Lundi 10 Décembre 2018

Challenge Ebbe Nielsen

Challenge Ebbe-Nielsen 2017 du GBIF

Le GBIF Ebbe Nielsen Challenge 2017 décernera des prix pour un total de 14 000€  aux développeurs et scientifiques créant des outils pour améliorer l'accessibilité et l'interopérabilité des données de biodiversité disponibles dans les entrepôts de données libres, permettant ainsi de plus vastes explorations scientifiques et réutilisations de celles-ci.

Le Challenge repose sur l'adoption croissante de stratégies open data par les journaux scientifiques et les organismes de financement de la recherche. Afin de respecter ces règles, les chercheurs doivent mettre en libre accès les données à l'origine de leurs travaux, la plupart du temps en déposant leurs jeux de données dans des entrepôts de données en accès libre comme Dryad et Figshare.

Le Ebbe Nielsen Challenge 2017 demande aux participants de développer des applications web, scripts ou autres outils pour automatiser la découverte et l'extraction des données de biodiversité pertinentes dans les entrepôts de données en libre accès. Ces outils doivent permettre de générer des jeux de données prêts pour la publication sur le GBIF.org grâce à l'une des méthodes suivantes :

  • Recherche automatique de données ouvertes disponibles dans les entrepôts de données publics
  • Extraction efficace des informations nécessaires pour générer des checklists, des jeux de données d'occurrences d'espèces ou d'échantillonnage (par exemple nom scientifique, date, localisation de l'occurrence, etc.) à partir des jeux de données dans ces entrepôts
  • Correspondance (mapping)des en-têtes de colonnes et/ou de leur contenu avec les termes du standard Darwin Core
  • Conversion automatisée des données formatées en Archives Darwin Core prêtes pour la publication sur le GBIF.org

Beaucoup de jeux de données accessibles dans des entrepôts de données ont une structure tabulaire et contiennent les informations de base nécessaires à la génération de données d'occurrences d'espèces : noms scientifiques, dates, localisations géographiques, quantités, ainsi que d'autres éléments intéressants pouvant être standardisés. Si les jeux de données possèdent une licence CC0, CC BY ou CC BY-NC (utilisées dans le réseau GBIF), ils sont adaptés à être réutilisés, republiés et partagés (avec citation adéquate) avec un public très large de chercheurs du monde entier.

Les soumissions pour le Challenge doivent concevoir des processus pour préparer ces jeux de données au format Darwin Core Archive (DwC-A), qui permet actuellement la publication de quasiment 800 millions enregistrements d'occurrences d'espèces dans le réseau GBIF, qui comprend plus de 1000 institutions éditrices de données.

Le jury provisoire pour l'édition 2017 du Challenge inclut :

La période de soumission va du 15 juin au 05 septembre 2017. Les participants doivent enregistrer chaque membre de l'équipe sur DevPost, qui héberge tous les documents et règles liés au Challenge. Allez sur le site https://gbif2017.devpost.com pour plus de détails sur les conditions de participation.

Après évaluation des 16 contributions reçues dans le cadre du Challenge Ebbe-Nielsen 2016 lancé par le GBIF, les résultats ont été dévoilés lors du public symposium pendant la réunion annuelle du GBIF qui s’est déroulé à Brasilia au Brésil.

Le 1er prix a été attribué à Alejandro Ruete, un biologiste spécialisé dans la conservation des populations écologique en Argentine  pour sa soumission du projet Exploring ignorance in space and time : approche qui consiste  à mesurer et comparer l'écart spatial et temporel dans les données de la biodiversité. Il est actuellement en  post-doc à l’université Suédoise des sciences Agriculturales à Uppsala.

