Dimanche 03 Mars 2024

Data papers

Le GBIF poursuit son partenariat avec FinBIF et Pensoft pour soutenir la publication de nouveaux ensembles de données sur les organismes dont les cycles de vie dépendent du sol
Date limite : 22 septembre 2023

 

En collaboration avec le Finnish Biodiversity Information Facility (FinBIF) et Pensoft Publishers, le GBIF a annoncé un nouvel appel aux auteurs pour qu'ils soumettent et publient des data papers sur la biodiversité des sols dans une collection spéciale du Biodiversity Data Journal (BDJ). L'appel s'appuie sur les efforts fructueux des partenaires pour mobiliser des données en 2020-2022.

Jusqu'au 22 septembre 2023, Pensoft renoncera aux frais de traitement d'article (normalement 650 €) pour les 40 premiers manuscrits de data papers acceptés qui répondent aux critères suivants pour décrire un jeu de données :

Voir la définition complète de ces termes ci-dessous.

Instructions détaillées

Les auteurs doivent préparer le manuscrit en anglais et le soumettre conformément aux instructions de BDJ aux auteurs avant le 22 septembre 2023. Les soumissions tardives ne seront pas éligibles aux dérogations APC.

Le parrainage est limité aux 40 premières soumissions acceptées répondant à ces critères selon le principe du premier arrivé, premier servi. L'appel à candidatures peut donc se clôturer avant la date limite du 22 septembre 2023. Les auteurs peuvent contribuer à plus d'un manuscrit, mais la division artificielle des données logiquement uniformes et des récits de données, ou « publication salami », n'est pas autorisée.

BDJ publiera un numéro spécial comprenant les articles sélectionnés. La revue est indexée par Web of Science (Impact Factor 1.54) et Scopus (CiteScore : 1.8).

Pour les locuteurs non natifs, veuillez vous assurer que votre anglais est vérifié soit par des locuteurs natifs, soit par des éditeurs professionnels de langue anglaise avant la soumission. Vous pouvez créditer ces personnes en tant que « Contributeur » via l'interface ARPHA Writing Tool (AWT). Les contributeurs ne sont pas répertoriés comme co-auteurs mais peuvent vous aider à améliorer vos manuscrits.

 

En plus de l'instruction BDJ aux auteurs, les data papers doivent faire référence au jeu de données en :
a) citant le DOI du jeu de données
b) apparaissant dans la liste de références de l'article
c) en incluant "Soil Biodiversity 2023" dans le Project Data: Title et "Soil-2023" dans Project Data: Identifier dans les métadonnées du jeu de données.

 

Les auteurs doivent explorer la section GBIF.org sur les data papers et les stratégies et directives pour la publication scientifique de données sur la biodiversité. Les manuscrits et les jeux de données seront soumis à un processus standard d'examen par les pairs. Lors de la soumission d'un manuscrit à BDJ, les auteurs sont priés d'assigner à leur manuscrit Topical Collection: Soil biodiversity à l'étape 3 du processus de soumission. Pour lancer la soumission du manuscrit, n'oubliez pas d'appuyer sur le bouton Submit to the journal.

Pour voir un exemple, consultez ce jeu de données sur GBIF.org et le data paper correspondant publié par le BDJ.

Les questions peuvent être adressées soit à Dmitry Schigel, responsable scientifique du GBIF, soit à Yasen Mutafchiev, rédacteur en chef du BDJ.

 

Ce projet s'inscrit dans la continuité des data papers réussis en 2020-2022. Les articles sponsorisés seront disponibles dans une collection spéciale du BDJ, et les jeux de données correspondants seront affichés sur la page du projet sur GBIF.org.

