Dimanche 26 Mai 2024

Février 2023

Le rapport final du premier trimestre décrit les améliorations dans la découverte, l'accès et l'utilisation des données sur les hôtes sauvages, les vecteurs et les réservoirs de maladies humaines

 

Le comité scientifique du GBIF a renouvelé un groupe de travail d'experts chargé d'aider le réseau à améliorer la découverte, l'accès et l'utilisation des données sur la biodiversité liées aux maladies humaines.

 

Alors que le mandat du groupe de travail sur la mobilisation et l'utilisation des données sur la biodiversité pour la recherche et la politique sur les maladies humaines a gagné en importance à la lumière des origines zoonotiques de la pandémie de COVID-19, il trouve son origine dans le nombre croissant d'utilisations de la recherche évaluée par des pairs de données véhiculées par le GBIF liées à la santé humaine.

En novembre 2022, la dernière présidente du premier groupe de travail, Paloma Shimabukuro, a soumis un rapport sur les réalisations du groupe qui décrivait des progrès significatifs vers un ensemble de six objectifs. En plus d'affiner les messages pour soutenir les campagnes de mobilisation de données et de promouvoir l'utilisation et la conservation des données médiées par le GBIF, les membres du groupe de travail ont proposé des recommandations d'experts pour clarifier comment et où des données plus nombreuses et de meilleure qualité pourraient améliorer la recherche liée aux zoonoses et aux maladies à transmission vectorielle chez l'homme.

La réalisation la plus visible du groupe à ce jour est centrée sur la mobilisation d e plus de 500 000 nouvelles occurrences de vecteurs publiées dans une série spéciale de data papers "Data Release" dans la revue GigaByte. Son succès a été tel que le secrétariat du GBIF et le programme spécial de recherche et de formation sur les maladies tropicales de l'Organisation mondiale de la santé (TDR) ont rapidement annoncé un deuxième data papers sur les données liées aux vecteurs, qui est désormais ouvert jusqu'au 30 avril 2023.

« La première phase de ce groupe de travail a fourni des conseils pratiques pour améliorer l'exhaustivité, la pertinence et l'adéquation à l'utilisation des données sur la biodiversité sauvage partagées via le réseau GBIF qui est lié aux maladies humaines » a déclaré Quentin Groom, chercheur au Meise Botanic Gardenet président du groupe renouvelé. « Nous sommes ravis que le comité scientifique reconnaisse la valeur de ce travail et nous encourage à continuer à en tirer parti. »

L'une des principales sources d'opportunités pour le réseau GBIF de s'engager dans des domaines liés aux maladies provient du mouvement croissant "One Health", une approche intégrative qui reconnaît les liens intimes entre la santé et le bien-être des humains, des animaux et des écosystèmes. Alors que d'autres infrastructures continueront à fournir un accès aux données épidémiologiques et vétérinaires liées aux maladies humaines, le GBIF vise à soutenir les communautés One Health en garantissant la disponibilité de données à l'échelle mondiale sur les espèces sauvages liées aux risques de maladies humaines et aux menaces pour la santé publique.

« Les liens fondamentaux entre les humains, les animaux et les écosystèmes dans notre vie quotidienne rendent absolument critique une utilisation plus large des preuves de la biodiversité dans le cadre de l'approche One Health » a déclaré Catherine Machalaba, scientifique principale pour la santé et la politique à EcoHealth Alliance. « Les données du réseau GBIF aident les chercheurs et les praticiens à mieux comprendre, surveiller et prendre des mesures pour réduire le risque de maladie tout en montrant l'utilité pratique d'intégrer le secteur de l'environnement dans des collaborations multisectorielles One Health. »

En plus d'accueillir le Dr Josiane Etang du Cameroun au sein du groupe de travail, le Secrétariat souhaite exprimer sa gratitude et son appréciation pour les contributions de deux membres sortants, le Dr Luna Kamau du Kenya et le Dr Thomas Orrell et le Dr Carlos Zambrana-Torrelio, tous deux des États-Unis.

