Vendredi 19 Avril 2024

biodiversité

Le GBIF poursuit son partenariat avec FinBIF et Pensoft pour soutenir la publication de nouveaux ensembles de données sur les organismes dont les cycles de vie dépendent du sol
Date limite : 22 septembre 2023

 

En collaboration avec le Finnish Biodiversity Information Facility (FinBIF) et Pensoft Publishers, le GBIF a annoncé un nouvel appel aux auteurs pour qu'ils soumettent et publient des data papers sur la biodiversité des sols dans une collection spéciale du Biodiversity Data Journal (BDJ). L'appel s'appuie sur les efforts fructueux des partenaires pour mobiliser des données en 2020-2022.

Jusqu'au 22 septembre 2023, Pensoft renoncera aux frais de traitement d'article (normalement 650 €) pour les 40 premiers manuscrits de data papers acceptés qui répondent aux critères suivants pour décrire un jeu de données :

Voir la définition complète de ces termes ci-dessous.

Instructions détaillées

Les auteurs doivent préparer le manuscrit en anglais et le soumettre conformément aux instructions de BDJ aux auteurs avant le 22 septembre 2023. Les soumissions tardives ne seront pas éligibles aux dérogations APC.

Le parrainage est limité aux 40 premières soumissions acceptées répondant à ces critères selon le principe du premier arrivé, premier servi. L'appel à candidatures peut donc se clôturer avant la date limite du 22 septembre 2023. Les auteurs peuvent contribuer à plus d'un manuscrit, mais la division artificielle des données logiquement uniformes et des récits de données, ou « publication salami », n'est pas autorisée.

BDJ publiera un numéro spécial comprenant les articles sélectionnés. La revue est indexée par Web of Science (Impact Factor 1.54) et Scopus (CiteScore : 1.8).

Pour les locuteurs non natifs, veuillez vous assurer que votre anglais est vérifié soit par des locuteurs natifs, soit par des éditeurs professionnels de langue anglaise avant la soumission. Vous pouvez créditer ces personnes en tant que « Contributeur » via l'interface ARPHA Writing Tool (AWT). Les contributeurs ne sont pas répertoriés comme co-auteurs mais peuvent vous aider à améliorer vos manuscrits.

 

En plus de l'instruction BDJ aux auteurs, les data papers doivent faire référence au jeu de données en :
a) citant le DOI du jeu de données
b) apparaissant dans la liste de références de l'article
c) en incluant "Soil Biodiversity 2023" dans le Project Data: Title et "Soil-2023" dans Project Data: Identifier dans les métadonnées du jeu de données.

 

Les auteurs doivent explorer la section GBIF.org sur les data papers et les stratégies et directives pour la publication scientifique de données sur la biodiversité. Les manuscrits et les jeux de données seront soumis à un processus standard d'examen par les pairs. Lors de la soumission d'un manuscrit à BDJ, les auteurs sont priés d'assigner à leur manuscrit Topical Collection: Soil biodiversity à l'étape 3 du processus de soumission. Pour lancer la soumission du manuscrit, n'oubliez pas d'appuyer sur le bouton Submit to the journal.

Pour voir un exemple, consultez ce jeu de données sur GBIF.org et le data paper correspondant publié par le BDJ.

Les questions peuvent être adressées soit à Dmitry Schigel, responsable scientifique du GBIF, soit à Yasen Mutafchiev, rédacteur en chef du BDJ.

 

Ce projet s'inscrit dans la continuité des data papers réussis en 2020-2022. Les articles sponsorisés seront disponibles dans une collection spéciale du BDJ, et les jeux de données correspondants seront affichés sur la page du projet sur GBIF.org.

 

Définition des termes

Jeux de données avec plus de 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org

Les jeux de données doivent contenir au minimum 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org. Bien que l'accent soit mis sur les enregistrements supplémentaires sur la biodiversité des sols, les enregistrements déjà publiés dans GBIF peuvent répondre aux critères de "nouveaux" s'ils sont substantiellement améliorés, notamment par l'ajout de lieux géoréférencés. La réduction artificielle d'enregistrements provenant de jeux de données par ailleurs uniformes au minimum nécessaire ("publication salami") est déconseillée et peut entraîner le rejet du manuscrit. Les nouvelles soumissions décrivant des mises à jour de jeux de données déjà présentées dans des documents de données publiés antérieurement ne seront pas parrainées. La justification de la publication de jeux de données comportant moins d'enregistrements (par exemple, des jeux de données d'échantillonnage, des données basées sur des séquences, des listes de contrôle avec des espèces endémiques, etc.

