Dimanche 08 Décembre 2019

données

DiSSCo rejoint le GBIF

Le système distribué de collections scientifiques (DiSSCo) rejoint le GBIF en tant que dernier participant non-membre du réseau.

DiSSCo est la nouvelle infrastructure de recherche européenne qui vise à unifier les actifs des sciences naturelles dans le cadre de politiques et de pratiques communes en matière de conservation et d'accès. Cela représente l'accord au format le plus élargi entre les muséums d'histoire Naturelle, les jardins botaniques et les universités des collections.

Le réseau DiSSCo comprend actuellement 119 institutions participantes de 21 pays, qui détiennent ensemble plus de 1,5 milliard de spécimens.
"L'infrastructure de recherche DiSSCo est ravie de devenir un membre actif de la famille GBIF", a déclaré Dimitris Koureas, coordinateur de DiSSCo. "En tant que consortium européen de collections de sciences naturelles, DiSSCo renforcera la mission de GBIF avec une base de preuves validée comprenant jusqu'à 1,5 milliard d'objets numériques."

Comme le GBIF, DiSSCo utilise les données ouvertes pour garantir que la numérisation à grande échelle de spécimens de collections européennes mobilise des données est FAIR: Trouvables (Findable), Accessibles, Interopérables et Réutilisables.

"Le secrétariat du GBIF est heureux d'accueillir DiSSCo en tant que membre officiel du réseau GBIF", a déclaré Joe Miller, secrétaire exécutif du GBIF. "Nous travaillons déjà en étroite collaboration sur des projets tels que SYNTHESYS + (financé par l'UE) et le DiSSCo Prepare récemment primé. Cette étape renforce nos relations étroites."

Créée en 2015, DiSSCo est issue du consortium CETAF (Consortium of European Taxonomic Facilities), autre membre de longue date du réseau GBIF. Les membres des deux réseaux collaborent fréquemment, y compris aux activités de projet en cours telles que SYNTHESYS+ et Catalog of Life Plus (CoL +).

En collaboration avec iDigBio, les standards d’information sur la biodiversité (TDWG) et LifeWatch ERIC (tous les autres participants associés au GBIF), DiSSCo et le GBIF présentent conjointement la conférence Biodiversity_Next, organisée par le Naturalis Biodiversity Centre et le NLBIF à Leiden, aux Pays-Bas, en octobre 2019.

 

Vidéo de présentation (en anglais) : https://youtu.be/OeOGbQ4WrwM

Plus d'information (en anglais) sur ici

Le réseau GBIF a lancé un nouveau programme visant à soutenir un groupe d’experts qui promeuvent un accès libre et ouvert aux données sur la biodiversité. Au cours de sa phase initiale, 42 professionnels de 19 pays ont été recrutés, représentant ainsi les six régions du GBIF.

     Postuler pour devenir un ambassadeur des données ouvertes sur la biodiversité

     Afficher la liste actuelle des ambassadeurs des données ouvertes sur la biodiversité
     
Le programme vise à élargir et à renforcer le réseau GBIF, avec un intérêt particulier dans les zones où le GBIF est peu représenté avec l'établissement de relations au sein des communautés de la recherche scientifique et des politiques. En tirant parti de leurs possibilités de parole lors de conférences, d’ateliers et d’autres événements de mise en réseau, les ambassadeurs peuvent partager leur expérience et exprimer leur propre engagement en matière de données gratuites, FAIR et ouvertes.

"Nous sommes convaincus que le programme des ambassadeurs de données ouvertes sur la biodiversité peut élargir davantage les domaines et les zones géographiques représentés dans le réseau GBIF", a déclaré Joe Miller, secrétaire exécutif du GBIF. «Les ambassadeurs peuvent contribuer à une compréhension et à une appréciation plus larges du GBIF, à la fois en tant qu’infrastructure de données de recherche et en tant que communauté de pratique mondiale. Nous espérons que le programme pourra soutenir nos ambassadeurs tout en encourageant la vision commune de notre réseau d’une culture scientifique plus ouverte, transparente, reproductible et interopérable. "

Le programme vise à reconnaître et à soutenir le rôle actif que jouent les ambassadeurs aux côtés des responsables et du personnel des nœuds du réseau, des délégués officiels, des membres des comités et du personnel du Secrétariat. Bien que ces groupes travaillent sans relâche pour promouvoir la mission du GBIF et transformer la culture des données en pratiques plus équitables et plus ouvertes, le groupe reste relativement petit et ne peut atteindre toutes les communautés concernées.

La principale exigence pour être un ambassadeur est d'avoir un engagement à défendre les données ouvertes sur la biodiversité dans au moins un événement, une publication ou un processus chaque année. La durée du mandat est illimitée, bien que certaines personnes puissent être tenues de présenter une nouvelle candidature après une période d'inactivité de deux ans.