Mandat : Groupe de travail sur les maladies humaines, v2.0


Membres du groupe de travail

Nom Organisation Pays
Quentin Groom, président Jardin botanique de Meise Belgique
Theeraphap Chareonviriyaphap Département d'entomologie, Faculté d'agriculture, Université de Kasetsart Thaïlande
Josiane Etang Organisation de Coordination pour la lutte contre les endémies en Afrique centrale (OCEAC) / Faculté de médecine et des sciences pharmaceutiques (FMPS), Université de Douala Cameroun
Florence Fouque TDR/Organisation mondiale de la santé Suisse
Sylvie Manguin Institut de recherche pour le développement (IRD) France
Paloma Helena Fernandes Shimabukuro Instituto René Rachou, Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ) Brésil
Marianne Sinka Laboratoire d'écologie à long terme d'Oxford, Université d'Oxford Royaume-Uni
Dmitry Schigel Secrétariat du GBIF Danemark
Kate Ingenloff Secrétariat du GBIF Danemark

 

Le moustique Aedes scapularis observé au Brésil. Photo 2022 César Favacho via iNaturalist Research-grade Observations sous licence >CC BY NC

 

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Le GBIF poursuit son partenariat avec FinBIF et Pensoft pour soutenir la publication de nouveaux ensembles de données sur les organismes dont les cycles de vie dépendent du sol
Date limite : 22 septembre 2023

 

En collaboration avec le Finnish Biodiversity Information Facility (FinBIF) et Pensoft Publishers, le GBIF a annoncé un nouvel appel aux auteurs pour qu'ils soumettent et publient des data papers sur la biodiversité des sols dans une collection spéciale du Biodiversity Data Journal (BDJ). L'appel s'appuie sur les efforts fructueux des partenaires pour mobiliser des données en 2020-2022.

Jusqu'au 22 septembre 2023, Pensoft renoncera aux frais de traitement d'article (normalement 650 €) pour les 40 premiers manuscrits de data papers acceptés qui répondent aux critères suivants pour décrire un jeu de données :

Voir la définition complète de ces termes ci-dessous.

Instructions détaillées

Les auteurs doivent préparer le manuscrit en anglais et le soumettre conformément aux instructions de BDJ aux auteurs avant le 22 septembre 2023. Les soumissions tardives ne seront pas éligibles aux dérogations APC.

Le parrainage est limité aux 40 premières soumissions acceptées répondant à ces critères selon le principe du premier arrivé, premier servi. L'appel à candidatures peut donc se clôturer avant la date limite du 22 septembre 2023. Les auteurs peuvent contribuer à plus d'un manuscrit, mais la division artificielle des données logiquement uniformes et des récits de données, ou « publication salami », n'est pas autorisée.

BDJ publiera un numéro spécial comprenant les articles sélectionnés. La revue est indexée par Web of Science (Impact Factor 1.54) et Scopus (CiteScore : 1.8).

Pour les locuteurs non natifs, veuillez vous assurer que votre anglais est vérifié soit par des locuteurs natifs, soit par des éditeurs professionnels de langue anglaise avant la soumission. Vous pouvez créditer ces personnes en tant que « Contributeur » via l'interface ARPHA Writing Tool (AWT). Les contributeurs ne sont pas répertoriés comme co-auteurs mais peuvent vous aider à améliorer vos manuscrits.

 

En plus de l'instruction BDJ aux auteurs, les data papers doivent faire référence au jeu de données en :
a) citant le DOI du jeu de données
b) apparaissant dans la liste de références de l'article
c) en incluant "Soil Biodiversity 2023" dans le Project Data: Title et "Soil-2023" dans Project Data: Identifier dans les métadonnées du jeu de données.

 

Les auteurs doivent explorer la section GBIF.org sur les data papers et les stratégies et directives pour la publication scientifique de données sur la biodiversité. Les manuscrits et les jeux de données seront soumis à un processus standard d'examen par les pairs. Lors de la soumission d'un manuscrit à BDJ, les auteurs sont priés d'assigner à leur manuscrit Topical Collection: Soil biodiversity à l'étape 3 du processus de soumission. Pour lancer la soumission du manuscrit, n'oubliez pas d'appuyer sur le bouton Submit to the journal.

