Jeudi 08 Décembre 2022

Juillet 2022

Un consortium de 22 partenaires dirigé par le Finlandais CSC - IT Center for Science vise à repousser les limites actuelles de la compréhension prédictive de la dynamique de la biodiversité en développant un Biodiversity Digital Twin (BioDT) - Jumeau numérique de la biodiversité -, une infrastructure de pointe qui fournit une modélisation, une simulation et une prédiction avancées. capacités de recherche à long terme sur la biodiversité.

 

« BioDT sera un projet phare en tant que l'une des premières initiatives de recherche à l'échelle européenne à bénéficier de l'accès au supercalculateur EuroHPC LUMI », a déclaré Jesse Harrison, chef de projet de CSC pour BioDT.
« Cette infrastructure améliorera directement la capacité des chercheurs à relever les défis mondiaux liés à la perte de biodiversité et à la crise climatique, tels que la sécurité alimentaire, les épidémies et les changements apportés aux principales espèces préoccupantes pour les politiques. »

 

BioDT entend renforcer les prédictions des chercheurs sur la dynamique de la biodiversité mondiale et la manière dont les espèces interagissent avec leur environnement et entre elles. Produire des analyses quantitatives précises est extrêmement difficile en raison de la complexité des processus impliqués. Mais comprendre les forces qui façonnent la biodiversité est essentiel pour gérer les ressources naturelles et atteindre les objectifs de la stratégie de l'UE pour la biodiversité à l'horizon 2030 visant à restaurer la biodiversité en Europe.

 

En combinant les données et les technologies existantes de manière innovante, BioDT permettra la modélisation et la prédiction des processus d'interaction et de la dynamique entre les espèces et leur environnement de manière applicable dans des domaines allant des sciences de l'environnement, de la terre et du climat à la génomique et aux mathématiques. Les données et les produits du partenariat basé en Europe permettront la modélisation à l'échelle mondiale, fournissant des outils pour promouvoir la gestion durable de la biodiversité de la Terre et de ses écosystèmes.

 

Les scientifiques des infrastructures de recherche participantes utiliseront le BioDT pour :

  • améliorer l'observation des changements de la biodiversité en réponse au changement climatique ou à l'activité humaine
  • comprendre la mécanique de la façon dont ces changements se produisent
  • prédire les effets de ces changements.

 

« Les améliorations apportées à la normalisation, à l'accès et à l'interopérabilité des données continuent de façonner la modélisation et la recherche à forte intensité de données dans le domaine de l'informatique de la biodiversité », a déclaré Joe Miller, secrétaire exécutif du GBIF. "Les avancées technologiques et méthodologiques décrites dans BioDT nous aideront à améliorer la qualité, la rapidité et la pertinence des données de recherche écologique et à intensifier les utilisations ciblées dans les sciences fondamentales et appliquées. »

 

BioDT et son infrastructure deviendront une partie intégrante de Destination Earth, travaillant avec l'ambition de réaliser un jumeau numérique complet de la Terre. Les objectifs à long terme de BioDT sont également étroitement liés à la vision de la Commission d'une infrastructure européenne de calcul et de données robuste et fédérée, et à des initiatives telles que l'European Open Science Cloud (EOSC) et l'entreprise commune européenne pour le calcul à haute performance (EuroHPC JU).

 

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 Ce projet est financé par l'Union européenne.

 

L'araignée d'eau commune (Aquarius remigis) (Say, 1832), observée aux États-Unis. Photo 2020 Iamlivy via Naturalist Research-grade Observations , sous licence Creative common CC BY-NC 4.0

 

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Le journal GigaByte a publié une série spéciale de 11 articles « Data Release » qui décrivent des ensembles de données sur la biodiversité partagées via le GBIF concernant les vecteurs de maladies humaines.

Ce numéro spécial présente une grande variété de données - plus de 500 000 nouvelles occurrences d'espèces vectrices dans le monde - relatives à la présence, à la propagation et à la diversité des organismes qui transmettent des virus, des bactéries et des parasites à l'homme. Représentant le travail d'auteurs de 31 pays et territoires, la publication est le produit d'un partenariat entre GigaScience Press et le Programme spécial de recherche et de formation sur les maladies tropicales (TDR), hébergé par l'Organisation mondiale de la santé (OMS).

L'accès libre et ouvert aux données sur la biodiversité décrites dans les articles permet la recherche et l'analyse nécessaires pour faire face aux menaces et au fardeau croissant que les maladies à transmission vectorielle font peser sur les écosystèmes et la santé humaine. Le travail des auteurs encourage également le partage de données via le GBIF pour suivre et évaluer des espèces particulières, en particulier là où il comble des lacunes géographiques où la présence de ces organismes n'a pas encore été bien documentée.

