Lundi 06 Avril 2020

Secrétariat

Le Secrétariat du GBIF recherche des candidatures pour effectuer une analyse des contributions attendues des données primaires sur la biodiversité au Cadre mondial pour la biodiversité post 2020.

 

Ce travail impliquera de travailler avec le Secrétariat pour :

  • Développer, affiner et convenir de la méthodologie optimale et des questions de recherche pour l'analyse
  • Analyser le projet de cadre, ses cibles et indicateurs potentiels, et identifier les dépendances directes et indirectes probables des données primaires sur la biodiversité qui les sous-tendent
  • Convoquer un atelier des parties prenantes pour obtenir une vision partagée pour le GBIF et les partenaires concernés sur la meilleure façon de répondre aux besoins du cadre en données primaires sur la biodiversité

 

Dans le cadre de ce travail, nous définissons les «données primaires sur la biodiversité» comme des textes numériques ou des objets multimédias détaillant des faits sur la présence d'organismes dans l'espace et le temps.

 

Lieu : Il est prévu que les travaux soient effectués au domicile du candidat sélectionné.

Frais : Le contrat est payé par 30 000 € d'honoraires du Secrétariat du GBIF en trois tranches. Des fonds supplémentaires ont été alloués pour les frais d’atelier.

 

Les candidatures doivent être en anglais et inclure :

  • Un résumé de l'approche que vous adopterez pour le travail, y compris un aperçu potentiel pour le rapport (pas plus de deux pages avec des schémas possibles)
  • Un CV complet ou similaire, y compris la liste des publications
  • Exemples et autres moyens de démontrer votre adéquation à la tâche où vous avez dirigé ou participé activement au cours des cinq dernières années. Les exemples doivent être pertinents par rapport à la présente proposition.

 

Programme :

  • 30 mars 2020 : Date limite de soumission des propositions
  • 1er juin 2020-1 mars 2021 : Début de contrat prévu
  • Durant neuf (9) mois : Durée du contrat
  • 30 novembre 2020 : Remise du premier projet de rapport
  • Fin du contrat (1er mars 2021) : Remise du projet final

 

Soumettez votre proposition à info@gbif.org avant le 30 mars 2020. Les demandes de renseignements concernant le contrat peuvent être adressées à Andrew Rodrigues, chargé de programme pour la participation et l'engagement.

 

Plus d'information (en anglais) ici

 

Voilier de Pallas (Neptis sappho), observé à Kunming, Chine, 23 octobre 2019. Photo de benanna via les observations iNaturalist Research-grade, sous licence CC BY-NC 4.0.

L’équipe du Secrétariat du GBIF a terminé la huitième mise à jour de la liste de référence taxonomique (taxonomic backbone) du GBIF.org, qui cherche à établir les correspondances et des liens pour toutes les données d’occurrences et de taxonomie.

Cette nouvelle version de la taxonomy a permis d’ajouter environ 725 000 noms, 85% d’entre eux concernant des espèces animales. La mise à jour comprend de plus 100 000 nouveaux taxons acceptés, qui ne figuraient pas dans les versions précédentes de la backbone taxonomy.

Les éléments clés de cette mise à jour incluent la dernière version du Catalogue of Life, qui partage 3,8 millions de noms, ainsi que deux jeux stables de DNA-based Operational Taxonomic Units (OTUs), avec un peu plus de 480 000 Barcode Index Numbers (BINs) provenant du International Barcode of Life (iBOL) et quelques 160 000 hypothèses d’espèces (SHs) pour la fonge, issues de la version 8 de UNITE.

D’autres sources majeures de noms pour la backbone taxonomy incluent :

 

Une autre amélioration apportée est l’intégration des traitements taxonomiques partagés via Plazi, qui ont à eux seuls permis d’ajouter 48 000 noms, en majeure partie des taxons nouvellement décrits. La liste complète des sources pour la GBIF backbone taxonomy – comprenant les nombres exacts de noms ajoutés – est disponible sur la page du jeu de données.

Le processus de gestion de la taxonomic backbone est complexe et implique la réindexation de toutes les données d’occurrence du GBIF. Plus d’informations sur la structure de la backbone taxonomy et la façon dont elle est assemblée sont disponibles sur ce récent post de blog.

Le conseil d’administration du GBIF a approuvé la nomination de M. Joe Miller en tant que prochain secrétaire exécutif du réseau. Le Dr. Miller a passé la majeure partie de sa carrière à l’herbier national australien après avoir obtenu son doctorat à l’Université du Wisconsin-Madison. Il rejoint le GBIF après cinq ans à la Fondation états-unienne des sciences Naturelles (NSF).