En plus de servir de défenseurs dans leurs propres communautés professionnelles, les ambassadeurs sont invités à aider le GBIF à identifier les événements et les publics où l'engagement peut avoir un impact. Ils fournissent également un ensemble d'experts que le secrétariat et les nœuds GBIF peuvent soliciter pour représenter le réseau et promouvoir les données de biodiversité ouvertes lors d'événements spécifiques.

Le secrétariat du GBIF met au point des ressources spécifiques pour aider les ambassadeurs dans leurs efforts, notamment des diapositives de présentation, des points de discussion, des affiches et du matériel d’appui, en format numérique et imprimé.

Ceux qui souhaitent postuler pour devenir ambassadeur des données ouvertes sur la biodiversité peuvent en apprendre davantage sur la page des ambassadeurs, compléter le formulaire de candidature ou envoyer des demandes de renseignements, des questions et des suggestions à ambassadors@gbif.org.

Page (en anglais) du GBIF.org : https://www.gbif.org/news/1EL1oQa7ZmWtIZlTsNHblx/programme-seeks-biodiversity-open-data-ambassadors-to-expand-best-practices

 

Dr Jean C. Ganglo de l'Université de Abomey-Calavi et du GBIF Benin, Cape Town, 13 avril 2018. Photo via Flickr

L'Unité Mixte de Recherche EcoFoG (Ecologie des Forêts de Guyane) a publié, dans le GBIF, le jeu de données suivant :
 

Fungi of French Guiana

5 219 occurences - Lien vers la page du jeu de données sur GBIF.org

L'ensemble de données Champignons de Guyane française: permet de recueillir des données taxonomiques, environnementales et moléculaires grâce à un plan d'échantillonnage exhaustif, stratifié et reproductible dans 126 parcelles représentatives des principaux habitats forestiers

 

Une autre institution française, l'Institut Pasteur de la Guyane, a également partagé un jeu de données sur le GBIF :

A database of Anopheles (Diptera, Culicidae): historical presence records in French Guiana and in the state of Amapá, in South America

3 917 occurences - Lien vers la page du jeu de données sur GBIF.org

La Guyane française, un territoire français, et Amapá, un État brésilien, sont situés dans une zone intertropicale d'Amérique du Sud. Ils fournissent un excellent climat à la présence de vecteurs du paludisme, et notamment du principal vecteur d'Amérique du Sud, Anopheles darlingi. Cette base de données regroupe différentes occurrences d'anophèles en Guyane française et dans l'État d'Amapá entre 1902 et 2014. Elle vise à compléter la connaissance limitée de la répartition des anophèles dans cette région, où la situation transfrontalière est un obstacle majeur à l'élimination du paludisme.

Au nom du réseau des participants nationaux, le Secrétariat du GBIF a le plaisir de lancer l'appel à candidature pour le Young Researchers Award 2019 (prix des jeunes chercheurs). Ce programme annuel vise à favoriser la recherche et la découverte innovantes en informatique sur la biodiversité par des étudiants dont les travaux de master ou de doctorat reposent sur des données diffusées par le biais du GBIF.

 

Comme les années précédentes, le programme 2019 offrira deux prix de 5000€ chacun, marquant la reconnaissance du travail de deux étudiants (un de master, l'autre doctorant, de préférence). Ces deux étudiants seront nommés par les pays participants GBIF.

 

Les lauréats seront sélectionnés parmi le groupe de candidats dont les noms seront reçus par le Secrétariat du GBIF avant le 15 mai 2019. Les gagnants seront annoncés à l'été 2019.

 

Eligibilité

Les candidats doivent être inscrits à un programme d'études supérieures pour être admissibles. Ils doivent être soit des citoyens d'un pays participant du GBIF, soit des étudiants d'un établissement situé dans un pays participant du GBIF. La nomination peut provenir du pays de citoyenneté ou du pays de l'institution d'accueil du candidat.

 

Processus de soumission et délais

Les étudiants qui demandent une nomination doivent s'adresser au chef de délégation d'un pays votant ou associé au GBIF (voir la liste complète). Les participants nationaux sont responsables des délais et processus de réception et de traitement des candidatures qu'ils établissent. En conséquence, les étudiants des cycles supérieurs qui demandent une nomination peuvent consulter les sites Web de leurs point nodal (au GBIF) ou contacter directement le chef de délégation ou le gestionnaire de nœud.

 

Les propositions des étudiants sont d'abord examinées et priorisées au niveau national. Les nœuds nationaux du GBIF sont encouragés à travailler en étroite collaboration avec les communautés académiques et les établissements d'enseignement supérieur dans leurs pays et toucher aux programmes universitaires et groupes de recherche pertinents.