 

« Il s'agit d'un effort important pour partager des données sur les vecteurs qui sont essentielles dans la lutte contre les maladies à transmission vectorielle », a déclaré Florence Fouque, scientifique et point focal pour les vecteurs au TDR. « Nous espérons que cela encouragera un partage plus large de ces données. »

 

La difficulté de mener à bien un appel mondial à de nouvelles données de ce type est réduite en créant des mécanismes d'incitation à la collecte, au partage et à la découverte de données. À l'heure actuelle, l'un des meilleurs moyens de surmonter ces difficultés consiste à publier des data papers, which provide scholarly credit for the researchers whose vital work in this area often fails to receive appropriate recognition. Such papers also serve to drive readers directly to the data available through GBIF.

 

« La réponse à cette série de documents de données montre l'énorme potentiel d'amélioration de la disponibilité des données sur les espèces liées aux maladies humaines" », a déclaré Tim Hirsch, directeur adjoint du GBIF. « De telles données existent souvent déjà mais sont déconnectées et indisponibles pour une réutilisation, mais par en l'ouvrant aux chercheurs et aux décideurs politiques et en les alertant via des descriptions évaluées par des pairs, nous pouvons soutenir une meilleure compréhension et de meilleures politiques qui reflètent les liens inextricables entre la biodiversité et la santé humaine. »

 

Scott Edmunds, rédacteur en chef de GigaScience et GigaByte, a fourni un aperçu utile de chacun des articles de la série dans ce billet de blog.

 

Résumé des articles et des jeux de données de la série

Auteurs Titre Jeu(x) de données
Andrade-Filho JD et al. Catalogue en ligne du Coleção de Flebotomíneos (FIOCRUZ/COLFLEB), une collection biologique de phlébotomes américains (Diptères : Psychodidae, Phlebotominae) détenue à Fiocruz Minas, Brésil 10.46471/gigabyte.52 10.15468/sxcpfp
Marceló-Díaz C et al. Vecteurs d'arbovirus dans les municipalités à haut risque de dengue dans le Cauca, dans le sud-ouest de la Colombie 10.46471/gigabyte.53 10.15472/dxbowv
Južnič-Zonta Ž et al. Alerte aux moustiques : tirer parti de la science citoyenne pour créer un jeu de données GBIF sur l'occurrence des moustiques 10.46471/gigabyte.54 10.15470/t5a1os
dos Santos Conceição M et al. Culicidae (Diptera: Culicomorpha) dans la collection 'Ana Leuch Lozovei' du sud du Brésil, avec des notes sur la distribution et la diversité 10.46471/gigabyte.55 10.15468/g7628g
Paull SH, Thibault KM & Benson AL Données sur l'abondance, la diversité et les agents pathogènes des tiques recueillies par le réseau national d'observatoires écologiques 10.46471/gigabyte.56 10.15468/b52b9z
Miranda M el al. AIMSurv : première surveillance paneuropéenne harmonisée des espèces de moustiques envahissantes Aedes pertinentes pour les maladies humaines à transmission vectorielle 10.46471/gigabyte.57 10.15470/vs3677
Van Bortel W et al. MODIRISK : Moustiques vecteurs de maladies, collecte, surveillance et données longitudinales de Belgique 10.46471/gigabyte.58 10.15468/3in3fb 10.15468/4fidg2 10.15468/rwsozv
Deblauwe I et al. MEMO : Surveillance des moustiques exotiques en Belgique 10.46471/gigabyte.59 10.15468/4u5aub 10.15468/r42fr7
Godoy RE et al. Enregistrements de phlébotomes (Diptera : Psychodidae : Phlebotominae) à Acre, Brésil : un jeu de données 10.46471/gigabyte.60 10.15468/c9arun
Shimabukuro PHF et al. Registres d'occurrence et métadonnées pour les phlébotomes (Diptera, Psychodidae, Phlebotominae) collectés sur les terres des peuples autochtones de l'Amazonie brésilienne 10.46471/gigabyte.61 10.15468/28xvr7 10.15468/gt29ub
Ceccarelli S et al. Occurrences d'espèces de triatomes américains : mises à jour et nouveautés dans la base de données 10.46471/gigabyte.62 10.15468/fbywtn

 


À propos de GigaByte Journal

GigaByte est une revue en libre accès et en science ouverte publiée par GigaScience Press, la division Open Access et Open Data Publishing de BGI. Comme avec sa revue sœur, GigaScience, GigaByte publie TOUS les objets de recherche réutilisables et partageables, tels que les données, les outils logiciels et les flux de travail, issus de la recherche axée sur les données, dans le but principal d'adapter la vitesse de publication à la vitesse de la recherche.
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À propos de TDR

TDR, le Programme spécial de recherche et de formation sur les maladies tropicales, est un programme mondial de collaboration scientifique qui aide à faciliter, soutenir et influencer les efforts de lutte contre les maladies de la pauvreté. Il est coparrainé par le Fonds des Nations Unies pour l'enfance (UNICEF), le Programme des Nations Unies pour le développement (PNUD), la Banque mondiale et l'Organisation mondiale de la santén (OMS).