 

Définition des termes

Jeux de données avec plus de 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org

Les jeux de données doivent contenir au minimum 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org. Bien que l'accent soit mis sur les enregistrements supplémentaires sur la biodiversité des sols, les enregistrements déjà publiés dans GBIF peuvent répondre aux critères de "nouveaux" s'ils sont substantiellement améliorés, notamment par l'ajout de lieux géoréférencés. La réduction artificielle d'enregistrements provenant de jeux de données par ailleurs uniformes au minimum nécessaire ("publication salami") est déconseillée et peut entraîner le rejet du manuscrit. Les nouvelles soumissions décrivant des mises à jour de jeux de données déjà présentées dans des documents de données publiés antérieurement ne seront pas parrainées. La justification de la publication de jeux de données comportant moins d'enregistrements (par exemple, des jeux de données d'échantillonnage, des données basées sur des séquences, des listes de contrôle avec des espèces endémiques, etc.

De nombreuses recherches sur la biodiversité des sols sont menées à l'aide de méthodes d'ADN environnemental (eDNA) et de métabarcodage, et nous accueillons les soumissions non seulement basées non seulement sur la morphologie, mais aussi sur les détections et les identifications basées sur l'ADN. Les jeux de données basés sur le métabarcodage eDNA contiennent généralement des millions de lectures de séquences, chaque enregistrement de présence étant souvent représenté par des milliers de lectures. Par conséquent, un jeu de données avec plus de 5 000 lectures de séquences ne rend pas un data paper éligible au parrainage, mais un data paper basé sur un jeu de données avec plus de 5 000 occurrences de présence uniques sur un certain nombre d'échantillons peut être éligible. Dans de telles études, le nombre d'espèces (OTU/ASV), le nombre d'échantillons, le nombre d'événements d'échantillonnage peuvent varier considérablement, et la conception de votre étude dicte la meilleure façon de capturer ces spécificités.

Dans le même temps, comme mentionné ci-dessus, les auteurs sont censés publier cela dans leur forme la plus complète, avec autant d'échantillons et d'espèces/taxons de la même étude que possible. Notez que si les jeux de données dérivés de l'ADN basés uniquement sur la qPCR (sans séquençage) sont également éligibles, les auteurs sont encouragés à publier les enregistrements de présence et d'absence dans les jeux de données qPCR. Dans de tels cas, seul le nombre de présences sera pris en compte pour l'éligibilité au parrainage, et le même principe s'applique à tous les jeux de données d'événements d'échantillonnage.
Pour plus de détails sur la préparation des données, voir le guide Publication de données dérivées de l'ADN via des plateformes de données sur la biodiversité.

 

Jeux de données avec des données et des métadonnées de haute qualité

Les auteurs doivent commencer par publier un jeu de données composé de données et de métadonnées qui répondent aux exigences de qualité des données énoncées par le GBIF. Cet effort impliquera de travailler sur une installation du GBIF Integrated Publishing Toolkit. BDJ effectuera son audit de données standard et son examen technique. Tous les jeux de données doivent réussir l'audit des données avant qu'un manuscrit ne soit transmis pour examen par les pairs.

Ce n'est que lorsque le jeu de données est préparé que les auteurs doivent alors se tourner vers le travail sur le texte du manuscrit. Les métadonnées étendues que vous entrez dans l'IPT lors de la description de votre jeu de données peuvent être converties en manuscrit d'un simple clic sur un bouton dans l'AWT (voir également Creation and Publication of Data Papers from Ecological Metadata Language (EML) Metadata. Les auteurs peuvent ensuite compléter, éditer et soumettre les manuscrits au BDJ pour examen.

 

Jeux de données couvrant la biodiversité des sols

Conformément aux priorités de financement de cet appel, au moins 80 % des enregistrements d'un jeu de données doivent contenir des enregistrements sur la biodiversité des sols. Ces espèces/taxons sont généralement définis comme passant au moins une étape de leur cycle de vie dans le sol. D'autres associations avec le sol (telles que des liens trophiques, un abri temporaire au lieu d'un habitat permanent) seront examinées par les éditeurs de traitement au cas par cas.