 

Les chefs des délégations nationales peuvent soumettre un maximum de deux candidatures au Secrétariat du GBIFà youngresearchersaward@GBIF.org.

 

La date limite de soumission est le 15 mai 2019.

 

Les chefs des délégations doivent s'assurer que les soumissions sont complètes et inclure tous les éléments énumérés ci-dessous. Les soumissions de propositions incomplètes ne seront pas considérées.

 

Elements nécessaires pour une proposition

Les candidats doivent préparer leurs propositions et leurs dossiers de candidature de telle sorte que les éléments cités ci-dessous soient inclus dedans :

  • un résumé du sujet de recherche (200 mots)
  • une description du projet (maximum 5 pages, Arial 12 points) qui décrit
    • l'intérêt de la recherche et la(es) question(s) qu'elle aborde.
    • le rôle des données accessibles via le GBIF pour répondre à ces questions. Les propositions de recherche doivent clairement démontrer comment l'étude intègre les données mobilisées à travers le GBIF. Les étudiants ayant des questions sur les données accessibles via le GBIF devraient travailler avec les conseillers académiques, leur nœud national GBIF, le Secrétariat du GBIF ou les membres du Comité scientifique pour améliorer la compréhension de ces données.
    • la portée de la recherche, le plan, les méthodologies, les références bibliographiques pertinentes et le calendrier.
    • le cas échéant, une description ou un extrait d'un plan de gestion des données décrivant comment les données relatives à la recherche sont publiées ou seront préparées pour publication dans le réseau GBIF.
  • Curriculum vitae du candidat étudiant, y compris les informations complètes de contact de l'institution d'origine.
  • Documents complémentaires :
    • Une lettre officielle du mentor/superviseur de l'étudiant dans la faculté certifiant que le candidat est un étudiant en règle dans le programme d'études supérieures de l'université.
    • Au moins une, et pas plus de trois, lettres d'appui de chercheurs reconnus, actifs dans un domaine qui englobe et intègre l'informatique dans la biodiversité (ex : génétique, composition et caractères des espèces, biogéographie, écologie, systématique, etc.)

 

Processus de sélection et critères

Le Comité scientifique du GBIF examinera les candidatures et sélectionnera les lauréats des Young Researchers Awards.

Les critères pour les récompenses incluent:

  • l'originalité et l'innovation
  • l'utilisation et l'importance stratégique de données accessibles via le GBIF
  • l'efficacité mesurable et son impact sur l'avancement de l'informatique dans la biodiversité et/ou la conservation de la diversité biologique
  • Les propositions qui ne sont pas sélectionnées peuvent être mises à jour et soumises à nouveau pour examen dans les années suivantes.

Les lauréats sont censés reconnaître le soutien du GBIF lors de la diffusion des résultats de leurs recherches par le biais de publications évaluées par des pairs, de présentations lors de réunions professionnelles et via d'autres médias.

Voir l'article original (en anglais) ici

Plus d'information concernant le GBIF Young Researchers Award (en anglais) ici

 

Grèbe à bec bigarré (Podilymbus podiceps), Los Gatos, Californie, USA. Photo de Edward Rooks via iNaturalist research-grade observations, sous licence CC BY-NC 4.0.

Chacun des jeux de données d'événements d'échantillonnage publiés sur GBIF.org comprend maintenant une liste complète des enquêtes individuelles ou des événements d'échantillonnage qu'il contient.
Une table affichant ces «événements» individuels apparaît sous la carte de jeu de données.
Celle-ci fournit des liens directs vers les aperçus des événements et vers les jeux d'enregistrements d'occurrence qui leur sont connectés. Cet ajout est le premier d'une série d'améliorations par étapes des processus d'indexation des données du GBIF. Cette série permettra d'améliorer l'intégration et l'affichage des données de surveillance écologique sur GBIF.org.

 

Le format d'échantillonnage permet aux écologistes de partager leurs données tout en représentant adéquatement des détails tels que l'effort d'échantillonnage, la présence ou l'absence d'espèces et les attributs de l'abondance. Les chercheurs qui téléchargent ces données peuvent les utiliser pour produire des analyses complexes sur les processus et les changements écologiques à grande échelle. Ensemble, la liste des événements et les prochaines améliorations à venir faciliteront l'exploration, la visualisation et l'utilisation de séries de données chronologiques, d'atlas et d'enquêtes normalisées de qualité supérieure en tant que groupes d'événements d'échantillonnage comparables.

 

Les jeux de données sur les échantillons d'échantillonnage proviennent de milliers de différents études environnementales, écologiques et de ressources naturelles. Les «événements» eux-mêmes peuvent inclure des enquêtes de terrain occasionnelles aux efforts systématiques de surveillance et d'évaluation à long terme.
Ces efforts peuvent concernés (entre autres) : des échantillonnage d'eau douce et d'eau marine, des couverture de plantes et de parcelles végétales, des comptages d'oiseaux et de papillons via les science citoyenne.

