Vendredi 06 Décembre 2019

Data Paper

En ce début d'année 2019, plus de 25 Data Papers dont au moins un des auteurs est affilié à une institution française sont disponibles sur notre site.

Le dernier en date est une description de la base de données consacrée aux Asteroidea des régions Antarctique et sub-Antarctique, publié en 2018 par une équipe internationale (Belgique, France, Italie, Nouvelle-Zélande, Pologne, Royaume-Uni, USA) ; le jeu de données décrit est accessible sur l'IPT (Integrated Publishing Toolkit) de l'organisation ANTABIF.

Le Data Paper est une publication scientifique dont le but principal est de décrire un jeu de données ou un ensemble de jeux de données, plutôt que de rendre compte de résultats de recherche.

L’objectif est de créditer et de valoriser les efforts réalisés par les scientifiques et les institutions qui rendent accessibles leurs données à la communauté scientifique. 

Une fonction supplémentaire intégrée depuis la version 2.0.2 de l’outil de publication du GBIF génère automatiquement un manuscrit à partir des métadonnées donnant les informations clés sur un jeu de données accessible via le GBIF.org.

Ce manuscrit peut alors être soumis pour publication éventuelle dans l’une des publications Pensoft (Biodiversity data Journal, ZooKeys, PhytoKeys, BioRisks, NeoBiota), après examen par les pairs, ou dans d'autres publications scientifiques telles que Nature Conservation.

 

Crédit photo : biodiversity.aq

Une équipe de l’Institut de systématique, évolution, biodiversité (Muséum national d’Histoire naturelle / CNRS / EPHE / UPMC) et de la Direction des Collections du Muséum décrit la base de données de Plantes Vasculaires du MNHN (accessible via le GBIF) dans un article qui vient de paraître dans Scientific data, permettant aux scientifiques de se les approprier dans leurs futurs travaux de recherche.

L’Herbier national du Muséum contient environ 8 millions de spécimens, arrivés du monde entier au fil des siècles et des expéditions, ce qui en fait la collection botanique et fongique la plus importante au monde. Cette dernière a pour ambition de rassembler l’ensemble des espèces de plantes, lichens, algues et champignons que porte la planète ; elle est le résultat de plus de 350 ans d’activité botanique, depuis la création du Jardin royal des plantes médicinales en 1635.

Entre 2008 et 2012, l’Herbier national a été complètement rénové, processus qui a inclus une restauration du bâtiment et un reclassement systématique des spécimens dans des rayonnages mobiles pour répondre aux standards actuels de conservation. Près d’un million d’échantillons de la collection de plantes vasculaires (plantes à fleurs, conifères, fougères…) a été restauré à cette occasion. Celle-ci compte à elle seule environ 6 millions de spécimens et couvre environ 47% de la flore mondiale avec une représentation historique remarquable (plus de 40% des échantillons ont été récoltés avant 1900).

Conjointement à la rénovation de l’Herbier, une importante opération de numérisation des spécimens de la collection a été entreprise : 5 400 000 spécimens de plantes vasculaires ont été numérisés, soit 90% du volume estimé de ce groupe conservé au Muséum. Un article qui vient de paraître dans la revue Scientific Data, décrit le jeu de données ainsi généré pour les plantes vasculaires, mais également les processus complexes qui ont conduit à sa constitution. Cette publication a été élaborée par une équipe regroupant des personnels de l’Institut de systématique, évolution, biodiversité (ISYEB : Muséum national d’Histoire naturelle /CNRS/UPMC/EPHE) et de la Direction des Collections du Muséum.

Plus d'informations sur cette page (en français).

Une liste des Data Papers publiés par des institutions françaises est diponible dans la partie Ressources de notre site.

Un Data Paper décrivant une base de données sur les moustiques de Guyane française a été publié récemment dans la revue ZooKeys (éditions Pensoft). Cet article de Stanislas Talaga, Jérôme Murienne, Alain Dejean et Céline Leroy décrit le contenu de la base de données hébergée par le laboratoire EDB (Evolution et Diversité Biologique) de l'université de Toulouse III, qui fournit des informations sur les spécimens de moustiques prélevés lors de campagnes de terrain en Guyane depuis 2013 et stockés au laboratoire Ecofog (Ecologie des forêts de Guyane) à Kourou.

Les données décrites sont consultables de façon libre et gratuite sur l'IPT du laboratoire EDB, la page du jeu de données sur le site GBIF.org et la plateforme Guyanensis.

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