Pour voir un exemple, consultez ce jeu de données sur GBIF.org et le data paper correspondant publié par le BDJ.

Les questions peuvent être adressées soit à Dmitry Schigel, responsable scientifique du GBIF, soit à Yasen Mutafchiev, rédacteur en chef du BDJ.

 

Ce projet s'inscrit dans la continuité des data papers réussis en 2020-2022. Les articles sponsorisés seront disponibles dans une collection spéciale du BDJ, et les jeux de données correspondants seront affichés sur la page du projet sur GBIF.org.

 

Définition des termes

Jeux de données avec plus de 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org

Les jeux de données doivent contenir au minimum 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org. Bien que l'accent soit mis sur les enregistrements supplémentaires sur la biodiversité des sols, les enregistrements déjà publiés dans GBIF peuvent répondre aux critères de "nouveaux" s'ils sont substantiellement améliorés, notamment par l'ajout de lieux géoréférencés. La réduction artificielle d'enregistrements provenant de jeux de données par ailleurs uniformes au minimum nécessaire ("publication salami") est déconseillée et peut entraîner le rejet du manuscrit. Les nouvelles soumissions décrivant des mises à jour de jeux de données déjà présentées dans des documents de données publiés antérieurement ne seront pas parrainées. La justification de la publication de jeux de données comportant moins d'enregistrements (par exemple, des jeux de données d'échantillonnage, des données basées sur des séquences, des listes de contrôle avec des espèces endémiques, etc.

De nombreuses recherches sur la biodiversité des sols sont menées à l'aide de méthodes d'ADN environnemental (eDNA) et de métabarcodage, et nous accueillons les soumissions non seulement basées non seulement sur la morphologie, mais aussi sur les détections et les identifications basées sur l'ADN. Les jeux de données basés sur le métabarcodage eDNA contiennent généralement des millions de lectures de séquences, chaque enregistrement de présence étant souvent représenté par des milliers de lectures. Par conséquent, un jeu de données avec plus de 5 000 lectures de séquences ne rend pas un data paper éligible au parrainage, mais un data paper basé sur un jeu de données avec plus de 5 000 occurrences de présence uniques sur un certain nombre d'échantillons peut être éligible. Dans de telles études, le nombre d'espèces (OTU/ASV), le nombre d'échantillons, le nombre d'événements d'échantillonnage peuvent varier considérablement, et la conception de votre étude dicte la meilleure façon de capturer ces spécificités.

Dans le même temps, comme mentionné ci-dessus, les auteurs sont censés publier cela dans leur forme la plus complète, avec autant d'échantillons et d'espèces/taxons de la même étude que possible. Notez que si les jeux de données dérivés de l'ADN basés uniquement sur la qPCR (sans séquençage) sont également éligibles, les auteurs sont encouragés à publier les enregistrements de présence et d'absence dans les jeux de données qPCR. Dans de tels cas, seul le nombre de présences sera pris en compte pour l'éligibilité au parrainage, et le même principe s'applique à tous les jeux de données d'événements d'échantillonnage.
Pour plus de détails sur la préparation des données, voir le guide Publication de données dérivées de l'ADN via des plateformes de données sur la biodiversité.

 

Jeux de données avec des données et des métadonnées de haute qualité

Les auteurs doivent commencer par publier un jeu de données composé de données et de métadonnées qui répondent aux exigences de qualité des données énoncées par le GBIF. Cet effort impliquera de travailler sur une installation du GBIF Integrated Publishing Toolkit. BDJ effectuera son audit de données standard et son examen technique. Tous les jeux de données doivent réussir l'audit des données avant qu'un manuscrit ne soit transmis pour examen par les pairs.

Ce n'est que lorsque le jeu de données est préparé que les auteurs doivent alors se tourner vers le travail sur le texte du manuscrit. Les métadonnées étendues que vous entrez dans l'IPT lors de la description de votre jeu de données peuvent être converties en manuscrit d'un simple clic sur un bouton dans l'AWT (voir également Creation and Publication of Data Papers from Ecological Metadata Language (EML) Metadata. Les auteurs peuvent ensuite compléter, éditer et soumettre les manuscrits au BDJ pour examen.

