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Samedi 27 Juillet 2024

Octobre 2019

L’UMS PatriNat a intégré plus de 1 800 000 données d’occurrences sur les espèces sur les territoires français (métropole et outre-mer), provenant d’institutions étrangères ayant diffusé des données sur la France dans le réseau GBIF.

 

Ces données, accessibles de façon libre et gratuite sur le site www.gbif.org et provenant de plus de 45 pays et territoires à travers le monde, ont été rassemblées et intégrées dans l’INPN en suivant les protocoles habituels de validation des données, afin de n’intégrer que celles étant conformes au standard et aux règles en vigueur dans le SINP.

 

Outre l’apport d’informations sur la biodiversité des territoires français (l’INPN a intégré des occurrences concernant plus de 40 000 taxons présents sur les territoires français), ce rapatriement de données a également permis d’enrichir la connaissance sur les taxons en contribuant à la prochaine mise à jour du référentiel taxonomique national TAXREF.

DiSSCo rejoint le GBIF

Publié le : 03/10/2019

Le système distribué de collections scientifiques (DiSSCo) rejoint le GBIF en tant que dernier participant non-membre du réseau.

DiSSCo est la nouvelle infrastructure de recherche européenne qui vise à unifier les actifs des sciences naturelles dans le cadre de politiques et de pratiques communes en matière de conservation et d'accès. Cela représente l'accord au format le plus élargi entre les muséums d'histoire Naturelle, les jardins botaniques et les universités des collections.

Le réseau DiSSCo comprend actuellement 119 institutions participantes de 21 pays, qui détiennent ensemble plus de 1,5 milliard de spécimens.
"L'infrastructure de recherche DiSSCo est ravie de devenir un membre actif de la famille GBIF", a déclaré Dimitris Koureas, coordinateur de DiSSCo. "En tant que consortium européen de collections de sciences naturelles, DiSSCo renforcera la mission de GBIF avec une base de preuves validée comprenant jusqu'à 1,5 milliard d'objets numériques."

Comme le GBIF, DiSSCo utilise les données ouvertes pour garantir que la numérisation à grande échelle de spécimens de collections européennes mobilise des données est FAIR: Trouvables (Findable), Accessibles, Interopérables et Réutilisables.

"Le secrétariat du GBIF est heureux d'accueillir DiSSCo en tant que membre officiel du réseau GBIF", a déclaré Joe Miller, secrétaire exécutif du GBIF. "Nous travaillons déjà en étroite collaboration sur des projets tels que SYNTHESYS + (financé par l'UE) et le DiSSCo Prepare récemment primé. Cette étape renforce nos relations étroites."

Créée en 2015, DiSSCo est issue du consortium CETAF (Consortium of European Taxonomic Facilities), autre membre de longue date du réseau GBIF. Les membres des deux réseaux collaborent fréquemment, y compris aux activités de projet en cours telles que SYNTHESYS+ et Catalog of Life Plus (CoL +).

En collaboration avec iDigBio, les standards d’information sur la biodiversité (TDWG) et LifeWatch ERIC (tous les autres participants associés au GBIF), DiSSCo et le GBIF présentent conjointement la conférence Biodiversity_Next, organisée par le Naturalis Biodiversity Centre et le NLBIF à Leiden, aux Pays-Bas, en octobre 2019.

 

Vidéo de présentation (en anglais) : https://youtu.be/OeOGbQ4WrwM

Plus d'information (en anglais) sur ici

L’équipe du Secrétariat du GBIF a terminé la huitième mise à jour de la liste de référence taxonomique (taxonomic backbone) du GBIF.org, qui cherche à établir les correspondances et des liens pour toutes les données d’occurrences et de taxonomie.

Cette nouvelle version de la taxonomy a permis d’ajouter environ 725 000 noms, 85% d’entre eux concernant des espèces animales. La mise à jour comprend de plus 100 000 nouveaux taxons acceptés, qui ne figuraient pas dans les versions précédentes de la backbone taxonomy.

Les éléments clés de cette mise à jour incluent la dernière version du Catalogue of Life, qui partage 3,8 millions de noms, ainsi que deux jeux stables de DNA-based Operational Taxonomic Units (OTUs), avec un peu plus de 480 000 Barcode Index Numbers (BINs) provenant du International Barcode of Life (iBOL) et quelques 160 000 hypothèses d’espèces (SHs) pour la fonge, issues de la version 8 de UNITE.

D’autres sources majeures de noms pour la backbone taxonomy incluent :

 

Une autre amélioration apportée est l’intégration des traitements taxonomiques partagés via Plazi, qui ont à eux seuls permis d’ajouter 48 000 noms, en majeure partie des taxons nouvellement décrits. La liste complète des sources pour la GBIF backbone taxonomy – comprenant les nombres exacts de noms ajoutés – est disponible sur la page du jeu de données.

Le processus de gestion de la taxonomic backbone est complexe et implique la réindexation de toutes les données d’occurrence du GBIF. Plus d’informations sur la structure de la backbone taxonomy et la façon dont elle est assemblée sont disponibles sur ce récent post de blog.

Le réseau GBIF s’élargit encore dans le Pacifique, avec l’entrée de la nation insulaire des Tonga en tant que membre votant à part entière. L’arrivée des Tonga élève le nombre actuel de pays participants à 59, et constitue la première addition d’un pays de la région Océanie depuis la création du GBIF (l’Australie et la Nouvelle-Zélande ayant rejoint le réseau en 2001).

Les Tonga sont aussi le dixième pays participant à rejoindre le GBIF à la suite d’un projet financé par le Biodiversity Information for Development (BID) Programme, en compagnie d’une organisation participante (également située en Océanie), le Secretariat of the Pacific Regional Environment Programme (souvent abrégé sous l’acronyme SPREP).

Des représentants du Department of Environment prendront en charge les activités du point nodal GBIF Tonga au sein du Ministry of Meteorology, Energy, Information, Disaster Management, Environment, Climate Change & Communication (MEIDECC).

Après avoir signé la Convention sur la Biodiversité Biologique (CDB) en 1998, les Tonga ont développé un National Biodiversity Strategy and Action Plan, qui a permis d’identifier l’expansion non raisonnée de l’agriculture comme menace principale pesant sur la biodiversité du pays. Les espèces exotiques envahissantes représentent une autre menace conséquente, et représentent le sujet principal du projet régional BID dans lequel l’équipe des Tonga (incluant le MEIDECC) a rassemblé des données afin de mettre en place un contrôle des espèces envahissantes dans la forêt tropicale de Toloa, au sud-ouest de Tongatapu. Depuis sa mise en ligne en avril 2018, ce jeu de données a permis d’effectuer trois études publiées dans des revues à comité de lecture, qui figurent dans la Revue Scientifique 2019 du GBIF.

Les personnes consultant GBIF.org peuvent à présent accéder à plus de 66 000 données d’occurrences sur les Tonga, provenant de 280 jeux de données et 133 éditeurs de données de 25 pays. Le MEIDECC à lui seul a publié 15 jeux de données dans le cadre du projet régional BID.

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