internationalest une organisation mondiale de conservation dédiée à mettre fin à l'extinction des chauves-souris. BCI travaille dans le monde entier pour conserver les grottes, restaurer les habitats critiques en danger et assurer la survie des espèces de chauves-souris du monde.

À de l'Association rwandaise de conservation de la faune (RWCA)

RWCA est une organisation rwandaise à but non lucratif qui se consacre à fournir des solutions durables aux problèmes critiques de conservation de la faune au Rwanda et dans la région de l'Afrique de l'Est en utilisant une « approche One Health » holistique et multidisciplinaire.

À propos du Conseil de développement du Rwanda (RDB)

RDB est l'institution publique, entre autres, chargée de la gestion des parcs nationaux et du tourisme au Rwanda, et a la formidable charge de la conservation et de la gestion de la faune dans les parcs nationaux, y compris les espèces menacées et leurs habitats. VisitRwanda.com

 

Une équipe de défenseurs de l'environnement a redécouvert la chauve-souris fer à cheval de Hill (Rhinolophus hilli) après 40 ans. Photo © Jon Flanders, Bat Conservation International.

 

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