« Le Dr. Joe Miller rejoint le GBIF à un moment crucial de notre programme », a déclaré Tanya Abrahamse, PDG fondatrice de l'Institut sud-africain de la biodiversité (SANBI) et présidente actuelle du conseil d'administration du GBIF. « Le GBIF est maintenant considéré comme un acteur de premier plan dans le domaine de la bioinformatique. Un organe censé coordonner avec diverses entités nationales et internationales, la création d'une plate-forme unificatrice pour une utilisation plus efficace des données de la biodiversité. »

«Nos investissements dans la mise en place d'une architecture solide, dans la mise en relation de scientifiques et d’équipes techniques, et dans le rassemblement des pays pour qu'ils s'engagent dans cette initiative importante ont porté leurs fruits», a déclaré Mme Abrahamse. «Nous entrons bien équipés dans la prochaine phase du GBIF.»

«Avec plus d'un milliard d'enregistrements d'occurrence et des milliers de partenaires, le GBIF a démontré sa capacité à agréger de données sur la biodiversité», a déclaré le Dr. Miller. «Je suis ravi de travailler avec des partenaires internationaux pour mener le GBIF vers la prochaine ère d'intégration de données, afin de rendre les données ouvertes plus nombreuses, de meilleure qualité et accessibles aux chercheurs et aux décideurs.»

En tant que chercheur, le Dr. Miller a étudié l'évolution, la biogéographie et la systématique de la flore australienne, avec un intérêt particulier pour le genre végétal Acacia. Au cours des trois dernières années, il a dirigé les efforts de la NSF en matière de diplomatie scientifique internationale en biologie.

Les recherches actuelles du Dr. Miller portent sur la phylogénétique spatiale, intégrant des données d’occurrence d’espèces accessibles via le GBIF avec des phylogénies décrivant les relations évolutives entre les organismes. Cette recherche fournit des données quantifiables et comparables sur la diversité et l'endémisme avec des applications directes à la planification de la conservation. « Pour les chercheurs, les données issues du GBIF constituent le fondement de la recherche biogéographique actuelle », a-t-il déclaré, « cela permet des études riches et complètes qui n'étaient auparavant pas possibles».

 

Pour retrouver l'article en intégralité (en anglais), cliquez ici

 

Joe Miller © GBIF.org

Le secrétariat du GBIF recherche un entrepreneur pour développer une application frontale basée sur React. Cette application multilingue basée sur des formulaires offrira aux éditeurs du monde entier la possibilité de gérer du contenu accessible via GBIF.org.

 

Compétences demandées :

  • Expérience de React JS et de l'environnement de construction SPA associé
  • Aisance avec les API RESTful
  • Connaissance des mécanismes d'autorisation modernes, tels que JSON Web Token
  • Connaissance des bibliothèques frontales Material UI ou Ant Design
  • Aisance avec la construction de SPA traduisibles
  • Connaissance des frameworks de test pour la validation des entrées de formulaire
  • Maîtrise de GitHub

 

Contexte

Dans le cadre de son infrastructure principale, le GBIF gère une base de données d'entités : organisations, personnes et jeux de données, toutes consultables via une interface RESTful (JSON) authentifiée. Aujourd'hui, une console Web basée sur AngularJS offre aux éditeurs internes la possibilité de gérer le contenu.

 

Les récentes extensions de l'API avec de nouveaux types de contenu, le désir d'ouvrir l'accès à l'édition aux utilisateurs externes et la nécessité de traiter une pile logicielle vieillissante ont amenés le secrétariat à rechercher une nouvelle solution. Le GBIF a développé une preuve de concept basée sur React et recherche un fournisseur pour les aider à mettre ce concept en production.

 

Les détails de la spécification du projet sont disponible ici

 

Approche

Le secrétariat prévoit une première session de contrôle sur site dans leur locaux, à Copenhague pour présenter le système existant et les exigences des fonctionnalités recherchées. Les travaux ultérieurs peuvent être entrepris à distance, en utilisant GitHub comme base de collaboration et avec des visites sur site uniquement si nécessaire.

 

Tout le code sera chargé dans le référentiel GitHub GBIF et publié sous une licence open source Apache 2.0.

