Jeudi 08 Décembre 2022

Publication de données

Le GBIF et le Journal of Limnology en libre accès, ont lancé un appel aux chercheurs pour qu'ils soumettent des data papers sur les espèces qui habitent les eaux intérieures du monde.

 

Alors que les environnements d'eau douce couvrent moins de 1 % de la surface de la Terre et contiennent moins de 3 % de toute l'eau de la planète, ils abritent au moins 10 % de toutes les espèces. De nombreux macro- et micro-organismes d'eau douce servent également de sentinelles pour la santé de ces écosystèmes, qui fournissent des avantages vitaux essentiels à toutes les espèces, même terrestres comme la nôtre. Malgré les graves menaces auxquelles la biodiversité des eaux douces est confrontée, la compréhension et les investissements dans sa protection sont généralement dérisoires par rapport à ceux dirigés vers les domaines terrestre et marin.

 

Pour aider les efforts visant à combler les lacunes dans les données primaires sur la biodiversité des espèces d'eau douce, le GBIF parrainera les frais de traitement des articles - normalement 624 € - pour les seize (16) premiers manuscrits acceptés par le Journal of Limnology pour décrire les jeux de données :

 

 

La date limite de soumission est le 22 octobre 2022.

Voir la définition complète des termes ci-dessous.

 

« Nous sommes fiers de ce numéro spécial traitant de data papers sur la biodiversité des eaux douces en collaboration avec le GBIF », ont déclaré Diego Fontaneto et Michela Rogora, rédacteurs en chef du Journal of Limnology. « À une époque de perte de biodiversité et de pénurie d'eau, nous espérons que cet appel relancera l'intérêt pour les inventaires de la biodiversité des eaux douces. »

 

partagent un intérêt à soutenir les programmes de recherche et de politiques pour la biodiversité d'eau douce à toutes les échelles », a déclaré Joe Miller, secrétaire exécutif du GBIF. « Nous sommes ravis de travailler avec eux pour augmenter la couverture des espèces dans les eaux intérieures du monde tout en nous appuyant sur des initiatives de mobilisation de données déjà réussies, comme nos récents appels à des données sur les vecteurs de maladies humaines et la biodiversité des sols. »

 

 

Instructions détaillées

Les auteurs doivent préparer le manuscrit en anglais et le soumettre conformément au guide pour les auteurs du Journal of Limmology avant le 22 octobre 2022.

 

Le parrainage est limité selon le principe du premier arrivé, premier servi aux seize (16) premières soumissions acceptées pour répondre à ces critères, de sorte que l'appel à soumissions peut clôturer la date limite indiquée. Les auteurs peuvent contribuer à plus d'un manuscrit, mais la division artificielle des données logiquement uniformes et des récits de données, ou « tactique du salami », n'est pas autorisée.

 

Les publications sélectionnées paraîtront dans un numéro spécial du Journal of Limnology fin 2022 ou début 2023. Le Journal est indexé à la fois dans Web of Science Impact Factor 1.673) et Scopus (CiteScore : 3.4).

 

Les locuteurs non natifs de l'anglais doivent s'assurer que leurs manuscrits soient vérifiés soit par des locuteurs natifs, soit par des éditeurs professionnels de langue anglaise avant la soumission. Vous pouvez créditer ces personnes en tant que « contributeur ». Les contributeurs ne sont pas répertoriés comme co-auteurs mais peuvent vous aider à améliorer vos manuscrits. Les soumissions mal écrites seront rejetées avant le processus d'examen par les pairs.

 

En plus des instructions aux auteurs, les manuscrits doivent faire référence au jeu de données en :
a) citant le DOI du jeu de données
b) apparaissant dans la liste des références de l'article
c) en incluant "GBIF Freshwater" dans les données du projet : titre et "2022" dans les données du projet : Identifiant dans les métadonnées du jeu de données.

 

Définition des termes utilisés

Jeux de données avec une pertinence de recherche claire pour les espèces habitant ou dépendant des habitats d'eau douce

Cet appel sponsorisé pour des data papers a un accent thématique sur les espèces qui dépendent des environnements d'eau douce. Les jeux de données peuvent contenir des enregistrements de « prises accessoires » pour des espèces terrestres ou marines, mais la grande majorité - environ 80 % - de tous les enregistrements d'un jeu de données donné doit concerner des espèces qui dépendent incontestablement des environnements d'eau douce pendant au moins une partie de leur vie.