Deux contributions se partagent la seconde place :
 - Sampbias, développé par Alexander Zizka, Alexandre Antonelli et Daniele Silvestro ; trois chercheurs basés à l’université de Gothenburg, Suède.
 - GBIF Coverage Assessment Tools, crée par Walter Jetz, Jeremy Malczyk, Carsten Meyer, Michelle Duong, Ajay Ranipeta et Luis J. Villanueva ; une équipe internationale qui travaille depuis les Etats-Unis, l'Afrique du Sud et l'Allemagne
 
Trois autres projets ont eu une mention honorable :

 - crowdgap par Jesus Orozco,

 - Towards global-scale species distribution models par Aafke Schipper, Jasmijn Rost, Daniela Remenska et Valerio Barbarossa,
 - BioGeoBias par Laurens Geffert,

 

Plus d'informations sur cette page (en anglais).

 

Image de la soumission "Ignorance of GBIF data on European Amphibians summarized per ecoregion" : méthode développé par des scientifique de donnée basé en Suède cherchant à calculer “Where and when is data enough?”

Après évalutaion des contributions reçues dans le cadre du Challenge Ebbe-Nielsen lancé par le GBIF en début d'année, les résultats ont été dévoilés il y a quelques jours lors du Public Symposium du GBIF à Antananarivo (Madagascar).

Le premier prix a été décerné à l'équipe belge de Datafable (Peter Desmet, Bart Aelterman et Nicolas Noé) pour leur extension de navigateur intiutlée "GBIF dataset metrics", qui permet de visualiser instantanément le contenu des jeux de données publiés sur gbif.org

Le second prix a été attribué au biologiste de Hawaii Richard Pyle pour son web-service BioGUID.org, permettant de relier les identifiants associés aux données dans le domaine de la biodiversité.

Plus d'informations sur cette page (en anglais).

Un jury d'expert a sélectionné six finalistes (parmi les 23 projets proposés) pour le Challenge Ebbe-Nielsen organisé par le GBIF.

Ces six finalistes reflètent une large gamme d'utilisation des données accessibles via le réseau GBIF et sont listés par ordre alphabétique ci-dessous :

  • #myGBIF, créé par Tom August (Royaume-Uni)
  • bioGUID.com, créé par Richard Pyle (Etats-Unis)
  • ecoSpace, créé par Miguel Porto (Portugal)
  • GBIF dataset metrics, créé par Peter Desmet, Bart Aelterman et Nicolas Noé (Belgique)
  • GBIF Soundscape, créé par Ben Raymon det Peter Neish (Australie)
  • Wallace, créé par Robert P. Anderson, Mattew Aiello-Lammens, Bob Muscarella, Bruno Vilela et Jamie Kass (Etats-Unis, Danemark et Espagne)

Plus d'informations sur cette page (en anglais) ainsi que sur le site du Challenge !

Rappel : Challenge Ebbe Nielsen du GBIF

Le Secrétariat du GBIF (en collaboration avec le Comité Scientifique du GBIF) a lancé en décembre 2014 la première édition du Challenge Ebbe Nielsen, qui remplace le Prix Ebbe Nielsen en place depuis 12 ans ; vous pouvez envoyer votre contribution jusqu'au 02 mars 2015.

Dotée d'un Premier Prix de 20 000 €, cette compétition ouverte à tous a pour but d'encourager les utilisations innovantes des données primaires sur la biodiversité accessibles sur le portail GBIF (plus de 500 millions d'occurrences à ce jour). Ces usages créatifs des données mobilisées via le réseau GBIF peuvent être présentés sous différents formats : nouveaux protocoles de recherche analytique, meilleure visualisation des données pour aider à la prise de décisions, applications web et mobiles, amélioration des processus de numérisation, de la qualité et de l'accès aux données...

Les contributions seront d'abord évaluées par un jury de professionnels issus de la communauté de bio-informatique, en fonction de critères tels que l'innovation, la fonctionnalité et la pertinence du projet. Les trois à six finalistes entreront en compétition pour le Premier Prix au cours de l'année 2015.

Le site du Challenge est en ligne à l'adresse http://gbif.challengepost.com ; vous pouvez également consulter cette page (en anglais) du portail GBIF international pour plus d'informations.

Revenir en haut