 

Le GBIF souhaite la bienvenue aux manifestations d’intérêt pour entreprendre ce travail le plus tôt possible. Si vous êtes intéressé, veuillez envoyer un e-mail à Tim Robertson, responsable informatique du GBIF, avec:

  • Deux exemples ou plus montrant votre travail basé sur React
  • Une indication de votre taux journalier ou de votre préférence escompté (à discuter) lors d'une livraison à prix fixe
  • des informations sur votre disponibilité

 

Cet appel restera ouvert jusqu'à la nomination d'un contractant.

 

Plus d'information (en anglais) ici

 

Poulpe commun (Octopus vulgaris), au large de la côte sud-ouest de Bonaire. Photo 2018 de Dan Bender via des observations iNaturalist de recherche, autorisées sous CC BY-NC-SA 4.0.

Le secrétariat du GBIF, situé à Copenhague, recherche un développeur de logiciels pour travailler dans une petite équipe responsable du portail GBIF.org. Ce rôle se concentrera sur les services principaux et sur tous les aspects liés à l’API GBIF et aux services de données. Le poste est un poste à temps plein situé à Copenhague pour une période de 3 ans.

 

Compétences requises et expérience

  • Compétences de développement en Java 8 (ou autres langages JVM) ; modèles de conception logicielle, environnement multithread, gestion de la JVM et de la mémoire, structures de données et collections
  • Connaissance des banques de données; bases de données relationnelles (SQL)
  • Solide connaissance des services RESTful utilisant les formats XML et JSON
  • Compétences professionnelles en matière d'ingénierie logicielle: gestion des versions (versions maven, code de version forte), refactoring, normes de codage, intégration continue, tests d'unité / d'intégration, déploiement de logiciel et documentation
  • Maîtrise de l'utilisation du système d'exploitation Linux
  • Capacité à travailler dans un environnement anglophone
  • Compétences professionnelles pour donner et recevoir des commentaires sur le code
  • La capacité de travailler de manière autonome et en équipe

 

Compétences souhaitées

  • Les cadres Java Microservice; exemple: Dropwizard, Spring Boot, Vert.x,
  • Expérience en automatisation (Jenkins, Ansible, Chef, Marionnette, etc.)
  • Moteurs de recherche (Solr Cloud, Elasticsearch).
  • Expérience avec des solutions de surveillance (Nagios, Ganglia, Zabbix, Cactus, Graphite, ELK, etc.)
  • Connaissance de l'écosystème Hadoop (HDFS, Solr, HBase, Spark, Beam, Zookeeper)
  • Expérience de travail et de contribution à des projets open source

Avantages à travailler au GBIF

  • Une bonne ambiance d'équipe et un environnement de travail dynamique
  • L'opportunité d'apprendre et d'utiliser les technologies Big Data de pointe de l'écosystème Hadoop (HBase, Hive, Oozie, Solr Cloud, Spark, Beam)
  • La possibilité de travailler publiquement sur des projets open source, avec une implication directe dans la communauté des utilisateurs
  • Un package de rémunération compétitif
  • Un ordinateur portable puissant (Apple ou similaire) pour le développement
  • Plus important encore, le GBIF offre la possibilité de contribuer de manière significative à un effort international visant à créer et à gérer la plateforme Web mondiale pour les données ouvertes sur la biodiversité.

 

Il s’agit d’une opportunité passionnante pour les personnes concernées de développer leur expérience pour une organisation internationale dans un environnement scientifique et technologique en informatique de la biodiversité pour le développement durable. Si vous répondez à ces exigences et êtes en mesure de commencer dès que possible, nous espérons avoir de vos nouvelles.

 

Rémunération

Les salaires du GBIF sont compétitifs et sont exonérés de l'impôt sur le revenu danois. Le candidat sélectionné devrait vivre au Danemark et un programme de réinstallation est disponible pour le personnel recruté sur le plan international.

 

Procédure de candidature et délai

Les candidatures au poste doivent inclure une lettre mentionnant votre expérience et vos qualifications pour le poste, votre curriculum vitae et votre nom d'utilisateur GitHub. Elles doivent être soumises en anglais par courrier électronique à dev-job1-2018@gbif.org avant le 15 décembre 2018. Veuillez indiquer dans l'application où vous avez vu cette annonce. Les demandes concernant le poste peuvent être adressées à Federico Mendez, développeur logiciel principal, à fmendez@gbif.org, ou à la responsable des ressources humaines, Susanne Sheldon, à slsheldon@gbif.org.

 

Les entretiens pour le poste devraient avoir lieu à partir du début janvier 2019.

 

Offre d'emploi en version PDF

 

Plus d'informations ici

 

Impala à face noire (Aepyceros melampus ssp. Petersi) par Copper via iNaturalist. Photo sous licence CC BY-NC 4.0.

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