 

Les auteurs peuvent préparer des data papers décrivant des jeux de données de listes de contrôle, d'occurrences ou d'événements d'échantillonnage; cet article de blog peut aider les auteurs à déterminer la classe la plus appropriée pour organiser leurs données.
Voir des exemples de jeux de données de listes de contrôle, d'occurrences, et d'événements d'échantillonnage existants.

 

Jeux de données avec plus de 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org

Les jeux de données doivent contenir environ 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org en 2022. Les jeux de données de liste de contrôle et d'événements d'échantillonnage en dessous du seuil peuvent être considérés comme éligibles sur la base d'une valeur exceptionnelle et traités au cas par cas par l'éditeur. Les unités publiables minimales, la "tactique du salami" et les articles de version de jeux de données sont découragés : les jeux de données doivent être publiés dans leur état d'origine, non rogné.

 

De jeux de données sont, par nature, dynamiques, et tandis qu'un data paper promeut et décrit le jeu de données dans son état actuel au moment de la soumission, le lien du jeu de données peut et souvent se résoudra à la ressource en ligne en évolution. Par conséquent, un data paper devrait idéalement être rédigé de manière à servir de vitrine, de citation bibliographique et de source permanente pour le jeu de données.

 

Jeux de données avec des données et des métadonnées de haute qualité

Les auteurs doivent commencer par publier un jeu de données composé de données et de métadonnées qui répondent aux exigences de qualité des données énoncées par le GBIF. Cet effort impliquera probablement de travailler sur une installation du GBIF Integrated Publishing Toolkit. Si l'archive Darwin Core est construite ailleurs, l'utilisation du GBIF Data Validator est recommandée avant la publication.

 

Daphnie (Daphnia galeata Sars, 1864), observée en Russie par Ivan , sous license CC BY-NC 4.0.

 

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Le GBIF a publié trois nouveaux documents techniques destinés à être examinés par la communauté et apprécierait les contributions et commentaires sur chacune des publications suivantes :

Pris ensemble, ces trois documents de géoréférencement fournissent des outils essentiels pour améliorer la pratique de l'interprétation spatiale des lieux, en particulier (mais pas exclusivement) pour ceux qui travaillent avec des données d'occurrence biologique provenant de collections scientifiques muséales. Le guide des meilleures pratiques fournit un contexte théorique et des méthodes de géoréférencement de localités descriptives ainsi que des termes et technologies communs. Le Quick Guide propose des conseils pratiques et un protocole citable pour les projets de géoréférencement. Enfin, le manuel explique comment utiliser la calculatrice de géoréférencement, un outil créé pour aider au géoréférencement des localités décrites.

Les membres de la communauté souhaitant participer en tant que pairs évaluateurs sont encouragés à consulter les directives destinées aux contributeurs, puis à proposer leurs suggestions pour améliorer les documents, via GitHub avant la date limite du 1er novembre 2020.

Les nouveaux documents complètent le premier ensemble de travaux que le Secrétariat du GBIF a commandé à VertNet pour lancer le programme de documentation numérique. Ces documents reflètent l'engagement pris pour la première fois dans le Programme de travail du GBIF pour 2019, qui visait à renforcer les compétences techniques et la formation dans les communautés de pratique du GBIF, non seulement en mettant à jour les orientations disponibles, mais aussi en améliorant les processus de maintien de celles-ci au fil du temps.

En plus des contributions sur les documents, les commentaires sur le processus d'examen par les pairs de la communauté et le programme de documentation numérique (y compris les suggestions sur les sujets que nous devrions envisager de couvrir) sont toujours les bienvenus à communication@gbif.org.

s'abonner à la liste de diffusion « documentation numérique » du GBIF. Le GBIF publiera également des annonces sur ses comptes Twitter et LinkedIn.

 

Comment participer à l'examen par les pairs de la communauté ?

Les membres de la communauté intéressés à contribuer à ce processus d'examen par les pairs peuvent lire la présentation du programme de documentation numérique pour placer leur efforts dans le contexte, puis passer en revue les instructions et attentes spécifiques sur la manière de proposer des suggestions et des améliorations.

Pour faire entendre votre voix et participer en tant que réviseur, nous demandons aux membres de la communauté de :

  1. Créer un compte GitHub(vpoir la vidéo de présentation).
  2. Lire les documents Géoréférencement Meilleures pratiques, Géoréférencement Guide de référence rapide & Manuel de géoréférencement
  3. Créer et commenter les problèmes sur le référentiel GitHub approprié (voir la vidéo de présentation) :
  4. Lancer, suivre et soutenir les discussions sur le forum de la communauté GBIF

Veuillez vous rappeler que toutes les interactions dans le cadre de ce processus doivent respecter le code de conduite du GBIF, qui vise à encourager un « environnement sûr, hospitalier et productif » c'est-à-dire « professionnel, respectueux et sans harcèlement pour tous les participants.»