De nombreuses recherches sur la biodiversité des sols sont menées à l'aide de méthodes d'ADN environnemental (eDNA) et de métabarcodage, et nous accueillons les soumissions non seulement basées non seulement sur la morphologie, mais aussi sur les détections et les identifications basées sur l'ADN. Les jeux de données basés sur le métabarcodage eDNA contiennent généralement des millions de lectures de séquences, chaque enregistrement de présence étant souvent représenté par des milliers de lectures. Par conséquent, un jeu de données avec plus de 5 000 lectures de séquences ne rend pas un data paper éligible au parrainage, mais un data paper basé sur un jeu de données avec plus de 5 000 occurrences de présence uniques sur un certain nombre d'échantillons peut être éligible. Dans de telles études, le nombre d'espèces (OTU/ASV), le nombre d'échantillons, le nombre d'événements d'échantillonnage peuvent varier considérablement, et la conception de votre étude dicte la meilleure façon de capturer ces spécificités.

Dans le même temps, comme mentionné ci-dessus, les auteurs sont censés publier cela dans leur forme la plus complète, avec autant d'échantillons et d'espèces/taxons de la même étude que possible. Notez que si les jeux de données dérivés de l'ADN basés uniquement sur la qPCR (sans séquençage) sont également éligibles, les auteurs sont encouragés à publier les enregistrements de présence et d'absence dans les jeux de données qPCR. Dans de tels cas, seul le nombre de présences sera pris en compte pour l'éligibilité au parrainage, et le même principe s'applique à tous les jeux de données d'événements d'échantillonnage.
Pour plus de détails sur la préparation des données, voir le guide Publication de données dérivées de l'ADN via des plateformes de données sur la biodiversité.

 

Jeux de données avec des données et des métadonnées de haute qualité

Les auteurs doivent commencer par publier un jeu de données composé de données et de métadonnées qui répondent aux exigences de qualité des données énoncées par le GBIF. Cet effort impliquera de travailler sur une installation du GBIF Integrated Publishing Toolkit. BDJ effectuera son audit de données standard et son examen technique. Tous les jeux de données doivent réussir l'audit des données avant qu'un manuscrit ne soit transmis pour examen par les pairs.

Ce n'est que lorsque le jeu de données est préparé que les auteurs doivent alors se tourner vers le travail sur le texte du manuscrit. Les métadonnées étendues que vous entrez dans l'IPT lors de la description de votre jeu de données peuvent être converties en manuscrit d'un simple clic sur un bouton dans l'AWT (voir également Creation and Publication of Data Papers from Ecological Metadata Language (EML) Metadata. Les auteurs peuvent ensuite compléter, éditer et soumettre les manuscrits au BDJ pour examen.

 

Jeux de données couvrant la biodiversité des sols

Conformément aux priorités de financement de cet appel, au moins 80 % des enregistrements d'un jeu de données doivent contenir des enregistrements sur la biodiversité des sols. Ces espèces/taxons sont généralement définis comme passant au moins une étape de leur cycle de vie dans le sol. D'autres associations avec le sol (telles que des liens trophiques, un abri temporaire au lieu d'un habitat permanent) seront examinées par les éditeurs de traitement au cas par cas.

 

Le collembole Dicyrtomina ornata observé en France. Photo 2022 Alexis Lours via iNaturalist Research-grade Observations sous licence >CC BY 4.0

 

Lire l'article original

Date limite de réception des candidatures des pays membres du GBIF pour les étudiants diplômés dont la recherche innovante s'appuie sur les données de la biodiversité : 19 juin 2023

 

Au nom du réseau des participants nationaux, le secrétariat du GBIF est heureux d'inviter les candidatures pour le prix 2023 des chercheurs diplômés. Ce programme annuel vise à favoriser et à reconnaître la recherche et la découverte innovantes en informatique de la biodiversité par des étudiants diplômés dont les études de maîtrise et de doctorat reposent sur des données fournies par le GBIF.

