Jeudi 12 Décembre 2019

champignon

L'Unité Mixte de Recherche EcoFoG (Ecologie des Forêts de Guyane) a publié, dans le GBIF, le jeu de données suivant :
 

Fungi of French Guiana

5 219 occurences - Lien vers la page du jeu de données sur GBIF.org

L'ensemble de données Champignons de Guyane française: permet de recueillir des données taxonomiques, environnementales et moléculaires grâce à un plan d'échantillonnage exhaustif, stratifié et reproductible dans 126 parcelles représentatives des principaux habitats forestiers

 

Une autre institution française, l'Institut Pasteur de la Guyane, a également partagé un jeu de données sur le GBIF :

A database of Anopheles (Diptera, Culicidae): historical presence records in French Guiana and in the state of Amapá, in South America

3 917 occurences - Lien vers la page du jeu de données sur GBIF.org

La Guyane française, un territoire français, et Amapá, un État brésilien, sont situés dans une zone intertropicale d'Amérique du Sud. Ils fournissent un excellent climat à la présence de vecteurs du paludisme, et notamment du principal vecteur d'Amérique du Sud, Anopheles darlingi. Cette base de données regroupe différentes occurrences d'anophèles en Guyane française et dans l'État d'Amapá entre 1902 et 2014. Elle vise à compléter la connaissance limitée de la répartition des anophèles dans cette région, où la situation transfrontalière est un obstacle majeur à l'élimination du paludisme.

Jusqu'à il y a quelques semaines, la GBIF BackBone taxonomie s'intégrait parfaitement dans un modèle traditionnel, classant les noms des organismes en utilisant le système que Carl Linnaeus a décrit pour la première fois dans Systema Naturae en 1735. En combinant les informations basées sur les noms de dizaine de sources d'autorité différente (Catalogue of Life, IRMNG et le registre mondial des espèces marines - appelé affectueusement «WoRMS»), le backbone constitue un moyen cohérent d’organiser tout le contenu relatif aux espèces sur GBIF.org - comme les jeux de données, les pages d'occurrences et d'espèces - et permet toutes les formes de recherche taxonomique, de navigation et de reporting.

Mais ces derniers mois, des forces cachées ont été à l’œuvre, étendant la capacité de la backbone à s'adapter à un paradigme taxonomique émergent. En collaboration avec des partenaires en Estonie, en Suède, au Danemark et dans d’autres pays d’Europe du Nord, le GBIF a piloté avec succès la publication de 11 495 enregistrements d'occurrence fongiques liés à des identifiants basés sur l’ADN. Ces enregistrements apparaissent dans la dernière version de la taxonomie  Backbone GBIF.

 

Apporter l'ordre aux données 'noires'

Dans l’espoir de combler cette lacune dans les connaissances scientifiques, des experts du Muséum d’histoire naturelle de l’Université de Tartu (abritant le nœud GBIF Estonie) et de l’Université de Göteborg ont développé UNITE. Ce système utilise des séquences à base d’ADN ribosomique pour donner une identité sur les éléments cryptiques de la biodiversité fongique. L’élément principal de l’UNITE est ' l’hypothèse de l’espèce (SH) ', qui regroupe des séquences similaires en grappes provisoires au niveau de l’espèce.

Chaque hypothèse d'espèce se voit attribuer un DOI, établissant une référence permanente et stable pour cette hypothèse particulière (les séquences connues provenant d'organismes déjà en possession de noms scientifiques linnéens officiellement décrits peuvent, bien sûr, s'appuyer sur celles-ci). Pour les séquences connues uniquement à partir d'échantillons environnementaux, ce système présente l'avantage de donner des identités sans ambiguïté aux hypothèses des espèces.

Cette approche a conduit à la définition de plus de 73 000 hypothèses sur les espèces fongiques, qui reposent sur et combinent plus de la moitié des 817 130 séquences d’ADN de référence publique.

Pour (beaucoup) plus d’information, consulter la page du GBIF.org (en anglais) ici

 

Hygrocybe conica, observé à Trondheim, en Norvège, par Ole Reitan, via le service norvégien d'observation des espèces. Photo sous licence CC-BY-4.0.

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