 

Le collembole Dicyrtomina ornata observé en France. Photo 2022 Alexis Lours via iNaturalist Research-grade Observations sous licence >CC BY 4.0

 

Lire l'article original

Le GBIF et le Journal of Limnology en libre accès, ont lancé un appel aux chercheurs pour qu'ils soumettent des data papers sur les espèces qui habitent les eaux intérieures du monde.

 

Alors que les environnements d'eau douce couvrent moins de 1 % de la surface de la Terre et contiennent moins de 3 % de toute l'eau de la planète, ils abritent au moins 10 % de toutes les espèces. De nombreux macro- et micro-organismes d'eau douce servent également de sentinelles pour la santé de ces écosystèmes, qui fournissent des avantages vitaux essentiels à toutes les espèces, même terrestres comme la nôtre. Malgré les graves menaces auxquelles la biodiversité des eaux douces est confrontée, la compréhension et les investissements dans sa protection sont généralement dérisoires par rapport à ceux dirigés vers les domaines terrestre et marin.

 

Pour aider les efforts visant à combler les lacunes dans les données primaires sur la biodiversité des espèces d'eau douce, le GBIF parrainera les frais de traitement des articles - normalement 624 € - pour les seize (16) premiers manuscrits acceptés par le Journal of Limnology pour décrire les jeux de données :

 

 

La date limite de soumission est le 22 octobre 2022.

Voir la définition complète des termes ci-dessous.

 

« Nous sommes fiers de ce numéro spécial traitant de data papers sur la biodiversité des eaux douces en collaboration avec le GBIF », ont déclaré Diego Fontaneto et Michela Rogora, rédacteurs en chef du Journal of Limnology. « À une époque de perte de biodiversité et de pénurie d'eau, nous espérons que cet appel relancera l'intérêt pour les inventaires de la biodiversité des eaux douces. »

 

partagent un intérêt à soutenir les programmes de recherche et de politiques pour la biodiversité d'eau douce à toutes les échelles », a déclaré Joe Miller, secrétaire exécutif du GBIF. « Nous sommes ravis de travailler avec eux pour augmenter la couverture des espèces dans les eaux intérieures du monde tout en nous appuyant sur des initiatives de mobilisation de données déjà réussies, comme nos récents appels à des données sur les vecteurs de maladies humaines et la biodiversité des sols. »

 

 

Instructions détaillées

Les auteurs doivent préparer le manuscrit en anglais et le soumettre conformément au guide pour les auteurs du Journal of Limmology avant le 22 octobre 2022.

 

Le parrainage est limité selon le principe du premier arrivé, premier servi aux seize (16) premières soumissions acceptées pour répondre à ces critères, de sorte que l'appel à soumissions peut clôturer la date limite indiquée. Les auteurs peuvent contribuer à plus d'un manuscrit, mais la division artificielle des données logiquement uniformes et des récits de données, ou « tactique du salami », n'est pas autorisée.

 

Les publications sélectionnées paraîtront dans un numéro spécial du Journal of Limnology fin 2022 ou début 2023. Le Journal est indexé à la fois dans Web of Science Impact Factor 1.673) et Scopus (CiteScore : 3.4).

 

Les locuteurs non natifs de l'anglais doivent s'assurer que leurs manuscrits soient vérifiés soit par des locuteurs natifs, soit par des éditeurs professionnels de langue anglaise avant la soumission. Vous pouvez créditer ces personnes en tant que « contributeur ». Les contributeurs ne sont pas répertoriés comme co-auteurs mais peuvent vous aider à améliorer vos manuscrits. Les soumissions mal écrites seront rejetées avant le processus d'examen par les pairs.

 

En plus des instructions aux auteurs, les manuscrits doivent faire référence au jeu de données en :
a) citant le DOI du jeu de données
b) apparaissant dans la liste des références de l'article
c) en incluant "GBIF Freshwater" dans les données du projet : titre et "2022" dans les données du projet : Identifiant dans les métadonnées du jeu de données.