Le programme 2023 offrira une paire de prix de 5 000 € reconnaissant le travail de deux chercheurs en début de carrière - de préférence, un candidat à la maîtrise et un doctorant - qui reçoivent officiellement des nominations des chefs de délégation ou des gestionnaires de nœuds des pays participants au GBIF.

Un jury organisé par le comité scientifique du GBIF sélectionnera deux lauréats parmi le groupe de candidats dont les noms auront été reçus par le secrétariat du GBIF d'ici19 juin 2023. Le secrétariat du GBIF annoncera les gagnants au début de l'automne 2023 et présentera les gagnants lors de la 30e réunion du conseil d'administration du GBIF (GB30) prévue à Canberra, Australie, en octobre 2023.

 

Échéances nationales pour 2023

Bien que la date limite de réception des candidatures au secrétariat du GBIF soit le 19 juin, les délais locaux s'appliquent !

Le GBIF publiera d'autres dates limites nationales au fur et à mesure qu'il les recevra et publiera des notifications via le fil Twitter du GBIF en utilisant le hashtag #GradResearchers.

 

Admissibilité

Les candidats doivent fournir une lettre de soutien attestant de leur affiliation à un programme d'études supérieures universitaires pour être admissibles au prix. De plus, les candidats doivent être soit :

 

a) citoyens d'un pays participant au GBIF
or
b) étudiants d'un établissement situé dans un pays participant au GBIF

 

Les candidatures peuvent provenir de la délégation ou du nœud GBIF du pays de citoyenneté du candidat ou du pays de l'institution d'accueil du candidat.

 

Processus de soumission et délais

Les étudiants souhaitant être nommés doivent postuler auprès du chef de délégation ou du responsable de nœud d'un pays votant GBIF ou participant associé (voir la liste complète ). Les participants nationaux sont responsables d'établir leurs propres délais et processus de réception et de traitement des candidatures des étudiants. Par conséquent, les étudiants diplômés qui souhaitent être nommés doivent consulter les sites Web de leurs participants nationaux au GBIF ou contacter directement le chef de délégation ou le gestionnaire de nœud.

Les propositions des étudiants sont d'abord examinées et classées par ordre de priorité au niveau national. Les nœuds nationaux du GBIF sont encouragés à travailler en étroite collaboration avec les communautés universitaires et les établissements d'enseignement supérieur de leurs pays et à contacter les programmes universitaires et les groupes de recherche concernés.

Les chefs de délégation nationaux et/ou les gestionnaires de nœuds peuvent soumettre un maximum de deux candidats par pays au secrétariat du GBIF à gradresearchersaward@gbif.org avant la date limite de soumission : 19 juin 2023. Les chefs de délégation, en coopération avec les gestionnaires de nœuds, s'assureront que les soumissions sont complètes et incluent tous les éléments énumérés ci-dessous. Les soumissions de propositions incomplètes ne seront pas prises en considération.

 

Dossier de nomination aux prix

Les candidats doivent préparer leurs dossiers de proposition et de nomination pour inclure :

  1. Résumé de la recherche (200 mots)
  2. Description du projet (maximum 5 pages, Arial 12 points) décrivant :
    • a. Comment la recherche fait progresser l'informatique de la biodiversité et/ou la conservation de la diversité biologique.
    • b. Le rôle des données accessibles via le GBIF pour répondre à ces questions. Les propositions de recherche doivent clairement démontrer comment l'étude intègre les données mobilisées par le GBIF. Les étudiants ayant des questions sur les données activées par le GBIF doivent travailler avec des conseillers pédagogiques, leur nœud national GBIF, le secrétariat du GBIF ou des membres du comité scientifique pour approfondir leur compréhension.
    • c. La portée de la recherche, le plan, les méthodologies, les citations pertinentes de la littérature et le calendrier.
    • d. e cas échéant, une description ou un extrait d'un plan de gestion des données qui décrit comment les données liées à la recherche sont publiées ou seront préparées pour publication via le réseau GBIF sur GBIF.org.
  3. Curriculum vitae du candidat étudiant comprenant les coordonnées complètes de l'établissement d'origine.
  4. Pièces justificatives
    • a. Une lettre officielle du mentor / superviseur de la faculté de l'étudiant certifiant que le candidat est un étudiant en règle dans le programme d'études supérieures de l'université.
    • b. Au moins une et pas plus de trois lettres de soutien de chercheurs établis actifs dans un domaine qui englobe et intègre l'informatique de la biodiversité (par exemple, la génétique, la composition et les traits des espèces, la biogéographie, l'écologie, la systématique, et al.)