 

Aedes albopictus (Skuse, 1894), observé par un utilisateur anonyme de Mosquito alert à Sant Celoni, Catalogne, Espagne, sous licence Creative common CC BY-NC 4.0

 

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Le secrétariat du GBIF est à la recherche d'un ingénieur expérimenté en fiabilité du site / ingénieur DevOps pour rejoindre notre petite équipe informatique. L'équipe informatique développe, déploie et exploite l'infrastructure et les services d'indexation en temps réel qui alimentent GBIF.org. Nos systèmes desservent des millions d'utilisateurs chaque année et fournissent quotidiennement des milliards d'enregistrements de téléchargements de données.

Le poste est situé au secrétariat du GBIF à Copenhague, au Danemark, dans une équipe de neuf développeurs et ingénieurs. Voici quelques exemples du type de travail que vous effectuerez :

  • Remplacement de notre installation Hadoop gérée par Cloudera (HDFS, HBase, YARN, Spark)
  • Moderniser notre infrastructure de virtualisation et de calcul avec, par exemple, Kubernetes
  • Mise à niveau, personnalisation et amélioration de nos processus de gestion de serveur (Ansible)
  • Évaluation des moteurs de workflow et supervision de la migration depuis Apache Oozie

Le niveau de salaire annuel pour le poste équivaut à 91 000,00 € et est exonéré de l'impôt danois sur le revenu.

 

Fonction et description du poste

  • Planification de la capacité et configuration des serveurs colocalisés (3 racks, hébergés dans un centre de données universitaire).
  • Effectuer des tâches opérationnelles quotidiennes sur l'infrastructure de GBIF (déploiement, maintenance, configuration, dépannage, surveillance) tout en développant et en soutenant des outils et des processus d'automatisation pour les soutenir.
  • Les systèmes de sauvegarde des données et les processus de reprise après sinistre.
  • L'infrastructure de construction et de déploiement, y compris différents environnements de test et le déploiement à chaud de nouveaux services.
  • Gérer la séparation entre l'infrastructure colocalisée et nos services de cloud public (AWS, Azure et GCS).
  • Participer à une assistance sur appel pour aider à maintenir un environnement 24h/24 et 7j/7

 

Compétences et expérience requises

  • Travailler confortablement et prospérer au sein d'un écosystème Linux
  • Expérience avec des systèmes d'exploitation et de mise à l'échelle avec virtualisation et/ou conteneurisation
  • Expérience des outils d'automatisation comme Ansible, Chef, Puppet et/ou Terraform
  • Expérience dans l'exploitation de systèmes informatiques distribués
  • Expérience en développement logiciel en Java/Scala et Python ou similaire ; vous êtes familiarisé avec les problèmes liés au réglage JVM et aux chemins de classe
  • BS ou MS en informatique ou dans un domaine connexe ou équivalent dans une expérience de travail connexe

 

Compétences recommandées

  • Utilisation de Kubernetes, Docker Swarm, Mesos ou de plates-formes d'orchestration de conteneurs similaires
  • Expérience dans les environnements de cloud computing, en particulier avec AWS et Azure
  • Connaissance des systèmes de recherche basés sur Lucene (Solr ou Elasticsearch)
  • Expérience dans le développement ou l'exploitation d'Apache Spark, Beam ou de systèmes de traitement de données similaires
  • Compétences en dépannage et débogage des systèmes Linux
  • Intérêt pour les projets de logiciels libres et les communautés

 

Offre GBIF

  • L'opportunité de travailler sur des données ouvertes et des systèmes open source
  • Une atmosphère d'équipe positive et un cadre de travail dynamique dans une capitale mondiale petite mais dynamique
  • Opportunités de collaborer avec des spécialistes des données, des informaticiens et des développeurs hautement qualifiés au sein du Secrétariat et ailleurs
  • Des perspectives variées et uniques de développement personnel et professionnel
  • Un package de rémunération compétitif

Nous offrons la possibilité de contribuer de manière significative à un effort international visant à créer et à gérer la plate-forme Web mondiale pour les données ouvertes sur la biodiversité.