 

Date limite pour l'examen par la communauté : 1er novembre 2020

 

Photo : Dauphin de Commerson ( Cephalorhynchus commersonii ), au large de Chubut, Argentine © Gabriel Laufer / iNaturalist - CC0

 

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La République d'Arménie a rejoint le GBIF en tant que participant associé, le chef par intérim du Ministère de l'Environnement signant le Protocole d'accord du GBIF au nom du gouvernement.

 

En acceptant d'aider à coordonner et à promouvoir un accès libre et ouvert aux données sur la biodiversité, l'Arménie est devenue le 99e membre officiel, son 61e participant national et le constituant le plus à l'est de la GBIF région Europe et Asie centrale.

 

L'Arménie est le deuxième pays à devenir participant au GBIF après avoir participé au projet BioDATA financé par la Norvège, mis en œuvre au niveau national par Unité de coordination du programme international de recherche de l'Université agraire nationale arménienne (ANAU). Ce résultat prouve la valeur de l'engagement des professionnels de la biodiversité à travers des événements de formation régionaux, aux côtés des exemples de Biélorussie et des 11 nouveaux membres qui sont entrés via l'Union européenne - programme Biodiversity Information for Development (BID).

 

« La participation au GBIF fournit un cadre pour le développement des données et des informations à l'échelle nationale dont nous avons besoin pour évaluer, surveiller et gérer efficacement la biodiversité de l'Arménie », a déclaré le Dr Armine Abrahamyan, chef de l'unité de coordination du programme de recherche international de l'ANAU. « La formation disponible par le biais des programmes de renforcement des capacités de la communauté est tout aussi importante, nous aidant à atteindre un objectif national pour l'amélioration des compétences de nos scientifiques et spécialistes des données. »

 

« En rejoignant la communauté du GBIF, l'Arménie est devenue un pionnier dans la région, et nous espérons que son exemple sera bientôt suivi par d'autres nations du Caucase et d'Asie centrale » a déclaré Joe Miller, secrétaire exécutif du GBIF. « L'importance de l'Arménie en tant que berceau de certaines des plus importantes cultures du monde rend cette évolution particulièrement passionnante. Les données sur la biodiversité mobilisées grâce à l'adhésion au GBIF offrent un soutien précieux pour les objectifs et les cibles de la communauté mondiale en matière de conservation et de développement durable. »

 

L'Arménie se trouve à un carrefour historique de diversité culturelle et naturelle. Les montagnes et les vallées du pays, qui s'étendent sur deux points chauds de la biodiversité d'importance mondiale, le Caucase et le Irano-Anatolien, abritent un grand nombre d'espèces endémiques, malgré sa superficie relativement réduite (29 743 km2). Le dernier Plan d'action national pour la biodiversité soumis à la Convention sur la diversité biologique note la présence de 142 espèces végétales et 495 espèces animales qui ne sont présentes dans aucun autre pays du monde.

 

L'Arménie reste une source importante de diversité agricole régionale, car elle abrite des centaines d'espèces de plantes cultivées apparentées, dont trois des quatre espèces de blé sauvage du monde : engrain sauvage (Triticum boeticum), Épinette sauvage rouge (T. urartu) et Blé de Timopheev ou Blé zanduri (T. araraticum). Ces richesses génétiques constituent une ressource vitale pour la culture de nouvelles variétés de plantes plus résistantes, capables d'accroître la production agricole et la sécurité alimentaire.

 

La longue histoire humaine de l'Arménie signifie, sans surprise, que ses habitats de montagne, de forêt, de steppe, de semi-désert et d'eau douce sont confrontés à toute la gamme des menaces anthropiques, telles que la perte d'habitat due aux établissements humains et à l'exploitation des ressources, la pollution, les espèces envahissantes et le changement climatique. En conséquence, le nombre d'espèces répertoriées comme menacées dans le Livre rouge national des espèces menacées dépasse les 120 espèces figurant sur la Liste rouge mondiale des espèces de l'UICN.

Les événements à venir en Arménie visent à accroître la capacité et la sensibilisation aux données ouvertes sur la biodiversité, avec un cours de formation sur la publication de données et un colloque régional pour le Caucase du Sud (tous deux reportés en raison de la pandémie COVID-19) prévus dans l'année à venir.

 

Gentiane à crête (Gentiana septemfida), Mont Sartcasar, Arménie © Vahe Martirosyan / via Flickr -CC BY-SA 2.0.

 

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