Lundi 18 Décembre 2017

MNHN

L’État a prévu la mise en place d’un système d’Information de la biodiversité, afin d’appuyer les politiques publiques de connaissance et de conservation de la biodiversité.

Ce système d’information a notamment vocation à renforcer et étendre les dispositifs existants, dont le système d'Information sur la nature et les paysages, l’inventaire du patrimoine naturel et les observatoires de la biodiversité (Observatoire National de la Biodiversité).

Afin de circonscrire son périmètre et ses objectifs, vous êtes invité, en tant que personne ou organisme impliqué dans les dispositifs existants ou intéressé par les données de la biodiversité, à une consultation au moyen de ce questionnaire en ligne.

Cette consultation est organisée par le Ministère de la transition écologique et solidaire, le Muséum national d'Histoire naturelle et l’Agence française pour la biodiversité.

Vous avez jusqu'au dimanche 26 novembre 2017 pour participer.

 

Agapanthia asphodeli (Latreille, 1804) ©  Sophie Pamerlon

Le Muséum national d’Histoire naturelle porte le projet « 65 Millions d’Observateurs » (65MO), qui vise à développer des outils informatiques innovants et évolutifs dédiés aux sciences participatives. Dans le cadre de ces programmes, tous les citoyens sont invités à participer à la collecte de données « standardisées » permettant aux chercheurs de faire progresser les connaissances sur la faune et la flore, en sciences de la terre et de l’univers, etc.

Pour faciliter la participation à ces programmes, plusieurs sites seront développés sur la base d’un Framework dédié (le « Citizen Science Framework » construit sur une architecture basée sur Wordpress et Symfony, en cours de développement).

Il s’agira donc de concevoir et développer ces sites web de participation, selon un cahier des besoins établi et à partir du Framework dédié à la de création de tels sites de participation. 

Le dossier de candidature devra être composé d’un CV, d’une lettre de motivation. Ces documents devront être envoyés sous la forme d’un PDF unique nommé “CandidatureDeveloppeur_NOM_Prenom”. A envoyer par courriel au plus vite à : gregoire.lois@mnhn.fr avec pour objet : [65MO] Candidature « Développeur ».

NB. Les candidatures seront traitées en vue d’un entretien au fur et à mesure de leur arrivée.

Plus d'informations ici.

Une équipe de l’Institut de systématique, évolution, biodiversité (Muséum national d’Histoire naturelle / CNRS / EPHE / UPMC) et de la Direction des Collections du Muséum décrit la base de données de Plantes Vasculaires du MNHN (accessible via le GBIF) dans un article qui vient de paraître dans Scientific data, permettant aux scientifiques de se les approprier dans leurs futurs travaux de recherche.

L’Herbier national du Muséum contient environ 8 millions de spécimens, arrivés du monde entier au fil des siècles et des expéditions, ce qui en fait la collection botanique et fongique la plus importante au monde. Cette dernière a pour ambition de rassembler l’ensemble des espèces de plantes, lichens, algues et champignons que porte la planète ; elle est le résultat de plus de 350 ans d’activité botanique, depuis la création du Jardin royal des plantes médicinales en 1635.

Entre 2008 et 2012, l’Herbier national a été complètement rénové, processus qui a inclus une restauration du bâtiment et un reclassement systématique des spécimens dans des rayonnages mobiles pour répondre aux standards actuels de conservation. Près d’un million d’échantillons de la collection de plantes vasculaires (plantes à fleurs, conifères, fougères…) a été restauré à cette occasion. Celle-ci compte à elle seule environ 6 millions de spécimens et couvre environ 47% de la flore mondiale avec une représentation historique remarquable (plus de 40% des échantillons ont été récoltés avant 1900).

Conjointement à la rénovation de l’Herbier, une importante opération de numérisation des spécimens de la collection a été entreprise : 5 400 000 spécimens de plantes vasculaires ont été numérisés, soit 90% du volume estimé de ce groupe conservé au Muséum. Un article qui vient de paraître dans la revue Scientific Data, décrit le jeu de données ainsi généré pour les plantes vasculaires, mais également les processus complexes qui ont conduit à sa constitution. Cette publication a été élaborée par une équipe regroupant des personnels de l’Institut de systématique, évolution, biodiversité (ISYEB : Muséum national d’Histoire naturelle /CNRS/UPMC/EPHE) et de la Direction des Collections du Muséum.