 

Jeux de données couvrant la biodiversité des sols

Conformément aux priorités de financement de cet appel, au moins 80 % des enregistrements d'un jeu de données doivent contenir des enregistrements sur la biodiversité des sols. Ces espèces/taxons sont généralement définis comme passant au moins une étape de leur cycle de vie dans le sol. D'autres associations avec le sol (telles que des liens trophiques, un abri temporaire au lieu d'un habitat permanent) seront examinées par les éditeurs de traitement au cas par cas.

 

Le collembole Dicyrtomina ornata observé en France. Photo 2022 Alexis Lours via iNaturalist Research-grade Observations sous licence >CC BY 4.0

 

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Appel à candidatures pour les soumissions en lice pour 20 000 € en prix du concours incitatif annuel.
Date limite : 22 août 2023

 

Le Défi Ebbe Nielsen 2023 a ouvert ses portes dans le but de reconnaître les innovations qui exploitent les données et les outils de biodiversité du réseau GBIF pour faire progresser la science ouverte. Un jury d'experts jugera les candidatures en fonction de leur ouverture et de leur répétabilité, de leur pertinence et de leur nouveauté et présentera un groupe de gagnants sélectionnés avec un total allant jusqu'à 20 000 € de prix.

D'ici le 22 août 2023, les individus et les équipes peuvent préparer des outils et des techniques qui améliorent l'accès, l'utilité et la qualité des données ouvertes sur la biodiversité et les soumettre à ce concours incitatif annuel à composition non limitée.

Les candidatures au défi peuvent prendre plusieurs formes, car les participants peuvent choisir de développer de nouvelles applications, visualisations, méthodes, flux de travail ou analyses, en utilisant souvent (mais pas toujours) l'API GBIF pour accéder aux données. Les candidatures peuvent également s'appuyer sur ou étendre les capacités des outils et fonctionnalités existants disponibles sur le réseau GBIF. Nous encourageons les participants à examiner les gagnants précédents ainsi que les entrées gagnantes précédentes pour des idées, des problèmes ou des approches que vous pourriez souhaiter poursuivre.

Les entrées doivent bénéficier à plusieurs groupes de parties prenantes, y compris les utilisateurs de données, les détenteurs de données et les gestionnaires de données. Les participants peuvent également consulter la stratégie de communication du GBIF pour voir comment le GBIF caractérise son public.

Les gagnants seront annoncés en octobre 2023 lors de la 30e réunion du conseil d'administration du GBIF à Canberra, en Australie.

Le Challenge honore la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, un leader inspirant dans les domaines de la biosystématique et de l'informatique de la biodiversité et l'un des principaux fondateurs du GBIF, décédé subitement juste avant sa création.

 

Règlement officiel : 2023 GBIF Ebbe Nielsen Challenge
Formulaire d'inscription : 2023 GBIF Ebbe Nielsen Challenge

 

Le résumé suivant des règles et des exigences ne remplace ni ne remplace les règles officielles.
Envoyez vos questions ou demandes de clarifications à ENChallenge@gbif.org.

 

Date limite de soumission

  • 22 août 2023, 2359 heure d'été d'Europe centrale (UTC+2)

 

Admissibilité

Le Challenge est ouvert aux individus, aux équipes d'individus, aux entreprises et à leurs employés, ainsi qu'aux agences gouvernementales et à leurs employés.

