Dimanche 18 Novembre 2018

MNHN

Après avoir examiné une collection variée de 23 propositions, un jury d'experts a sélectionné six gagnants - deux pour la premiere place (remportant le prix de 10 000 euros chacun) et quatre pour la secondes places (remportant un prix de 3 500 euros chacun) - dans le cadre du Challenge GBIF Ebbe Nielsen 2018. Les solutions et les innovations conçues par les lauréats - et, évidemment, par tous les participants - reflètent et abordent des sujets d’intérêt et de préoccupation de grande envergure dans la communauté informatique de la biodiversité. Des sujets tels que les données ouvertes liées, la mobilisation de données, la qualité et l’interopérabilité des données.

 

Le Jury du Challenge Ebbe Nielsen 2018 fut constitué de :

  • Greg Riccardi, iDigBio
  • Jo Judge, Réseau national britannique sur la biodiversité
  • Marie Elise Lecoq, GBIF France
  • Eduardo Dalcin, Institut de recherche sur le jardin botanique de Rio de Janeiro
  • Dag Endresen, GBIF Norvège
  • Ana C.M. Malhado, Université fédérale d'Alagoas
  • Anabela Plos, GBIF Argentine | Muséem argentin des sciences naturelles
  • Anders G. Finstad, Université norvégienne des sciences et technologies
  • Philippe Grandcolas, Muséum national d’histoire naturelle

 

 

Le Challenge est un prix d'encouragement annuel qui honore la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, un leader inspirant dans les domaines de la biosystématique & de l'informatique de la biodiversité et l'un des principaux fondateurs du GBIF.

 

Le fait que l'édition 2018 du Challenge soit plus ouverte que les années précédente a réussi à susciter un engagement géographique plus large, les 23 participation du Challenge ayant recruté des participants de deux douzaines de pays. Les six équipes gagnantes représentent huit pays, dont deux - le Sri Lanka et la Lituanie - qui ne sont pas encore membres officiels du GBIF. La liste complète des gagnants, par ordre alphabétique, est la suivante :

 

 

1ère place

Checklist recipe : a template for reproducible standardization of species checklist data

Lien Reyserhove, Damiano Oldoni et Peter Desmet, INBO: Institut de recherche sur la nature et la forêt, Belgique

 

Ozymandias : a biodiversity knowledge graph

Roderic D. M. Page, Université de Glasgow, Royaume-Uni

 

2ème place

The bdverse

Tomer Gueta et Yohay Carmel, Technion - Institut israélien de technologie, Israël

Vijay Barve, Muséem d'histoire naturelle de la Floride, États-Unis

Thiloshon Nagarajah, Institut de technologie de l'informatique, Sri Lanka

Povilas Gibas, Université de Vilnius, Lituanie

Ashwin Agrawal, Institut indien de technologie (BHU), Inde

 

GBIF Issues Explorer

Luis J. Villanueva, Smithsonian Institution, États-Unis

 

Smart mosquito trap to DwC pipeline

Connor Howington et Samuel Rund, VectorBase.org, États-Unis

 

Taxonomy Tree Editor

Ashish Singh Tomar, Université de Grenade, Espagne | BIG4

 

Plus d’information (en anglais) ici

L’ED 227 (Sciences de la Nature et de l'Homme : évolution et écologie), organise un module sur les "Utilisations innovantes des Collections Naturalistes dans la Recherche Scientifique” qui aura lieu du 12 au 16 mars 2018 au MNHN. 
 
Pour plus d’informations : 

http://enseignementsuperieur.mnhn.fr/sites/depf.mnhn.fr/files/documents/programmeed227_2017-2018-2.pdf

(voir pages 45-50)
 
Pour les inscriptions, merci d'envoyer un message à l'adresse suivante : pellens@mnhn.fr
 
Photo prise par Maheva_Bagard_Laursen à proximité de la ville Le Cap le 07/12/2017 - Attribution-ShareAlike 2.0 Generic (CC BY-SA 2.0)

L’État a prévu la mise en place d’un système d’Information de la biodiversité, afin d’appuyer les politiques publiques de connaissance et de conservation de la biodiversité.

