Vendredi 27 Mai 2022

Data Paper

Le TDR, le programme spécial de recherche et de formation sur les maladies tropicales hébergé par l'Organisation mondiale de la santé, GigaScience Press et GBIF ont mis en ligne un nouvel appel à data papers sur les vecteurs de maladies humaines, dans le cadre d'une série thématique qui sera publiée dans la revue GigaByte.

Les maladies à transmission vectorielle représentent environ un quart de toutes les maladies infectieuses. Bien qu'il y ait eu des progrès significatifs pour le paludisme, avec une diminution récente des taux de morbidité et de mortalité liés à cette maladie, ces progrès sont actuellement stoppés. D'autres maladies, comme celles causées par des arbovirus telles que la dengue, le chikungunya, la fièvre jaune et plus récemment le Zika, se développent, avec une augmentation du nombre de cas et de décès.

La nécessité de développer de nouvelles stratégies, approches et outils de lutte antivectorielle a été reconnue dans le cadre de la réponse mondiale à la lutte antivectorielle approuvée par l'Assemblée mondiale de la santé en 2017. Parmi les objectifs fixés par accord mutuel entre le GBIF et le TDR figure le travail sur un référentiel de données relatives aux vecteurs, et la conception et l'identification de sources et de contacts pour les campagnes de mobilisation de données afin d'améliorer la couverture des données pour aider la recherche sur la santé humaine. Dans le cadre de cette collaboration, GigaByte publiera un numéro spécial consacré aux data papers sur les vecteurs.

Les data papers soumis doivent décrire les jeux de données avec les critères suivants :

  • Les données sont clairement pertinentes pour la recherche sur les vecteurs de maladies humaines à transmission vectorielle
  • Le jeu de données contient plus de 5 000 nouveaux enregistrements publiés sur GBIF.org en 2021/22, ainsi que des données et des métadonnées de haute qualité
  • Les données sont placées dans le domaine public sous une désignation CC0 ouverte

L'appel à manuscrits sera ouvert jusqu'au 28 février 2022.

Les frais de publication de l'article - normalement 350$ - seront supprimés pour 15 articles, à condition que les publications soient acceptées et répondent aux critères ci-dessus.

 

Plus d'informations (en anglais) sur cette page.

 



Moustique tigre asiatique (Aedes albopictus), observé en République de Corée. Photo 2021 Jake David MacLennan via iNaturalist Research-grade Observations, sous licence CC BY-NC 4.0.

En ce début d'année 2019, plus de 25 Data Papers dont au moins un des auteurs est affilié à une institution française sont disponibles sur notre site.

Le dernier en date est une description de la base de données consacrée aux Asteroidea des régions Antarctique et sub-Antarctique, publié en 2018 par une équipe internationale (Belgique, France, Italie, Nouvelle-Zélande, Pologne, Royaume-Uni, USA) ; le jeu de données décrit est accessible sur l'IPT (Integrated Publishing Toolkit) de l'organisation ANTABIF.

Le Data Paper est une publication scientifique dont le but principal est de décrire un jeu de données ou un ensemble de jeux de données, plutôt que de rendre compte de résultats de recherche.

L’objectif est de créditer et de valoriser les efforts réalisés par les scientifiques et les institutions qui rendent accessibles leurs données à la communauté scientifique. 

Une fonction supplémentaire intégrée depuis la version 2.0.2 de l’outil de publication du GBIF génère automatiquement un manuscrit à partir des métadonnées donnant les informations clés sur un jeu de données accessible via le GBIF.org.

Ce manuscrit peut alors être soumis pour publication éventuelle dans l’une des publications Pensoft (Biodiversity data Journal, ZooKeys, PhytoKeys, BioRisks, NeoBiota), après examen par les pairs, ou dans d'autres publications scientifiques telles que Nature Conservation.

 

Crédit photo : biodiversity.aq

Une équipe de l’Institut de systématique, évolution, biodiversité (Muséum national d’Histoire naturelle / CNRS / EPHE / UPMC) et de la Direction des Collections du Muséum décrit la base de données de Plantes Vasculaires du MNHN (accessible via le GBIF) dans un article qui vient de paraître dans Scientific data, permettant aux scientifiques de se les approprier dans leurs futurs travaux de recherche.

L’Herbier national du Muséum contient environ 8 millions de spécimens, arrivés du monde entier au fil des siècles et des expéditions, ce qui en fait la collection botanique et fongique la plus importante au monde. Cette dernière a pour ambition de rassembler l’ensemble des espèces de plantes, lichens, algues et champignons que porte la planète ; elle est le résultat de plus de 350 ans d’activité botanique, depuis la création du Jardin royal des plantes médicinales en 1635.

Entre 2008 et 2012, l’Herbier national a été complètement rénové, processus qui a inclus une restauration du bâtiment et un reclassement systématique des spécimens dans des rayonnages mobiles pour répondre aux standards actuels de conservation. Près d’un million d’échantillons de la collection de plantes vasculaires (plantes à fleurs, conifères, fougères…) a été restauré à cette occasion. Celle-ci compte à elle seule environ 6 millions de spécimens et couvre environ 47% de la flore mondiale avec une représentation historique remarquable (plus de 40% des échantillons ont été récoltés avant 1900).

Conjointement à la rénovation de l’Herbier, une importante opération de numérisation des spécimens de la collection a été entreprise : 5 400 000 spécimens de plantes vasculaires ont été numérisés, soit 90% du volume estimé de ce groupe conservé au Muséum. Un article qui vient de paraître dans la revue Scientific Data, décrit le jeu de données ainsi généré pour les plantes vasculaires, mais également les processus complexes qui ont conduit à sa constitution. Cette publication a été élaborée par une équipe regroupant des personnels de l’Institut de systématique, évolution, biodiversité (ISYEB : Muséum national d’Histoire naturelle /CNRS/UPMC/EPHE) et de la Direction des Collections du Muséum.

Plus d'informations sur cette page (en français).

Une liste des Data Papers publiés par des institutions françaises est diponible dans la partie Ressources de notre site.

Un Data Paper décrivant une base de données sur les moustiques de Guyane française a été publié récemment dans la revue ZooKeys (éditions Pensoft). Cet article de Stanislas Talaga, Jérôme Murienne, Alain Dejean et Céline Leroy décrit le contenu de la base de données hébergée par le laboratoire EDB (Evolution et Diversité Biologique) de l'université de Toulouse III, qui fournit des informations sur les spécimens de moustiques prélevés lors de campagnes de terrain en Guyane depuis 2013 et stockés au laboratoire Ecofog (Ecologie des forêts de Guyane) à Kourou.

Les données décrites sont consultables de façon libre et gratuite sur l'IPT du laboratoire EDB, la page du jeu de données sur le site GBIF.org et la plateforme Guyanensis.

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