 

Rémunération et conditions

Les salaires du GBIF sont compétitifs et sont exonérés de l'impôt danois sur le revenu. Le niveau de salaire annuel pour le poste est équivalent à 91 000,00 €.

 

Les candidats sélectionnés doivent s'installer au Danemark pendant la durée du contrat, et le secrétariat du GBIF obtiendra le permis de séjour et de travail requis auprès du ministère danois des Affaires étrangères. Un forfait de réinstallation est disponible pour le personnel recruté sur le plan international.

 

Procédure de candidature et date limite

Pour postuler, veuillez envoyer un curriculum vitae accompagné d'une lettre de motivation, détaillant vos compétences et qualifications et comment vous envisagez d'ajouter de la valeur au GBIF. Les candidats doivent soumettre leur candidature en anglais par e-mail à SRE_Job@gbif.org, et le poste vacant est ouvert jusqu'à ce qu'il soit pourvu. Veuillez indiquer dans l'application où vous avez vu cette annonce.

Les demandes de renseignements concernant le poste peuvent être adressées à Tim Robertson, responsable de l'informatique, ou à Susanne Sheldon, responsable des ressources humaines.

 


 

À propos du GBIF

Le GBIF (Global Biodiversity Information Facility) est un réseau international et une infrastructure de données financés par les gouvernements du monde et visant à fournir à tous, n'importe où, un accès gratuit et ouvert aux données sur tous les types de vie sur Terre.

Le GBIF est un employeur garantissant l'égalité des chances et accepte les candidatures sans distinction fondée sur le sexe, la couleur, l'origine raciale, sociale ou ethnique, les caractéristiques génétiques, la langue, la religion ou les convictions, les opinions politiques ou toute autre opinion, l'appartenance à une minorité nationale, la fortune, la naissance, le handicap, l'âge ou l'orientation sexuelle, l'état matrimonial ou la situation familiale, ou tout autre statut. Le personnel est recruté sur la base géographique la plus large possible.

 

Oecophylla smaragdina (Fabricius, 1775) observé à Singapore par Phoebezhouhuixin, sous licence Creative common CC BY-NC 4.0

 

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La biodiversité des sols joue un rôle vital dans les fonctions écosystémiques cruciales autour de la santé humaine, de la nutrition et des loisirs, mais les données sur les organismes qui composent la biodiversité des sols restent sous-représentées dans le GBIF.

 

fin d'améliorer l'aptitude à l'utilisation des données pour répondre aux questions clés de recherche et de politique, le GBIF et le Soil Biodiversity Observation Network (SoilBON) ont lancé un appel à propositions ouvert à partir de projets pouvant mobiliser des données ouvertes sur la biodiversité des sols.

 

SoilBON est une collaboration mondiale entre la Global Soil Biodiversity Initiative (GSBI), le Global Soil Laboratory Network (GLOSOLAN), et de nombreux autres partenaires, axée sur une meilleure utilisation des connaissances disponibles sur la biodiversité des sols et les services écosystémiques.

 

«Cet appel ouvert offre l'occasion de faire la lumière sur les régions d'angle mort », a déclaré Carlos Guerra,co-responsable de SoilBON. « Nous rapprocher de la conservation et de la compréhension de la biodiversité des sols et de ses relations avec les personnes qui dépendent des ressources vivantes du sol pour leur bien-être et leurs moyens de subsistance. »

 

L'appel soutiendra entre cinq et sept projets au total, les chercheurs sélectionnés recevant jusqu'à 5 000 USD par projet. Toutes les données de cette initiative suivront les normes GBIF et les directives d'octroi de licences de données, et les ensembles de données des régions sous-représentées recevront une attention prioritaire.

 

La date limite de réception des propositions par SoilBON est le dimanche 10 juillet 2022 à 23h59 MDT (UTC-6).

 

« Cet appel est essentiel pour combler les lacunes dans les données sur la biodiversité des sols disponibles via le GBIF », a déclaré Dmitry Schigel, responsable scientifique du GBIF. « Cela sous-tend notre objectif de permettre aux chercheurs de découvrir des données plus pertinentes pour les aider à répondre aux questions les plus urgentes dans leurs domaines d'étude. Il est temps que les écologistes des sols aient leur tour. »

 

Plus d'informations

 

Dicyrtoma fusca (J.Lubbock, 1873), observé en Allemagne. Photo 2021 Alexis (1821) via Naturalist Research-grade Observations , sous licence Creative common CC BY-NC 4.0

 

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