Ce système d’information a notamment vocation à renforcer et étendre les dispositifs existants, dont le système d'Information sur la nature et les paysages, l’inventaire du patrimoine naturel et les observatoires de la biodiversité (Observatoire National de la Biodiversité).

Afin de circonscrire son périmètre et ses objectifs, vous êtes invité, en tant que personne ou organisme impliqué dans les dispositifs existants ou intéressé par les données de la biodiversité, à une consultation au moyen de ce questionnaire en ligne.

Cette consultation est organisée par le Ministère de la transition écologique et solidaire, le Muséum national d'Histoire naturelle et l’Agence française pour la biodiversité.

Vous avez jusqu'au dimanche 26 novembre 2017 pour participer.

 

Agapanthia asphodeli (Latreille, 1804) ©  Sophie Pamerlon

Le Muséum national d’Histoire naturelle porte le projet « 65 Millions d’Observateurs » (65MO), qui vise à développer des outils informatiques innovants et évolutifs dédiés aux sciences participatives. Dans le cadre de ces programmes, tous les citoyens sont invités à participer à la collecte de données « standardisées » permettant aux chercheurs de faire progresser les connaissances sur la faune et la flore, en sciences de la terre et de l’univers, etc.

Pour faciliter la participation à ces programmes, plusieurs sites seront développés sur la base d’un Framework dédié (le « Citizen Science Framework » construit sur une architecture basée sur Wordpress et Symfony, en cours de développement).

Il s’agira donc de concevoir et développer ces sites web de participation, selon un cahier des besoins établi et à partir du Framework dédié à la de création de tels sites de participation. 

Le dossier de candidature devra être composé d’un CV, d’une lettre de motivation. Ces documents devront être envoyés sous la forme d’un PDF unique nommé “CandidatureDeveloppeur_NOM_Prenom”. A envoyer par courriel au plus vite à : gregoire.lois@mnhn.fr avec pour objet : [65MO] Candidature « Développeur ».

NB. Les candidatures seront traitées en vue d’un entretien au fur et à mesure de leur arrivée.

Plus d'informations ici.

Une équipe de l’Institut de systématique, évolution, biodiversité (Muséum national d’Histoire naturelle / CNRS / EPHE / UPMC) et de la Direction des Collections du Muséum décrit la base de données de Plantes Vasculaires du MNHN (accessible via le GBIF) dans un article qui vient de paraître dans Scientific data, permettant aux scientifiques de se les approprier dans leurs futurs travaux de recherche.

L’Herbier national du Muséum contient environ 8 millions de spécimens, arrivés du monde entier au fil des siècles et des expéditions, ce qui en fait la collection botanique et fongique la plus importante au monde. Cette dernière a pour ambition de rassembler l’ensemble des espèces de plantes, lichens, algues et champignons que porte la planète ; elle est le résultat de plus de 350 ans d’activité botanique, depuis la création du Jardin royal des plantes médicinales en 1635.

Entre 2008 et 2012, l’Herbier national a été complètement rénové, processus qui a inclus une restauration du bâtiment et un reclassement systématique des spécimens dans des rayonnages mobiles pour répondre aux standards actuels de conservation. Près d’un million d’échantillons de la collection de plantes vasculaires (plantes à fleurs, conifères, fougères…) a été restauré à cette occasion. Celle-ci compte à elle seule environ 6 millions de spécimens et couvre environ 47% de la flore mondiale avec une représentation historique remarquable (plus de 40% des échantillons ont été récoltés avant 1900).

Conjointement à la rénovation de l’Herbier, une importante opération de numérisation des spécimens de la collection a été entreprise : 5 400 000 spécimens de plantes vasculaires ont été numérisés, soit 90% du volume estimé de ce groupe conservé au Muséum. Un article qui vient de paraître dans la revue Scientific Data, décrit le jeu de données ainsi généré pour les plantes vasculaires, mais également les processus complexes qui ont conduit à sa constitution. Cette publication a été élaborée par une équipe regroupant des personnels de l’Institut de systématique, évolution, biodiversité (ISYEB : Muséum national d’Histoire naturelle /CNRS/UPMC/EPHE) et de la Direction des Collections du Muséum.

Plus d'informations sur cette page (en français).

Une liste des Data Papers publiés par des institutions françaises est diponible dans la partie Ressources de notre site.

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