 

Exemples de jeux de données d'événements d'échantillonnage :

 

Les données d'échantillonnage d'événements supportent des analyses statistiques plus complexes que ce qui peut être réalisé en utilisant des preuves de type ‘presence-only’ (voir ci-dessous). Des comptages ou des mesures répétés provenant d'enquêtes bien planifiées, et même l'absence d'une espèce particulière d'un échantillon donné, permettent aux utilisateurs de données de comparer plus facilement des données provenant d'époques et de lieux différents. En particulier, les données d'échantillonnage peuvent soutenir des estimations de population, d'abondance et, en particulier, de dynamique de populations. Cela offre non seulement la possibilité de décrire les modèles de la biodiversité, mais aussi les processus écologiques et les changements globaux.

 

Pour en savoir plus: Introduction aux données d'événements d'échantillonnage

 

Le GBIF, ses partenaires dans le projet EU BON et d'autres acteurs ont développé l'extension Event Core au standard Darwin Core. Cela permet le partage de telles données par et avec des chercheurs écologiques mondialement. Depuis que le support des jeux de données d'événements d'échantillonnage a été introduit en 2015, un nombre croissant d'éditeurs de données ont adopté le format pour le partage de leurs données.

 

Les partenaire clés du réseaux GBIF ont également adopté le standard de données Event Core. Le Système d'information biogéographique sur l'océan, plus connu sous le nom d'OBIS, en fait la promotion conjointement à l'extension des mesures et des faits qu'ils ont développée. Dans le même temps, GEO BON encourage l'utilisation de jeux de données d'événements d'échantillonnage pour mobiliser les données d'enquête de haute qualité. Ces données sont nécessaires pour soutenir les variables de la biodiversité essentielles EBVs.

 

Importance de l'étape

 

Chacun des d'enregistrements d'occurrences publiés à travers le réseau GBIF (plus d'un milliard) offre la preuve de la présence d'un organisme spécifique à un moment et à un endroit donnés. La relative facilité de publier des données ‘presence-only’ a permis une collaboration entre les institutions et les individus partageant des données d'une ampleur et d'une valeur sans précédent pour la science et la société. La présentation de ces preuves de façon standardisée, quelle que soit leur origine ou comment et où elles ont été recueillies, a permis aux chercheurs de mieux comprendre la répartition des espèces. Cela a aussi permit une meilleur compréhension des rôles de l'environnement, du climat, de l'utilisation des terres et de nombreux autres facteurs dans des modèles structuré de biodiversité.

 

De nombreux jeux de données qui contribuent au GBIF proviennent de ce type d'activité. Jusqu'à récemment le GBIF n'offrait pas aux chercheurs les outils pour partager les éléments nécessaires pour représenter les événements d'échantillonnage individuels. Ces éléments essentiel étant des références aux méthodes et protocoles utilisés. Les outils manque également pour documenter les l'abondance de chaque espèce dans ces échantillons ou, le cas échéant, l'absence d'une espèce d'intérêt d'un échantillon.

 

À l'heure actuelle, les pages d'événements individuels n'incluent pas d'informations sur les espèces qui étaient absentes d'un événement d'échantillonnage donné, et il se peut qu'elles ne montrent pas encore toute la plage de dates de l'événement. Au cours des prochains mois, le GBIF s'attaquera à ces restrictions et indiquera également les dénombrements ou les mesures d'abondance au lieu du nombre de mentions d'occurrence pour chaque espèce. Une fois la série complète d'améliorations mise en place, le GBIF prévoyons de préparer des aperçus et des visualisations supplémentaires pour les événements d'échantillonnage de chaque ensemble de données. De plus, il prévoit de créer également des outils pour explorer les événements de différents jeux de données utilisant les mêmes protocoles d'enquête.

 

Le GBIF accueille les commentaires des utilisateurs et des éditeurs sur ces changements ainsi que des recommandations sur la meilleure façon d'améliorer l'accès aux données sur les événements d'échantillonnage au sein du site GBIF.org. Il encourage toutes les communautés de recherche concernées à adopter cette approche et à rendre leurs données aussi accessibles que possible pour la communauté scientifique dans son ensemble.

 

Si vous avez besoin d'aide ou souhaitez en savoir plus sur le partage de données d'événements d'échantillonnage, n'hésitez pas à contacter helpdesk@gbif.org .

 

Pour plus d'informations, consulter la page originale (en anglais) ici

 

 

Liste des événements des jeux de données d'échantillonnage, espèces démersales et pélagiques de poissons et calmars du plateau patagonien

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