Plus d'informations sur cette page (en français).

Une liste des Data Papers publiés par des institutions françaises est diponible dans la partie Ressources de notre site.

Séminaire INSIDE 2017

Le Pôle INSIDE, le MNHN et l’IFREMER organisent les 28 et 29 mars 2017 un séminaire de deux jours, dans les locaux du MNHN.

Venez définir les prochaines orientations du pôle INSIDE, dans sa dynamique d’ouverture aux enjeux numériques communs à l’eau, au milieu marin et à la biodiversité. Clôture des inscriptions le 1er mars 2017 ; date limite de soumission des posters et présentations courtes le 15 février

 

Le domaine de l’environnement, et par déclinaison tous les systèmes d’information qui le servent, fait interagir des réseaux d’acteurs et donc des silos de données fortement distribués. Le partage et la consolidation des informations, nécessaires à leur exploitation globale, n’en sont que plus difficiles.

 

Au-delà des difficultés évidentes d’échange et de synchronisation, les différentes représentations de connaissances métiers entre différents acteurs et leur mise en relation pour un usage efficace est un enjeu qui rejoint les problématiques de normalisation nationales et internationales, les linked data et les nouveaux modes d’interrogation.

 

Ces difficultés, renforcées par certaines facettes des données manipulées – comme la gestion de leur spatialisation et de leur temporalité – rendent d’autant plus ardus les processus métiers constituant les systèmes d’information environnementaux, parmi lesquels la collecte, le croisement, l’exploitation et la réexposition d’information. Seule une veille et une recherche efficace autour des outils, des méthodes et de leurs solutions technologiques garantissent de maintenir des systèmes d’informations innovants capables de répondre aux besoins des utilisateurs et des décideurs.

 

Confrontés à ces enjeux, l’Onema et le BRGM se sont associés en 2014 pour créer un pôle de recherche, développement et innovation centré sur les problématiques d’interopérabilité inhérentes aux systèmes d’information distribués, pôle appuyé sur les besoins du domaine de l’eau et des milieux aquatiques. Le pôle INSIDE a ainsi marqué la volonté des deux établissements de collaborer pour préparer l’évolution technologique du système d’information sur l’eau (SIE). 2017 verra l’Agence Française pour la Biodiversité (AFB) regrouper, outre l’Onema (avec ses préoccupations eau et milieu aquatique), l’Agence des Aires Marines Protégées (orientée milieu marin et ultramarin) et des organismes en charge de la biodiversité en général (PNF, Aten, …), et un rapprochement avec le Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN) dans le cadre d’une Unité Mixte de Service. Le pôle INSIDE doit donc réfléchir à son évolution dans ce nouveau contexte, en s’ouvrant aux compétences en matière d’interopérabilités existantes dans les domaines biodiversité et mer.

 

 

Inscriptions et informations sur le site du séminaire.

TAXREF v.8 est en ligne

La nouvelle version du référentiel TAXREF est en ligne et en téléchargement depuis le 1er décembre 2014. Dorénavant 452 106 noms sont diffusés (soit 45 000 noms ajoutés en un an). Aujourd'hui, 153 576 espèces sont ainsi recensées sur le territoire français.

La biodiversité de l'outre-mer est à l'honneur avec l'ajout d'environ 15 000 insectes et 5 600 plantes de Guyane française. Les mousses de Guadeloupe et Martinique, la flore vasculaire et les mousses de Saint-Pierre et Miquelon sont également au cœur de cette nouvelle version. Les insectes ne sont pas en reste avec notamment 2 500 espèces recensées pour la Polynésie française.

Années après années, le Muséum consolide et complète le référentiel des espèces des territoires français en s'appuyant sur la littérature scientifique (plus de 5 000 articles dépouillés), les réseaux taxonomiques mondiaux ainsi que les naturalistes de métropole et d’outre-mer.

Vous pouvez également consulter le communiqué de presse du Muséum National d'Histoire Naturelle ici.

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