Le Challenge n'est pas ouvert aux :

  • Membres actuels du personnel du secrétariat du GBIF
  • Individus sous-traitant actuellement directement avec le Secrétariat du GBIF
  • Membres du comité scientifique du GBIF
  • Chefs de délégation au GBIF

 

Conditions de candidature

Les participants doivent remplir le formulaire d'inscription, qui fournit des informations sur l'inscription, notamment :

  • Nom/titre de la candidature
  • Noms et affiliations des membres de l'équipe
  • Résumé et justification
  • Mode d'emploi
  • Lien vers des visuels (prototype, démo, vidéo, copies d'écran, diapositives, etc.)
  • Lien(s) vers les documents de soumission sur tout site Web ou référentiel approprié

 

Les juges et le personnel du secrétariat du GBIF doivent pouvoir :

  • accéder et exploiter ou réviser la soumission sans frais
  • l'utiliser sur du matériel facilement disponible (si la soumission est une application autonome)
  • répéter tous les processus ou routines, si la soumission est un script ou une autre solution automatisée

 

Les participants peuvent préparer et documenter leurs contributions sur un référentiel ou une plate-forme de leur choix : GitHub, Jupyter Notebook, <Dryad, FigShare, Open Science Framework ou leur propre site web.

n encourageant les participants à utiliser des outils avec lesquels ils sont déjà familiers et à l'aise, nous espérons que toute personne intéressée à soumettre pourra se concentrer sur les questions de quoi, pourquoi et comment :

  • quelle est la soumission
  • pourquoi il est important pour les communautés GBIF qu'il est destiné à servir
  • comment ça fonctionne

 

Que faut-il créer ?

Le défi Ebbe Nielsen 2023 est délibérément ouvert, de sorte que les participants ont un large mandat pour créer des outils et des techniques qui font progresser la science ouverte et améliorent l'accès, l'utilité ou la qualité des données fournies par le GBIF. Les soumissions de défi peuvent être de nouvelles applications, méthodes de visualisation, flux de travail ou analyses, ou elles s'appuient sur et étendent des outils et fonctionnalités existants.

On s'attend à ce que les candidatures retenues fournissent des solutions pratiques et pragmatiques pour le réseau GBIF tout en faisant progresser l'informatique de la biodiversité et la gestion des données sur la biodiversité en relation avec le cadre stratégique du GBIF.

 

Critères

Un panel de juges experts des domaines scientifiques, informatiques et technologiques pertinents évaluera les soumissions en fonction des critères suivants :

  • Ouverture et répétabilité : les éléments constitutifs de la soumission, comme le code et le contenu, sont-ils librement disponibles et transparents ? Sont-ils dûment autorisés ?
  • Applicabilité : la soumission a-t-elle une pertinence et une portée suffisantes pour que les communautés soutenues par le GBIF puissent l'utiliser ou la construire ?
  • Nouveauté : une partie importante de la soumission a-t-elle été développée spécifiquement pour le défi ? Les soumissions basées en grande partie ou entièrement sur des travaux déjà publiés ne sont pas considérées comme des entrées éligibles.

 

Gagnants des défis précédents et entrées

     
2022 Gagnants  
2021 Gagnants  
2020 Gagnants  
2019 Gagnants  
2018 Gagnants  
2016 Gagnants Toutes les entrées
2015 Gagnants Toutes les entrées

 

 

Illustration d'une limule japonaise Tachypleus tridentatus(Leach, 1819) de Fauna japonica v.1 Crustacea (1823-1830) via Biodiversity Heritage Library, aucun droit réservé sous licence CC0.

 

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L'API GBIF (Application Programming Interface) offre aux utilisateurs la possibilité d'effectuer un filtrage de données plus complexe que ce qui est disponible sur le site wWeb.

Cette session vous donnera un aperçu de l'API GBIF et de la documentation qui l'accompagne. Nous présenterons également les packages clés R et Python et leurs fonctions associées qui permettent d'accéder aux données via l'API. La session s'adresse à ceux qui commencent tout juste à accéder aux données via ces canaux et à ceux qui souhaitent un rappel.

La séance portera sur les éléments suivants :

  • Présentation de l'API GBIF
  • Présentation de rgbif
  • Présentation de pygbif

Inscrivez-vous à l'événement

 

Lieu : En ligne
Date : 8 février 2023 - 15h-16h

 

Illustration of Chilomycterus orbicularis (Bloch, 1785) from Venoms; venomous animals and antivenomous serum-therapeutics, London, J. Bale, sons & Danielsson, 1908. Digitization sponsored by Harvard University, Museum of Comparative Zoology, Ernst Mayr Library. Available via the Internet Archive Book Images.

 

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