Jeudi 08 Décembre 2022

Février 2021

Dans le cadre du SINP, l’UMS PatriNat (OFB, MNHN, CNRS) est en charge de la réalisation du référentiel taxonomique national des organismes vivant en France métropolitaine et ultramarine. Ce référentiel entre dans sa 18e année d’existence.
À la fois outil d’inventaire, de connaissance et de gestion de données, il est utilisé par de nombreux acteurs s’intéressant à la biodiversité et souhaitant se reporter à un référentiel de noms scientifiques.

 

Du 19 février au 9 avril 2021
L’UMS PatriNat lance une enquête de satisfaction sur l’utilisation et les besoins en services associés au référentiel taxonomique national des organismes vivant en France.

 

Le temps de réponse est estimé entre 15 et 20 minutes.

 

Les personnes intéressées peuvent répondre à l’enquête sans avoir eu connaissance auparavant du référentiel TAXREF.

 

Les résultats de l’enquête seront restitués lors d’un séminaire dédié qui aura lieu en juin 2021 en visio-conférence.

 

Merci d’avance pour votre participation.

 

En savoir plus

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La Revue Scientifique (Science Review) 2020 a été mise en ligne.
Cette publication annuelle rassemble les articles scientifiques publiés en 2020 et utilisant des données sur la biodiversité découvertes via le réseau GBIF.

Télécharger la Science Review 2020

 

Vous trouverez également la Revue Scientifique sous l'onglet "Ressources > Documentation" de notre site.

 

Pangolin (Manis pentadactyla subsp. pentadactyla), par Ihenglan. Photo via iNaturalist Research-grade Observations CC BY-NC 4.0

J. Mason Heberling du Carnegie Museum of Natural History et Scott B. Weingart de la Carnegie Mellon University, en collaboration avec le secrétariat du GBIF, ont publié dans les Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) une analyse et une révision complètes de plus de 4 000 études évaluées par des pairs et publiées entre 2003 et 2019 qui utilisent des données fournies par le GBIF. Cette étude fournit une base de données probantes pour le développement continu de la prochaine génération de recherches liées à la biodiversité.

En plus de s'appuyer sur les métadonnées des articles rassemblées par le programme de suivi de la littérature du GBIF, Heberling et ses collègues ont utilisé l'analyse textuelle quantitative et la synthèse bibliographique des plus de 4 000 articles pour explorer le réseau de connaissances interdisciplinaires facilité par les données médiatisées par le GBIF.

 

Principaux résultats de la recherche

  • La disponibilité et l'utilisation des données ont toutes deux augmenté
  • L'intégration des données facilite la recherche et l'accès au niveau mondial
  • L'utilisation des données transmises par le GBIF dépasse les frontières disciplinaires
  • Les domaines scientifiques qui utilisent les données diffusées par le GBIF sont conceptuellement divers et leur pertinence change avec le temps
  • Les ensembles de données intégrées au niveau mondial permettent aux chercheurs de poser des questions fondamentales et appliquées à des échelles taxonomiques, temporelles et spatiales qui seraient autrement impossibles
  • Les rôles synergiques des données sur la biodiversité fondées sur l'observation et les spécimens mettent en évidence l'intérêt et la nécessité d'une intégration plus poussée avec les sources de données phylogénétiques, environnementales, phénotypiques, écologiques et génétiques

 

« Cette étude permettra à la communauté du GBIF non seulement de comprendre les modèles et les tendances de l'utilisation des données scientifiques dans la littérature de recherche récente, mais aussi d'identifier les possibilités de diversifier le portefeuille d'utilisation des données du GBIF dans la recherche, » dit Tanya Abrahamse, présidente du conseil d'administration du GBIF. « Nous sommes impatients de poursuivre les directions prometteuses soulignées par le Dr Heberling et ses co-auteurs au profit du réseau GBIF, de ses utilisateurs, de la science et de la société en général. »

 

Le modèle thématique structurel résulte de 4 035 études qui ont utilisé les données diffusées par le GBIF publiées entre 2003 et 2019.

 

« Cette nouvelle analyse passionnante démontre que la disponibilité croissante des données incite à de nouvelles utilisations des données primaires sur la biodiversité dans le cadre et au-delà des sciences du vivant » dit Enrique Martinez Meyer de l'Universidad Nacional Autónoma de México et 2e vice-président du Comité scientifique du GBIF. « Étant donné la nécessité cruciale de faire face aux défis imposés par les changements environnementaux rapides et la perte de biodiversité, ces résultats aideront à orienter les efforts de la communauté du GBIF pour améliorer la qualité et la disponibilité des données sur la biodiversité pour différents profils d'utilisation. »

 

Dans son rapport indépendant sur 20 ans publié en 2020, le Comité des données du Conseil international de la science (CODATA) a conclu que le « GBIF est le point d'accès le plus complet, le plus ouvert, le plus agnostique (le plus impartial), le plus facile à utiliser et le plus moderne aux données numériques connues sur les occurrences » de la biodiversité. Mais malgré les progrès technologiques, analytiques et culturels réalisés depuis la création du GBIF en 2001, les impacts scientifiques et les modes d'utilisation des données agrégées par le plus grand réseau mondial de données sur la biodiversité n'ont pas été quantifiés de manière systématique jusqu'à présent.

