Lundi 17 Juin 2024

guide

Le Secrétariat du GBIF a publié un nouveau guide, Publier des données dérivées de l'ADN via des plateformes de données sur la biodiversité, qui fournit des informations pratiques aux détenteurs d'informations génomiques et métagénomiques, afin de mieux mettre en valeur les occurrences dérivées de l'ADN sur les plateformes de données sur la biodiversité telles que GBIF.org.

Une équipe d'experts d'Australie, d'Estonie, de Norvège, de Suède et du Danemark a décrit des principes et des pratiques à destination des détenteurs de données basées sur l'ADN souhaitant accroître leur réutilisabilité au-delà de leurs contextes « omiques » initiaux.

L'utilisation de données génétiques pour détecter, décrire, classer et quantifier les taxons s'est généralisée en écologie moléculaire, en phylogénétique et dans d'autres domaines de la recherche sur la biodiversité. Ce nouveau guide aide les détenteurs de ces données à voir les avantages de les rendre accessibles à un plus large éventail de recherches et de politiques sur la biodiversité.

En s'abstenant de décrire les détails spécifiques à chaque plateforme (et documentés ailleurs), en faveur de termes et de schémas plus communs, d'une description des pièges typiques et des meilleures pratiques, l'approche générale adoptée par les auteurs peut s'appliquer au partage de données dérivées de l'ADN via n'importe quelle plate-forme de données sur la biodiversité, y compris les nombreux systèmes nationaux utilisés dans le monde.

 

La publication du guide permettra également aux membres du réseau GBIF, notamment l'Ocean Biodiversity Information System (OBIS) et Atlas of Living Australia, d'aligner les efforts de leurs propres réseaux pour combiner les enregistrements détectés par l'ADN avec les données existantes issues des spécimens de musée, des observations sur le terrain et de la surveillance, des projets de science citoyenne et d'autres sources.

 

Le guide a été enrichi par des discussions avec des membres de plusieurs communautés différentes axées sur l'ADN, notamment le groupe de travail sur la biodiversité génomique du TDWG (Biodiversity Information Standards) et le groupe de travail TDWG sur l'interopérabilité durable Darwin Core-MIxS. L'expertise collective de ces communautés a aidé à clarifier la meilleure façon d'appliquer les termes des standards relatifs aux données génomiques, notamment MIxS, GGBN et MIQE. Ces ajouts sont pris en charge par une nouvelle extension du Darwin Core pour les données dérivées de l'ADN, actuellement en production à la fois dans l'outil GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) et sur GBIF.org.

Le guide représente la prochaine étape des efforts du GBIF pour connecter son infrastructure de données et ses outils aux sources pertinentes d'informations génomiques et métagénomiques, en s'appuyant sur des collaborations avec la communauté UNITE, l'Institut européen de bioinformatique de l'EMBL (à travers ses archives européennes de nucléotides et sa plateforme MGnify), et l'International Barcode of Life Consortium (IBOL).

 

Plus d'informations sur le site du GBIF (en anglais)

 

Image : Collybie à pied velouté (Flammulina velutipes), Kursk, Fédération de Russie. Photo 2020 Oleg Ryzhkov via iNaturalist research-grade observations, sous licence CC BY-NC 4.0.

 

Le GBIF a publié trois nouveaux documents techniques destinés à être examinés par la communauté et apprécierait les contributions et commentaires sur chacune des publications suivantes :

Pris ensemble, ces trois documents de géoréférencement fournissent des outils essentiels pour améliorer la pratique de l'interprétation spatiale des lieux, en particulier (mais pas exclusivement) pour ceux qui travaillent avec des données d'occurrence biologique provenant de collections scientifiques muséales. Le guide des meilleures pratiques fournit un contexte théorique et des méthodes de géoréférencement de localités descriptives ainsi que des termes et technologies communs. Le Quick Guide propose des conseils pratiques et un protocole citable pour les projets de géoréférencement. Enfin, le manuel explique comment utiliser la calculatrice de géoréférencement, un outil créé pour aider au géoréférencement des localités décrites.

Les membres de la communauté souhaitant participer en tant que pairs évaluateurs sont encouragés à consulter les directives destinées aux contributeurs, puis à proposer leurs suggestions pour améliorer les documents, via GitHub avant la date limite du 1er novembre 2020.

Les nouveaux documents complètent le premier ensemble de travaux que le Secrétariat du GBIF a commandé à VertNet pour lancer le programme de documentation numérique. Ces documents reflètent l'engagement pris pour la première fois dans le Programme de travail du GBIF pour 2019, qui visait à renforcer les compétences techniques et la formation dans les communautés de pratique du GBIF, non seulement en mettant à jour les orientations disponibles, mais aussi en améliorant les processus de maintien de celles-ci au fil du temps.

En plus des contributions sur les documents, les commentaires sur le processus d'examen par les pairs de la communauté et le programme de documentation numérique (y compris les suggestions sur les sujets que nous devrions envisager de couvrir) sont toujours les bienvenus à communication@gbif.org.

s'abonner à la liste de diffusion « documentation numérique » du GBIF. Le GBIF publiera également des annonces sur ses comptes Twitter et LinkedIn.

 

Comment participer à l'examen par les pairs de la communauté ?

Les membres de la communauté intéressés à contribuer à ce processus d'examen par les pairs peuvent lire la présentation du programme de documentation numérique pour placer leur efforts dans le contexte, puis passer en revue les instructions et attentes spécifiques sur la manière de proposer des suggestions et des améliorations.

Pour faire entendre votre voix et participer en tant que réviseur, nous demandons aux membres de la communauté de :

  1. Créer un compte GitHub(vpoir la vidéo de présentation).
  2. Lire les documents Géoréférencement Meilleures pratiques, Géoréférencement Guide de référence rapide & Manuel de géoréférencement
  3. Créer et commenter les problèmes sur le référentiel GitHub approprié (voir la vidéo de présentation) :
  4. Lancer, suivre et soutenir les discussions sur le forum de la communauté GBIF

Veuillez vous rappeler que toutes les interactions dans le cadre de ce processus doivent respecter le code de conduite du GBIF, qui vise à encourager un « environnement sûr, hospitalier et productif » c'est-à-dire « professionnel, respectueux et sans harcèlement pour tous les participants.»

 

Date limite pour l'examen par la communauté : 1er novembre 2020

 

Photo : Dauphin de Commerson ( Cephalorhynchus commersonii ), au large de Chubut, Argentine © Gabriel Laufer / iNaturalist - CC0

 

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