Mercredi 24 Octobre 2018

taxonomie

Jusqu'à il y a quelques semaines, la GBIF BackBone taxonomie s'intégrait parfaitement dans un modèle traditionnel, classant les noms des organismes en utilisant le système que Carl Linnaeus a décrit pour la première fois dans Systema Naturae en 1735. En combinant les informations basées sur les noms de dizaine de sources d'autorité différente (Catalogue of Life, IRMNG et le registre mondial des espèces marines - appelé affectueusement «WoRMS»), le backbone constitue un moyen cohérent d’organiser tout le contenu relatif aux espèces sur GBIF.org - comme les jeux de données, les pages d'occurrences et d'espèces - et permet toutes les formes de recherche taxonomique, de navigation et de reporting.

Mais ces derniers mois, des forces cachées ont été à l’œuvre, étendant la capacité de la backbone à s'adapter à un paradigme taxonomique émergent. En collaboration avec des partenaires en Estonie, en Suède, au Danemark et dans d’autres pays d’Europe du Nord, le GBIF a piloté avec succès la publication de 11 495 enregistrements d'occurrence fongiques liés à des identifiants basés sur l’ADN. Ces enregistrements apparaissent dans la dernière version de la taxonomie  Backbone GBIF.

 

Apporter l'ordre aux données 'noires'

Dans l’espoir de combler cette lacune dans les connaissances scientifiques, des experts du Muséum d’histoire naturelle de l’Université de Tartu (abritant le nœud GBIF Estonie) et de l’Université de Göteborg ont développé UNITE. Ce système utilise des séquences à base d’ADN ribosomique pour donner une identité sur les éléments cryptiques de la biodiversité fongique. L’élément principal de l’UNITE est ' l’hypothèse de l’espèce (SH) ', qui regroupe des séquences similaires en grappes provisoires au niveau de l’espèce.

Chaque hypothèse d'espèce se voit attribuer un DOI, établissant une référence permanente et stable pour cette hypothèse particulière (les séquences connues provenant d'organismes déjà en possession de noms scientifiques linnéens officiellement décrits peuvent, bien sûr, s'appuyer sur celles-ci). Pour les séquences connues uniquement à partir d'échantillons environnementaux, ce système présente l'avantage de donner des identités sans ambiguïté aux hypothèses des espèces.

Cette approche a conduit à la définition de plus de 73 000 hypothèses sur les espèces fongiques, qui reposent sur et combinent plus de la moitié des 817 130 séquences d’ADN de référence publique.

Pour (beaucoup) plus d’information, consulter la page du GBIF.org (en anglais) ici

 

Hygrocybe conica, observé à Trondheim, en Norvège, par Ole Reitan, via le service norvégien d'observation des espèces. Photo sous licence CC-BY-4.0.

Revenir en haut