 

Bien que l'étude ait été commandée et financée par le GBIF, le Secrétariat n'a eu aucune influence sur l'analyse, les résultats ou les conclusions.

 

Citation

Heberling JM, Miller JT, Noesgaard D, Weingart SB and Schigel D (2021) Data integration enables global biodiversity synthesis. Proceedings of the National Academy of Sciences. Proceedings of the National Academy of Sciences 118(6): e2018093118.
Disponible à : https://doi.org/10.1073/pnas.2018093118.

 

 

Beauté printanière de Virginie (Claytonia virginica), observé à Plum, PA, USA par J. Mason Heberling. Photo via iNaturalist CC BY-NC 4.0

 

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Le GBIF et l'Association internationale pour l'évaluation d'impact (IAIA) ont publié une version actualisée de leur publication conjointe, Bonnes pratiques pour la publication des données sur la biodiversité issues des évaluations des incidences sur l'environnement.

Cette refonte de la publication 2011 des mêmes groupes vise à aider les praticiens, les consultants et autres experts à conserver, archiver, gérer et partager les données primaires sur la biodiversité recueillies lors des évaluations d'impact environnemental (EIAs) et des études d'impact environnemental et social (ESIAs).

La collecte de données à partir des évaluations et de la surveillance de la biodiversité de base est l'une des tâches les plus coûteuses et les plus longues du processus d'évaluation d'impact. L'accès à ces informations très précieuses est souvent strictement limité aux limites du projet, malgré l'influence directe qu'elles ont sur la compréhension des impacts actuels et futurs des activités de développement.

En démontrant comment les praticiens et les professionnels de l'analyse d'impact peuvent utiliser les ressources disponibles, le guide vise à faire de la diffusion de ces données de haute qualité une pratique de routine capable de produire des retours sur investissement scientifiques et sociétaux supplémentaires.

 

Le guide soutient et reflète l'intérêt croissant du secteur privé pour le partage des données sur la biodiversité par le biais d'autres initiatives telles que :

 

Le guide des meilleures pratiques est le suivant dans une série de premières publications numériques produites par le secrétariat du GBIF que le réseau GBIF plus large soutient par le biais de l'examen par les pairs de la communauté. Une plateforme de publication open-source simplifie le processus d'édition et d'ajustement des « premières versions finales » des documents d'orientation et permet la traduction dirigée par des bénévoles de tout document pour lequel il existe un intérêt et un soutien de la communauté.

Les personnes intéressées par les futures publications, l'évaluation par les pairs et les possibilités de traduction dans le cadre de ce programme devraient envisager de s'inscrire à la liste de diffusion de la documentation numérique spécialisée.

+ Meilleures pratiques pour la publication des données sur la biodiversité issues des évaluations des incidences sur l'environnement (Best Practices for Publishing Biodiversity Data from Environmental Impact Assessments)

 

Laiteron blanc (Polygala alba), Wing, Dakota du Nord, États-Unis. Photo 2020 mrabenberg via iNaturalist Research-grade Observations CC BY-NC 4.0

 

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Le Ebbe Nielsen Challenge 2021 s'est ouvert dans le but de reconnaître les participations innovantes qui exploitent les données et les outils de biodiversité du réseau GBIF pour faire progresser la science ouverte. Un jury d'experts jugera les contributions sur leur ouverture et leur reproductibilité, leur pertinence et leur nouveauté et présentera un groupe de gagnants sélectionnés avec un total de 20 000 euros de prix.

Entre le 20 janvier et le 2 août 2021, des individus et des équipes peuvent préparer des outils et des techniques qui améliorent l'accès, l'utilité et la qualité des données ouvertes sur la biodiversité et les soumettre à ce concours annuel d'encouragement à durée indéterminée.

Les participants au défi peuvent adopter un nombre illimité d'approches. Les participants peuvent choisir de développer de nouvelles applications, visualisations, méthodes, flux de travail ou analyses, en utilisant souvent (mais pas toujours) l'API GBIF pour accéder aux données. Vous pouvez également développer ou étendre les capacités des outils et fonctionnalités existants disponibles sur le réseau GBIF. Nous encourageons les participants à examiner les idées, problèmes ou approches que vous pourriez souhaiter poursuivre (voir ci-dessous).