 

Processus et critères de sélection

Le comité scientifique du GBIF examinera les candidatures et sélectionnera les lauréats du prix des chercheurs diplômés.

Les critères pour les récompenses comprennent :

  • Originalité et innovation
  • Utilisation et importance stratégique des données accessibles via le GBIF
  • Efficacité et impact mesurables dans l'avancement de l'informatique de la biodiversité et/ou la conservation de la diversité biologique

Les lauréats doivent reconnaître le soutien du GBIF lorsqu'ils diffusent les résultats de la recherche via des publications évaluées par des pairs, des présentations lors de réunions professionnelles et d'autres médias.

 


Sujets

 

Illustration of Bolitaena pygmaea (A.E.Verrill, 1884) from Die Cephalopoden (1915) via Biodiversity Heritage Library , sous licence publique CC0

Le GBIF (Global Biodiversity Information Facility, ou Système mondial d'information sur la biodiversité) est un réseau international dont le but est de mettre à disposition le maximum de données primaires sur la biodiversité via le portail www.gbif.org, de façon libre et gratuite.

Ces données primaires, aussi appelées données d’occurrences d’espèces, permettent de détailler où, quand, comment et par qui des représentants de toutes sortes d’espèces animales, végétales et d’autres groupes taxonomiques ont été observés ou collectés. Ces informations peuvent également prendre la forme de listes d’espèces ou d’échantillonnages naturalistes.

L’INPN (Inventaire national du patrimoine naturel), piloté par PatriNat, constitue la plateforme nationale du Système d’information de l’inventaire du patrimoine naturel (SINP). Cet inventaire contribue au GBIF depuis plusieurs années, en partageant au niveau international les données d’occurrences d’espèces rassemblées par les producteurs de données français sur le territoire national, métropole et outre-mer inclus. Ces données d’observation d’espèces sont transmises par les partenaires (associations naturalistes, bureaux d’études environnementales, services de l'État...), que ce soit au niveau régional grâce au travail des plateformes régionales du SINP et de leurs réseaux, mais également grâce aux réseaux de production nationaux.

Cette contribution a encore augmenté en 2022 avec la diffusion vers le GBIF de plus de 19 millions de nouvelles données, portant à 101 millions le total des données partagées par PatriNat dans ce système d’information mondial sur la biodiversité ; cela fait de la France le 3e pays contributeur en termes de nombre de données partagées, issues de plusieurs centaines de producteurs.

Cette contribution 2022 vers le GBIF a été marquée par l’ajout des données provenant des études d’impacts environnementaux et des projets d’aménagements concernés par le dispositif DEPOBIO, qui gère le dépôt légal des données brutes de biodiversité issues du secteur privé. Cela représente plusieurs milliers de nouveaux jeux de données sur tous les territoires français, qui viennent enrichir la connaissance des espèces au niveau national et international.

Toutes ces données sont librement accessibles et contribuent à la production de nouvelles études scientifiques ainsi qu’à l’appui aux politiques publiques : suivi des espèces envahissantes et des zoonoses, identification des zones à protéger en priorité, étude de la répartition et de la migration des espèces, etc. L’utilisation des données mises en ligne sur GBIF.org est compilée chaque année dans la revue scientifique du GBIF.

Le GBIF France, en association avec PatriNat dans laquelle il est intégré, remercie tous les producteurs et éditeurs de données français ayant contribué au GBIF et reste disponible à l'adresse gbif@gbif.fr pour accompagner la mise en ligne ou l'utilisation des données accessibles dans le réseau GBIF !