 

Définition des termes utilisés

Jeux de données avec une pertinence de recherche claire pour les espèces habitant ou dépendant des habitats d'eau douce

Cet appel sponsorisé pour des data papers a un accent thématique sur les espèces qui dépendent des environnements d'eau douce. Les jeux de données peuvent contenir des enregistrements de « prises accessoires » pour des espèces terrestres ou marines, mais la grande majorité - environ 80 % - de tous les enregistrements d'un jeu de données donné doit concerner des espèces qui dépendent incontestablement des environnements d'eau douce pendant au moins une partie de leur vie.

 

Les auteurs peuvent préparer des data papers décrivant des jeux de données de listes de contrôle, d'occurrences ou d'événements d'échantillonnage; cet article de blog peut aider les auteurs à déterminer la classe la plus appropriée pour organiser leurs données.
Voir des exemples de jeux de données de listes de contrôle, d'occurrences, et d'événements d'échantillonnage existants.

 

Jeux de données avec plus de 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org

Les jeux de données doivent contenir environ 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org en 2022. Les jeux de données de liste de contrôle et d'événements d'échantillonnage en dessous du seuil peuvent être considérés comme éligibles sur la base d'une valeur exceptionnelle et traités au cas par cas par l'éditeur. Les unités publiables minimales, la "tactique du salami" et les articles de version de jeux de données sont découragés : les jeux de données doivent être publiés dans leur état d'origine, non rogné.

 

De jeux de données sont, par nature, dynamiques, et tandis qu'un data paper promeut et décrit le jeu de données dans son état actuel au moment de la soumission, le lien du jeu de données peut et souvent se résoudra à la ressource en ligne en évolution. Par conséquent, un data paper devrait idéalement être rédigé de manière à servir de vitrine, de citation bibliographique et de source permanente pour le jeu de données.

 

Jeux de données avec des données et des métadonnées de haute qualité

Les auteurs doivent commencer par publier un jeu de données composé de données et de métadonnées qui répondent aux exigences de qualité des données énoncées par le GBIF. Cet effort impliquera probablement de travailler sur une installation du GBIF Integrated Publishing Toolkit. Si l'archive Darwin Core est construite ailleurs, l'utilisation du GBIF Data Validator est recommandée avant la publication.

 

Daphnie (Daphnia galeata Sars, 1864), observée en Russie par Ivan , sous license CC BY-NC 4.0.

 

Lire l'article original

Le Global Biodiversity Information Facility (GBIF), le Finnish Biodiversity Information Facility (FinBIF) et Pensoft Publishers, sont heureux de lancer un appel aux auteurs pour qu'ils soumettent et publient des data papers sur la Russie européenne (à l'ouest de l'Oural) dans une édition spéciale à venir du Biodiversity Data Journal (BDJ).

 

D'ici le 31 août 2020, les frais de traitement des articles (normalement 450 €) seront supprimés pour les 20 premiers articles, à condition que les publications soient acceptées et répondent aux critères suivants :

 

Le manuscrit doit être préparé en anglais et soumis conformément aux instructions du BDJ aux auteurs avant le 31 août 2020. Les soumissions tardives ne seront pas éligibles aux dérogations APC.

 

Le parrainage est limité aux 20 premières soumissions acceptées répondant à ces critères selon le principe du premier arrivé, premier servi. L'appel à candidatures peut donc être clôturé avant la date limite fixée au 31 août. Les auteurs peuvent contribuer à plusieurs manuscrits, mais la division artificielle des données et des description de données logiquement uniformes, ou «saucissonnage», n'est pas autorisée.

 

En plus de l'instruction BDJ aux auteurs, il est nécessaire que les jeux de données référencés à partir de Data paper a) citent le DOI du jeu de données et b) apparaissent dans la liste de références du document.

 

Plus d'information (en anglais) ici

 

Grand bourdon à queue rouge (Bombus lapidarius), District de Mikhailovsky, Fédération de Russie. Photo 2019 Polina Yakovlevna Likhacheva via iNaturalist Research-grade Observations, sous licence CC BY-NC 4.0.

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