Les candidatures doivent bénéficier à plusieurs groupes de parties prenantes, notamment les utilisateurs, les détenteurs et les gestionnaires de données. Vous pouvez consulter la stratégie de communication du GBIF pour voir comment nous décrivons les publics du GBIF.

Les gagnants seront annoncés lors de la 28e réunion du conseil d'administration du GBIF en octobre 2021.

Le Challenge honore la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, un leader inspirant dans les domaines de la biosystématique et de l'informatique de la biodiversité et l'un des principaux fondateurs du GBIF, qui est mort subitement juste avant sa création.

 

+ Règlement officiel : Challenge Ebbe Nielsen 2021
+ Formulaire d'inscription : Challenge Ebbe Nielsen 2020

 

Le résumé des règles et exigences qui suit ne remplace ni ne supplante les règles officielles . Envoyez vos questions ou demandes d'éclaircissements à l'adresse suivante ENChallenge@gbif.org.

 

Date limite de soumission

  • 2 août 2021, 16h Heure d'été d'Europe centrale | UTC +2

 

Conditions d'éligibilité

Le défi est ouvert aux individus, aux équipes d'individus, aux entreprises et à leurs employés, et aux agences gouvernementales et à leurs employés.

 

Le défi n'est pas ouvert à :

  • Les membres actuels du personnel du secrétariat du GBIF
  • Personnes ayant actuellement un contrat direct avec le secrétariat du GBIF
  • Membres du comité scientifique du GBIF
  • Chefs de délégation au GBIF

 

Conditions de soumission

Les participants doivent remplir le formulaire d'inscription, qui fournit des informations sur l'inscription, notamment :

  • Nom/titre de la soumission
  • Noms et affiliations des membres de l'équipe
  • Résumé et argumentaire
  • Instructions d'utilisation
  • Lien vers des éléments visuels (prototype, démo, vidéo, captures d'écran, diapositives, etc.)
  • Lien(s) vers les documents de soumission sur tout site web ou dépôt approprié

 

Les juges et le personnel du secrétariat du GBIF doivent être en mesure de :

  • accéder et exploiter ou examiner la soumission sans frais
  • l'exploiter sur un matériel facilement disponible (si la demande est une application autonome)
  • répéter tout processus ou routine, si la soumission est un script ou une autre solution automatisée

 

Les participants peuvent préparer et documenter leurs inscriptions sur n'importe quel dépôt ou plate-forme avec lequel vous êtes à l'aise-GitHub, Dryad, FigShare, Open Science Framework, Jupyter Notebook, ou utiliser leur propre site web.

En encourageant les participants à utiliser des outils que vous connaissez déjà et avec lesquels vous êtes à l'aise, nous espérons que toute personne intéressée à soumettre un projet pourra se concentrer sur les questions de quoi, pourquoi et comment :

  • quel est le projet
  • pourquoi il est important pour les communautés du GBIF qu'il est destiné à servir
  • comment cela fonctionne

 

Que dois-je créer ?

Le défi Ebbe Nielsen 2021 est délibérément ouvert, de sorte que les participants ont une large mission de création d'outils et de techniques qui font progresser la science ouverte et améliorent l'accès, l'utilité ou la qualité des données médiatisées par le GBIF. Les soumissions au Challenge peuvent être de nouvelles applications, des méthodes de visualisation, des flux de travail ou des analyses, ou elles s'appuient sur des outils et des fonctionnalités existants et les étendent.

es candidatures retenues devraient apporter des solutions pratiques et pragmatiques au réseau GBIF tout en faisant progresser l'informatique et la gestion des données sur la biodiversité par rapport à la mission du GBIF et plan stratégique.

 

Critères

Un panel de juges experts issus des domaines scientifiques, informatiques et technologiques pertinents évaluera les candidatures en fonction des critères suivants :

  • Ouverture et reproductibilité: Les éléments constitutifs de la soumission, comme le code et le contenu, sont-ils librement accessibles et transparents ? Sont-ils soumis à une licence appropriée ?
  • Champ d'application/strong>: La soumission a-t-elle une pertinence et une portée suffisantes pour que les communautés soutenues par le GBIF puissent l'utiliser ou la construire ?
  • Nouveauté Une partie importante de la soumission a-t-elle été développée spécifiquement pour le défi ? Les soumissions basées en grande partie ou entièrement sur des travaux déjà publiés ne sont pas considérées comme des soumissions éligibles.

 

Gagnants et participants des défis précédents

2020 Gagnants  
2019 Gagnants  
2018 Gagnants  
2016 Gagnants Tous les participants
2015 Gagnants Tous les participants

+ Formulaire d'inscription : Challenge Ebbe Nielsen 2020

+ Règlement officiel : Challenge Ebbe Nielsen 2020

 

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