 

En savoir plus

• Voir la page data publisher de PatriNat sur gbif.org
• Voir le site du dispositif DEPOBIO
• Voir la Revue scientifique du GBIF
• Voir la vidéo « Le SINP et la sphère internationale » décrivant les flux de données entre SINP et GBIF
• Voir le Guide d’accompagnement pour la transmission des données d’observation sur les espèces dans le cadre de programmes nationaux

 

Crédits photos

• Rosalie des Alpes Rosalia alpina © Julien Touroult

Impact and Action est un symposium virtuel sur les politiques scientifiques co-organisé par le Global Biodiversity Information Facility (GBIF), la US National Science Foundation et l'Organisation de coopération et de développement économiques (OCDE), afin de renforcer et consolider l'impact des informations scientifique au cours des deux prochaines décennies et au-delà.

Les problématiques interconnectées de la perte de biodiversité et du changement climatique ont augmenté à la fois les exigences et le besoin pressant de données pour éclairer la recherche et les décisions politiques, rendant la mission du GBIF plus urgente que jamais.

 

> S'enregistrer en ligne <

 

Durant deux heures, le jeudi 9 décembre 2021, des experts examineront le rôle et les besoins de l'écosystème de données sur la biodiversité dans le soutien des avancées sur les questions clés, les innovations et les priorités politiques. Les thèmes abordés comprendront la conservation de la biodiversité, la sécurité alimentaire, la santé, l'évolution des sciences et technologies émergentes et l'interface science-politique. Un panel de questions-réponses (avec modérateurs) rassemblera les points clés des présentations.

Le symposium offre une opportunité unique aux scientifiques, décideurs politiques et autres parties prenantes concernées de comprendre les succès passés et les défis à venir alors que le GBIF prépare son prochain cadre stratégique. En tant que précurseur d'une série de consultations des parties prenantes au cours de l'année à venir, le symposium et les résultats de ses discussions éclaireront les politiques et les approches de recherche visant à élargir et à partager les connaissances et les avantages associés aux données sur la biodiversité.

 

Intervenants :

Le défi Ebbe Nielsen

Le défi GBIF Ebbe Nielsen est un prix d'encouragement annuel qui vise à inspirer des applications innovantes de données sur la biodiversité en libre accès par des scientifiques, des informaticiens, des modélisateurs de données, des cartographes et d'autres experts.

 

L'appel à candidatures pour le défi Ebbe Nielsen 2021 du GBIF est maintenant ouvert - la date limite pour les soumissions est fixée au 2 août 2021!

 

Comme le prix Ebbe Nielsen qu'il a remplacé, le défi honore la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, un leader inspiré dans les domaines de la biosystématique et de l'informatique de la biodiversité et l'un des principaux fondateurs du GBIF, qui est décédé tragiquement juste avant sa création.

Bien que l'objectif du concours ait évolué d'année en année, les candidatures au défi présentent une variété de formes et d'approches - nouvelles recherches analytiques, visualisations plus riches et pertinentes pour les politiques, applications web et mobiles, ou améliorations des processus de numérisation, de qualité et d'accès aux données.

 

Gagnants du défi Ebbe Nielsen

2020

 

Prix Projet Bénéficiaire(s) Pays
1er ShinyBIOMOD
Une application R pour la modélisation de la distribution des espèces
Ian Ondo
Alexandre Antonelli

Wilfried Thuiller
Maya Gueguen
Samuel Pironon

Royaume-Uni
Royaume-Uni / Suède
France
France
Royaume-Uni
2e Relier la nomenclature aux spécimens types Maarten Trekels Belgique
2e InteractIAS
Un carnet de notes Jupyter pour soutenir l'évaluation experte des risques liés aux espèces envahissantes
Quentin Groom Afrique du Sud
3e Navigateur de codes-barres ADN Roderic Page Royaume-Uni
3e Voyager Ivvet Abdullah-Modinou
Ben Scott
Royaume-Uni

Royaume-Uni

3e Outil de géoréférencement de masse Luis J. Villanueva États-Unis

 

 

Orchidée Calypso (Calypso bulbosa) Photo J. Brew / Flickr, sous licence CC BY-SA 2.0

 

Lire l'article original

 

Revenir en haut